20 years of DNA-encoded chemical libraries

Chemical Communications

Volumn 47, Issue 48, 2011, Pages 12747-12753

  Mannocci, Luca ^a   Leimbacher, Markus ^b   Wichert, Moreno ^b   Scheuermann, Jörg ^b   Neri, Dario ^b  

^a PHILOCHEM AG   (Switzerland)

^b ETH ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; HETERODUPLEX; OLIGONUCLEOTIDE; WATER;

3' UNTRANSLATED REGION; 5' UNTRANSLATED REGION; BASE PAIRING; CHEMICAL REACTION; CROSS COUPLING REACTION; DNA ENCODED CHEMICAL LIBRARY; DNA HAIRPIN; DNA HYBRIDIZATION; DNA PURIFICATION; DNA TEMPLATE; ELUTION; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; HIGH THROUGHPUT SCREENING; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR LIBRARY; MOLECULAR STABILITY; PHARMACOPHORE; REVIEW; SYNTHESIS;

EID: 82255182142     PISSN: 13597345     EISSN: 1364548X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1cc15634a     Document Type: Review

References (59)

1. S. M. Paul D. S. Mytelka C. T. Dunwiddie C. C. Persinger B. H. Munos S. R. Lindborg A. L. Schacht Nat. Rev. Drug Discovery 2010 9 203 214
2. J. McCafferty A. D. Griffiths G. Winter D. J. Chiswell Nature 1990 348 552 554
3. G. Winter A. D. Griffiths R. E. Hawkins H. R. Hoogenboom Annu. Rev. Immunol. 1994 12 433 455
4. G. P. Smith Science 1985 228 1315 1317
5. J. Drews Science 2000 287 1960 1964
6. P. J. Hajduk J. Greer Nat. Rev. Drug Discovery 2007 6 211 219
7. L. M. Mayr D. Bojanic Curr. Opin. Pharmacol. 2009 9 580 588
8. S. B. Shuker P. J. Hajduk R. P. Meadows S. W. Fesik Science 1996 274 1531 1534
9. D. A. Erlanson A. C. Braisted D. R. Raphael M. Randal R. M. Stroud E. M. Gordon J. A. Wells Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 9367 9372
10. J. Bajorath Nat. Rev. Drug Discovery 2002 1 882 894
11. S. Ghosh A. Nie J. An Z. Huang Curr. Opin. Chem. Biol. 2006 10 194 202
12. P. Schneider Y. Tanrikulu G. Schneider Curr. Med. Chem. 2009 16 258 266
13. H. K. Binz A. Pluckthun Curr. Opin. Biotechnol. 2005 16 459 469
14. C. Heinis T. Rutherford S. Freund G. Winter Nat. Chem. Biol. 2009 5 502 507
15. L. C. Mattheakis R. R. Bhatt W. J. Dower Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 9022 9026
16. E. T. Boder K. D. Wittrup Nat. Biotechnol. 1997 15 553 557
17. R. Baggio P. Burgstaller S. P. Hale A. R. Putney M. Lane D. Lipovsek M. C. Wright R. W. Roberts R. Liu J. W. Szostak R. W. Wagner J. Mol. Recognit. 2002 15 126 134
18. L. Giovannoni F. Viti L. Zardi D. Neri Nucleic Acids Res. 2001 29 E27
19. M. Silacci S. Brack G. Schirru J. Marlind A. Ettorre A. Merlo F. Viti D. Neri Proteomics 2005 5 2340 2350
20. J. Scheuermann C. E. Dumelin S. Melkko D. Neri J. Biotechnol. 2006 126 568 581
21. S. Melkko C. E. Dumelin J. Scheuermann D. Neri Drug Discovery Today 2007 12 465 471
22. S. Brenner R. A. Lerner Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1992 89 5381 5383
23. L. Mannocci Y. Zhang J. Scheuermann M. Leimbacher G. De Bellis E. Rizzi C. Dumelin S. Melkko D. Neri Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 17670 17675
24. S. Melkko J. Scheuermann C. E. Dumelin D. Neri Nat. Biotechnol. 2004 22 568 574
25. M. A. Clark R. A. Acharya C. C. Arico-Muendel S. L. Belyanskaya D. R. Benjamin N. R. Carlson P. A. Centrella C. H. Chiu S. P. Creaser J. W. Cuozzo C. P. Davie Y. Ding G. J. Franklin K. D. Franzen M. L. Gefter S. P. Hale N. J. Hansen D. I. Israel J. Jiang M. J. Kavarana M. S. Kelley C. S. Kollmann F. Li K. Lind S. Mataruse P. F. Medeiros J. A. Messer P. Myers H. O'Keefe M. C. Oliff C. E. Rise A. L. Satz S. R. Skinner J. L. Svendsen L. Tang K. van Vloten R. W. Wagner G. Yao B. Zhao B. A. Morgan Nat. Chem. Biol. 2009 5 647 654
26. M. Margulies M. Egholm W. E. Altman S. Attiya J. S. Bader L. A. Bemben J. Berka M. S. Braverman Y. J. Chen Z. Chen S. B. Dewell L. Du J. M. Fierro X. V. Gomes B. C. Godwin W. He S. Helgesen C. H. Ho G. P. Irzyk S. C. Jando M. L. Alenquer T. P. Jarvie K. B. Jirage J. B. Kim J. R. Knight J. R. Lanza J. H. Leamon S. M. Lefkowitz M. Lei J. Li K. L. Lohman H. Lu V. B. Makhijani K. E. McDade M. P. McKenna E. W. Myers E. Nickerson J. R. Nobile R. Plant B. P. Puc M. T. Ronan G. T. Roth G. J. Sarkis J. F. Simons J. W. Simpson M. Srinivasan K. R. Tartaro A. Tomasz K. A. Vogt G. A. Volkmer S. H. Wang Y. Wang M. P. Weiner P. Yu R. F. Begley J. M. Rothberg Nature 2005 437 376 380
27. T. D. Otto Nat. Rev. Microbiol. 2011 9 633
28. S. C. Schuster Nat. Methods 2008 5 16 18
29. M. Kircher J. Kelso BioEssays: news and reviews in molecular, cellular and developmental biology 2010 32 524 536
30. F. Buller M. Steiner J. Scheuermann L. Mannocci I. Nissen M. Kohler C. Beisel D. Neri Bioorganic & medicinal chemistry letters 2010 20 4188 4192
31. L. M. McGregor D. J. Gorin C. E. Dumelin D. R. Liu J. Am. Chem. Soc. 2010 132 15522 15524
32. D. R. Halpin P. B. Harbury PLoS Biol. 2004 2 e174
33. Z. J. Gartner D. R. Liu J. Am. Chem. Soc. 2001 123 6961 6963
34. F. Buller Y. Zhang J. Scheuermann J. Schafer P. Buhlmann D. Neri Chem. Biol. 2009 16 1075 1086
35. F. Buller L. Mannocci Y. Zhang C. E. Dumelin J. Scheuermann D. Neri Bioorg. Med. Chem. Lett. 2008 18 5926 5931
36. F. Buller M. Steiner K. Frey D. Mircsof J. Scheuermann M. Kalisch P. Buhlmann C. T. Supuran D. Neri ACS Chem. Biol. 2011 6 336 344
37. B. N. Tse T. M. Snyder Y. Shen D. R. Liu J. Am. Chem. Soc. 2008 130 15611 15626
38. M. H. Hansen P. Blakskjaer L. K. Petersen T. H. Hansen J. W. Hojfeldt K. V. Gothelf N. J. Hansen J. Am. Chem. Soc. 2009 131 1322 1327
39. Z. J. Gartner B. N. Tse R. Grubina J. B. Doyon T. M. Snyder D. R. Liu Science 2004 305 1601 1605
40. S. J. Wrenn P. B. Harbury Annu. Rev. Biochem. 2007 76 331 349
41. S. J. Wrenn R. M. Weisinger D. R. Halpin P. B. Harbury J. Am. Chem. Soc. 2007 129 13137 13143
42. S. Melkko L. Mannocci C. E. Dumelin A. Villa R. Sommavilla Y. Zhang M. G. Grutter N. Keller L. Jermutus R. H. Jackson J. Scheuermann D. Neri ChemMedChem 2010 5 584 590
43. C. E. Dumelin S. Trussel F. Buller E. Trachsel F. Bootz Y. Zhang L. Mannocci S. C. Beck M. Drumea-Mirancea M. W. Seeliger C. Baltes T. Muggler F. Kranz M. Rudin S. Melkko J. Scheuermann D. Neri Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 3196 3201
44. L. Mannocci S. Melkko F. Buller I. Molnar J. P. Bianke C. E. Dumelin J. Scheuermann D. Neri Bioconjugate Chem. 2010 21 1836 1841
45. S. Melkko Y. Zhang C. E. Dumelin J. Scheuermann D. Neri Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 4671 4674
46. C. E. Dumelin J. Scheuermann S. Melkko D. Neri Bioconjugate Chem. 2006 17 366 370
47. J. Scheuermann C. E. Dumelin S. Melkko Y. Zhang L. Mannocci M. Jaggi J. Sobek D. Neri Bioconjugate Chem. 2008 19 778 785
48. S. Melkko C. E. Dumelin J. Scheuermann D. Neri Chem. Biol. 2006 13 225 231
49. J. Scheuermann D. Neri ChemBioChem 2010 11 931 937
50. J. P. C. M. Daguer S. Alvarez S. Barluenga N. Winssinger Chem. Sci. 2011 2 625 632
51. M. Ciobanu K. T. Huang J. P. Daguer S. Barluenga O. Chaloin E. Schaeffer C. G. Mueller D. A. Mitchell N. Winssinger Chem. Commun. 2011 47 9321 9323
52. M. Egholm O. Buchardt L. Christensen C. Behrens S. M. Freier D. A. Driver R. H. Berg S. K. Kim B. Norden P. E. Nielsen Nature 1993 365 566 568
53. N. Svensen J. J. Diaz-Mochon M. Bradley Chem. Commun. 2011 47 7638 7640
54. F. Debaene N. Winssinger Methods Mol. Biol. 2009 570 299 307
55. J. Harris D. E. Mason J. Li K. W. Burdick B. J. Backes T. Chen A. Shipway G. Van Heeke L. Gough A. Ghaemmaghami F. Shakib F. Debaene N. Winssinger Chem. Biol. (Cambridge, MA, U. S.) 2004 11 1361 1372
56. H. D. Urbina F. Debaene B. Jost C. Bole-Feysot D. E. Mason P. Kuzmic J. L. Harris N. Winssinger ChemBioChem 2006 7 1790 1797
57. C. A. Lipinski J. Pharmacol. Toxicol. Methods 2000 44 235 249
58. C. A. Lipinski F. Lombardo B. W. Dominy P. J. Feeney Adv. Drug Delivery Rev. 2001 46 3 26
59. R. E. Kleiner C. E. Dumelin G. C. Tiu K. Sakurai D. R. Liu J. Am. Chem. Soc. 2010 132 11779 11791