Identification of ligand-target pairs from combined libraries of small molecules and unpurified protein targets in cell lysates

Journal of the American Chemical Society

Volumn 136, Issue 8, 2014, Pages 3264-3270

  McGregor, Lynn M ^a   Jain, Tara ^a   Liu, David R ^a  

^a HARVARD UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTIBODY; BIOTIN; DESTHIOBIOTIN; DNA; LIGAND; MOLECULAR LIBRARY; PROTEIN; STREPTAVIDIN;

ANALOGS AND DERIVATIVES; CHEMISTRY; HELA CELL LINE; HUMAN; MOLECULAR LIBRARY; REAL TIME POLYMERASE CHAIN REACTION;

ANTIBODIES; BIOTIN; DNA; HELA CELLS; HUMANS; LIGANDS; PROTEINS; REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION; SMALL MOLECULE LIBRARIES; STREPTAVIDIN;

EID: 84894628304     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja412934t     Document Type: Article

References (39)

1. Kleiner, R. E.; Dumelin, C. E.; Liu, D. R. Chem. Soc. Rev. 2011, 40, 5707
2. Mannocci, L.; Leimbacher, M.; Wichert, M.; Scheuermann, J.; Neri, D. Chem. Commun. 2011, 47, 12747
3. Clark, M. A. Curr. Opin. Chem. Biol. 2010, 14, 396
4. Buller, F.; Steiner, M.; Frey, K.; Mircsof, D.; Scheuermann, J.; Kalisch, M.; Buhlmann, P.; Supuran, C. T.; Neri, D. ACS Chem. Biol. 2011, 6, 336
5. Kleiner, R. E.; Dumelin, C. E.; Tiu, G. C.; Sakurai, K.; Liu, D. R. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 11779
6. Clark, M. A.; Acharya, R. A.; Arico-Muendel, C. C.; Belyanskaya, S. L.; Benjamin, D. R.; Carlson, N. R.; Centrella, P. A.; Chiu, C. H.; Creaser, S. P.; Cuozzo, J. W.; Davie, C. P.; Ding, Y.; Franklin, G. J.; Franzen, K. D.; Gefter, M. L.; Hale, S. P.; Hansen, N. J. V.; Israel, D. I.; Jiang, J.; Kavarana, M. J.; Kelley, M. S.; Kollmann, C. S.; Li, F.; Lind, K.; Mataruse, S.; Medeiros, P. F.; Messer, J. A.; Myers, P.; O'keefe, H.; Oliff, M. C.; Rise, C. E.; Satz, A. L.; Skinner, S. R.; Svendsen, J. L.; Tang, L.; Van Vloten, K.; Wagner, R. W.; Yao, G.; Zhao, B.; Morgan, B. A. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 647
7. Wrenn, S. J.; Weisinger, R. M.; Halpin, D. R.; Harbury, P. B. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 13137
8. McGregor, L. M.; Gorin, D. J.; Dumelin, C. E.; Liu, D. R. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 15522
9. Inglese, J.; Johnson, R. L.; Simeonov, A.; Xia, M.; Zheng, W.; Austin, C. P.; Auld, D. S. Nat. Chem. Biol. 2007, 3, 466
10. Scott, D. E.; Coyne, A. G.; Hudson, S. A.; Abell, C. Biochemistry 2012, 51, 4990
11. Good, M. C.; Zalatan, J. G.; Lim, W. A. Science 2011, 332, 680
12. Fredriksson, S.; Gullberg, M.; Jarvius, J.; Olsson, C.; Pietras, K.; Gustafsdottir, S. M.; Ostman, A.; Landegren, U. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 473
13. Soderberg, O.; Gullberg, M.; Jarvius, M.; Ridderstrale, K.; Leuchowius, K. J.; Jarvius, J.; Wester, K.; Hydbring, P.; Bahram, F.; Larsson, L. G.; Landegren, U. Nat. Methods 2006, 3, 995
14. Hammond, M.; Nong, R. Y.; Ericsson, O.; Pardali, K.; Landegren, U. PLoS One 2012, 7, e40405
15. Gustafsdottir, S. M.; Wennstrom, S.; Fredriksson, S.; Schallmeiner, E.; Hamilton, A. D.; Sebti, S. M.; Landegren, U. Clin. Chem. 2008, 54, 1218
16. Lundberg, M.; Eriksson, A.; Tran, B.; Assarsson, E.; Fredriksson, S. Nucleic Acids Res. 2011, 39, e102
17. Dumelin, C. E.; Scheuermann, J.; Melkko, S.; Neri, D. Bioconjugate Chem. 2006, 17, 366
18. Green, N. M. Methods Enzymol. 1990, 184, 51
19. Schwanhausser, B.; Busse, D.; Li, N.; Dittmar, G.; Schuchhardt, J.; Wolf, J.; Chen, W.; Selbach, M. Nature 2011, 437, 337
20. Wang, F.; Travins, J.; DeLaBarre, B.; Penard-Lacronique, V.; Schalm, S.; Hansen, E.; Straley, K.; Kernytsky, A.; Liu, W.; Gliser, C.; Yang, H.; Gross, S.; Artin, E.; Saada, V.; Mylonas, E.; Quivoron, C.; Popovici-Muller, J.; Saunders, J. O.; Salituro, F. G.; Yan, S.; Murray, S.; Wei, W.; Gao, Y.; Dang, L.; Dorsch, M.; Agresta, S.; Schenkein, D. P.; Biller, S. A.; Su, S. M.; de Botton, S.; Yen, K. E. Science 2013, 340, 622
21. Mincione, F.; Starnotti, M.; Menabuoni, L.; Scozzafava, A.; Casini, A.; Supuran, C. T. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2001, 11, 1787
22. Fritze, C. E.; Anderson, T. R. Methods Enzymol. 2000, 327, 3
23. QIAexpress Detection and Assay Handbook. http://www.qiagen.com (accessed September 19, 2012).
24. Douglass, E. F., Jr.; Miller, C. J.; Sparer, G.; Shapiro, H.; Spiegel, D. A. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 6092
25. West, G. M.; Tang, L.; Fitzgerald, M. C. Anal. Chem. 2008, 80, 4175
26. Petros, A. M.; Nettesheim, D. G.; Wang, Y.; Olejniczak, E. T.; Meadows, R. P.; Mack, J.; Swift, K.; Matayoshi, E. D.; Zhang, H.; Thompson, C. B.; Fesik, S. W. Protein Sci. 2000, 9, 2528
27. Mollwitz, B.; Brunk, E.; Schmitt, S.; Pojer, F.; Bannwarth, M.; Schiltz, M.; Rothlisberger, U.; Johnsson, K. Biochemistry 2012, 51, 986
28. Chidley, C.; Haruki, H.; Pedersen, M. G.; Muller, E.; Johnsson, K. Nat. Chem. Biol. 2011, 7, 375
29. Haruki, H.; Gonzalez, M. R.; Johnsson, K. PLoS One 2012, 7, e37598
30. Encell, L. P.; Friedman Ohana, R.; Zimmerman, K.; Otto, P.; Vidugiris, G.; Wood, M. G.; Los, G. V.; McDougall, M. G.; Zimprich, C.; Karassina, N.; Learish, R. D.; Hurst, R.; Hartnett, J.; Wheeler, S.; Stecha, P.; English, J.; Zhao, K.; Mendez, J.; Benink, H. A.; Murphy, N.; Daniels, D. L.; Slater, M. R.; Urh, M.; Darzins, A.; Klaubert, D. H.; Bulleit, R. F.; Wood, K. V. Curr. Chem. Genomics 2012, 6, 55
31. Niemeyer, C. M. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 1200
32. Sacca, B.; Meyer, R.; Erkelenz, M.; Kiko, K.; Arndt, A.; Schroeder, H.; Rabe, K. S.; Niemeyer, C. M. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 9378
33. Sattler, M.; Liang, H.; Nettesheim, D.; Meadows, R. P.; Harlan, J. E.; Eberstadt, M.; Yoon, H. S.; Shuker, S. B.; Chang, B. S.; Minn, A. J.; Thompson, C. B.; Fesik, S. W. Science 1997, 275, 983
34. Banaszynski, L. A.; Liu, C. W.; Wandless, T. J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4715
35. El-Sagheer, A. H.; Brown, T. Chem. Soc. Rev. 2010, 39, 1388
36. Sterling, D.; Brown, N. J.; Supuran, C. T.; Casey, J. R. Am. J. Physiol. Cell Physiol. 2002, 283, C1522
37. Pradhan, A. K.; Mohapatra, A. D.; Nayak, K. B.; Chakraborty, S. PLoS One 2011, 6, e25370
38. Gelman, J. S.; Sironi, J.; Berezniuk, I.; Dasgupta, S.; Castro, L. M.; Gozzo, F. C.; Ferro, E. S.; Fricker, L. D. PLoS One 2013, 8, e53263
39. Sarbassov, D. D.; Ali, S. M.; Sengupta, S.; Sheen, J. H.; Hsu, P. P.; Bagley, A. F.; Markhard, A. L.; Sabatini, D. M. Mol. Cell 2006, 22, 159