Assessment of the use of NMR chemical shifts as replica-averaged structural restraints in molecular dynamics simulations to characterize the dynamics of proteins

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 117, Issue 6, 2013, Pages 1838-1843

  Camilloni, Carlo ^a   Cavalli, Andrea ^a,b   Vendruscolo, Michele ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

^b INSTITUTE FOR RESEARCH IN BIOMEDICINE   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MOLECULAR DYNAMICS; PROTEINS;

CONFORMATIONAL FLUCTUATIONS; CONFORMATIONAL SAMPLINGS; ITS APPLICATIONS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; NMR CHEMICAL SHIFTS; STRUCTURAL RESTRAINTS; X-RAY STRUCTURE;

CHEMICAL SHIFT;

EID: 84873905399     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp3106666     Document Type: Article

References (48)

1. Hoch, J. C.; Dobson, C. M.; Karplus, M. Biochemistry 1982, 21, 1118-1125
2. Evans, P. A.; Topping, K. D.; Woolfson, D. N.; Dobson, C. M. Proteins 1991, 9, 248-266
3. Berjanskii, M. V.; Wishart, D. S. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 14970-14971
4. Markwick, P. R. L.; Cervantes, C. F.; Abel, B. L.; Komives, E. A.; Blackledge, M.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1220-1221
5. De Gortari, I.; Portella, G.; Salvatella, X.; Bajaj, V. S.; van der Wel, P. C. A.; Yates, J. R.; Segall, M. D.; Pickard, C. J.; Payne, M. C.; Vendruscolo, M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 5993-6000
6. Hansen, D. F.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 8272-8281
7. Wishart, D. S. Prog. Nucl. Mag. Res. Spec. 2011, 58, 62-87
8. Li, D. W.; Bruschweiler, R. J. Chem. Theor. Comp. 2011, 7, 1773-1782
9. Robustelli, P.; Stafford, K. A.; Palmer, A. G. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 6365-6374
10. Lehtivarjo, J.; Tuppurainen, K.; Hassinen, T.; Laatikainen, R.; Perakyla, M. J. Biomol. NMR 2012, 52, 257-267
11. Kjaergaard, M.; Poulsen, F. M. Prog. Nucl. Mag. Res. Spec. 2012, 60, 42-51
12. Markwick, P. R. L.; Nilges, M. Chem. Phys. 2012, 396, 124-134
13. Camilloni, C.; De Simone, A.; Vranken, W. F.; Vendruscolo, M. Biochemistry 2012, 51, 2224-2231
14. Camilloni, C.; Robustelli, P.; De Simone, A.; Cavalli, A.; Vendruscolo, M. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 3968-3971
15. Robustelli, P.; Kohlhoff, K.; Cavalli, A.; Vendruscolo, M. Structure 2010, 18, 923-933
16. Karplus, M.; McCammon, J. A. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 646-652
17. Shaw, D. E.; Maragakis, P.; Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Bank, J. A.; Jumper, J. M.; Salmon, J. K.; Shan, Y. B. Science 2010, 330, 341-346
18. Vendruscolo, M.; Dobson, C. M. Curr. Biol. 2011, 21, R68-R70
19. Lindorff-Larsen, K.; Maragakis, P.; Piana, S.; Eastwood, M. P.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. PLoS One 2012, 7.
20. Best, R. B. Curr. Op. Struct. Biol. 2012, 22, 52-61
21. Nielsen, J. T.; Eghbalnia, H. R.; Nielsen, N. C. Prog. Nucl. Mag. Res. Spec. 2012, 60, 1-28
22. Xu, X. P.; Case, D. A. J. Biomol. NMR 2001, 21, 321-333
23. Kohlhoff, K. J.; Robustelli, P.; Cavalli, A.; Salvatella, X.; Vendruscolo, M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 13894-13895
24. Shen, Y.; Bax, A. J. Biomol. NMR 2010, 48, 13-22
25. Han, B.; Liu, Y. F.; Ginzinger, S. W.; Wishart, D. S. J. Biomol. NMR 2011, 50, 43-57
26. Sahakyan, A. B.; Vranken, W. F.; Cavalli, A.; Vendruscolo, M. J. Biomol. NMR 2011, 50, 331-346
27. Sahakyan, A. B.; Vranken, W. F.; Cavalli, A.; Vendruscolo, M. Angew. Ch. Int. Ed. 2011, 50, 9620-9623
28. Vitagliano, L.; Merlino, A.; Zagari, A.; Mazzarella, L. Proteins 2002, 46, 97-104
29. Beach, H.; Cole, R.; Gill, M. L.; Loria, J. P. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 9167-9176
30. Cole, R.; Loria, J. P. Biochemistry 2002, 41, 6072-6081
31. Doucet, N.; Khirich, G.; Kovrigin, E. L.; Loria, J. P. Biochemistry 2011, 50, 1723-1730
32. Doucet, N.; Watt, E. D.; Loria, J. P. Biochemistry 2009, 48, 7160-7168
33. Kovrigin, E. L.; Cole, R.; Loria, J. P. Biochemistry 2003, 42, 5279-5291
34. Kovrigin, E. L.; Loria, J. P. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 7724-7725
35. Kovrigin, E. L.; Loria, J. P. Biochemistry 2006, 45, 2636-2647
36. Watt, E. D.; Shimada, H.; Kovrigin, E. L.; Loria, J. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 11981-11986
37. Cavalli, A.; Vendruscolo, M.; Paci, E. Bioph. J. 2005, 88, 3158-3166
38. Paci, E.; Cavalli, A.; Vendruscolo, M.; Caflisch, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 8217-8222
39. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theor. Comp. 2008, 4, 435-447
40. Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Palmo, K.; Maragakis, P.; Klepeis, J. L.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Proteins 2010, 78, 1950-1958
41. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
42. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593
43. Bussi, G.; Donadio, D.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 014101
44. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
45. Lindorff-Larsen, K.; Best, R. B.; DePristo, M. A.; Dobson, C. M.; Vendruscolo, M. Nature 2005, 433, 128-132
46. Richter, B.; Gsponer, J.; Varnai, P.; Salvatella, X.; Vendruscolo, M. J. Biomol. NMR 2007, 37, 117-135
47. Shimotakahara, S.; Rios, C. B.; Laity, J. H.; Zimmerman, D. E.; Scheraga, H. A.; Montelione, G. T. Biochemistry 1997, 36, 6915-6929
48. Bonomi, M.; Branduardi, D.; Bussi, G.; Camilloni, C.; Provasi, D.; Raiteri, P.; Donadio, D.; Marinelli, F.; Pietrucci, F.; Broglia, R. A. Comput. Phys. Commun. 2009, 180, 1961-1972