CRISPR/Cas9-Based Counterselection Boosts Recombineering Efficiency in Pseudomonas putida

Biotechnology Journal

Volumn 13, Issue 5, 2018, Pages

  Aparicio, Tomás ^a   de Lorenzo, Víctor ^a   Martínez García, Esteban ^a  

^a CENTRO NACIONAL DE BIOTECNOLOGÍA   (Spain)

Author keywords

CRISPR Cas9; crRNA; escapers; genome engineering; spacer; ssDNA recombineering

Indexed keywords

DNA; EFFICIENCY; GENES;

CRISPR/CAS9; CRRNA; ESCAPERS; GENOME ENGINEERING; RECOMBINEERING; SPACER;

BACTERIA;

SINGLE STRANDED DNA;

ARTICLE; BIOENGINEERING; CELL KILLING; CRISPR-CAS9 SYSTEM; GENE DELETION; GENE SEQUENCE; NONHUMAN; PLASMID; PRIORITY JOURNAL; PSEUDOMONAS PUTIDA; SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM; CRISPR CAS SYSTEM; GENE EDITING; GENETICS; METABOLISM; MUTATION;

CRISPR-CAS SYSTEMS; GENE EDITING; MUTATION; PLASMIDS; PSEUDOMONAS PUTIDA;

EID: 85037347493     PISSN: 18606768     EISSN: 18607314     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/biot.201700161     Document Type: Article

References (52)

1. P. I. Nikel, E. Martinez-Garcia, V. de Lorenzo, Nat. Rev. Microbiol. 2014, 12, 368.
2. I. Poblete-Castro, J. Becker, K. Dohnt, V. A. P. Martins dos Santos, C. Wittmann, Appl. Microbiol. Biotechnol. 2012, 93, 2279.
3. A. Loeschcke, S. Thies, Appl. Microbiol. Biotechnol. 2015, 99, 6197.
4. P. I. Nikel, M. Chavarria, T. Fuhrer, U. Sauer, V. de Lorenzo, J. Biol. Chem. 2015, 290, 25920.
5. K. E. Nelson, C. Weinel, I. T. Paulsen, R. J. Dodson, H. Hilbert, V. A. P. Martins dos Santos, D. E. Fouts, S. R. Gill, M. Pop, M. Holmes, L. Brinkac, M. Beanan, R. T. DeBoy, S. Daugherty, J. Kolonay, R. Madupu, W. Nelson, O. White, J. Peterson, H. Khouri, I. Hance, P. Chris Lee, E. Holtzapple, D. Scanlan, K. Tran, A. Moazzez, T. Utterback, M. Rizzo, K. Lee, D. Kosack, D. Moestl, H. Wedler, J. Lauber, D. Stjepandic, J. Hoheisel, M. Straetz, S. Heim, C. Kiewitz, J. A. Eisen, K. N. Timmis, A. Düsterhöft, B. Tümmler, C. M. Fraser, Environ. Microbiol. 2002, 4, 799.
6. E. Belda, R. G. van Heck, M. Jose Lopez-Sanchez, S. Cruveiller, V. Barbe, C. Fraser, H. P. Klenk, J. Petersen, A. Morgat, P. I. Nikel, D. Vallenet, Z. Rouy, A. Sekowska, V. A. Martins Dos Santos, V. de Lorenzo, A. Danchin, C. Medigue, Environ. Microbiol. 2016, 18, 3403.
7. P. I. Nikel, M. Chavarria, A. Danchin, V. de Lorenzo, Current Op. Chem. Biol. 2016, 34, 20.
8. J. Kim, M. Salvador, E. Saunders, J. Gonzalez, C. Avignone-Rossa, J. I. Jimenez, Essays Biochem. 2016, 60, 303.
9. E. Martinez-Garcia, V. de Lorenzo, Environ. Microbiol. 2011, 13, 2702.
10. E. Martinez-Garcia, V. de Lorenzo, Methods Mol. Biol. 2012, 813, 267.
11. T. Aparicio, S. I. Jensen, A. T. Nielsen, V. de Lorenzo, E. Martinez-Garcia, Biotechnol. J. 2016, 11, 1309.
12. W. Jiang, D. Bikard, D. Cox, F. Zhang, L. A. Marraffini, Nat. Biotechnol. 2013, 31, 233.
13. R. Barrangou, C. Fremaux, H. Deveau, M. Richards, P. Boyaval, S. Moineau, D. A. Romero, P. Horvath, Science 2007, 315, 1709.
14. F. J. Mojica, C. Diez-Villasenor, J. Garcia-Martinez, E. Soria, J. Mol. Evol. 2005, 60, 174.
15. K. S. Makarova, Y. I. Wolf, O. S. Alkhnbashi, F. Costa, S. A. Shah, S. J. Saunders, R. Barrangou, S. J. Brouns, E. Charpentier, D. H. Haft, P. Horvath, S. Moineau, F. J. Mojica, R. M. Terns, M. P. Terns, M. F. White, A. F. Yakunin, R. A. Garrett, J. van der Oost, R. Backofen, E. V. Koonin, Nat. Rev. Microbiol. 2015, 13, 722.
16. M. Jinek, K. Chylinski, I. Fonfara, M. Hauer, J. A. Doudna, E. Charpentier, Science 2012, 337, 816.
17. G. Gasiunas, R. Barrangou, P. Horvath, V. Siksnys, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2012, 109, E2579.
18. R. Jansen, J. D. Embden, W. Gaastra, L. M. Schouls, Mol. Microbiol. 2002, 43, 1565.
19. U. Pul, R. Wurm, Z. Arslan, R. Geissen, N. Hofmann, R. Wagner, Mol. Microbiol. 2010, 75, 1495.
20. K. Pougach, E. Semenova, E. Bogdanova, K. A. Datsenko, M. Djordjevic, B. L. Wanner, K. Severinov, Mol. Microbiol. 2010, 77, 1367.
21. C. Pourcel, G. Salvignol, G. Vergnaud, Microbiology 2005, 151, 653.
22. A. Bolotin, B. Quinquis, A. Sorokin, S. D. Ehrlich, Microbiology 2005, 151, 2551.
23. J. D. van Embden, T. van Gorkom, K. Kremer, R. Jansen, B. A. van Der Zeijst, L. M. Schouls, J. Bacteriol. 2000, 182, 2393.
24. S. J. Brouns, M. M. Jore, M. Lundgren, E. R. Westra, R. J. Slijkhuis, A. P. Snijders, M. J. Dickman, K. S. Makarova, E. V. Koonin, J. van der Oost, Science 2008, 321, 960.
25. E. Deltcheva, K. Chylinski, C. M. Sharma, K. Gonzales, Y. Chao, Z. A. Pirzada, M. R. Eckert, J. Vogel, E. Charpentier, Nature 2011, 471, 602.
26. F. J. Mojica, C. Diez-Villasenor, J. Garcia-Martinez, C. Almendros, Microbiology 2009, 155, 733.
27. P. Horvath, D. A. Romero, A. C. Coute-Monvoisin, M. Richards, H. Deveau, S. Moineau, P. Boyaval, C. Fremaux, R. Barrangou, J. Bacteriol. 2008, 190, 1401.
28. M. E. Pyne, M. Moo-Young, D. A. Chung, C. P. Chou, Appl. Environ. Microbiol. 2015, 81, 5103.
29. C. Ronda, L. E. Pedersen, M. O. Sommer, A. T. Nielsen, Sci. Rep. 2016, 6, 19452.
30. J. H. Oh, J. P. van Pijkeren, Nucleic Acids Res. 2014, 42, e131.
31. R. E. Cobb, Y. Wang, H. Zhao, ACS Synth. Biol. 2015, 4, 723.
32. T. Xu, Y. Li, Z. Shi, C. L. Hemme, Y. Li, Y. Zhu, J. D. Van Nostrand, Z. He, J. Zhou, Appl. Environ. Microbiol. 2015, 81, 4423.
33. G. A. O'Donovan, J. Neuhard, Bacteriol. Rev. 1970, 34, 278.
34. T. C. Galvao, V. de Lorenzo, Appl. Environ. Microbiol. 2005, 71, 883.
35. J. D. Boeke, F. LaCroute, G. R. Fink, Mol. Gen. Genet. 1984, 197, 345.
36. G. L. Winsor, E. J. Griffiths, R. Lo, B. K. Dhillon, J. A. Shay, F. S. Brinkman, Nucleic Acids Res. 2016, 44, D646.
37. P. A. Carr, J. S. Park, Y. J. Lee, T. Yu, S. Zhang, J. M. Jacobson, Nucleic Acids Res. 2004, 32, e162.
38. F. J. Isaacs, P. A. Carr, H. H. Wang, M. J. Lajoie, B. Sterling, L. Kraal, A. C. Tolonen, T. A. Gianoulis, D. B. Goodman, N. B. Reppas, C. J. Emig, D. Bang, S. J. Hwang, M. C. Jewett, J. M. Jacobson, G. M. Church, Science 2011, 333, 348.
39. A. Nyerges, B. Csorgo, I. Nagy, D. Latinovics, B. Szamecz, G. Posfai, C. Pal, Nucleic Acids Res. 2014, 42, e62.
40. J. A. Eisen, P. C. Hanawalt, Mutat. Res. 1999, 435, 171.
41. I. Babic, S. E. Andrew, F. R. Jirik, Mutat. Res. 1996, 372, 87.
42. E. Semenova, M. M. Jore, K. A. Datsenko, A. Semenova, E. R. Westra, B. Wanner, J. van der Oost, S. J. Brouns, K. Severinov, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2011, 108, 10098.
43. B. Wiedenheft, E. van Duijn, J. B. Bultema, S. P. Waghmare, K. Zhou, A. Barendregt, W. Westphal, A. J. Heck, E. J. Boekema, M. J. Dickman, J. A. Doudna, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2011, 108, 10092.
44. E. Martinez-Garcia, P. I. Nikel, T. Aparicio, V. de Lorenzo, Microb. Cell Fact. 2014, 13, 159.
45. L. Cui, D. Bikard, Nucleic Acids Res. 2016, 44, 4243.
46. T. Su, F. Liu, P. Gu, H. Jin, Y. Chang, Q. Wang, Q. Liang, Q. Qi, Sci. Rep. 2016, 6, 37895.
47. D. J. Jin, C. A. Gross, J. Mol. Biol. 1988, 202, 45.
48. T. Jatsenko, A. Tover, R. Tegova, M. Kivisaar, Mutat. Res. 2010, 683, 106.
49. K. Blin, L. E. Pedersen, T. Weber, S. Y Lee, Synth. Syst. Biotech. 2016, 1, 118.
50. J. C. Oliveros, M. Franch, D. Tabas-Madrid, D. San-Leon, L. Montoliu, P. Cubas, F. Pazos, Nucleic Acids Res. 2016, 44, W267.
51. E. Martinez-Garcia, T. Aparicio, A. Goni-Moreno, S. Fraile, V. de Lorenzo, Nucleic Acids Res. 2015, 43, D1183.
52. R. Silva-Rocha, E. Martinez-Garcia, B. Calles, M. Chavarria, A. Arce-Rodriguez, A. de Las Heras, A. D. Paez-Espino, G. Durante-Rodriguez, J. Kim, P. I. Nikel, R. Platero, V. de Lorenzo, Nucleic Acids Res. 2013, 41, D666.