The fast-folding mechanism of villin headpiece subdomain studied by multiscale distributed computing

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 1, 2012, Pages 290-299

  Harada, Ryuhei ^a,b   Kitao, Akio ^a,b  

^a UNIVERSITY OF TOKYO   (Japan)

^b JAPAN SCIENCE AND TECHNOLOGY AGENCY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84855655709     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct200363h     Document Type: Article

References (67)

1. Bevivino, A. E.; Loll, P. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001, 98, 11955-11960
2. Cooper, J. K.; Schilling, G.; Peters, M. F.; Herring, W. J.; Sharp, A. H.; Kaminsky, Z.; Masone, J.; Khan, F. A.; Delanoy, M.; Borchelt, D. R.; Dawson, V. L.; Dawson, T. M.; Ross, C. A. Hum. Mol. Genet. 1998, 7, 783-790
3. Georgalis, Y.; Starikov, E. B.; Hollenbach, B.; Lurz, R.; Scherzinger, E.; Saenger, W.; Lehrach, H.; Wanker, E. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998, 95, 6118-6121
4. Scherzinger, E.; Lurz, R.; Turmaine, M.; Mangiarini, L.; Hollenbach, B.; Hasenbank, R.; Bates, G. P.; Davies, S. W.; Lehrach, H.; Wanker, E. E. Cell 1997, 90, 549-558
5. Singer, S. J.; Dewji, N. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 1546-1550
6. Satoh, D.; Shimizu, K.; Nakamura, S.; Terada, T. FEBS Lett. 2006, 580, 3422-3426
7. Suenaga, A.; Narumi, T.; Futatsugi, N.; Yanai, R.; Ohno, Y.; Okimoto, N.; Taiji, M. Chem. - Asian J. 2007, 2, 591-598
8. Juraszek, J.; Bolhuis, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 15859-15864
9. Zhou, R. H. Proteins: Struc., Funct., Genet. 2003, 53, 148-161
10. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740-744
11. Freddolino, P. L.; Schulten, K. Biophys. J. 2009, 97, 2338-2347
12. Lei, H. X.; Duan, Y. J. Mol. Biol. 2007, 370, 196-206
13. Lei, H. X.; Wu, C.; Liu, H. G.; Duan, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 4925-4930
14. Nakajima, N.; Nakamura, H.; Kidera, A. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 817-824
15. Hansmann, U. H. E.; Okamoto, Y.; Eisenmenger, F. Chem. Phys. Lett. 1996, 259, 321-330
16. Hukushima, K.; Nemoto, K. J. Phys. Soc. Jpn. 1996, 65, 1604-1608
17. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141-151
18. Metropolis, N.; Rosenbluth, A. W.; Rosenbluth, M. N.; Teller, A. H.; Teller, E. J. Chem. Phys. 1953, 21, 1087-1092
19. Sugita, Y.; Kitao, A.; Okamoto, Y. J. Chem. Phys. 2000, 113, 6042-6051
20. Bolhuis, P. G.; Juraszek, J. Biophys. J. 2010, 98, 646-656
21. Laio, A.; Gervasio, F. L. Rep. Prog. Phys. 2008, 71
22. Wang, F. G.; Landau, D. P. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 2050-2053
23. Dellago, C.; Grunwald, M. J. Chem. Phys. 2007, 127
24. Garcia, A. E.; Onuchic, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 13898-13903
25. Gnanakaran, S.; Nymeyer, H.; Portman, J.; Sanbonmatsu, K. Y.; Garcia, A. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 168-174
26. Jang, S.; Kim, E.; Pak, Y. J. Chem. Phys. 2008, 128, 105102
27. Zhang, J.; Qin, M.; Wang, W. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006, 62, 672-685
28. Kitao, A. J. Chem. Phys. 2011, 135, 045101
29. Harada, R.; Kitao, A. Chem. Phys. Lett. 2011, 503, 145-152
30. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. Chem. Phys. Lett. 1974, 28, 578-581
31. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187-199
32. Ferrenberg, A. M.; Swendsen, R. H. Phys. Rev. Lett. 1989, 63, 1195-1198
33. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021
34. Souaille, M.; Roux, B. Comput. Phys. Commun. 2001, 135, 40-57
35. Harada, R.; Kitao, A. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 8806-8812
36. Tang, Y. F.; Grey, M. J.; McKnight, J.; Palmer, A. G.; Raleigh, D. P. J. Mol. Biol. 2006, 355, 1066-1077
37. Vardar, D.; Chishti, A. H.; Frank, B. S.; Luna, E. J.; Noegel, A. A.; Oh, S. W.; Schleicher, M.; McKnight, C. J. Cell Motil. Cytoskeleton 2002, 52, 9-21
38. Chiu, T. K.; Kubelka, J.; Herbst-Irmer, R.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J.; Davies, D. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 7517-7522
39. McKnight, C. J.; Matsudaira, P. T.; Kim, P. S. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 180-184
40. Kubelka, J.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. J. Mol. Biol. 2003, 329, 625-630
41. Kubelka, J.; Chiu, T. K.; Davies, D. R.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. J. Mol. Biol. 2006, 359, 546-553
42. Frank, B. S.; Vardar, D.; Buckley, D. A.; McKnight, C. J. Protein Sci. 2002, 11, 680-687
43. Lei, H.; Deng, X.; Wang, Z.; Duan, Y. J. Chem. Phys. 2008, 129, 155104
44. Piana, S.; Laio, A.; Marinelli, F.; Van Troys, M.; Bourry, D.; Ampe, C.; Martins, J. C. J. Mol. Biol. 2008, 375, 460-470
45. Raleigh, D. P.; Wickstrom, L.; Okur, A.; Song, K.; Hornak, V.; Simmerling, C. L. J. Mol. Biol. 2006, 360, 1094-1107
46. Yoda, T.; Sugita, Y.; Okamoto, Y. Biophys. J. 2010, 99, 1637-1644
47. Shaw, D. E.; Maragakis, P.; Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Bank, J. A.; Jumper, J. M.; Salmon, J. K.; Shan, Y. B.; Wriggers, W. Science 2010, 330, 341-346
48. Schulten, K.; Freddolino, P. L. Biophys. J. 2009, 97, 2338-2347
49. Kollman, P. A.; Duan, Y. Science 1998, 282, 740-744
50. Vermeulen, W.; Van Troys, M.; Bourry, D.; Dewitte, D.; Rossenu, S.; Goethals, M.; Borremans, F. A. M.; Vandekerckhove, J.; Martins, J. C.; Ampe, C. J. Mol. Biol. 2006, 359, 1277-1292
51. Raleigh, D. P.; Xiao, S. F. J. Mol. Biol. 2010, 401, 274-285
52. Brooks, C. L., 3rd Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 222-226
53. Go, N. Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 1983, 12, 183-210
54. Mirny, L.; Shakhnovich, E. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001, 30, 361-396
55. Martyna, G. J.; Klein, M. L.; Tuckerman, M. J. Chem. Phys. 1992, 97, 2635-2643
56. Gront, D.; Kmiecik, S.; Kolinski, A. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1593-1597
57. Canutescu, A. A.; Shelenkov, A. A.; Dunbrack, R. L. Protein Sci. 2003, 12, 2001-2014
58. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
59. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Wu, X.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Mathews, D. H.; Schafmeister, C.; Ross, W. S.;; Kollman, P. A. AMBER 9; University of California, San Francisco, 2006.
60. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G. M.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J. M.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999-2012
61. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
62. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593
63. Frishman, D.; Argos, P. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995, 23, 566-579
64. Kiefhaber, T.; Reiner, A.; Henklein, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 4955-4960
65. Shaw, D. E.; Piana, S.; Lindorff-Larsen, K. Biophys. J. 2011, 100, L47-L49
66. Piana, S.; Lindorff-Larsen, K.; Shaw, D. E. Biophys. J. 2011, 100, L47-L49
67. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38