Tandem trimer pyrrole-imidazole polyamide probes targeting 18 base pairs in human telomere sequences

Chemical Science

Volumn 6, Issue 4, 2015, Pages 2307-2312

  Kawamoto, Yusuke ^a   Sasaki, Asuka ^b   Hashiya, Kaori ^a   Ide, Satoru ^b   Bando, Toshikazu ^a   Maeshima, Kazuhiro ^b   Sugiyama, Hiroshi ^a,c  

^a KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

^b GRADUATE UNIVERSITY FOR ADVANCED STUDIES   (Japan)

^c KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; CHROMOSOMES; DNA; DNA SEQUENCES; FLUORESCENCE; GENE EXPRESSION; MOLECULES; OLIGOMERS; POLYAMIDES; PROBES;

BACKGROUND SIGNALS; BINDING AFFINITIES; FLUORESCENT DYES; HUMAN TELOMERE SEQUENCES; N-METHYLIMIDAZOLE; PYRROLE-IMIDAZOLE POLYAMIDES; SEQUENCE-SPECIFIC MANNER; UV-VISIBLE ABSORPTION;

ORGANIC POLYMERS;

EID: 84925004231     PISSN: 20416520     EISSN: 20416539     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4sc03755c     Document Type: Article

References (46)

1. E. H. Blackburn Angew. Chem., Int. Ed. 2010 49 7405 7421
2. J. Nandakumar T. R. Cech Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2013 14 69 82
3. G. Biffi D. Tannahill J. McCafferty S. Balasubramanian Nat. Chem. 2013 5 182 186
4. Y. Doksani J. Y. Wu T. de Lange X. Zhuang Cell 2013 155 345 356
5. V. A. Zakian Exp. Cell Res. 2012 318 1456 1460
6. A. Smogorzewska T. de Lange Annu. Rev. Biochem. 2004 73 177 208
7. A. Smogorzewska B. van Steensel A. Bianchi S. Oelmann M. R. Schaefer G. Schnapp T. de Lange Mol. Cell. Biol. 2000 20 1659 1668
8. A. S. Boutorine D. S. Novopashina O. A. Krasheninina K. Nozeret A. G. Venyaminova Molecules 2013 18 15357 15397
9. P. M. Lansdorp N. P. Verwoerd F. M. van de Rijke V. Dragowska M. T. Little R. W. Dirks A. K. Raap H. J. Tanke Hum. Mol. Genet. 1996 5 685 691
10. J. W. Trauger E. E. Baird P. B. Dervan Nature 1996 382 559 561
11. S. White J. W. Szewczyk J. M. Turner E. E. Baird P. B. Dervan Nature 1998 391 468 471
12. P. B. Dervan Bioorg. Med. Chem. 2001 9 2215 2235
13. P. B. Dervan B. S. Edelson Curr. Opin. Struct. Biol. 2003 13 284 299
14. P. B. Dervan R. M. Doss M. A. Marques Curr. Med. Chem.: Anti-Cancer Agents 2005 5 373 387
15. M. S. Blackledge C. Melander Bioorg. Med. Chem. 2013 21 6101 6114
16. D. M. Herman E. E. Baird P. B. Dervan J. Am. Chem. Soc. 1998 120 1382 1391
17. S. E. Swalley E. E. Baird P. B. Dervan J. Am. Chem. Soc. 1999 121 1113 1120
18. N. R. Wurtz J. M. Turner E. E. Baird P. B. Dervan Org. Lett. 2001 3 1201 1203
19. J. W. Trauger E. E. Baird M. Mrksich P. B. Dervan J. Am. Chem. Soc. 1996 118 6160 6166
20. J. W. Trauger E. E. Baird P. B. Dervan J. Am. Chem. Soc. 1998 120 3534 3535
21. M. Mrksich M. E. Parks P. B. Dervan J. Am. Chem. Soc. 1994 116 7983 7988
22. R. P. L. de Clairac B. H. Geierstanger M. Mrksich P. B. Dervan D. E. Wemmer J. Am. Chem. Soc. 1997 119 7909 7916
23. D. M. Herman J. M. Turner E. E. Baird P. B. Dervan J. Am. Chem. Soc. 1999 121 1121 1129
24. D. M. Chenoweth P. B. Dervan J. Am. Chem. Soc. 2010 132 14521 14529
25. H. Morinaga T. Bando T. Takagaki H. Yamamoto K. Hashiya H. Sugiyama J. Am. Chem. Soc. 2011 133 18924 18930
26. B. C. Li D. C. Montgomery J. W. Puckett P. B. Dervan J. Org. Chem. 2013 78 124 133
27. T. Bando H. Sugiyama Acc. Chem. Res. 2006 39 935 944
28. X. Xiao P. Yu H. S. Lim D. Sikder T. Kodadek Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 2865 2868
29. J. L. Meier A. S. Yu I. Korf D. J. Segal P. B. Dervan J. Am. Chem. Soc. 2012 134 17814 17822
30. T. Vaijayanthi T. Bando G. N. Pandian H. Sugiyama ChemBioChem 2012 13 2170 2185
31. I. Singh C. Wendeln A. W. Clark J. M. Cooper B. J. Ravoo G. A. Burley J. Am. Chem. Soc. 2013 135 3449 3457
32. G. N. Pandian J. Taniguchi S. Junetha S. Sato L. Han A. Saha C. Anandhkumar T. Bando H. Nagase T. Vaijayanthi R. D. Taylor H. Sugiyama Sci. Rep. 2014 4 3843
33. P. Weyermann P. B. Dervan J. Am. Chem. Soc. 2002 124 6872 6876
34. A. T. Poulin-Kerstien P. B. Dervan J. Am. Chem. Soc. 2003 125 15811 15821
35. M. Yamamoto T. Bando H. Morinaga Y. Kawamoto K. Hashiya H. Sugiyama Chem.-Eur. J. 2014 20 752 759
36. D. M. Herman E. E. Baird P. B. Dervan Chem.-Eur. J. 1999 5 975 983
37. I. Kers P. B. Dervan Bioorg. Med. Chem. 2002 10 3339 3349
38. T. D. Schaal W. G. Mallet D. L. McMinn N. V. Nguyen M. M. Sopko S. John B. S. Parekh Nucleic Acids Res. 2003 31 1282 1291
39. S. Sasaki T. Bando M. Minoshima K. Shinohara H. Sugiyama Chem.-Eur. J. 2008 14 864 870
40. K. Maeshima S. Janssen U. K. Laemmli EMBO J. 2001 20 3218 3228
41. Y. Kawamoto T. Bando F. Kamada Y. Li K. Hashiya K. Maeshima H. Sugiyama J. Am. Chem. Soc. 2013 135 16468 16477
42. A. Hirata K. Nokihara Y. Kawamoto T. Bando A. Sasaki S. Ide K. Maeshima T. Kasama H. Sugiyama J. Am. Chem. Soc. 2014 136 11546 11554
43. M. Yamamoto T. Bando Y. Kawamoto R. D. Taylor K. Hashiya H. Sugiyama Bioconjugate Chem. 2014 25 552 559
44. R. D. Taylor Y. Kawamoto K. Hashiya T. Bando H. Sugiyama Chem.-Asian J. 2014 9 2527 2533
45. V. C. Rucker A. R. Dunn S. Sharma P. B. Dervan H. B. Gray J. Phys. Chem. B 2004 108 7490 7494
46. E. R. Lacy N. M. Le C. A. Price M. Lee W. D. Wilson J. Am. Chem. Soc. 2002 124 2153 2163