Measurement of submicrosecond intramolecular contact formation in peptides at the single-molecule level

Journal of the American Chemical Society

Volumn 125, Issue 18, 2003, Pages 5324-5330

  Neuweiler, Hannes ^a   Schulz, Andreas ^a   Böhmer, Martin ^b   Enderlein, Jörg ^b   Sauer, Markus ^a  

^a UNIVERSITY OF HEIDELBERG   (Germany)

^b FORSCHUNGSZENTRUM JÜLICH   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOPOLYMERS; COMPLEXATION; DISSOCIATION; DYES; FLUORESCENCE; PHOTONS; PROTEINS; RATE CONSTANTS; VAN DER WAALS FORCES;

TRANSACTIVATION;

DERIVATIVES;

BIOPOLYMER; OXAZINE DERIVATIVE; PEPTIDE; PROTEIN P53; TRYPTOPHAN;

AMINO ACID SEQUENCE; AMINO ACID SUBSTITUTION; AMINO TERMINAL SEQUENCE; ANALYTIC METHOD; ARTICLE; COMPLEX FORMATION; DISSOCIATION; DISSOCIATION CONSTANT; ELECTRON TRANSPORT; FLUORESCENCE ANALYSIS; FLUORESCENCE MICROSCOPY; PHOTOCHEMICAL QUENCHING; POINT MUTATION; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; REACTION TIME;

FLUORESCENT DYES; HUMANS; KINETICS; OXAZINES; PEPTIDE FRAGMENTS; PHENYLALANINE; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; SPECTROMETRY, FLUORESCENCE; TRYPTOPHAN; TUMOR SUPPRESSOR PROTEIN P53;

EID: 0037617492     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja034040p     Document Type: Article

References (52)

1. Eaton, W. A.; Munoz, V.; Hagen, S. J.; Jas, G. S.; Lapidus, L. J.; Henry, E. R.; Hofrichter, J. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2000, 29, 327-359.
2. Chakrabartty, A.; Baldwin, R. L. Adv. Protein Chem. 1995, 46, 141-176.
3. Munoz, V.; Serrano, L. Curr. Opin. Biotechnol. 1995, 6, 382-386.
4. Frauenfelder, H.; McMahon, B. H. Annu. Phys. 2000, 9, 655-667.
5. Agarwal, R.; Krueger, B. P.; Scholes, G. D.; Yang, M.; Yom, J.; Mets, L.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 2908-2918.
6. Woutersen, S.; Mu, Y.; Stock, G.; Hamm, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 11254-11258.
7. Seidel, C. A. M.; Schulz, A.; Sauer, M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5541-5533.
8. Knemeyer, J. P.; Marmé, N.; Sauer, M. Anal. Chem. 2000, 72, 3717-3724.
9. Hagen, J. S.; Hofrichter, J.; Szabo, A.; Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 11615-11617.
10. McGimpsey, W. G.; Chen, L.; Carraway, R.; Samaniego W. N. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 6082-6090.
11. Lapidus, L. J.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 7220-7225.
12. Hudgins, R. R.; Huang, F.; Gramlich, G.; Nau, W. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 556-564.
13. Hudgins, R. R.; Huang, F.; Gramlich, G.; Nau, W. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 556-564.
14. Xie, X. S.; Trautman, J. K. Annu. Rev. Phys. Chem. 1998, 49, 441-480.
15. Funatsu, T.; Harada, Y.; Tokunaga, M.; Saito, K.; Yanagida, T. Nature (London) 1995, 374, 555-559.
16. Ishijima, A.; Kojima, H.; Funatsu, T.; Tokunaga, M.; Higuchi, H.; Tanaka, H.; Yanagida, T. Cell 1998, 92, 161-171.
17. Weiss, S. Science 1999, 283, 1676-1683.
18. Moerner, W. E.; Orrit, M. Science 1999, 283, 1670-1676.
19. Frauenfelder, H.; Silgar, S. G.; Wolynes, P. G. Science 1991, 253, 1598-1603.
20. Radar, S. D.; Agard, D. A. Protein Sci. 1997, 6, 1375-1386.
21. Leeson, D. T.; Gai, F.; Rodriguez, H. M.; Gregoret, L. M.; Dyer, R. B. Proc. Natl. Sci. U.S.A. 2000, 97, 2527-2532.
22. Deller, M. C.; Jones, E. Y. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 10, 213-219.
23. Bonnet, G.; Krichevsky, O.; Libchaber, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 8602-8606.
24. Wallace, M. I.; Ying, L. M.; Balasubramanian, S.; Klenerman, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 5584-5589.
25. Ha, T.; Enderle, Th.; Ogletree, D. F.; Chemla, D. S.; Selvin, P. R.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 6264-6268.
26. Ha, T.; Ting, A. Y.; Liang, J.; Caldwell, W. B.; Deniz, A. A.; Chemla, D. S.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 893-898.
27. Jia, Y.; Malaga, D. S.; Lau, W. L.; Lui, H. S. M.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 1999, 247, 69-83.
28. Ha, T.; Zhuang, X.; Kim, H. D.; Orr, J. W.; Williamson, J. R.; Chu, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9077-9082.
29. Talaga, D. S.; Lau, W. L.; Roder, H.; Tang, J.; Jia, Y.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 13021-13026.
30. Kavamos., G. J. Fundamentals of Photoinduced Electron Transfer; VCH Publishers: New York, 1993.
31. Watt, R. M.; Voss, E. W. Immunochemistry 1977, 4, 533-541.
32. Lubin, R.; Schlichtholz, B.; Bengoufa, D.; Zalcman, G.; Tre'daniel, T.; Hirsch, A.; Caron de Fromentel, C.; Preudhomme, C.; Fenaux, P.; Fournier, G.; Mangnin, P.; Laurent-Puig, P.; Pelletier, G.; Schlumberger, M.; Desgrandchamps, F.; Le Duc, A.; Peyrat, J. P.; Janin, N.; Bressac, B.; Soussi, T. Cancer Res. 1993, 53, 5872-5876.
33. Neuweiler, H.; Schulz, A.; Vaiana, A. C.; Smith, J. C.; Kaul, S.; Wolfrum, J.; Sauer, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41, 4769-4773.
34. Kussie, P. H.; Gorina, S.; Marechal, V.; Elenbaas, B.; Moreau, J.; Levine, A. J.; Pavletich, N. P. Science 1996, 274, 948-953.
35. Soussi, T. Immunol. Today 1996, 17 (8), 354-356.
36. Hanbury-Brown, R.; Twiss, R. Q. Nature (London) 1956, 177, 27-29.
37. Basché, Th.; Moerner, W. E.; Oritt, M.; Talon, H. Phys. Rev. Lett. 1992, 69, 1516-1519.
38. Fleury, L.; Segura, J.-M.; Zumofen, G.; Hecht, B.; Wild, U. P. Phys. Rev. Lett. 2000, 84, 1148-1151.
39. Böhmer, M.; Pampaloni, F.; Wahl, M.; Rahn, H. J.; Erdmann, R.; Enderlein, J. Rev. Sci. Instrum. 2001, 72, 4145-4152.
40. Lee, S.; Winnik, M. A. Macromolecules 1997, 30, 2633-2641.
41. Daugherty, D. L.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4325-4333.
42. Zhong, D.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 11867-11872.
43. Malaga, N.; Chosrowjan, H.; Shibata, Y.; Tanaka, F.; Nishina, Y.; Shiga, K. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 10667-10677.
44. Sauer, M.; Drexhage, K. H.; Lieberwirth, U.; Müller, R.; Nord, S.; Zander, C. Chem. Phys. Lett. 1998, 284, 153-163.
45. Wennmalm, S.; Edman, L.; Rigler, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10641-10646.
46. Rehm, D.; Weller, A. Isr. J. Chem. 1970, 8, 259-271.
47. Marcus, R. A.; Sutin, N. Biochim. Biophys. Acta 1985, 811, 265-320.
48. Jones I., G.; Lu, L. N.; Fu, H.; Farahat, C. W.; Oh, C.; Greenfield, S. R.; Gosztola, D. J.; Wasielewski, M. R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 572-581.
49. Wagenknecht, H. A.; Stemp, E. D. A.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 1-7.
50. DeFelippis, M. R.; Murthy, C. P.; Broitman, F.; Weinraub, D.; Faraggi, M.; Klapper, M. H. J. Phys. Chem. 1991, 95, 3416-3419.
51. Sauer, M.; Han, K. T.; Müller, R.; Nord, S.; Schulz, A.; Seeger, S.; Wolfram, J.; Arden-Jacob. J.; Deltau, G.; Marx, N. J.; Zander, C.; Drexhage, K. H. J. Fluoresc. 1995, 5, 247-261.
52. Jones, G.; Lu, L. N.; Vullev, V.; Gosztola, D. J.; Greenfield, S. R.; Wasielewski, M. R. Bioorg. Med. Chem. Lett. 1995, 5, 2385-2390.