Accurate determination of plasmid copy number of flow-sorted cells using droplet digital PCR

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 12, 2014, Pages 5969-5976

  Jahn, Michael ^a   Vorpahl, Carsten ^a   Türkowsky, Dominique ^a   Lindmeyer, Martin ^b   Bühler, Bruno ^b   Harms, Hauke ^a   Müller, Susann ^a  

^a HELMHOLTZ CENTRE FOR ENVIRONMENTAL RESEARCH UFZ   (Germany)

^b TU DORTMUND UNIVERSITY   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CELLS; DNA; DROPS; FLOW CYTOMETRY; FLUORESCENCE; GENE EXPRESSION; POLYMERASE CHAIN REACTION; POPULATION DISTRIBUTION; PROTEINS;

BIOTECHNOLOGICAL PROCESS; HETEROGENEOUS DISTRIBUTIONS; PRECISE DETERMINATIONS; PROOF OF PRINCIPLES; PROTEIN PRODUCTION; PSEUDOMONAS PUTIDA; QUANTIFICATION OF DNAS; STANDARD CONDITIONS;

CYTOLOGY;

DNA;

FLOW CYTOMETRY; GENE DOSAGE; GENETICS; PLASMID; POLYMERASE CHAIN REACTION; PROCEDURES;

DNA; FLOW CYTOMETRY; GENE DOSAGE; PLASMIDS; POLYMERASE CHAIN REACTION;

EID: 84902791340     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac501118v     Document Type: Article

References (50)

1. Friehs, K. Adv. Biochem. Eng./Biotechnol. 2004, 86, 47-82
2. Vary, P. S.; Biedendieck, R.; Fuerch, T.; Meinhardt, F.; Rohde, M.; Deckwer, W.; Jahn, D. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2007, 76, 957-967
3. Kroll, J.; Klinter, S.; Schneider, C.; Voss, I.; Steinbüchel, A. Microb. Biotechnol. 2010, 3, 634-657
4. Skulj, M.; Okrslar, V.; Jalen, S.; Jevsevar, S.; Slanc, P.; Strukelj, B.; Menart, V. Microb. Cell Fact. 2008, 7, 6
5. Carapuça, E.; Azzoni, A. R.; Prazeres, D. M. F.; Monteiro, G. A.; Mergulhão, F. J. M. Mol. Biotechnol. 2007, 37, 120-126
6. Wong Ng, J.; Chatenay, D.; Robert, J.; Poirier, M. G. Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2010, 81, 011909
7. Reyes-Lamothe, R.; Nicolas, E.; Sherratt, D. J. Annu. Rev. Genet. 2012, 46, 121-143
8. Summers, D. K. Trends Biotechnol. 1991, 9, 273-278
9. Kim, B. G.; Shuler, M. L. Biotechnol. Bioeng. 1991, 37, 1076-1086
10. Corchero, J. L.; Villaverde, A. Biotechnol. Bioeng. 1998, 58, 625-632
11. Sevastsyanovich, Y.; Alfasi, S.; Overton, T.; Hall, R.; Jones, J.; Hewitt, C.; Cole, J. FEMS Microbiol. Lett. 2009, 299, 86-94
12. Smits, T. H.; Seeger, M. A.; Witholt, B.; van Beilen, J. B. Plasmid 2001, 46, 16-24
13. Jahn, M.; Seifert, J.; von Bergen, M.; Schmid, A.; Bühler, B.; Müller, S. Curr. Opin. Biotechnol. 2013, 24, 79-87
14. Breuer, S.; Marzban, G.; Cserjan-Puschman, M.; Dürrschmid, E.; Bayer, K. Electrophoresis 1998, 19, 2474-2478
15. Projan, S. J.; Carleton, S.; Novick, R. P. Plasmid 1983, 9, 182-190
16. Coppella, S. J.; Acheson, C. M.; Dhurjati, P. J. Chromatogr. 1987, 402, 189-199
17. Lee, C. L.; Ow, D. S. W.; Oh, S. K. W. J. Microbiol. Methods 2006, 65, 258-267
18. Sykes, P. J.; Neoh, S. H.; Brisco, M. J.; Hughes, E.; Condon, J.; Morley, A. A. BioTechniques 1992, 13, 444-449
19. Vogelstein, B.; Kinzler, K. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9236-9241
20. Hindson, C. M.; Chevillet, J. R.; Briggs, H. A.; Gallichotte, E. N.; Ruf, I. K.; Hindson, B. J.; Vessella, R. L.; Tewari, M. Nat. Methods 2013, 10, 1003-1005
21. Strain, M. C.; Lada, S. M.; Luong, T.; Rought, S. E.; Gianella, S.; Terry, V. H.; Spina, C. A.; Woelk, C. H.; Richman, D. D. PLoS One 2013, 8, e55943
22. Whale, A. S.; Huggett, J. F.; Cowen, S.; Speirs, V.; Shaw, J.; Ellison, S.; Foy, C. A.; Scott, D. J. Nucleic Acids Res. 2012, 40, e82
23. Huggett, J. F.; Foy, C. A.; Benes, V.; Emslie, K.; Garson, J. A.; Haynes, R.; Hellemans, J.; Kubista, M.; Mueller, R. D.; Nolan, T.; Pfaffl, M. W.; Shipley, G. L.; Vandesompele, J.; Wittwer, C. T.; Bustin, S. A. Clin. Chem. 2013, 59, 892-902
24. Whale, A. S.; Cowen, S.; Foy, C. A.; Huggett, J. F. PLoS One 2013, 8, e58177
25. Miotke, L.; Lau, B. T.; Rumma, R. T.; Ji, H. P. Anal. Chem. 2014, 86, 2618-2624
26. Last, A. R.; Roberts, C. H.; Cassama, E.; Nabicassa, M.; Molina-Gonzalez, S.; Burr, S. E.; Mabey, D. C. W.; Bailey, R. L.; Holland, M. J. J. Clin. Microbiol. 2014, 52, 324-327
27. Straub, T.; Baird, C.; Bartholomew, R. A.; Colburn, H.; Seiner, D.; Victry, K.; Zhang, L.; Bruckner-Lea, C. J. J. Microbiol. Methods 2013, 92, 9-10
28. Dong, L.; Meng, Y.; Wang, J.; Liu, Y. Anal. Bioanal. Chem. 2014, 406, 1701-1712
29. Jehmlich, N.; Hübschmann, T.; Gesell Salazar, M.; Völker, U.; Benndorf, D.; Müller, S.; von Bergen, M.; Schmidt, F. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2010, 88, 575-584
30. Wiacek, C.; Müller, S.; Benndorf, D. Proteomics 2006, 6, 5983-5994
31. Hindson, B. J.; Ness, K. D.; Masquelier, D. A.; Belgrader, P.; Heredia, N. J.; Makarewicz, A. J.; Bright, I. J.; Lucero, M. Y.; Hiddessen, A. L.; Legler, T. C.; Kitano, T. K.; Hodel, M. R.; Petersen, J. F.; Wyatt, P. W.; Steenblock, E. R.; Shah, P. H.; Bousse, L. J.; Troup, C. B.; Mellen, J. C.; Wittmann, D. K.; Erndt, N. G.; Cauley, T. H.; Koehler, R. T.; So, A. P.; Dube, S.; Rose, K. A.; Montesclaros, L.; Wang, S.; Stumbo, D. P.; Hodges, S. P. Anal. Chem. 2011, 83, 8604-8610
32. Jahn, M.; Seifert, J.; Hübschmann, T.; von Bergen, M.; Harms, H.; Müller, S. Journal Of Integrated Omics 2013, 2, 25-33
33. Koch, C.; Günther, S.; Desta, A. F.; Hübschmann, T.; Müller, S. Nat. Protoc. 2013, 8, 190-202
34. Hahne, F.; LeMeur, N.; Brinkman, R. R.; Ellis, B.; Haaland, P.; Sarkar, D.; Spidlen, J.; Strain, E.; Gentleman, R. BMC Bioinformatics 2009, 10, 106
35. Rozen, S.; Skaletsky, H. Methods Mol. Biol. 2000, 132, 365-386
36. Marshall, O. Methods Mol. Biol. 2007, 402, 403-414
37. Li, H.; Bo, H.; Wang, J.; Shao, H.; Huang, S. Cytotechnology 2011, 63, 7-12
38. Feldman, M. B.; Terry, D. S.; Altman, R. B.; Blanchard, S. C. Nat. Chem. Biol. 2010, 6, 54-62
39. Wilson, I. G. Appl. Environ. Microbiol. 1997, 63, 3741-3751
40. Weissensteiner, T.; Lanchbury, J. S. BioTechniques 1996, 21, 1102-1108
41. Bhat, S.; McLaughlin, J. L. H.; Emslie, K. R. Analyst 2011, 136, 724-732
42. Reichert-Schwillinsky, F.; Pin, C.; Dzieciol, M.; Wagner, M.; Hein, I. Appl. Environ. Microbiol. 2009, 75, 2132-2138
43. Volkmer, B.; Heinemann, M. PLoS One 2011, 6, e23126
44. Cormack, B. P.; Valdivia, R. H.; Falkow, S. Gene 1996, 173, 33-38
45. Iizuka, R.; Yamagishi-Shirasaki, M.; Funatsu, T. Anal. Biochem. 2011, 414, 173-178
46. Disney, M. D.; Seeberger, P. H. Chemistry 2004, 10, 3308-3314
47. Le Goffic, F.; Capmau, M. L.; Tangy, F.; Baillarge, M. Eur. J. Biochem. 1979, 102, 73-81
48. Misumi, M.; Nishimura, T.; Komai, T.; Tanaka, N. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1978, 84, 358-365
49. Wong, C. H.; Hendrix, M.; Priestley, E. S.; Greenberg, W. A. Chem. Biol. 1998, 5, 397-406
50. Ling, J.; Cho, C.; Guo, L.; Aerni, H. R.; Rinehart, J.; Söll, D. Mol. Cell 2012, 48, 713-722