The role of flexibility and optimality in the prediction of intracellular fluxes of microbial central carbon metabolism

Molecular BioSystems

Volumn 10, Issue 9, 2014, Pages 2459-2465

  Tarlak, Fatih ^a   Sadikoǧlu, Hasan ^a   Çakir, Tunahan ^a  

^a GEBZE TECHNICAL UNIVERSITY   (Turkey)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CARBON;

BIOMASS; ESCHERICHIA COLI; METABOLISM; PHYSIOLOGY; PLIABILITY; SACCHAROMYCES CEREVISIAE;

BIOMASS; CARBON; ESCHERICHIA COLI; PLIABILITY; SACCHAROMYCES CEREVISIAE;

EID: 84905267868     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4mb00117f     Document Type: Article

References (50)

1. H. P. Bonarius V. Hatzimanikatis K. P. Meesters C. D. de Gooijer G. Schmid J. Tramper Biotechnol. Bioeng. 1996 50 299 318
2. J. Pramanik J. D. Keasling Biotechnol. Bioeng. 1997 56 398 421
3. U. Sauer D. C. Cameron J. E. Bailey Biotechnol. Bioeng. 1998 59 227 238
4. A. Varma B. O. Palsson J. Theor. Biol. 1993 165 503 522
5. A. P. Burgard C. D. Maranas Biotechnol. Bioeng. 2003 82 670 677
6. H. David M. Akesson J. Nielsen Eur. J. Biochem. 2003 270 4243 4253
7. J. S. Edwards R. U. Ibarra B. O. Palsson Nat. Biotechnol. 2001 19 125 130
8. I. Famili J. Forster J. Nielsen B. O. Palsson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 13134 13139
9. Y.-K. Oh B. O. Palsson S. M. Park C. H. Schilling R. Mahadevan J. Biol. Chem. 2007 282 28791 28799
10. A. P. Oliveira J. Nielsen J. Förster BMC Microbiol. 2005 5 39
11. R. Schuetz L. Kuepfer U. Sauer Mol. Syst. Biol. 2007 3 119
12. A. L. Knorr R. Jain R. Srivastava Bioinformatics 2007 23 351 357
13. H.-G. Holzhütter Eur. J. Biochem. 2004 271 2905 2922
14. A. Zaslaver A. E. Mayo R. Rosenberg P. Bashkin H. Sberro M. Tsalyuk M. G. Surette U. Alon Nat. Genet. 2004 36 486 491
15. T. Çakir S. Alsan H. Saybaşili A. Akin K. Ö. Ülgen Theor. Biol. Med. Modell. 2007 4 48
16. N. E. Lewis K. K. Hixson T. M. Conrad J. A. Lerman P. Charusanti A. D. Polpitiya J. N. Adkins G. Schramm S. O. Purvine D. Lopez-Ferrer K. K. Weitz R. Eils R. König R. D. Smith B. Ø. Palsson Mol. Syst. Biol. 2010 6 390
17. M. A. Orman F. Berthiaume I. P. Androulakis M. G. Ierapetritou J. Theor. Biol. 2011 272 131 140
18. J. Stelling S. Klamt K. Bettenbrock S. Schuster E. D. Gilles Nature 2002 420 190 193
19. T. Çakir B. Kirdar Z. İ. Önsan K. Ö. Ülgen J. Nielsen BMC Syst. Biol. 2007 1 18
20. Z. I. T. A. Soons E. C. Ferreira K. R. Patil I. Rocha PLoS One 2013 8 e61648
21. R. Mahadevan C. H. Schilling Metab. Eng. 2003 5 264 276
22. T. Çakir M. M. Hendriks J. A. Westerhuis A. K. Smilde Metabolomics 2009 5 318 329
23. Y. Bilu T. Shlomi N. Barkai E. Ruppin PLoS Comput. Biol. 2006 2 e106
24. M. T. A. P. Kresnowati W. A. van Winden M. J. H. Almering A. ten Pierick C. Ras T. A. Knijnenburg P. Daran-Lapujade J. T. Pronk J. J. Heijnen J. M. Daran Mol. Syst. Biol. 2006 2 49
25. A. M. Martins D. Camacho J. Shuman W. Sha P. Mendes V. Shulaev Curr. Genomics 2004 5 649 663
26. D. Camacho A. de la Fuente P. Mendes Metabolomics 2005 1 53 63
27. A. M. Feist C. S. Henry J. L. Reed M. Krummenacker A. R. Joyce P. D. Karp L. J. Broadbelt V. Hatzimanikatis B. Ø. Palsson Mol. Syst. Biol. 2007 3 121
28. J. Förster I. Famili P. Fu B. Ø. Palsson J. Nielsen Genome Res. 2003 13 244 253
29. A. Varma B. O. Palsson Appl. Environ. Microbiol. 1994 60 3724 3731
30. L. M. Blank B. E. Ebert B. Bühler A. Schmid Biotechnol. Bioeng. 2008 100 1050 1065
31. J. L. Reed T. D. Vo C. H. Schilling B. O. Palsson Genome Biol. 2003 4 R54
32. K. J. Kauffman P. Prakash J. S. Edwards Curr. Opin. Biotechnol. 2003 14 491 496
33. J. D. Orth I. Thiele B. Ø. Palsson Nat. Biotechnol. 2010 28 245 248
34. A. Nanchen A. Schicker U. Sauer Appl. Environ. Microbiol. 2006 72 1164 1172
35. E. Fischer U. Sauer J. Biol. Chem. 2003 278 46446 46451
36. M. Emmerling M. Dauner A. Ponti J. Fiaux M. Hochuli T. Szyperski K. Wüthrich J. E. Bailey U. Sauer J. Bacteriol. 2002 184 152 164
37. A. Perrenoud U. Sauer J. Bacteriol. 2005 187 3171 3179
38. P. Jouhten E. Rintala A. Huuskonen A. Tamminen M. Toivari M. Wiebe L. Ruohonen M. Penttilä H. Maaheimo BMC Syst. Biol. 2008 2 60
39. P. van Hoek M. T. Flikweert Q. J. van der Aart H. Y. Steensma J. P. van Dijken J. T. Pronk Appl. Environ. Microbiol. 1998 64 2133 2140
40. K. Smallbone E. Simeonidis J. Theor. Biol. 2009 258 311 315
41. S.-M. Fendt U. Sauer BMC Syst. Biol. 2010 4 12
42. L. M. Blank L. Kuepfer U. Sauer Genome Biol. 2005 6 R49
43. J. Heyland J. Fu L. M. Blank Microbiology 2009 155 3827 3837
44. A. K. Gombert M. M. dos Santos B. Christensen J. Nielsen J. Bacteriol. 2001 183 1441 1451
45. T. Çakir B. Kirdar K. Ö. Ülgen Biotechnol. Bioeng. 2004 86 251 260
46. C. Colijn A. Brandes J. Zucker D. S. Lun B. Weiner M. R. Farhat T.-Y. Cheng D. B. Moody M. Murray J. E. Galagan PLoS Comput. Biol. 2009 5 e1000489
47. A. Navid E. Almaas BMC Syst. Biol. 2012 6 150
48. D. Lee K. Smallbone W. B. Dunn E. Murabito C. L. Winder D. B. Kell P. Mendes N. Swainston BMC Syst. Biol. 2012 6 73
49. A. B. Canelas N. Harrison A. Fazio J. Zhang J.-P. Pitkanen J. Van Den Brink B. M. Bakker L. Bogner J. Bouwman J. I. Castrillo A. Cankorur P. Chumnanpuen P. Daran-Lapujade D. Dikicioglu K. van Eunen J. C. Ewald J. J. Heijnen B. Kirdar I. Mattila F. I. C. Mensonides A. Niebel M. Pentilla J. T. Pronk M. Reuss L. Salusjarvi U. Sauer D. Sherman M. Siemann-Herzberg H. Westerhoff J. de Winde D. Petranovic S. G. Oliver C. T. Workman N. Zamboni J. Nielsen Nat. Commun. 2010 1 145
50. M. D. Piper P. Daran-Lapujade C. Bro B. Regenberg S. Knudsen J. Nielsen J. T. Pronk J. Biol. Chem. 2002 277 37001 37008