Increasing the Depth of Mass-Spectrometry-Based Structural Analysis of Protein Complexes through the Use of Multiple Cross-Linkers

Analytical Chemistry

Volumn 88, Issue 8, 2016, Pages 4461-4469

  Ding, Yue He ^a,b   Fan, Sheng Bo ^c   Li, Shuang ^a   Feng, Bo Ya ^d   Gao, Ning ^d   Ye, Keqiong ^a   He, Si Min ^c   Dong, Meng Qiu ^a,b  

^a NATIONAL INSTITUTE OF BIOLOGICAL SCIENCES   (China)

^b PEKING UNION MEDICAL COLLEGE   (China)

^c INSTITUTE OF COMPUTING TECHNOLOGY   (China)

^d TSINGHUA UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CROSSLINKING; ESCHERICHIA COLI; INFORMATION USE; MASS SPECTROMETRY; SPECTROMETRY; YEAST;

ARM STRUCTURES; CHEMICAL CROSS-LINKING; CROSS-LINKABLE; HYDROPHILIC SPACERS; LYSINE RESIDUES; PROTEIN COMPLEXES; SPATIAL PROXIMITY; STRUCTURAL INFORMATION;

PROTEINS;

CROSS LINKING REAGENT; PROTEIN;

CHEMISTRY; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR MODEL; PROCEDURES; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING;

CROSS-LINKING REAGENTS; MASS SPECTROMETRY; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; PROTEINS;

EID: 84966320565     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.6b00281     Document Type: Article

References (40)

1. Lasker, K.; Förster, F.; Bohn, S.; Walzthoeni, T.; Villa, E.; Unverdorben, P.; Beck, F.; Aebersold, R.; Sali, A.; Baumeister, W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 1380-1387 10.1073/pnas.1120559109
2. Kao, A.; Randall, A.; Yang, Y.; Patel, V. R.; Kandur, W.; Guan, S.; Rychnovsky, S. D.; Baldi, P.; Huang, L. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 1566-1577 10.1074/mcp.M112.018374
3. Kalisman, N.; Adams, C. M.; Levitt, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 2884-2889 10.1073/pnas.1119472109
4. Herzog, F.; Kahraman, A.; Boehringer, D.; Mak, R.; Bracher, A.; Walzthoeni, T.; Leitner, A.; Beck, M.; Hartl, F.-U.; Ban, N.; Malmstrom, L.; Aebersold, R. Science 2012, 337, 1348-1352 10.1126/science.1221483
5. Ciferri, C.; Lander, G. C.; Maiolica, A.; Herzog, F.; Aebersold, R.; Nogales, E. eLife 2012, 1, e00005, DOI: 10.7554/eLife.00005.
6. Yang, B.; Wu, Y. J.; Zhu, M.; Fan, S. B.; Lin, J.; Zhang, K.; Li, S.; Chi, H.; Li, Y. X.; Chen, H. F.; Luo, S. K.; Ding, Y. H.; Wang, L. H.; Hao, Z.; Xiu, L. Y.; Chen, S.; Ye, K.; He, S. M.; Dong, M. Q. Nat. Methods 2012, 9, 904-906 10.1038/nmeth.2099
7. Soares, D. C.; Bradshaw, N. J.; Zou, J.; Kennaway, C. K.; Hamilton, R. S.; Chen, Z. A.; Wear, M. A.; Blackburn, E. A.; Bramham, J.; Böttcher, B. et al. J. Biol. Chem. 2012, 287, 32381-32393 10.1074/jbc.M112.393439
8. Gong, Z.; Ding, Y.-H.; Dong, X.; Liu, N.; Zhang, E. E.; Dong, M.-Q.; Tang, C. Biophysics Reports 2015, 1-12 10.1007/s41048-015-0015-y
9. Fioramonte, M.; dos Santos, A. M.; McIIwain, S.; Noble, W. S.; Franchini, K. G.; Gozzo, F. C. Proteomics 2012, 12, 2746-2752 10.1002/pmic.201200040
10. Rozbesky, D.; Man, P.; Kavan, D.; Chmelik, J.; Cerny, J.; Bezouska, K.; Novak, P. Anal. Chem. 2012, 84, 867-870 10.1021/ac202818m
11. Petrotchenko, E. V.; Serpa, J. J.; Hardie, D. B.; Berjanskii, M.; Suriyamongkol, B. P.; Wishart, D. S.; Borchers, C. H. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, M111.013524 10.1074/mcp.M111.013524
12. Huang, B. X.; Kim, H.-Y. ACS Chem. Biol. 2012, 7, 387-394 10.1021/cb2003237
13. Zhang, J.-M.; Liu, X.-M.; Ding, Y.-H.; Xiong, L.-Y.; Ren, J.-Y.; Zhou, Z.-X.; Wang, H.-T.; Zhang, M.-J.; Yu, Y.; Dong, M.-Q.; Du, L.-L. PLoS Biol. 2014, 12, e1001946 10.1371/journal.pbio.1001946
14. Liu, X.-M.; Sun, L.-L.; Hu, W.; Ding, Y.-H.; Dong, M.-Q.; Du, L.-L. Mol. Cell 2015, 59, 1035-1042 10.1016/j.molcel.2015.07.034
15. Kahraman, A.; Herzog, F.; Leitner, A.; Rosenberger, G.; Aebersold, R.; Malmström, L. PLoS One 2013, 8, e73411 10.1371/journal.pone.0073411
16. Herzog, F.; Kahraman, A.; Boehringer, D.; Mak, R.; Bracher, A.; Walzthoeni, T.; Leitner, A.; Beck, M.; Hartl, F. U.; Ban, N.; Malmstrom, L.; Aebersold, R. Science 2012, 337, 1348-1352 10.1126/science.1221483
17. Plaschka, C.; Larivière, L.; Wenzeck, L.; Seizl, M.; Hemann, M.; Tegunov, D.; Petrotchenko, E.; Borchers, C.; Baumeister, W.; Herzog, F.; Villa, E.; Cramer, P. Nature 2015, 518, 376 10.1038/nature14229
18. Leitner, A.; Joachimiak, L. A.; Unverdorben, P.; Walzthoeni, T.; Frydman, J.; Förster, F.; Aebersold, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014, 111, 9455-9460 10.1073/pnas.1320298111
19. Novak, P.; Kruppa, G. H. Eur. Mass Spectrom. 2008, 14, 355 10.1255/ejms.963
20. Brodie, N. I.; Makepeace, K. A.; Petrotchenko, E. V.; Borchers, C. H. J. Proteomics 2015, 118, 12-20 10.1016/j.jprot.2014.08.012
21. Piotrowski, C.; Ihling, C. H.; Sinz, A. Methods 2015, 89, 121-127 10.1016/j.ymeth.2015.02.012
22. Li, S.; Duan, J.; Li, D.; Yang, B.; Dong, M.; Ye, K. Genes Dev. 2011, 25, 2409-2421 10.1101/gad.175299.111
23. Kahraman, A.; Malmström, L.; Aebersold, R. Bioinformatics 2011, 27, 2163-2164 10.1093/bioinformatics/btr348
24. Clifford-Nunn, B.; Showalter, H. H.; Andrews, P. C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23, 201-212 10.1007/s13361-011-0288-4
25. Merkley, E. D.; Rysavy, S.; Kahraman, A.; Hafen, R. P.; Daggett, V.; Adkins, J. N. Protein Sci. 2014, 23, 747-759 10.1002/pro.2458
26. Rappsilber, J. J. Struct. Biol. 2011, 173, 530-540 10.1016/j.jsb.2010.10.014
27. Case, D.; Berryman, J.; Betz, R.; Cerutti, D.; Cheatham, T., III; Darden, T.; Duke, R.; Giese, T.; Gohlke, H.; Goetz, A. et al., Amber 2015; University of California: San Francisco, 2015.
28. Meier, U. T. Chromosoma 2005, 114, 1-14 10.1007/s00412-005-0333-9
29. Matera, A. G.; Terns, R. M.; Terns, M. P. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007, 8, 209-220 10.1038/nrm2124
30. Kiss, T.; Fayet-Lebaron, E.; Jády, B. E. Mol. Cell 2010, 37, 597-606 10.1016/j.molcel.2010.01.032
31. Li, L.; Ye, K. Nature 2006, 443, 302-307 10.1038/nature05151
32. Koo, B.-K.; Park, C.-J.; Fernandez, C. F.; Chim, N.; Ding, Y.; Chanfreau, G.; Feigon, J. J. Mol. Biol. 2011, 411, 927-942 10.1016/j.jmb.2011.06.022
33. Gray, J. J.; Moughon, S.; Wang, C.; Schueler-Furman, O.; Kuhlman, B.; Rohl, C. A.; Baker, D. J. Mol. Biol. 2003, 331, 281-299 10.1016/S0022-2836(03)00670-3
34. Wang, C.; Bradley, P.; Baker, D. J. Mol. Biol. 2007, 373, 503-519 10.1016/j.jmb.2007.07.050
35. Dunkle, J. A.; Xiong, L.; Mankin, A. S.; Cate, J. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 17152-17157 10.1073/pnas.1007988107
36. Fischer, N.; Neumann, P.; Konevega, A. L.; Bock, L. V.; Ficner, R.; Rodnina, M. V.; Stark, H. Nature 2015, 520, 567 10.1038/nature14275
37. Unge, J.; Al-Karadaghi, S.; Liljas, A.; Jonsson, B.-H.; Eliseikina, I.; Ossina, N.; Nevskaya, N.; Fomenkova, N.; Garber, M.; Nikonov, S. FEBS Lett. 1997, 411, 53-59 10.1016/S0014-5793(97)00611-X
38. Diaconu, M.; Kothe, U.; Schlünzen, F.; Fischer, N.; Harms, J. M.; Tonevitsky, A. G.; Stark, H.; Rodnina, M. V.; Wahl, M. C. Cell 2005, 121, 991-1004 10.1016/j.cell.2005.04.015
39. Lauber, M. A.; Rappsilber, J.; Reilly, J. P. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 1965-1976 10.1074/mcp.M112.019562
40. Stelzl, U.; Connell, S.; Nierhaus, K. H.; Wittmann-Liebold, B. eLS 2001, 10.1038/npg.els.0002639