A conformational ensemble derived using NMR methyl chemical shifts reveals a mechanical clamping transition that gates the binding of the HU protein to dna

Journal of the American Chemical Society

Volumn 136, Issue 6, 2014, Pages 2204-2207

  Kannan, Arvind ^a   Camilloni, Carlo ^a   Sahakyan, Aleksandr B ^a   Cavalli, Andrea ^a   Vendruscolo, Michele ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIAL PROTEINS; BINDING SITES; DIMERIZATION; DNA; DNA-BINDING PROTEINS; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; METHANE; MOLECULAR CONFORMATION; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION;

EID: 84894165236     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja4105396     Document Type: Article

References (29)

1. Cavalli, A.; Salvatella, X.; Dobson, C. M.; Vendruscolo, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 9615
2. Shen, Y.; Lange, O.; Delaglio, F.; Rossi, P.; Aramini, J. M.; Liu, G. H.; Eletsky, A.; Wu, Y. B.; Singarapu, K. K.; Lemak, A.; Ignatchenko, A.; Arrowsmith, C. H.; Szyperski, T.; Montelione, G. T.; Baker, D.; Bax, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 4685
3. Shen, Y.; Delaglio, F.; Cornilescu, G.; Bax, A. J. Biomol. NMR 2009, 44, 213
4. Camilloni, C.; Simone, A. D.; Vranken, W. F.; Vendruscolo, M. Biochemistry 2012, 51, 2224
5. Markwick, P. R.; Cervantes, C. F.; Abel, B. L.; Komives, E. A.; Blackledge, M.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1220
6. De Gortari, I.; Portella, G.; Salvatella, X.; Bajaj, V. S.; van der Wel, P. C. A.; Yates, J. R.; Segall, M. D.; Pickard, C. J.; Payne, M. C.; Vendruscolo, M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 5993
7. Lehtivarjo, J.; Tuppurainen, K.; Hassinen, T.; Laatikainen, R.; Peräkylä, M. J. Biomol. NMR 2012, 52, 257
8. Robustelli, P.; Stafford, K. A.; Arthur G. Palmer, I. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 6365
9. Camilloni, C.; Robustelli, P.; Simone, A. D.; Cavalli, A.; Vendruscolo, M. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 3968
10. Vis, H.; Vorgias, C. E.; Wilson, K. S.; Kaptein, R.; Boelens, R. Biopolymers 1996, 40, 553
11. Vis, H.; Vorgias, C. E.; Wilson, K. S.; Kaptein, R.; Boelens, R. J. Biomol. NMR 1998, 11, 265
12. Robustelli, P.; Kohlhoff, K.; Cavalli, A.; Vendruscolo, M. Structure 2010, 18, 923
13. Cavalli, A.; Camilloni, C.; Vendruscolo, M. J. Chem. Phys. 2013, 138, 94112
14. Roux, B.; Weare, J. J. Chem. Phys. 2013, 138, 084107
15. Camilloni, C.; Cavalli, A.; Vendruscolo, M. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 1838
16. Clore, G. M.; Schwieters, C. D. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2923
17. Dedmon, M. M.; Lindorff-Larsen, K.; Christodoulou, J.; Vendruscolo, M.; Dobson, C. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 476
18. Huang, J. R.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 694
19. Lindorff-Larsen, K.; Best, R. B.; DePristo, M. A.; Dobson, C. M.; Vendruscolo, M. Nature 2005, 433, 128
20. Pitera, J. W.; Chodera, J. D. J. Chem. Theor. Comput. 2012, 8, 3445
21. Sahakyan, A. B.; Vranken, W. F.; Cavalli, A.; Vendruscolo, M. J. Biomol. NMR 2011, 50, 331
22. Schwarten, M.; Stoldt, M.; Mohrüder, J.; Willbold, D. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2010, 395, 426
23. Klages, J.; Kotzsch, A.; Coles, M.; Sebald, W.; Nickel, J.; Müller, T.; Kessler, H. Biochemistry 2008, 47, 11930
24. Vis, H.; Boelens, R.; Mariani, M.; Stroop, R.; Vorgias, C. E.; Wilson, K. S.; Kaptein, R. Biochemistry 1994, 33, 14858
25. Soundararajan, M.; Willard, F. S.; Kimple, A. J.; Turnbull, A. P.; Ball, L. J.; Schoch, G. A.; Gileadi, C.; Fedorov, O. Y.; Dowler, E. F.; Higman, V. A.; Hutsell, S. Q.; Sundström, M.; Doyle, D. A.; Siderovski, D. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 6457
26. Noda, N. N.; Kumeta, H.; Nakatogawa, H.; Satoo, K.; Adachi, W.; Ishii, J.; Fujioka, Y.; Ohsumi, Y.; Inagaki, F. Genes Cells 2008, 13, 1211
27. Stangler, T.; Mayr, L. M.; Willbold, D. J. Biol. Chem. 2002, 277, 13363
28. Serban, D.; Arcineigas, S. F.; Vorgias, C. E.; Thomas, G. J. Protein Sci. 2003, 12, 861
29. Swinger, K. K.; Lemberg, K. M.; Zhang, Y.; Rice, P. A. EMBO J. 2003, 22, 3749