메뉴 건너뛰기




Volumn 129, Issue 12, 2008, Pages

Partial multicanonical algorithm for molecular dynamics and Monte Carlo simulations

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALANINE DIPEPTIDE; CANONICAL MOLECULAR DYNAMICS; CANONICAL SIMULATIONS; CONFORMATIONAL SPACES; DIHEDRAL ANGLES; EXPLICIT WATER; MONTE-CARLO SIMULATIONS; MULTICANONICAL; MULTICANONICAL SIMULATIONS; SAMPLING EFFICIENCY; WEIGHT FACTORS;

EID: 52949089616     PISSN: 00219606     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1063/1.2970883     Document Type: Article
Times cited : (44)

References (57)
  • 1
    • 84943502952 scopus 로고
    • 0026-8976 10.1080/00268978400101201.
    • S. Noś, Mol. Phys. 0026-8976 10.1080/00268978400101201 52, 255 (1984).
    • (1984) Mol. Phys. , vol.52 , pp. 255
    • Noś, S.1
  • 2
    • 34547809547 scopus 로고
    • 0021-9606 10.1063/1.447334.
    • S. Noś, J. Chem. Phys. 0021-9606 10.1063/1.447334 81, 511 (1984).
    • (1984) J. Chem. Phys. , vol.81 , pp. 511
    • Noś, S.1
  • 3
    • 0001538909 scopus 로고
    • 1050-2947 10.1103/PhysRevA.31.1695.
    • W. G. Hoover, Phys. Rev. A 1050-2947 10.1103/PhysRevA.31.1695 31, 1695 (1985).
    • (1985) Phys. Rev. A , vol.31 , pp. 1695
    • Hoover, W.G.1
  • 5
    • 0000619629 scopus 로고    scopus 로고
    • in, edited by D. Stauffer (World Scientific, Singapore),.
    • U. H. E. Hansmann and Y. Okamoto, in Ann. Rev. Comput. Phys. VI, edited by, D. Stauffer, (World Scientific, Singapore, 1999), p. 129.
    • (1999) Ann. Rev. Comput. Phys. VI , pp. 129
    • Hansmann, U.H.E.1    Okamoto, Y.2
  • 6
    • 0034864528 scopus 로고    scopus 로고
    • 0006-3525 10.1002/1097-0282(2001)60:2<96::AID-BIP10073.0.CO;2-F.
    • A. Mitsutake, Y. Sugita, and Y. Okamoto, Biopolymers 0006-3525 10.1002/1097-0282(2001)60:2<96::AID-BIP10073.0.CO;2-F 60, 96 (2001).
    • (2001) Biopolymers , vol.60 , pp. 96
    • Mitsutake, A.1    Sugita, Y.2    Okamoto, Y.3
  • 7
    • 0036681916 scopus 로고    scopus 로고
    • 0010-4655 10.1016/S0010-4655(02)00203-5.
    • B. A. Berg, Comput. Phys. Commun. 0010-4655 10.1016/S0010-4655(02)00203-5 147, 52 (2002).
    • (2002) Comput. Phys. Commun. , vol.147 , pp. 52
    • Berg, B.A.1
  • 8
    • 1942455272 scopus 로고    scopus 로고
    • 1093-3263 10.1016/j.jmgm.2003.12.009.
    • Y. Okamoto, J. Mol. Graphics Modell. 1093-3263 10.1016/j.jmgm.2003.12.009 22, 425 (2004).
    • (2004) J. Mol. Graphics Modell. , vol.22 , pp. 425
    • Okamoto, Y.1
  • 10
    • 0000106469 scopus 로고
    • 0370-2693 10.1016/0370-2693(91)91256-U.
    • B. A. Berg and T. Neuhaus, Phys. Lett. B 0370-2693 10.1016/0370-2693(91) 91256-U 267, 249 (1991).
    • (1991) Phys. Lett. B , vol.267 , pp. 249
    • Berg, B.A.1    Neuhaus, T.2
  • 11
    • 4243613377 scopus 로고
    • 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.68.9.
    • B. A. Berg and T. Neuhaus, Phys. Rev. Lett. 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.68.9 68, 9 (1992).
    • (1992) Phys. Rev. Lett. , vol.68 , pp. 9
    • Berg, B.A.1    Neuhaus, T.2
  • 14
    • 0001629677 scopus 로고
    • 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.69.2292.
    • B. A. Berg and T. Celik, Phys. Rev. Lett. 0031-9007 10.1103/PhysRevLett. 69.2292 69, 2292 (1992).
    • (1992) Phys. Rev. Lett. , vol.69 , pp. 2292
    • Berg, B.A.1    Celik, T.2
  • 15
    • 0002061484 scopus 로고
    • 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.71.211, ();, Phys. Rev. Lett. 71, 2353 (E) (1993).
    • J. Lee, Phys. Rev. Lett. 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.71.211 71, 211 (1993); J. Lee, Phys. Rev. Lett. 71, 2353 (E) (1993).
    • (1993) Phys. Rev. Lett. , vol.71 , pp. 211
    • Lee, J.1    Lee, J.2
  • 16
  • 22
    • 4344606960 scopus 로고    scopus 로고
    • 0192-8651 10.1002/(SICI)1096-987X(199709)18:12<1450::AID-JCC33.0.CO;2- I.
    • C. Bartels and M. Karplus, J. Comput. Chem. 0192-8651 10.1002/(SICI)1096-987X(199709)18:12<1450::AID-JCC33.0.CO;2-I 18, 1450 (1997).
    • (1997) J. Comput. Chem. , vol.18 , pp. 1450
    • Bartels, C.1    Karplus, M.2
  • 23
    • 0001738980 scopus 로고    scopus 로고
    • 0192-8651 10.1002/(SICI)1096-987X(199712)18:16<2086::AID-JCC123.0. CO;2-M.
    • J. Higo, N. Nakajima, H. Shirai, A. Kidera, and H. Nakamura, J. Comput. Chem. 0192-8651 10.1002/(SICI)1096-987X(199712)18:16<2086::AID-JCC123.0.CO;2- M 18, 2086 (1997).
    • (1997) J. Comput. Chem. , vol.18 , pp. 2086
    • Higo, J.1    Nakajima, N.2    Shirai, H.3    Kidera, A.4    Nakamura, H.5
  • 25
    • 0032557297 scopus 로고    scopus 로고
    • 0009-2614 10.1016/S0009-2614(98)00271-1.
    • N. Nakajima, Chem. Phys. Lett. 0009-2614 10.1016/S0009-2614(98)00271-1 288, 319 (1998).
    • (1998) Chem. Phys. Lett. , vol.288 , pp. 319
    • Nakajima, N.1
  • 26
    • 1642534558 scopus 로고    scopus 로고
    • 0009-2614 10.1016/j.cplett.2003.10.152.
    • H. Okumura and Y. Okamoto, Chem. Phys. Lett. 0009-2614 10.1016/j.cplett.2003.10.152 383, 391 (2004).
    • (2004) Chem. Phys. Lett. , vol.383 , pp. 391
    • Okumura, H.1    Okamoto, Y.2
  • 27
    • 42749101256 scopus 로고    scopus 로고
    • 1063-651X 10.1103/PhysRevE.70.026702.
    • H. Okumura and Y. Okamoto, Phys. Rev. E 1063-651X 10.1103/PhysRevE.70. 026702 70, 026702 (2004).
    • (2004) Phys. Rev. e , vol.70 , pp. 026702
    • Okumura, H.1    Okamoto, Y.2
  • 28
    • 20444459163 scopus 로고    scopus 로고
    • 0031-9015 10.1143/JPSJ.73.3304.
    • H. Okumura and Y. Okamoto, J. Phys. Soc. Jpn. 0031-9015 10.1143/JPSJ.73.3304 73, 3304 (2004).
    • (2004) J. Phys. Soc. Jpn. , vol.73 , pp. 3304
    • Okumura, H.1    Okamoto, Y.2
  • 29
    • 2942550984 scopus 로고    scopus 로고
    • 0009-2614 10.1016/j.cplett.2004.04.073.
    • H. Okumura and Y. Okamoto, Chem. Phys. Lett. 0009-2614 10.1016/j.cplett.2004.04.073 391, 248 (2004).
    • (2004) Chem. Phys. Lett. , vol.391 , pp. 248
    • Okumura, H.1    Okamoto, Y.2
  • 30
    • 32444434410 scopus 로고    scopus 로고
    • 0192-8651 10.1002/jcc.20351.
    • H. Okumura and Y. Okamoto, J. Comput. Chem. 0192-8651 10.1002/jcc.20351 27, 379 (2006).
    • (2006) J. Comput. Chem. , vol.27 , pp. 379
    • Okumura, H.1    Okamoto, Y.2
  • 33
    • 0242579552 scopus 로고    scopus 로고
    • 1063-651X 10.1103/PhysRevE.68.036126.
    • B. A. Berg, H. Noguchi, and Y. Okamoto, Phys. Rev. E 1063-651X 10.1103/PhysRevE.68.036126 68, 036126 (2003).
    • (2003) Phys. Rev. e , vol.68 , pp. 036126
    • Berg, B.A.1    Noguchi, H.2    Okamoto, Y.3
  • 34
    • 10344247635 scopus 로고    scopus 로고
    • 0009-2614 10.1016/j.cplett.2004.10.092.
    • S. G. Itoh and Y. Okamoto, Chem. Phys. Lett. 0009-2614 10.1016/j.cplett.2004.10.092 400, 308 (2004).
    • (2004) Chem. Phys. Lett. , vol.400 , pp. 308
    • Itoh, S.G.1    Okamoto, Y.2
  • 35
    • 34547648709 scopus 로고    scopus 로고
    • 0021-9606 10.1063/1.2171189.
    • S. G. Itoh and Y. Okamoto, J. Chem. Phys. 0021-9606 10.1063/1.2171189 124, 104103 (2006).
    • (2006) J. Chem. Phys. , vol.124 , pp. 104103
    • Itoh, S.G.1    Okamoto, Y.2
  • 37
    • 34548158004 scopus 로고    scopus 로고
    • 1063-651X 10.1103/PhysRevE.76.026705.
    • S. G. Itoh and Y. Okamoto, Phys. Rev. E 1063-651X 10.1103/PhysRevE.76. 026705 76, 026705 (2007).
    • (2007) Phys. Rev. e , vol.76 , pp. 026705
    • Itoh, S.G.1    Okamoto, Y.2
  • 38
    • 33751008029 scopus 로고    scopus 로고
    • 0021-9606 10.1063/1.2363987.
    • Y. Yoshimoto, J. Chem. Phys. 0021-9606 10.1063/1.2363987 125, 184103 (2006).
    • (2006) J. Chem. Phys. , vol.125 , pp. 184103
    • Yoshimoto, Y.1
  • 42
    • 0001102309 scopus 로고    scopus 로고
    • 0021-9606 10.1063/1.479860.
    • P. E. Smith, J. Chem. Phys. 0021-9606 10.1063/1.479860 111, 5568 (1999).
    • (1999) J. Chem. Phys. , vol.111 , pp. 5568
    • Smith, P.E.1
  • 46
    • 4243819810 scopus 로고
    • 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.61.2635, ();, Phys. Rev. Lett. 63, 1658 (E) (1989). 0009-2614
    • A. M. Ferrenberg and R. H. Swendsen, Phys. Rev. Lett. 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.61.2635 61, 2635 (1988); A. M. Ferrenberg and R. H. Swendsen, Phys. Rev. Lett. 63, 1658 (E) (1989). 0009-2614
    • (1988) Phys. Rev. Lett. , vol.61 , pp. 2635
    • Ferrenberg, A.M.1    Swendsen, R.H.2    Ferrenberg, A.M.3    Swendsen, R.H.4
  • 50
    • 0001005075 scopus 로고
    • 0375-9601 10.1016/0375-9601(90)90092-3.
    • H. Yoshida, Phys. Lett. A 0375-9601 10.1016/0375-9601(90)90092-3 150, 262 (1990).
    • (1990) Phys. Lett. A , vol.150 , pp. 262
    • Yoshida, H.1
  • 53
    • 0035585460 scopus 로고    scopus 로고
    • 0031-9015 10.1143/JPSJ.70.75.
    • S. Noś, J. Phys. Soc. Jpn. 0031-9015 10.1143/JPSJ.70.75 70, 75 (2001).
    • (2001) J. Phys. Soc. Jpn. , vol.70 , pp. 75
    • Noś, S.1
  • 55
    • 6644221271 scopus 로고    scopus 로고
    • 0031-9007 10.1103/PhysRevLett.86.2050.
    • F. Wang and D. P. Landau, Phys. Rev. Lett. 0031-9007 10.1103/PhysRevLett. 86.2050 86, 2050 (2001).
    • (2001) Phys. Rev. Lett. , vol.86 , pp. 2050
    • Wang, F.1    Landau, D.P.2
  • 57
    • 1442287309 scopus 로고    scopus 로고
    • 0009-2614 10.1016/j.cplett.2004.01.078.
    • T. Yoda, Y. Sugita, and Y. Okamoto, Chem. Phys. Lett. 0009-2614 10.1016/j.cplett.2004.01.078 386, 460 (2004).
    • (2004) Chem. Phys. Lett. , vol.386 , pp. 460
    • Yoda, T.1    Sugita, Y.2    Okamoto, Y.3


* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.