Photoaffinity labeling of transcription factors by DNA-templated crosslinking

Chemical Science

Volumn 6, Issue 1, 2015, Pages 745-751

  Liu, Ying ^a   Zheng, Wenlu ^a   Zhang, Wan ^a   Chen, Nan ^a   Liu, Yang ^a   Chen, Li ^a   Zhou, Xiaozhou ^a   Chen, Xingshuo ^a   Zheng, Haifeng ^a   Li, Xiaoyu ^a  

^a PEKING UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING SITES; DNA; DNA SEQUENCES; PROBES; TRANSCRIPTION FACTORS;

COVALENT CROSSLINKING; DNA INTERACTION; DNA-BINDING PROTEIN; GENE TRANSCRIPTIONS; MOLECULAR MECHANISM; PHOTOAFFINITY LABELING; PROTEIN-BINDING SITES; PROTEIN-DNA INTERACTIONS;

TRANSCRIPTION;

EID: 84919344050     PISSN: 20416520     EISSN: 20416539     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4sc01953a     Document Type: Article

References (92)

1. F. Spitz E. E. Furlong Nat. Rev. Genet. 2012 13 613 626
2. M. M. Babu N. M. Luscombe L. Aravind M. Gerstein S. A. Teichmann Curr. Opin. Struct. Biol. 2004 14 283 291
3. J. M. Vaquerizas S. K. Kummerfeld S. A. Teichmann N. M. Luscombe Nat. Rev. Genet. 2009 10 252 263
4. E. de Nadal G. Ammerer F. Posas Nat. Rev. Genet. 2011 12 833 845
5. T. Chen S. Y. Dent Nat. Rev. Genet. 2014 15 93 106
6. V. M. Weake J. L. Workman Nat. Rev. Genet. 2010 11 426 437
7. J. Stewart-Ornstein C. Nelson J. DeRisi J. S. Weissman H. El-Samad Curr. Biol. 2013 23 2336 2345
8. P. A. Konstantinopoulos A. G. Papavassiliou JAMA, J. Am. Med. Assoc. 2011 305 2349 2350
9. J. E. Yeh P. A. Toniolo D. A. Frank Curr. Opin. Oncol. 2013 25 652 658
10. E. Sen Drug Discovery Today 2011 16 1044 1051
11. C. Yan P. J. Higgins Biochim. Biophys. Acta 2013 1835 76 85
12. G. D. Stormo Y. Zhao Nat. Rev. Genet. 2010 11 751 760
13. D. J. Galas A. Schmitz Nucleic Acids Res. 1978 5 3157 3170
14. M. J. Storek A. Ernst G. L. Verdine Nat. Biotechnol. 2002 20 183 186
15. M. Fried D. M. Crothers Nucleic Acids Res. 1981 9 6505 6525
16. M. M. Garner A. Revzin Nucleic Acids Res. 1981 9 3047 3060
17. M. J. Solomon A. Varshavsky Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1985 82 6470 6474
18. T. Iwasaki W. Miyazaki N. Rokutanda N. Koibuchi Biotechniques 2008 45 445 448
19. K. A. Vuori J. K. Ahlskog L. Sistonen M. Nikinmaa FEBS J. 2009 276 7366 7374
20. M. F. Berger A. A. Philippakis A. M. Qureshi F. S. He P. W. Estep 3rd M. L. Bulyk Nat. Biotechnol. 2006 24 1429 1435
21. A. Jolma T. Kivioja J. Toivonen L. Cheng G. Wei M. Enge M. Taipale J. M. Vaquerizas J. Yan M. J. Sillanpaa M. Bonke K. Palin S. Talukder T. R. Hughes N. M. Luscombe E. Ukkonen J. Taipale Genome Res. 2010 20 861 873
22. T. Heyduk E. Heyduk Nat. Biotechnol. 2002 20 171 176
23. E. Knoll T. Heyduk Anal. Chem. 2004 76 1156 1164
24. T. Krusinski A. Ozyhar P. Dobryszycki Nucleic Acids Res. 2010 38 e108
25. E. Heyduk B. Dummit Y. H. Chang T. Heyduk Anal. Chem. 2008 80 5152 5159
26. I. Weibrecht M. Gavrilovic L. Lindbom U. Landegren C. Wahlby O. Soderberg New Biotechnol. 2012 29 589 598
27. S. M. Gustafsdottir J. Schlingemann A. Rada-Iglesias E. Schallmeiner M. Kamali-Moghaddam C. Wadelius U. Landegren Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 3067 3072
28. J. Wang T. Li X. Guo Z. Lu Nucleic Acids Res. 2005 33 e23
29. A. Vallee-Belisle A. J. Bonham N. O. Reich F. Ricci K. W. Plaxco J. Am. Chem. Soc. 2011 133 13836 13839
30. X. Xu Z. Zhao L. Qin W. Wei J. E. Levine C. A. Mirkin Anal. Chem. 2008 80 5616 5621
31. A. Cao C. Y. Zhang Anal. Chem. 2013 85 2543 2547
32. J. T. Kadonaga R. Tjian Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1986 83 5889 5893
33. M. F. Carey C. L. Peterson S. T. Smale Cold Spring Harb. Protoc. 2012 2012 18 33
34. G. L. Verdine D. P. Norman Annu. Rev. Biochem. 2003 72 337 366
35. C. Yi G. Jia G. Hou Q. Dai W. Zhang G. Zheng X. Jian C. G. Yang Q. Cui C. He Nature 2010 468 330 333
36. S. K. Hota M. L. Dechassa P. Prasad B. Bartholomew Methods Mol. Biol. 2012 809 381 409
37. M. J. Schmidt D. Summerer Angew. Chem., Int. Ed. 2013 52 4690 4693
38. K. M. Meisenheimer T. H. Koch Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1997 32 101 140
39. G. W. Preston A. J. Wilson Chem. Soc. Rev. 2013 42 3289 3301
40. J. L. Vinkenborg G. Mayer M. Famulok Angew. Chem., Int. Ed. 2012 51 9176 9180
41. M. Winnacker S. Breeger R. Strasser T. Carell ChemBioChem 2009 10 109 118
42. M. Winnacker V. Welzmiller R. Strasser T. Carell ChemBioChem 2010 11 1345 1349
43. D. Forget M. F. Langelier C. Therien V. Trinh B. Coulombe Mol. Cell. Biol. 2004 24 1122 1131
44. L. Lercher J. F. McGouran B. M. Kessler C. J. Schofield B. G. Davis Angew. Chem., Int. Ed. 2013 52 10553 10558
45. J. T. Reardon A. Sancar Mol. Cell. Biol. 2002 22 5938 5945
46. M. Liebmann F. Di Pasquale A. Marx ChemBioChem 2006 7 1965 1969
47. U. K. Shigdel J. Zhang C. He Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 90 93
48. J. J. Tate J. Persinger B. Bartholomew Nucleic Acids Res. 1998 26 1421 1426
49. P. Mallikaratchy Z. Tang S. Kwame L. Meng D. Shangguan W. Tan Mol. Cell. Proteomics 2007 6 2230 2238
50. S. D. Bruner D. P. Norman G. L. Verdine Nature 2000 403 859 866
51. J. C. Fromme G. L. Verdine Nat. Struct. Biol. 2002 9 544 552
52. M. B. Renfrow N. Naryshkin L. M. Lewis H. T. Chen R. H. Ebright R. A. Scott J. Biol. Chem. 2004 279 2825 2831
53. Z. Qiu L. Lu X. Jian C. He J. Am. Chem. Soc. 2008 130 14398 14399
54. B. J. Lannutti J. Persinger B. Bartholomew Biochemistry 1996 35 9821 9831
55. G. Li Y. Liu L. Chen S. Wu X. Li Angew. Chem., Int. Ed. 2013 52 9544 9549
56. G. Li Y. Liu X. Yu X. Li Bioconjugate Chem. 2014 25 1172 1180
57. L. Dubinsky B. P. Krom M. M. Meijler Bioorg. Med. Chem. 2012 20 554 570
58. A. Blencowe W. Hayes Soft Matter 2005 1 28
59. M. Hashimoto Y. Hatanaka Eur. J. Org. Chem. 2008 2513 2523
60. Z. Li P. Hao L. Li C. Y. Tan X. Cheng G. Y. Chen S. K. Sze H. M. Shen S. Q. Yao Angew. Chem., Int. Ed. 2013 52 8551 8556
61. R. Sen D. Baltimore Cell 1986 46 705 716
62. D. Baltimore Nat. Immunol. 2011 12 683 685
63. M. Karin Y. Yamamoto Q. M. Wang Nat. Rev. Drug Discovery 2004 3 17 26
64. L. Comai N. Tanese R. Tjian Cell 1992 68 965 976
65. C. Grandori S. M. Cowley L. P. James R. N. Eisenman Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 2000 16 653 699
66. M. R. Montminy L. M. Bilezikjian Nature 1987 328 175 178
67. J. L. Kim D. B. Nikolov S. K. Burley Nature 1993 365 520 527
68. A. R. Ferre-D'Amare G. C. Prendergast E. B. Ziff S. K. Burley Nature 1993 363 38 45
69. M. A. Schumacher R. H. Goodman R. G. Brennan J. Biol. Chem. 2000 275 35242 35247
70. C. W. Muller F. A. Rey M. Sodeoka G. L. Verdine S. C. Harrison Nature 1995 373 311 317
71. G. Ghosh G. van Duyne S. Ghosh P. B. Sigler Nature 1995 373 303 310
72. R. E. Kleiner C. E. Dumelin D. R. Liu Chem. Soc. Rev. 2011 40 5707 5717
73. L. Mannocci M. Leimbacher M. Wichert J. Scheuermann D. Neri Chem. Commun. 2011 47 12747 12753
74. M. A. Clark R. A. Acharya C. C. Arico-Muendel S. L. Belyanskaya D. R. Benjamin N. R. Carlson P. A. Centrella C. H. Chiu S. P. Creaser J. W. Cuozzo C. P. Davie Y. Ding G. J. Franklin K. D. Franzen M. L. Gefter S. P. Hale N. J. V. Hansen D. I. Israel J. W. Jiang M. J. Kavarana M. S. Kelley C. S. Kollmann F. Li K. Lind S. Mataruse P. F. Medeiros J. A. Messer P. Myers H. O'Keefe M. C. Oliff C. E. Rise A. L. Satz S. R. Skinner J. L. Svendsen L. J. Tang K. van Vloten R. W. Wagner G. Yao B. G. Zhao B. A. Morgan Nat. Chem. Biol. 2009 5 647 654
75. M. C. Jean Pierre Daguer S. Alvarez S. Barluenga N. Winssinger Chem. Sci. 2011 2 9
76. Z. J. Gartner B. N. Tse R. Grubina J. B. Doyon T. M. Snyder D. R. Liu Science 2004 305 1601 1605
77. J. B. Doyon T. M. Snyder D. R. Liu J. Am. Chem. Soc. 2003 125 12372 12373
78. S. Melkko J. Scheuermann C. E. Dumelin D. Neri Nat. Biotechnol. 2004 22 568 574
79. S. Melkko Y. Zhang C. E. Dumelin J. Scheuermann D. Neri Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 4671 4674
80. S. J. Wrenn R. M. Weisinger D. R. Halpin P. B. Harbury J. Am. Chem. Soc. 2007 129 13137 13143
81. F. Buller M. Steiner K. Frey D. Mircsof J. Scheuermann M. Kalisch P. Buhlmann C. T. Supuran D. Neri ACS Chem. Biol. 2011 6 336 344
82. M. H. Hansen P. Blakskjaer L. K. Petersen T. H. Hansen J. W. Hojfeldt K. V. Gothelf N. J. V. Hansen J. Am. Chem. Soc. 2009 131 1322 1327
83. A. Bird Cell 1992 70 5 8
84. R. J. Klose A. P. Bird Trends Biochem. Sci. 2006 31 89 97
85. C. G. Spruijt F. Gnerlich A. H. Smits T. Pfaffeneder P. W. Jansen C. Bauer M. Munzel M. Wagner M. Muller F. Khan H. C. Eberl A. Mensinga A. B. Brinkman K. Lephikov U. Muller J. Walter R. Boelens H. van Ingen H. Leonhardt T. Carell M. Vermeulen Cell 2013 152 1146 1159
86. M. Mellen P. Ayata S. Dewell S. Kriaucionis N. Heintz Cell 2012 151 1417 1430
87. S. H. Cross R. R. Meehan X. Nan A. Bird Nat. Genet. 1997 16 256 259
88. B. Hendrich A. Bird Mol. Cell. Biol. 1998 18 6538 6547
89. O. Yildirim R. Li J. H. Hung P. B. Chen X. Dong L. S. Ee Z. Weng O. J. Rando T. G. Fazzio Cell 2011 147 1498 1510
90. W. Z. Lin J. A. Fang X. Xiao K. C. Chou PLoS One 2011 6 e24756
91. J. Wang J. Lu G. Gu Y. Liu J. Endocrinol. 2011 210 15 27
92. S. Kosuri G. M. Church Nat. Methods 2014 11 499 507