Quantitative dynamic imaging of immune cell signalling using lentiviral gene transfer

Integrative Biology (United Kingdom)

Volumn 7, Issue 6, 2015, Pages 713-725

  Bagnall, J ^a   Boddington, C ^a   Boyd, J ^a   Brignall, R ^a   Rowe, W ^a   Jones, N A ^a   Schmidt, L ^a   Spiller, D G ^a   White, M R H ^a   Paszek, P ^a  

^a UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HYPOXIA INDUCIBLE FACTOR 1ALPHA; IMMUNOGLOBULIN ENHANCER BINDING PROTEIN; LENTIVIRUS VECTOR; STAT PROTEIN; STAT1 PROTEIN; TRANSCRIPTION FACTOR NFAT; TRANSCRIPTION FACTOR RELA; TUMOR NECROSIS FACTOR ALPHA;

ANIMAL CELL; ARTICLE; CELL HETEROGENEITY; CELL MOTION; CELL SIZE; CELL STRUCTURE; CONTROLLED STUDY; CYTOPLASM; DIMERIZATION; EMBRYO; EXPRESSION VECTOR; GENE EXPRESSION; HUMAN; HUMAN CELL; IMAGE ANALYSIS; IMMUNOCOMPETENT CELL; JURKAT CELL LINE; MACROPHAGE; MAMMAL CELL; MOLECULAR IMAGING; MOUSE; NONHUMAN; OLIGOMERIZATION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN EXPRESSION; QUANTITATIVE ANALYSIS; REGULATORY MECHANISM; REPORTER GENE; SIGNAL TRANSDUCTION; SINGLE CELL ANALYSIS; SINGLE MOLECULE SPECTROSCOPY; SPECTROSCOPY; TIME LAPSE IMAGING; TRANSCRIPTOMICS; TRANSGENE; VIRAL GENE DELIVERY SYSTEM; WESTERN BLOTTING; ANIMAL; BIOLOGICAL MODEL; CELL LINE; CONFOCAL MICROSCOPY; CYTOLOGY; GENE TRANSFER; GENETICS; HEK293 CELL LINE; IMMUNE SYSTEM; IMMUNITY; IMMUNOLOGY; LENTIVIRINAE; METABOLISM; PROCEDURES; RAW 264.7 CELL LINE; VALIDATION STUDY;

MAMMALIA;

ANIMALS; CELL LINE; GENE TRANSFER TECHNIQUES; HEK293 CELLS; HUMANS; IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM PHENOMENA; JURKAT CELLS; LENTIVIRUS; MICE; MICROSCOPY, CONFOCAL; MODELS, IMMUNOLOGICAL; NFATC TRANSCRIPTION FACTORS; RAW 264.7 CELLS; SIGNAL TRANSDUCTION; SINGLE-CELL ANALYSIS; STAT TRANSCRIPTION FACTORS; TIME-LAPSE IMAGING; TRANSCRIPTION FACTOR RELA;

EID: 84930916877     PISSN: 17579694     EISSN: 17579708     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5ib00067j     Document Type: Article

References (67)

1. J. Stark C. Chan A. J. George Immunol. Rev. 2007 216 213 231
2. J. H. Levine Y. Lin M. B. Elowitz Science 2013 342 1193 1200
3. D. Muzzey A. van Oudenaarden Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 2009 25 301 327
4. D. G. Spiller C. D. Wood D. A. Rand M. R. White Nature 2010 465 736 745
5. I. Poser M. Sarov J. R. Hutchins J. K. Heriche Y. Toyoda A. Pozniakovsky D. Weigl A. Nitzsche B. Hegemann A. W. Bird L. Pelletier R. Kittler S. Hua R. Naumann M. Augsburg M. M. Sykora H. Hofemeister Y. Zhang K. Nasmyth K. P. White S. Dietzel K. Mechtler R. Durbin A. F. Stewart J. M. Peters F. Buchholz A. A. Hyman Nat. Methods 2008 5 409 415
6. M. Bibikova K. Beumer J. K. Trautman D. Carroll Science 2003 300 764
7. J. Boch Nat. Biotechnol. 2011 29 135 136
8. B. Chen L. A. Gilbert B. A. Cimini J. Schnitzbauer W. Zhang G. W. Li J. Park E. H. Blackburn J. S. Weissman L. S. Qi B. Huang Cell 2013 155 1479 1491
9. R. Mahen B. Koch M. Wachsmuth A. Z. Politi A. Perez-Gonzalez J. Mergenthaler Y. Cai J. Ellenberg Mol. Biol. Cell 2014 25 3610 3618
10. S. Froelich A. Tai P. Wang Immunopharmacol. Immunotoxicol. 2010 32 208 218
11. C. K. Payne Nanomedicine 2007 2 847 860
12. S. Wang L. J. Lee Biomicrofluidics 2013 7 11301
13. H. Koike-Yusa Y. Li E. P. Tan C. Velasco-Herrera Mdel K. Yusa Nat. Biotechnol. 2014 32 267 273
14. E. Warlich J. Kuehle T. Cantz M. H. Brugman T. Maetzig M. Galla A. A. Filipczyk S. Halle H. Klump H. R. Scholer C. Baum T. Schroeder A. Schambach Mol. Ther. 2011 19 782 789
15. N. Krupka P. Strappe J. Gotz L. M. Ittner Plasmid 2010 63 155 160
16. A. Follenzi L. Santambrogio A. Annoni Curr. Gene Ther. 2007 7 306 315
17. M. S. Hayden S. Ghosh Genes Dev. 2012 26 203 234
18. L. Ashall C. A. Horton D. E. Nelson P. Paszek C. V. Harper K. Sillitoe S. Ryan D. G. Spiller J. F. Unitt D. S. Broomhead D. B. Kell D. A. Rand V. See M. R. White Science 2009 324 242 246
19. D. E. Nelson A. E. C. Ihekwaba M. Elliott J. R. Johnson C. A. Gibney B. E. Foreman G. Nelson V. See C. A. Horton D. G. Spiller S. W. Edwards H. P. McDowell J. F. Unitt E. Sullivan R. Grimley N. Benson D. Broomhead D. B. Kell M. R. H. White Science 2004 306 704 708
20. S. Tay J. J. Hughey T. K. Lee T. Lipniacki S. R. Quake M. W. Covert Nature 2010 466 267 271
21. D. A. Turner P. Paszek D. J. Woodcock D. E. Nelson C. A. Horton Y. Wang D. G. Spiller D. A. Rand M. R. White C. V. Harper J. Cell Sci. 2010 123 2834 2843
22. L. M. Kingeter S. Paul S. K. Maynard N. G. Cartwright B. C. Schaefer J. Immunol. 2010 185 4520 4524
23. J. Bagnall J. Leedale S. E. Taylor D. G. Spiller M. R. White K. J. Sharkey R. N. Bearon V. See J. Biol. Chem. 2014 289 5549 5564
24. N. Yissachar T. Sharar Fischler A. A. Cohen S. Reich-Zeliger D. Russ E. Shifrut Z. Porat N. Friedman Mol. Cell 2013 49 322 330
25. N. C. Reich L. Liu Nat. Rev. Immunol. 2006 6 602 612
26. F. Marangoni T. T. Murooka T. Manzo E. Y. Kim E. Carrizosa N. M. Elpek T. R. Mempel Immunity 2013 38 237 249
27. M.-H. Sung, N. Li, Q. Lao, R. A. Gottschalk, G. L. Hager and I. D. C. Fraser, Switching of the Relative Dominance Between Feedback Mechanisms in Lipopolysaccharide-Induced NF-κB Signaling, 2014
28. G. K. Geiss R. E. Bumgarner B. Birditt T. Dahl N. Dowidar D. L. Dunaway H. P. Fell S. Ferree R. D. George T. Grogan J. J. James M. Maysuria J. D. Mitton P. Oliveri J. L. Osborn T. Peng A. L. Ratcliffe P. J. Webster E. H. Davidson L. Hood K. Dimitrov Nat. Biotechnol. 2008 26 317 325
29. M. Batish A. Raj S. Tyagi Methods Mol. Biol. 2011 714 3 13
30. S. A. Kim K. G. Heinze P. Schwille Nat. Methods 2007 4 963 973
31. C. Lois E. J. Hong S. Pease E. J. Brown D. Baltimore Science 2002 295 868 872
32. S. Sanjabi K. J. Williams S. Saccani L. Zhou A. Hoffmann G. Ghosh S. Gerondakis G. Natoli S. T. Smale Genes Dev. 2005 19 2138 2151
33. H. Kuroda R. H. Kutner N. G. Bazan J. Reiser J. Virol. Methods 2009 157 113 121
34. G. Rabut J. Ellenberg J. Microsc. 2004 216 131 137
35. H. Shen G. Nelson D. E. Nelson S. Kennedy D. G. Spiller T. Griffiths N. Paton S. G. Oliver M. R. White D. B. Kell J. R. Soc., Interface 2006 3 787 794
36. C. J. Du M. Marcello D. G. Spiller M. R. White T. Bretschneider Cytometry, Part A 2010 77 1137 1147
37. T. Hubbard D. Barker E. Birney G. Cameron Y. Chen L. Clark T. Cox J. Cuff V. Curwen T. Down R. Durbin E. Eyras J. Gilbert M. Hammond L. Huminiecki A. Kasprzyk H. Lehvaslaiho P. Lijnzaad C. Melsopp E. Mongin R. Pettett M. Pocock S. Potter A. Rust E. Schmidt S. Searle G. Slater J. Smith W. Spooner A. Stabenau J. Stalker E. Stupka A. Ureta-Vidal I. Vastrik M. Clamp Nucleic Acids Res. 2002 30 38 41
38. C. Trapnell L. Pachter S. L. Salzberg Bioinformatics 2009 25 1105 1111
39. Y. Liao G. K. Smyth W. Shi Bioinformatics 2014 30 923 930
40. M. D. Robinson D. J. McCarthy G. K. Smyth Bioinformatics 2010 26 139 140
41. G. Dennis, Jr. B. T. Sherman D. A. Hosack J. Yang W. Gao H. C. Lane R. A. Lempicki Genome Biol. 2003 4 P3
42. F. Supek M. Bosnjak N. Skunca T. Smuc PLoS One 2011 6 e21800
43. N. Dross C. Spriet M. Zwerger G. Muller W. Waldeck J. Langowski PLoS One 2009 4 e5041
44. P. O. Gendron F. Avaltroni K. J. Wilkinson J. Fluoresc. 2008 18 1093 1101
45. Y. H. Foo N. Naredi-Rainer D. C. Lamb S. Ahmed T. Wohland Biophys. J. 2012 102 1174 1183
46. T. Dull R. Zufferey M. Kelly R. J. Mandel M. Nguyen D. Trono L. Naldini J. Virol. 1998 72 8463 8471
47. F. Katzen Expert Opin. Drug Discovery 2007 2 571 589
48. N. C. Shaner P. A. Steinbach R. Y. Tsien Nat. Methods 2005 2 905 909
49. R. Ando H. Mizuno A. Miyawaki Science 2004 306 1370 1373
50. D. M. Chudakov S. Lukyanov K. A. Lukyanov Nat. Protoc. 2007 2 2024 2032
51. T. P. Hopp K. S. Prickett V. L. Price R. T. Libby C. J. March D. Pat Cerretti D. L. Urdal P. J. Conlon Nat. Biotechnol. 1988 6 1204 1210
52. C. R. Raetz C. M. Reynolds M. S. Trent R. E. Bishop Annu. Rev. Biochem. 2007 76 295 329
53. B. Tian D. E. Nowak A. R. Brasier BMC Genomics 2005 6 137
54. S. Hao D. Baltimore Nat. Immunol. 2009 10 281 288
55. G. Lahav N. Rosenfeld A. Sigal N. Geva-Zatorsky A. J. Levine M. B. Elowitz U. Alon Nat. Genet. 2004 36 147 150
56. M. S. Hayden S. Ghosh Cell 2008 132 344 362
57. P. Paszek S. Ryan L. Ashall K. Sillitoe C. V. Harper D. G. Spiller D. A. Rand M. R. White Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 11644 11649
58. G. Natoli FEBS Lett. 2006 580 2843 2849
59. R. E. Lee S. R. Walker K. Savery D. A. Frank S. Gaudet Mol. Cell 2014 53 867 879
60. J. Braunstein S. Brutsaert R. Olson C. Schindler J. Biol. Chem. 2003 278 34133 34140
61. N. Soto-Nieves I. Puga B. T. Abe S. Bandyopadhyay I. Baine A. Rao F. Macian J. Exp. Med. 2009 206 867 876
62. P. Chene Oncogene 2001 20 2611 2617
63. Y. Chen J. D. Muller P. T. So E. Gratton Biophys. J. 1999 77 553 567
64. A. Kimura T. Naka T. Muta O. Takeuchi S. Akira I. Kawase T. Kishimoto Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 17089 17094
65. H. B. Chi S. P. Barry R. J. Roth J. J. Wu E. A. Jones A. M. Bennettt R. A. Flavell Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 2274 2279
66. C. Farnier S. Krief M. Blache F. Diot-Dupuy G. Mory P. Ferre R. Bazin Int. J. Obes. Relat. Metab. Disord. 2003 27 1178 1186
67. S. P. Acebron E. Karaulanov B. S. Berger Y. L. Huang C. Niehrs Mol. Cell 2014 54 663 674