Systems analysis reveals down-regulation of a network of pro-survival miRNAs drives the apoptotic response in dilated cardiomyopathy

Molecular BioSystems

Volumn 11, Issue 1, 2015, Pages 239-251

  Isserlin, Ruth ^a   Merico, Daniele ^b   Wang, Dingyan ^a   Vuckovic, Dajana ^a,c   Bousette, Nicolas ^a   Gramolini, Anthony O ^a   Bader, Gary D ^a   Emili, Andrew ^a  

^a UNIVERSITY OF TORONTO   (Canada)

^b HOSPITAL FOR SICK CHILDREN   (Canada)

^c Dept of Electrical and Computer Engineering   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MURINAE;

MESSENGER RNA; MICRORNA;

ANIMAL; APOPTOSIS; BIOLOGY; CELL SURVIVAL; CLUSTER ANALYSIS; CONGESTIVE CARDIOMYOPATHY; DISEASE MODEL; DOWN REGULATION; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE EXPRESSION REGULATION; GENE REGULATORY NETWORK; GENETICS; MOUSE; PATHOLOGY; REPRODUCIBILITY; TRANSGENIC MOUSE;

ANIMALS; APOPTOSIS; CARDIOMYOPATHY, DILATED; CELL SURVIVAL; CLUSTER ANALYSIS; COMPUTATIONAL BIOLOGY; DISEASE MODELS, ANIMAL; DOWN-REGULATION; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE EXPRESSION REGULATION; GENE REGULATORY NETWORKS; MICE; MICE, TRANSGENIC; MICRORNAS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; RNA, MESSENGER;

EID: 84918791651     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4mb00265b     Document Type: Article

References (88)

1. T. Thom N. Haase W. Rosamond V. J. Howard J. Rumsfeld T. Manolio Z. J. Zheng K. Flegal C. O'Donnell S. Kittner D. Lloyd-Jones D. C. Goff, Jr. Y. Hong R. Adams G. Friday K. Furie P. Gorelick B. Kissela J. Marler J. Meigs V. Roger S. Sidney P. Sorlie J. Steinberger S. Wasserthiel-Smoller M. Wilson P. Wolf Circulation 2006 113 e85 151
2. A. S. Go D. Mozaffarian V. L. Roger E. J. Benjamin J. D. Berry W. B. Borden D. M. Bravata S. Dai E. S. Ford C. S. Fox S. Franco H. J. Fullerton C. Gillespie S. M. Hailpern J. A. Heit V. J. Howard M. D. Huffman B. M. Kissela S. J. Kittner D. T. Lackland J. H. Lichtman L. D. Lisabeth D. Magid G. M. Marcus A. Marelli D. B. Matchar D. K. McGuire E. R. Mohler C. S. Moy M. E. Mussolino G. Nichol N. P. Paynter P. J. Schreiner P. D. Sorlie J. Stein T. N. Turan S. S. Virani N. D. Wong D. Woo M. B. Turner Circulation 2013 127 e6 e245
3. A. O. Gramolini T. Kislinger R. Alikhani-Koopaei V. Fong N. J. Thompson R. Isserlin P. Sharma G. Y. Oudit M. G. Trivieri A. Fagan A. Kannan D. G. Higgins H. Huedig G. Hess S. Arab J. G. Seidman C. E. Seidman B. Frey M. Perry P. H. Backx P. P. Liu D. H. MacLennan A. Emili Mol. Cell. Proteomics 2008 7 519 533
4. H. Morita J. Seidman C. E. Seidman J. Clin. Invest. 2005 115 518 526
5. G. Olivetti R. Abbi F. Quaini J. Kajstura W. Cheng J. A. Nitahara E. Quaini C. Di Loreto C. A. Beltrami S. Krajewski J. C. Reed P. Anversa N. Engl. J. Med. 1997 336 1131 1141
6. Y. Cheng R. Ji J. Yue J. Yang X. Liu H. Chen D. B. Dean C. Zhang Am. J. Pathol. 2007 170 1831 1840
7. S. Ikeda W. T. Pu Curr. Drug Targets 2010 11 913 925
8. M. V. Latronico G. Condorelli Nat. Rev. Cardiol. 2009 6 419 429
9. D. L. Mann N. Engl. J. Med. 2007 356 2644 2645
10. T. Thum D. Catalucci J. Bauersachs Cardiovasc. Res. 2008 79 562 570
11. H. Guo N. T. Ingolia J. S. Weissman D. P. Bartel Nature 2010 466 835 840
12. T. Du P. D. Zamore Development 2005 132 4645 4652
13. J. C. Huang Q. D. Morris B. J. Frey J. Comput. Biol. 2007 14 550 563
14. C. S. Lam J. C. Burnett, Jr. L. Costello-Boerrigter R. J. Rodeheffer M. M. Redfield J. Am. Coll. Cardiol. 2007 49 1193 1202
15. C. P. Baines J. D. Molkentin J. Mol. Cell. Cardiol. 2005 38 47 62
16. P. Liao D. Georgakopoulos A. Kovacs M. Zheng D. Lerner H. Pu J. Saffitz K. Chien R. P. Xiao D. A. Kass Y. Wang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 12283 12288
17. J. C. Braz O. F. Bueno Q. Liang B. J. Wilkins Y. S. Dai S. Parsons J. Braunwart B. J. Glascock R. Klevitsky T. F. Kimball T. E. Hewett J. D. Molkentin J. Clin. Invest. 2003 111 1475 1486
18. Q. Liang O. F. Bueno B. J. Wilkins C. Y. Kuan Y. Xia J. D. Molkentin EMBO J. 2003 22 5079 5089
19. G. Kung K. Konstantinidis R. N. Kitsis Circ. Res. 2011 108 1017 1036
20. M. Klapholz Mayo Clin. Proc. 2009 84 718 729
21. R. Isserlin D. Merico R. Alikhani-Koupaei A. Gramolini G. D. Bader A. Emili Proteomics 2010 10 1316 1327
22. Z. P. Huang R. L. Neppl D. Z. Wang J. Cardiovasc. Transl. Res. 2010 3 212 218
23. P. Li J. Cardiovasc. Transl. Res. 2010 3 219 224
24. R. A. Boon K. Iekushi S. Lechner T. Seeger A. Fischer S. Heydt D. Kaluza K. Treguer G. Carmona A. Bonauer A. J. Horrevoets N. Didier Z. Girmatsion P. Biliczki J. R. Ehrlich H. A. Katus O. J. Muller M. Potente A. M. Zeiher H. Hermeking S. Dimmeler Nature 2013 495 107 110
25. J. X. Wang J. Q. Jiao Q. Li B. Long K. Wang J. P. Liu Y. R. Li P. F. Li Nat. Med. 2011 17 71 78
26. G. Lv S. Shao H. Dong X. Bian X. Yang S. Dong J. Cell. Biochem. 2014 115 93 101
27. S. Rane M. He D. Sayed H. Vashistha A. Malhotra J. Sadoshima D. E. Vatner S. F. Vatner M. Abdellatif Circ. Res. 2009 104 879 886
28. G. Chen I. A. Umelo S. Lv E. Teugels K. Fostier P. Kronenberger A. Dewaele J. Sadones C. Geers J. De Greve PLoS One 2013 8 e60317
29. C. Welch Y. Chen R. L. Stallings Oncogene 2007 26 5017 5022
30. M. Yamakuchi M. Ferlito C. J. Lowenstein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 13421 13426
31. A. M. Cheng M. W. Byrom J. Shelton L. P. Ford Nucleic Acids Res. 2005 33 1290 1297
32. R. Dai J. Li Y. Liu D. Yan S. Chen C. Duan X. Liu T. He H. Li Biol. Chem. 2010 391 791 801
33. M. Garofalo G. Di Leva G. Romano G. Nuovo S. S. Suh A. Ngankeu C. Taccioli F. Pichiorri H. Alder P. Secchiero P. Gasparini A. Gonelli S. Costinean M. Acunzo G. Condorelli C. M. Croce Cancer Cell 2009 16 498 509
34. Q. Lu C. Lu G. P. Zhou W. Zhang H. Xiao X. R. Wang Urol. Oncol. 2010 28 635 641
35. M. T. van Jaarsveld J. Helleman E. M. Berns E. A. Wiemer Int. J. Biochem. Cell Biol. 2010 42 1282 1290
36. R. Chhabra Y. K. Adlakha M. Hariharan V. Scaria N. Saini PLoS One 2009 4 e5848
37. E. van Rooij L. B. Sutherland N. Liu A. H. Williams J. McAnally R. D. Gerard J. A. Richardson E. N. Olson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 18255 18260
38. E. van Rooij L. B. Sutherland J. E. Thatcher J. M. DiMaio R. H. Naseem W. S. Marshall J. A. Hill E. N. Olson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 13027 13032
39. P. Maziere A. J. Enright Drug Discovery Today 2007 12 452 458
40. N. D. Mendes A. T. Freitas M. F. Sagot Nucleic Acids Res. 2009 37 2419 2433
41. P. Alexiou M. Maragkakis G. L. Papadopoulos M. Reczko A. G. Hatzigeorgiou Bioinformatics 2009 25 3049 3055
42. T. M. Witkos E. Koscianska W. J. Krzyzosiak Curr. Mol. Med. 2011 11 93 109
43. A. O. Gramolini T. Kislinger P. Liu D. H. MacLennan A. Emili Methods Mol. Biol. 2007 357 15 31
44. J. Krutzfeldt S. Kuwajima R. Braich K. G. Rajeev J. Pena T. Tuschl M. Manoharan M. Stoffel Nucleic Acids Res. 2007 35 2885 2892
45. J. Krutzfeldt N. Rajewsky R. Braich K. G. Rajeev T. Tuschl M. Manoharan M. Stoffel Nature 2005 438 685 689
46. T. Yamada M. Suzuki H. Satoh F. Kihara-Negishi H. Nakano T. Oikawa Exp. Cell Res. 2004 294 39 50
47. J. Qian K. Steigerwald K. A. Combs M. C. Barton J. Groden Oncogene 2007 26 4872 4876
48. K. Steigerwald G. K. Behbehani K. A. Combs M. C. Barton J. Groden Mol. Cancer Res. 2005 3 78 89
49. X. B. Qiu S. L. Markant J. Yuan A. L. Goldberg EMBO J. 2004 23 800 810
50. M. Rezvani C. C. Liew J. Biol. Chem. 2000 275 18470 18475
51. V. P. van Empel A. T. Bertrand L. Hofstra H. J. Crijns P. A. Doevendans L. J. De Windt Cardiovasc. Res. 2005 67 21 29
52. K. Konstantinidis R. S. Whelan R. N. Kitsis Arterioscler., Thromb., Vasc. Biol. 2012 32 1552 1562
53. D. A. Kubli A. B. Gustafsson Circ. Res. 2012 111 1208 1221
54. J. Narula P. Pandey E. Arbustini N. Haider N. Narula F. D. Kolodgie B. Dal Bello M. J. Semigran A. Bielsa-Masdeu G. W. Dec S. Israels M. Ballester R. Virmani S. Saxena S. Kharbanda Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 8144 8149
55. S. Griffiths-Jones H. K. Saini S. van Dongen A. J. Enright Nucleic Acids Res. 2008 36 D154 D158
56. G. W. Dorn, 2nd Transl. Res. 2011 157 226 235
57. K. G. Barringhaus P. D. Zamore Circulation 2009 119 2217 2224
58. E. van Rooij W. S. Marshall E. N. Olson Circ. Res. 2008 103 919 928
59. D. Sayed C. Hong I. Y. Chen J. Lypowy M. Abdellatif Circ. Res. 2007 100 416 424
60. T. Thum C. Gross J. Fiedler T. Fischer S. Kissler M. Bussen P. Galuppo S. Just W. Rottbauer S. Frantz M. Castoldi J. Soutschek V. Koteliansky A. Rosenwald M. A. Basson J. D. Licht J. T. Pena S. H. Rouhanifard M. U. Muckenthaler T. Tuschl G. R. Martin J. Bauersachs S. Engelhardt Nature 2008 456 980 984
61. S. J. Matkovich W. Wang Y. Tu W. H. Eschenbacher L. E. Dorn G. Condorelli A. Diwan J. M. Nerbonne G. W. Dorn, 2nd Circ. Res. 2010 106 166 175
62. B. M. Palmer Heart Failure Rev. 2005 10 187 197
63. B. C. Bernardo X. M. Gao C. E. Winbanks E. J. Boey Y. K. Tham H. Kiriazis P. Gregorevic S. Obad S. Kauppinen X. J. Du R. C. Lin J. R. McMullen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 17615 17620
64. E. van Rooij L. B. Sutherland X. Qi J. A. Richardson J. Hill E. N. Olson Science 2007 316 575 579
65. D. H. Chitwood M. C. Timmermans Nature 2010 467 415 419
66. L. He G. J. Hannon Nat. Rev. Genet. 2004 5 522 531
67. M. Esteller Nat. Rev. Genet. 2011 12 861 874
68. J. Brennecke A. Stark R. B. Russell S. M. Cohen PLoS Biol. 2005 3 e85
69. A. Krek D. Grun M. N. Poy R. Wolf L. Rosenberg E. J. Epstein P. MacMenamin I. da Piedade K. C. Gunsalus M. Stoffel N. Rajewsky Nat. Genet. 2005 37 495 500
70. T. W. Lhakhang M. A. Chaudhry J. Appl. Genet. 2011 53 149 158
71. M. Thomas J. Lieberman A. Lal Nat. Struct. Mol. Biol. 2010 17 1169 1174
72. N. H. Tan Gana A. F. Victoriano T. Okamoto Genes Cells 2012 17 11 27
73. W. Ritchie J. E. Rasko S. Flamant Adv. Exp. Med. Biol. 2013 774 39 53
74. M. M. Kockx M. W. Knaapen J. Pathol. 2000 190 267 280
75. T. L. Medley M. Furtado N. T. Lam R. Idrizi D. Williams P. J. Verma M. Costa D. M. Kaye PLoS One 2013 8 e80280
76. H. Schumann J. Holtz H. R. Zerkowski M. Hatzfeld Cardiovasc. Res. 2000 45 720 728
77. T. Vergoulis I. S. Vlachos P. Alexiou G. Georgakilas M. Maragkakis M. Reczko S. Gerangelos N. Koziris T. Dalamagas A. G. Hatzigeorgiou Nucleic Acids Res. 2012 40 D222 D229
78. W. S. Cleveland J. Am. Stat. Assoc. 1979 74 829 836
79. R. Edgar M. Domrachev A. E. Lash Nucleic Acids Res. 2002 30 207 210
80. K. J. Livak T. D. Schmittgen Methods 2001 25 402 408
81. M. Ashburner C. A. Ball J. A. Blake D. Botstein H. Butler J. M. Cherry A. P. Davis K. Dolinski S. S. Dwight J. T. Eppig M. A. Harris D. P. Hill L. Issel-Tarver A. Kasarskis S. Lewis J. C. Matese J. E. Richardson M. Ringwald G. M. Rubin G. Sherlock Nat. Genet. 2000 25 25 29
82. M. Kanehisa S. Goto M. Furumichi M. Tanabe M. Hirakawa Nucleic Acids Res. 2010 38 D355 D360
83. D. Croft G. O'Kelly G. Wu R. Haw M. Gillespie L. Matthews M. Caudy P. Garapati G. Gopinath B. Jassal S. Jupe I. Kataskaya S. Mahajan B. May N. Ndegwa E. Schmidt V. Shamovsky C. Yung E. Birney H. Hermjakob P. D'Eustachio L. Stein Nucleic Acids Res. 2011 39 D691 D697
84. B. P. Lewis C. B. Burge D. P. Bartel Cell 2005 120 15 20
85. N. Bousette S. Chugh V. Fong R. Isserlin K. H. Kim A. Volchuk P. H. Backx P. Liu T. Kislinger D. H. MacLennan A. Emili A. O. Gramolini Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 18481 18486
86. R. Chis P. Sharma N. Bousette T. Miyake A. Wilson P. H. Backx A. O. Gramolini Am. J. Physiol.: Heart Circ. Physiol. 2012 303 H967 H978
87. A. M. Rieger K. L. Nelson J. D. Konowalchuk D. R. Barreda J. Visualized Exp. 2011 50 e2597
88. I. Eisenberg A. Eran I. Nishino M. Moggio C. Lamperti A. A. Amato H. G. Lidov P. B. Kang K. N. North S. Mitrani-Rosenbaum K. M. Flanigan L. A. Neely D. Whitney A. H. Beggs I. S. Kohane L. M. Kunkel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 17016 17021