Improved PEP-FOLD approach for peptide and miniprotein structure prediction

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 10, 2014, Pages 4745-4758

  Shen, Yimin ^a,d   Maupetit, Julien ^a,b,d   Derreumaux, Philippe ^b,c,d   Tufféry, Pierre ^a,d  

^a INSERM   (France)

^b INST DE BIOLOGIE PHYSICO CHIMIQUE   (France)

^c INSTITUT UNIVERSITAIRE DE FRANCE   (France)

^d UNIVERSITÉ PARIS DESCARTES   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84907997286     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct500592m     Document Type: Article

References (57)

1. Vlieghe, P.; Lisowski, V.; Martinez, J.; Khrestchatisky, M. Drug Discovery Today 2010, 15, 40-56
2. Zhang, G.; Kazanietz, M. G.; Blumberg, P. M.; Hurley, J. H. Cell 1995, 81, 917-24
3. Mueller, T. D.; Feigon, J. J. Mol. Biol. 2002, 319, 1243-55
4. Alam, S. L.; Sun, J.; Payne, M.; Welch, B. D.; Blake, B. K.; Davis, D. R.; Meyer, H. H.; Emr, S. D.; Sundquist, W. I. EMBO J. 2004, 23, 1411-21
5. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235-42
6. Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Science 2011, 334, 517-20
7. Zagrovic, B.; Snow, C. D.; Shirts, M. R.; Pande, V. S. J. Mol. Biol. 2002, 323, 927-37
8. Escoubas, P.; King, G. F. Expert Rev. Proteomics 2009, 6, 221-4
9. Kim, D. E.; Chivian, D.; Baker, D. Nucleic Acids Res. 2004, 32, W526-31
10. Das, R.; Baker, D. Annu. Rev. Biochem. 2008, 77, 363-82
11. Zhang, Y. BMC Bioinformatics 2008, 9, 40
12. Xu, D.; Zhang, Y. Proteins 2012, 80, 1715-35
13. Kaur, H.; Garg, A.; Raghava, G. P. S. Protein Pept. Lett. 2007, 14, 626-31
14. Jayaram, B.; Bhushan, K.; Shenoy, S. R.; Narang, P.; Bose, S.; Agrawal, P.; Sahu, D.; Pandey, V. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 6195-204
15. Thomas, A.; Deshayes, S.; Decaffmeyer, M.; Eyck, M.-H. V.; Charloteaux, B. B.; Brasseur, R. Adv. Exp. Med. Biol. 2009, 611, 459-60
16. Ozkan, S. B.; Wu, G. A.; Chodera, J. D.; Dill, K. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 11987-92
17. Davtyan, A.; Schafer, N. P.; Zheng, W.; Clementi, C.; Wolynes, P. G.; Papoian, G. A. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 8494-503
18. Lee, J.; Lee, J.; Sasaki, T. N.; Sasai, M.; Seok, C.; Lee, J. Proteins 2011, 79, 2403-17
19. Nicosia, G.; Stracquadanio, G. Biophys. J. 2008, 95, 4988-4999
20. Chebaro, Y.; Pasquali, S.; Derreumaux, P. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 8741-52
21. Chikenji, G.; Fujitsuka, Y.; Takada, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 3141-6
22. Voelz, V. A.; Shell, M. S.; Dill, K. A. PLoS Comput. Biol. 2009, 5, e1000281
23. Maupetit, J.; Derreumaux, P.; Tuffery, P. Nucleic Acids Res. 2009, 37, W498-503
24. Maupetit, J.; Derreumaux, P.; Tufféry, P. J. Comput. Chem. 2010, 31, 726-38
25. Camproux, A. C.; Gautier, R.; Tufféry, P. J. Mol. Biol. 2004, 339, 591-605
26. Thévenet, P.; Shen, Y.; Maupetit, J.; Guyon, F.; Derreumaux, P.; Tufféry, P. Nucleic Acids Res. 2012, 40, W288-93
27. Steckbeck, J. D.; Craigo, J. K.; Barnes, C. O.; Montelaro, R. C. J. Biol. Chem. 2011, 286, 27156-66
28. Feller, G.; Dehareng, D.; Lage, J.-L. D. FEBS J. 2011, 278, 2333-40
29. Berges, R.; Balzeau, J.; Takahashi, M.; Prevost, C.; Eyer, J. PLoS One 2012, 7, e49436
30. Olsson, N.; Wallin, S.; James, P.; Borrebaeck, C. A. K.; Wingren, C. Protein Sci. 2012, 21, 1897-910
31. López-Martínez, R.; Ramírez-Salinas, G. L.; Correa-Basurto, J.; Barrón, B. L. PLoS One 2013, 8, e76876
32. Gupta, S. K.; Singh, A.; Srivastava, M.; Gupta, S. K.; Akhoon, B. A. Vaccine 2009, 28, 120-31
33. Qureshi, A.; Thakur, N.; Tandon, H.; Kumar, M. Nucleic Acids Res. 2014, 42, D1147-53
34. Yan, L.; Yan, Y.; Liu, H.; LV, Q. BioSystems 2013, 113, 1-8
35. Wu, G.; Han, K.; LV, F. J. Theor. Biol. 2013, 317, 293-300
36. Horjales, S.; Schmidt-Arras, D.; Limardo, R. R.; Leclercq, O.; Obal, G.; Prina, E.; Turjanski, A. G.; Späth, G. F.; Buschiazzo, A. Structure 2012, 20, 1649-60
37. Francisco, B. S.; Bretsnyder, E. C.; Kranz, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013, 110, E788-97
38. Ulrich, E. L. Nucleic Acids Res. 2008, 36, D402-8
39. Hauser, M.; Mayer, C. E.; Söding, J. BMC Bioinformatics 2013, 14, 248
40. Wang, G.; Dunbrack, R. L. Bioinformatics 2003, 19, 1589-91
41. Viterbi, A. IEEE Trans. Inform. Theory 1967, 13, 260-269
42. Rabiner, L. Proceedings of the IEEE 1989, 77, 257-286
43. Tuffery, P.; Guyon, F.; Derreumaux, P. J. Comput. Chem. 2005, 26, 506-13
44. Altschul, S. F.; Madden, T. L.; Schäffer, A. A.; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W.; Lipman, D. J. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 3389-402
45. Suzek, B. E.; Huang, H.; McGarvey, P.; Mazumder, R.; Wu, C. H. Bioinformatics 2007, 23, 1282-8
46. Guyon, F.; Camproux, A.-C.; Hochez, J.; Tufféry, P. Nucleic Acids Res. 2004, 32, W545-8
47. Maupetit, J.; Tuffery, P.; Derreumaux, P. Proteins 2007, 69, 394-408
48. Zemla, A.; Venclovas, C.; Moult, J.; Fidelis, K. Proteins 1999, Suppl 3, 22-9
49. Zhang, Y.; Skolnick, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 7594-9
50. Guyon, F.; Tufféry, P. Bioinformatics 2014, 30, 784-791
51. Wang, Z.; Eickholt, J.; Cheng, J. Bioinformatics 2011, 27, 1715-6
52. Labesse, G.; Colloc'h, N.; Pothier, J.; Mornon, J. P. Comput. Appl. Biosci. 1997, 13, 291-5
53. Mirabello, C.; Pollastri, G. Bioinformatics 2013, 29, 2056-8
54. Buchan, D. W.; Minneci, F.; Nugent, T. C.; Bryson, K.; Jones, D. T. Nucleic acids research 2013, 41, W349-W357
55. Sterpone, F.; Melchionna, S.; Tuffery, P.; Pasquali, S.; Mousseau, N.; Cragnolini, T.; Chebaro, Y.; St-Pierre, J.-F.; Kalimeri, M.; Barducci, A.; Laurin, Y.; Tek, A.; Baaden, M.; Nguyen, P. H.; Derreumaux, P. Chem. Soc. Rev. 2014, 43, 4871-93
56. Nguyen, P. H.; Okamoto, Y.; Derreumaux, P. J. Chem. Phys. 2013, 138, 061102
57. Rey, J.; Tufféry, P. BactPepDB: a database of predicted peptides from a exhaustive survey of complete prokaryote genomes, submitted.