Multicanonical ensemble generated by molecular dynamics simulation for enhanced conformational sampling of peptides

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 101, Issue 5, 1997, Pages 817-824

  Nakajima, Nobuyuki ^a   Nakamura, Haruki ^a   Kidera, Akinori ^a,b  

^a BIOMOL ENG RESEARCH INSTITUTE   (Japan)

^b KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; MATHEMATICAL MODELS; MOLECULAR DYNAMICS; ORGANIC COMPOUNDS; PROBABILITY; PROBLEM SOLVING; SAMPLING;

CONFORMATIONAL SAMPLING; ENERGY DISTRIBUTION; MULTICANONICAL ALGORITHMS; PEPTIDES;

ALGORITHMS;

EID: 0030819348     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp962142e     Document Type: Article

References (34)

1. Berg, B. A.; Neuhaus, T. Phys. Lett. 1991, B267, 249.
2. Berg, B. A.; Neuhaus, T. Phys. Rev. Lett. 1992, 68, 9.
3. Berg, B. A.; Celik, T. Phys. Rev. Lett. 1992, 69, 2292.
4. Lee, J. Phys. Rev. Lett. 1993, 71, 211.
5. Berg, B. A.; Hansmann, U. H. E.; Okamoto, Y. J. Phys. Chem. 1995, 99, 2236.
6. Hao, M.-H.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 2238.
7. Marinari, E.; Parisi, G. Enrophys. Lett. 1992, 19, 451.
8. Lee, J.; Choi, M. Y. Phys. Rev. 1994, E50, R651.
9. Hesselbo, B.; Stinchcombe, R. B. Phys. Rev. Lett. 1995, 74, 2151.
10. Hansmann, U. H. E.; Okamoto, Y. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1333.
11. Hao, M-H.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1994, 98, 4940.
12. Okamoto, Y.; Hansmann, U. H. E. J. Phys. Chem. 1995, 99, 11276.
13. Kidera, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 9886.
14. Ferrenberg, A. M.; Swendsen, R. H. Phys. Rev. Lett. 1988, 61, 2635.
15. Metropolis, N.; Rosenbluth, A. W.; Rosenbluth, M. N.; Teller, A. H.; Teller, E. J. Chem. Phvs. 1953, 21, 1087.
16. Northrup. S. H.; McCammon, J. A. Biopolymers 1980, 19, 1001.
17. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. Chem. Phys. Lett. 1974, 28, 578.
18. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187.
19. Northrup, S. H.; Pear, M. R.; Lee, C-Y.; McCammon, J. A.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 4035.
20. Hansmann, U. H. E.; Okamoto, Y. Physica A 1994, 212, 415.
21. Evans, D. J.; Morriss, G. P. Phys. Lett. 1983, 98A, 433.
22. Hoover, W. G. Phys. Rev. 1985, A31, 1695.
23. Nosé, S. Prog. Theor. Phys. Supp. 1991, 103, 1.
24. Hoover, W. G.; Ladd, A. J. C.; Moran, B. Phys. Rev. Lett. 1982, 48, 1818.
25. Evans, D. J. J. Chem. Phys. 1983, 78, 3297.
26. Hockney, R. W. Methods Comput. Phys. 1970, 9, 136.
27. Brown, D.; Clarke, J. H. R. Mol. Phys. 1984, 51, 1243.
28. Martyna, G. J.; Klein, M. L.; Tuckerman, M. J. Chem. Phys. 1992, 97, 2635.
29. Morikami, K.; Nakai, T.; Kidera, A.; Saito, M.; Nakamura, H. Comput. Chem. 1992, 16, 243.
30. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 230.
31. Li, Z.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 6611.
32. Némethy, G.; Pottle, M. S.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1983, 87, 1883.
33. Nosé, S. Mol. Phys. 1984, 52, 255.
34. Kraulis, P. J. J. Appl. Crystallogr. 1991, 24, 946.