Probes for detection of specific DNA sequences at the single-molecule level

Analytical Chemistry

Volumn 72, Issue 16, 2000, Pages 3717-3724

  Knemeyer, Jens Peter ^a   Marmé, Nicole ^a   Sauer, Markus ^a  

^a UNIVERSITY OF HEIDELBERG   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FLUORESCENT DYE; OLIGONUCLEOTIDE;

ARTICLE; CONFORMATIONAL TRANSITION; DIODE LASER; DNA PROBE; DNA SEQUENCE; FLUORESCENCE MICROSCOPY;

BASE SEQUENCE; DNA; DNA PROBES; SEQUENCE ANALYSIS, DNA;

EID: 0034663372     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac000024o     Document Type: Article

References (42)

1. Eigen, M.; Rigler, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 5740-5747.
2. Haab, B. B.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 1995, 67, 3253-3260.
3. Castro, A.; Shera, E. B. Anal. Chem. 1995, 67, 3181-3186.
4. Weiss, S. Science (Washington, D.C.) 1999, 283, 1676-1683.
5. Kim, Y.; Jett, J. H.; Larson, E. J.; Pentilla, J. R.; Marrone, B. L.; Keller, R. A. Cytometry 1999, 36, 324-332.
6. Ausubel, F. M.; Brent, R.; Kingston, R. E.; Moore, D. D.; Seidman, J. G.; Smith, J. A.; Strahl, K. Current Protocols in Molecular Biology; John Wiley & Sons: New York, 1994.
7. Chehab, F. F.; Kann, Y. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 9178-9182.
8. Schwille, P.; Oehlenschläger, F.; Walter, N. G. Biochemistry 1996, 35, 10182.
9. Kinjo, M.; Nishimura, G.; Koyama, T.; Mets, Ü.; Rigler, R. Anal. Biochem. 1998, 260, 166-172.
10. Oehlenschlaeger, F.; Schwille, P.; Eigen, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 12811-12816.
11. Maiti, S.; Haupts, U.; Webb, W. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 11753-11757.
12. Castro, A.; Williams, J. G. K. Anal. Chem. 1997, 69, 3915-3920.
13. Tyagi, S.; Kramer, F. R. Nat Biotechnol. 1996, 14, 303-308.
14. Bonnet, G.; Tyagi, S.; Libchaber, A.; Kramer, F. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6171-6176.
15. Tyagi, S.; Bratu, D. P.; Kramer, F. R. Nat Biotechnol. 1998, 16, 49-53.
16. Kostrikis, J. G.; Tyagi, S.; Mhlanga, M. M.; Ho, D. D.; Kramer, F. R. Science (Washington, D.C.) 1998, 279, 1228-1229.
17. Sauer, M.; Han, K.-T.; Müller, R.; Nord, S.; Schulz, A.; Seeger, S.; Wolfrum, J.; Arden-Jacob, J.; Deltau, G.; Marx, N. J.; Drexhage, K.-H. J. Fluoresc. 1995, 5, 247-261.
18. Lieberwirth, U.; Arden-Jacob, J.; Drexhage, K. H.; Herten, D. P.; Müller, R.; Neumann, M.; Schulz, A.; Siebert, S.; Sagner, G.; Klingel, S.; Sauer, M.; Wolfrum, J. Anal. Chem. 1998, 70, 4771-4779.
19. Arden-Jacob, J. Ph.D. Thesis, Universität-Gesamthochschule Siegen, 1992.
20. Gray, H. B. Nucleic Acids Res. 1975, 2, 1459-1492.
21. Legerski, R. J. Nucleic Acids Res. 1978, 5, 1445-1463.
22. Becker, W.; Hickl, H.; Zander, C.; Drexhage, K. H.; Sauer, M.; Siebert, S.; Wolfrum, J. Rev. Sci. Instrum. 1999, 70, 1835-1841.
23. Tellinghuisen, J.; Wilkerson, C. W., Jr. Anal. Chem. 1993, 65, 1240-1246.
24. Soper, S. A.; Legendre, B. L., Jr. Appl. Spectrosc. 1994, 48, 400-405.
25. Seidel, C. A. M.; Schulz, A.; Sauer, M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5541-5553.
26. Sauer, M.; Drexhage, K. H.; Herten, D. P.; Lieberwirth, U.; Müller, R.; Nord, S.; Schulz, A.; Siebert, S.; Wolfrum, J. In Near-Infrared Dyes for High Technology Applications; Daehne, S., et al., Eds.; Kluwer Academic Publishers: Dordrecht, The Netherlands, 1998; pp 57-85.
27. Sauer, M.; Drexhage, K. H.; Lieberwirth, U.; Müller, R.; Nord, S.; Zander, C. Chem. Phys. Lett. 1998, 284, 153-163.
28. Vámosi, G.; Gohlke, C.; Clegg, R. M. Biophys. J. 1996, 71, 972-994.
29. Widengren, J.; Dapprich, J.; Rigler, R. Chem. Phys. 1997, 216, 417-426.
30. Edman, L.; Mets, Ü.; Rigler, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 6710-6715.
31. Jia, Y.; Sytnik, A.; Li, L.; Vladimirov, S.; Cooperman, B. S.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 7932-7936.
32. Eggeling, C.; Fries, J. R.; Brand, L.; Günther, R.; Seidel, C. A. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 1556-1561.
33. Lewis, F. D.; Wu, T.; Zhang, Y.; Letsinger, R. L.; Greenfield, S. R.; Wasielewski, M. R. Science (Washington, D.C.) 1997, 277, 673-676.
34. Steenken, S.; Jovanovic, S. V. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 617-618.
35. Marras, S. A. E.; Kramer, F. R.; Tyagi, S. Genet. Anal. 1999, 14, 151-156.
36. Nie, S.; Zare, R. N. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1997, 26, 567-596.
37. Ambrose, W. P.; Goodwin, P. M.; Jett, J. H.; Van Orden, A.; Werner, J. H. Keller, R. A. Chem. Rev. 1999, 99, 2929-2957.
38. Sauer, M.; Arden-Jacob, J.; Drexhage, K. H.; Göbel, F.; Lieberwirth, U.; Mühlegger, K.; Müller, R.; Wolfrum, J.; Zander, C. Bioimaging 1998, 6, 14-24.
39. Schaffer, J.; Volkmer, A.; Eggeling, C.; Subramanian, V.; Striker, G.; Seidel, C. A. M. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 331-336.
40. Sauer, M.; Angerer, B.; Han, K.-T.; Zander, C. Phys. Chem. Chem. Phys. 1999, 1, 2471-2477.
41. Ha, T.; Ting, A. Y.; Liang, J.; Caldwell, W. B.; Deniz, A. A.; Chemla, D. S.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 893-898.
42. Deniz, A. A.; Dahan, M.; Grunwell, J. R.; Ha, T.; Faulhaber, A. E.; Chemla, D. S.; Weiss, S.; Schultz, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 3670-3675.