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Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 17, Issue 9, 2015, Pages 6155-6173

Simple, yet powerful methodologies for conformational sampling of proteins

(4) Harada, Ryuhei a,b Takano, Yu b,c Baba, Takeshi c Shigeta, Yasuteru a,b

a UNIVERSITY OF TSUKUBA (Japan)

b JAPAN SCIENCE AND TECHNOLOGY AGENCY (Japan)

c OSAKA UNIVERSITY (Japan)

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PROTEIN;

CHEMISTRY; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN CONFORMATION;

MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PROTEIN CONFORMATION; PROTEINS;

EID: 84923347918 PISSN: 14639076 EISSN: None Source Type: Journal
DOI: 10.1039/c4cp05262e Document Type: Review

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- Case, T.A.D.D.A.¹ Cheatham, T.E.² Simmerling, C.L.³ Wang, J.⁴ Duke, R.E.⁵ Walker, R.C.⁶ Luo, R.⁷ Zhang, W.⁸ Merz, K.M.⁹ Roberts, B.¹⁰ Wang, B.¹¹ Hayik, S.¹² Roitberg, A.¹³ Seabra, I.K.G.¹⁴ Wong, K.F.¹⁵ Paesani, F.¹⁶ Vanicek, J.¹⁷ Liu, J.¹⁸ Wu, X.¹⁹ Brozell, S.R.²⁰ more..

70
- 33748518255
- V. Hornak R. Abel A. Okur B. Strockbine A. Roitberg C. Simmerling Proteins: Struct., Funct., Genet. 2006 65 712
- (2006) Proteins: Struct., Funct., Genet. , vol.65 , pp. 712
- Hornak, V.¹ Abel, R.² Okur, A.³ Strockbine, B.⁴ Roitberg, A.⁵ Simmerling, C.⁶

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- 33750587438
- H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. Vangunsteren A. Dinola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684
- (1984) J. Chem. Phys. , vol.81 , pp. 3684
- Berendsen, H.J.C.¹ Postma, J.P.M.² Vangunsteren, W.F.³ Dinola, A.⁴ Haak, J.R.⁵

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- 0030595368
- C. D. Hsiao Y. J. Sun J. Rose B. C. Wang J. Mol. Biol. 1996 262 225
- (1996) J. Mol. Biol. , vol.262 , pp. 225
- Hsiao, C.D.¹ Sun, Y.J.² Rose, J.³ Wang, B.C.⁴

73
- 0032562651
- Y. J. Sun J. Rose B. C. Wang C. D. Hsiao J. Mol. Biol. 1998 278 219
- (1998) J. Mol. Biol. , vol.278 , pp. 219
- Sun, Y.J.¹ Rose, J.² Wang, B.C.³ Hsiao, C.D.⁴

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- D. A. Silva G. R. Bowman A. Sosa-Peinado X. H. Huang PLoS Comput. Biol. 2011 7 e1002054
- (2011) PLoS Comput. Biol. , vol.7 , pp. e1002054
- Silva, D.A.¹ Bowman, G.R.² Sosa-Peinado, A.³ Huang, X.H.⁴

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- H. X. Kondo N. Okimoto G. Morimoto M. Taiji J. Phys. Chem. B 2011 115 7629
- (2011) J. Phys. Chem. B , vol.115 , pp. 7629
- Kondo, H.X.¹ Okimoto, N.² Morimoto, G.³ Taiji, M.⁴

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- 84906270829
- J. H. Peng Z. Y. Zhang J. Chem. Theory Comput. 2014 10 3449
- (2014) J. Chem. Theory Comput. , vol.10 , pp. 3449
- Peng, J.H.¹ Zhang, Z.Y.²

77
- 0021024812
- H. Okada S. Negoro H. Kimura S. Nakamura Nature 1983 306 203
- (1983) Nature , vol.306 , pp. 203
- Okada, H.¹ Negoro, S.² Kimura, H.³ Nakamura, S.⁴

78
- 14844282008
- S. Negoro Biopolymers 2002 9 395
- (2002) Biopolymers , vol.9 , pp. 395
- Negoro, S.¹

79
- 79955482182
- T. Baba K. Kamiya T. Matsui N. Shibata Y. Higuchi T. Kobayashi S. Negoro Y. Shigeta Chem. Phys. Lett. 2011 507 157
- (2011) Chem. Phys. Lett. , vol.507 , pp. 157
- Baba, T.¹ Kamiya, K.² Matsui, T.³ Shibata, N.⁴ Higuchi, Y.⁵ Kobayashi, T.⁶ Negoro, S.⁷ Shigeta, Y.⁸

80
- 84922145260
- H. Ando Y. Shigeta T. Baba C. Watanabe Y. Okiyama Y. Mochizuki M. Nakano Mol. Phys. 2014 10.1080/00268976.2014.941311
- (2014) Mol. Phys.
- Ando, H.¹ Shigeta, Y.² Baba, T.³ Watanabe, C.⁴ Okiyama, Y.⁵ Mochizuki, Y.⁶ Nakano, M.⁷

81
- 84898078767
- K. Kamiya T. Baba M. Boero T. Matsui S. Negoro Y. Shigeta J. Phys. Chem. Lett. 2014 5 1210
- (2014) J. Phys. Chem. Lett. , vol.5 , pp. 1210
- Kamiya, K.¹ Baba, T.² Boero, M.³ Matsui, T.⁴ Negoro, S.⁵ Shigeta, Y.⁶

82
- 84900477708
- T. Baba R. Harada M. Nakano Y. Shigeta J. Comput. Chem. 2014 35 1240
- (2014) J. Comput. Chem. , vol.35 , pp. 1240
- Baba, T.¹ Harada, R.² Nakano, M.³ Shigeta, Y.⁴

83
- 84963976914
- T. Baba M. Boero K. Kamiya H. Ando S. Negoro M. Nakano Y. Shigeta Phys. Chem. Chem. Phys. 2015 17 4492
- (2015) Phys. Chem. Chem. Phys. , vol.17 , pp. 4492
- Baba, T.¹ Boero, M.² Kamiya, K.³ Ando, H.⁴ Negoro, S.⁵ Nakano, M.⁶ Shigeta, Y.⁷

84
- 34249309235
- S. Negoro T. Ohki N. Shibata K. Sasa H. Hayashi H. Nakano K. Yasuhira D. I. Kato M. Takeo Y. Higuchi J. Mol. Biol. 2007 370 142
- (2007) J. Mol. Biol. , vol.370 , pp. 142
- Negoro, S.¹ Ohki, T.² Shibata, N.³ Sasa, K.⁴ Hayashi, H.⁵ Nakano, H.⁶ Yasuhira, K.⁷ Kato, D.I.⁸ Takeo, M.⁹ Higuchi, Y.¹⁰

85
- 64149121651
- Y. Kawashima T. Ohki N. Shibata Y. Higuchi Y. Wakitani Y. Matsuura Y. Nakata M. Takeo D. Kato S. Negoro FEBS J. 2009 276 2547
- (2009) FEBS J. , vol.276 , pp. 2547
- Kawashima, Y.¹ Ohki, T.² Shibata, N.³ Higuchi, Y.⁴ Wakitani, Y.⁵ Matsuura, Y.⁶ Nakata, Y.⁷ Takeo, M.⁸ Kato, D.⁹ Negoro, S.¹⁰

86
- 84862614975
- University of California, San Francisco
- T. A. D. D. A. Case, T. E. Cheatham III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. C. Walker, R. Luo, W. Zhang, K. M. Merz, B. Roberts, B. Wang, S. Hayik, A. Roitberg, I. K. G. Seabra, K. F. Wong, F. Paesani, J. Vanicek, J. Liu, X. Wu, S. R. Brozell, H. G. T. Steinbrecher, Q. Cai, X. Ye, J. Wang, M.-J. Hsieh, G. Cui, D. R. Roe, D. H. Mathews, M. G. Seetin, C. Sagui, V. Babin, T. Luchko, S. Gusarov, A. Kovalenko and P. A. Kollman, AMBER 12, University of California, San Francisco, 2012
- (2012) AMBER 12
- Case, T.A.D.D.A.¹ Cheatham, T.E.² Simmerling, C.L.³ Wang, J.⁴ Duke, R.E.⁵ Walker, R.C.⁶ Luo, R.⁷ Zhang, W.⁸ Merz, K.M.⁹ Roberts, B.¹⁰ Wang, B.¹¹ Hayik, S.¹² Roitberg, A.¹³ Seabra, I.K.G.¹⁴ Wong, K.F.¹⁵ Paesani, F.¹⁶ Vanicek, J.¹⁷ Liu, J.¹⁸ Wu, X.¹⁹ Brozell, S.R.²⁰ more..

87
- 0001398008
- J. M. Wang P. Cieplak P. A. Kollman J. Comput. Chem. 2000 21 1049
- (2000) J. Comput. Chem. , vol.21 , pp. 1049
- Wang, J.M.¹ Cieplak, P.² Kollman, P.A.³

88
- 4143145167
- S. Honda K. Yamasaki Y. Sawada H. Morii Structure 2004 12 1507
- (2004) Structure , vol.12 , pp. 1507
- Honda, S.¹ Yamasaki, K.² Sawada, Y.³ Morii, H.⁴

89
- 19644381706
- T. K. Chiu J. Kubelka R. Herbst-Irmer W. A. Eaton J. Hofrichter D. R. Davies Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 7517
- (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. , vol.102 , pp. 7517
- Chiu, T.K.¹ Kubelka, J.² Herbst-Irmer, R.³ Eaton, W.A.⁴ Hofrichter, J.⁵ Davies, D.R.⁶

90
- 0242663237
- Y. Duan C. Wu S. Chowdhury M. C. Lee G. M. Xiong W. Zhang R. Yang P. Cieplak R. Luo T. Lee J. Caldwell J. M. Wang P. Kollman J. Comput. Chem. 2003 24 1999
- (2003) J. Comput. Chem. , vol.24 , pp. 1999
- Duan, Y.¹ Wu, C.² Chowdhury, S.³ Lee, M.C.⁴ Xiong, G.M.⁵ Zhang, W.⁶ Yang, R.⁷ Cieplak, P.⁸ Luo, R.⁹ Lee, T.¹⁰ Caldwell, J.¹¹ Wang, J.M.¹² Kollman, P.¹³

91
- 34247639441
- H. X. Lei C. Wu H. G. Liu Y. Duan Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 4925
- (2007) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. , vol.104 , pp. 4925
- Lei, H.X.¹ Wu, C.² Liu, H.G.³ Duan, Y.⁴

92
- 33646947896
- D. Satoh K. Shimizu S. Nakamura T. Terada FEBS Lett. 2006 580 3422
- (2006) FEBS Lett. , vol.580 , pp. 3422
- Satoh, D.¹ Shimizu, K.² Nakamura, S.³ Terada, T.⁴

93
- 84859910432
- P. Kuhrova A. De Simone M. Otyepka R. B. Best Biophys. J. 2012 102 1897
- (2012) Biophys. J. , vol.102 , pp. 1897
- Kuhrova, P.¹ De Simone, A.² Otyepka, M.³ Best, R.B.⁴

94
- 84923294846
- T. Nakamura Y. Kamidori S. Wakabayashi N. Yoshida IPSJ Journal Database 2005 46 40
- (2005) IPSJ Journal Database , vol.46 , pp. 40
- Nakamura, T.¹ Kamidori, Y.² Wakabayashi, S.³ Yoshida, N.⁴

95
- 84923337818
- IEEE Computer Press. SWOD, 2006
- T. Nakamura, Y. Kamidoi, S. Wakabayashi and N. Yoshida, IEEE Computer Press. SWOD, 2006
- Nakamura, T.¹ Kamidoi, Y.² Wakabayashi, S.³ Yoshida, N.⁴

96
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- IEEE Computer Press. Proc. on RIDE-SDMA, 2005
- T. Nakamura, Y. Kamidoi, S. Wakabayashi and N. Yoshida, IEEE Computer Press. Proc. on RIDE-SDMA, 2005
- Nakamura, T.¹ Kamidoi, Y.² Wakabayashi, S.³ Yoshida, N.⁴

97
- 84923350667
- IEEE Computer Press. Proc. on SWOD, 2005
- T. Nakamura, Y. Kamidoi, S. Wakabayashi and N. Yoshida, IEEE Computer Press. Proc. on SWOD, 2005
- Nakamura, T.¹ Kamidoi, Y.² Wakabayashi, S.³ Yoshida, N.⁴

98
- 77950388103
- A. Reiner P. Henklein T. Kiefhaber Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 4955
- (2010) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. , vol.107 , pp. 4955
- Reiner, A.¹ Henklein, P.² Kiefhaber, T.³

99
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- A. M. Fraser H. L. Swinney Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1986 33 1134
- (1986) Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. , vol.33 , pp. 1134
- Fraser, A.M.¹ Swinney, H.L.²

100
- 0028416938
- P. Comon Signal Process. 1994 36 287
- (1994) Signal Process. , vol.36 , pp. 287
- Comon, P.¹

101
- 34247338100
- J. D. Chodera N. Singhal V. S. Pande K. A. Dill W. C. Swope J. Chem. Phys. 2007 126 155101
- (2007) J. Chem. Phys. , vol.126 , pp. 155101
- Chodera, J.D.¹ Singhal, N.² Pande, V.S.³ Dill, K.A.⁴ Swope, W.C.⁵

102
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- A. C. Pan B. Roux J. Chem. Phys. 2008 129 064107
- (2008) J. Chem. Phys. , vol.129 , pp. 064107
- Pan, A.C.¹ Roux, B.²

103
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- J. H. Prinz J. D. Chodera V. S. Pande W. C. Swope J. C. Smith F. Noe J. Chem. Phys. 2011 134 244108
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- Prinz, J.H.¹ Chodera, J.D.² Pande, V.S.³ Swope, W.C.⁴ Smith, J.C.⁵ Noe, F.⁶

104
- 80053254053
- J. H. Prinz B. Keller F. Noe Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 16912
- (2011) Phys. Chem. Chem. Phys. , vol.13 , pp. 16912
- Prinz, J.H.¹ Keller, B.² Noe, F.³

105
- 79957488000
- J. H. Prinz H. Wu M. Sarich B. Keller M. Senne M. Held J. D. Chodera C. Schutte F. Noe J. Chem. Phys. 2011 134 174105
- (2011) J. Chem. Phys. , vol.134 , pp. 174105
- Prinz, J.H.¹ Wu, H.² Sarich, M.³ Keller, B.⁴ Senne, M.⁵ Held, M.⁶ Chodera, J.D.⁷ Schutte, C.⁸ Noe, F.⁹

106
- 84900548447
- J. D. Chodera F. Noe Curr. Opin. Struct. Biol. 2014 25 135
- (2014) Curr. Opin. Struct. Biol. , vol.25 , pp. 135
- Chodera, J.D.¹ Noe, F.²

107
- 0037085922
- L. Rosso P. Minary Z. W. Zhu M. E. Tuckerman J. Chem. Phys. 2002 116 4389
- (2002) J. Chem. Phys. , vol.116 , pp. 4389
- Rosso, L.¹ Minary, P.² Zhu, Z.W.³ Tuckerman, M.E.⁴

108
- 84923370024
- T. Morishita S. G. Itoh H. Okumura M. Mikami Phys. Rev. E 2012 85 064107
- (2012) Phys. Rev. e , vol.85 , pp. 064107
- Morishita, T.¹ Itoh, S.G.² Okumura, H.³ Mikami, M.⁴

109
- 84877697699
- T. Morishita S. G. Itoh H. Okumura M. Mikami J. Comput. Chem. 2013 34 1375
- (2013) J. Comput. Chem. , vol.34 , pp. 1375
- Morishita, T.¹ Itoh, S.G.² Okumura, H.³ Mikami, M.⁴

* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.