Energy-driven undocking (EDU-HREM) in solute tempering replica exchange simulations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 1, 2014, Pages 439-450

  Procacci, Piero ^a   Bizzarri, Marco ^a   Marsili, Simone ^b  

^a UNIVERSITY OF FLORENCE   (Italy)

^b Structural Biology and Biocomputing Programme   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84892584867     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct400809n     Document Type: Article

References (60)

1. Gilson, M.; Given, J.; Bush, B.; McCammon, J. Biophys. J. 1997, 72, 1047-1069
2. Gumbart, J. C.; Roux, B.; Chipot, C. J. Chem. Theor. Comput. 2013, 9, 974-802
3. Deng, Y.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 2234-2246
4. Woo, H.-J.; Roux, B. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 6825-6830
5. Laio, A.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 12562-12566
6. Barducci, A.; Bussi, G.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 020603
7. Fidelak, J.; Juraszek, J.; Branduardi, D.; Bianciotto, M.; Gervasio, F. L. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 9516-9524
8. Vargiu, A. V.; Ruggerone, P.; Carloni, A. M. P. Nucleic Acids Res. 2008, 5910-5921
9. Patel, J. S.; Branduardi, D.; Masetti, M.; Rocchia, W.; Cavalli, A. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 3368-3378
10. Colizzi, F.; Perozzo, R.; Scapozza, L.; Recanatini, M.; Cavalli, A. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 7361-7371
11. Favia, A. D.; Masetti, M.; Recanatini, M.; Cavalli, A. PLos One 2011, 6, e25375
12. Nicolini, P.; Frezzato, D.; Gellini, C.; Bizzarri, M.; Chelli, R. J. Comput. Chem. 2013, 34, 1561-1576
13. Hummer, G. Nat. Chem. 2010, 2, 906-906
14. Blackburn, E. A.; Walkinshaw, M. D. Curr. Op. Pharm. 2011, 11, 365-371
15. Chattopadhaya, S.; Harikishore, A.; Yoon, H. S. Curr. Med. Chem. 2011, 18, 5380-5397
16. Galat, A. J. Chem. Inf. Model. 2008, 48, 1118-1130
17. Sugata, H.; Matsuo, K.; Nakagawa, T.; Takahashi, M.; Mukai, H.; Ono, Y.; Maeda, K.; Akiyama, H.; Kawamata, T. Neurosci. Lett. 2006, 350, 472-477
18. Liu, F.; Liu, P.; Shao, H.; Kung, F. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006, 350, 472-477
19. Gerard, M.; Deleersnijder, A.; Daniels, V.; Schreurs, S.; Munck, S.; Reumers, V.; Pottel, H.; Engelborghs, Y.; Van den Haute, C.; Taymans, J.; Debyser, Z.; Baekelandt, V. J. Neurosci. 2010, 30, 2454-2463
20. Lisi, L.; Navarra, P.; Cirocchi, R.; Sharp, A.; Stigliano, E.; Feinstein, D. L.; Dello Russo, C. J. Neuroimmun. 2012, 243, 43-51
21. Lin, J. T.; Stein, E. A.; Wong, M. T.; Kalpathy, K. J.; Su, L. L.; Utz, P. J.; Robinson, W. H.; Fathnnan, C. G. Clin. Immunol. 2012, 142, 127-138
22. Park, S. T.; Aldape, R. A.; OlgaFuter; DeCenzo, M. T.; Livingston, D. J. J. Biol. Chem. 1992, 267, 3316-3324
23. Ikura, T.; Ito, N. Protein Sci. 2007, 16, 2618-2625
24. Hamelberg, D.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 147-152
25. Leone, V.; Lattanzi, G.; Molteni, C.; Carloni, P. PLos Comput. Biol. 2009, 5, e1000309
26. Shirts, M. R.; Chodera, J. D. J. Chem. Phys. 2008, 129, 124105
27. Zhou, H.-X.; Gilson, M. K. Chem. Rev. 2009, 109, 4092-4107
28. Shaw, D. E. Commun. ACM (ACM) 2008, 51, 91-97
29. Hermans, J.; Shankar, S. Isr. J. Chem. 1986, 27, 225-227
30. Zhou, H.-X. Biophys. J. 2006, 91, 3170-3181
31. Zhou, H.-X. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6730-6731
32. Zhou, H.-X. Biochemistry 2001, 40, 15069-15073
33. Yang, C.-Y.; Sun, H.; Chen, J.; Nikolovska-Coleska, Z.; Wang, S. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 13709-13721
34. Luo, H.; Sharp, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 10399-10404
35. Gallicchio, E.; Lapelosa, M.; Levy, R. M. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2961-2977
36. Van-Duyne, G.; Standaert, R. F.; Schreiber, S. L.; Clardy, J. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7433-7434
37. Holt, D. A.; Luengo, J. J. I.; Yamashita, D. S.; Oh, H. J.; Konialian, A. L.; Yen, H. K.; Rozamus, L. W.; Brandt, M.; Bossard, M. J.; Levy, M. A.; Eggleston, D. S.; Liang, J.; Schultz, L. W.; Stout, T. J.; Clardyt, J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9925-9938
38. Griffith, J.; Kim, J.; Kim, E.; Sintchak, M.; Thomson, J.; Fitzgibbon, M.; Fleming, M.; Caron, P.; Hsiao, K.; Navia, M. Cell 1995, 82, 507-522
39. Kotaka, M.; Ye, H.; Alag, R.; Hu, G.; Bozdech, Z.; Preiser, P.; Yoon, H.; Lescar, J. Biochemistry 2008, 47, 5951-5961
40. Alag, R.; Qureshi, I.; Bharatham, N.; Shin, J.; Lescar, J.; Yoon, H. S. Protein Sci. 2010, 19, 1577-1586
41. Gopalakrishnan, R.; Kozany, C.; Gaali, S.; Kress, C.; Hoogeland, B.; Bracher, A.; Hausch, F. J. Med. Chem. 2012, 55, 4114-4122
42. Bizzarri, M.; Tenori, E.; Martina, M. R.; Marsili, S.; Caminati, G.; Menichetti, S.; Procacci, P. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 2834-2839
43. Martina, M. R.; Tenori, E.; Bizzarri, M.; Menichetti, S.; Caminati, G.; Procacci, P. J. Med. Chem. 2013, 56, 1041-1051
44. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins: Struct. Funct. Bioinf. 2006, 65, 712-725
45. Bizzarri, M.; Marsili, S.; Procacci, P. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 6193-6201
46. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J.; Impey, R.; Klein, M. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
47. Marchi, M.; Procacci, P. J. Chem. Phys. 1998, 109, 5194-5202
48. Nose, S. J. Chem. Phys. 1984, 81, 511-519
49. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 101, 8577-8593
50. Tuckerman, M.; Berne, B. J.; Martyna, G. J. Chem. Phys. 1992, 97, 1990-2001
51. Procacci, P.; Paci, E.; Darden, T.; Marchi, M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1848-1862
52. Banaszynski, L.; C.W., L.; Wandless, T. J. Am. Chem. Soc. 2004, 127, 4715-4721
53. Liang, J.; Cho, i. J.; Clardy, J. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 1999, 55, 736-744
54. Marsili, S.; Signorini, G. F.; Chelli, R.; Marchi, M.; Procacci, P. J. Comput. Chem. 2010, 31, 1106-11161
55. Procacci, P.; Marchi, M.; Marsili, S.; Signorini, G.; Chelli, R. Orac, release 5, Rev. 3.1. The orac suite can be freely downloaded at http://www.chim.unifi.it/orac as a compressed tar archive. The suite includes the MD parallel engine (including the source code), accessory analysis tools for examining the conformational behavior of biological molecules and related documentation.
56. Wang, Y.; Kirschner, A.; Fabian, A.-K.; Gopalakrishnan, R.; Kress, C.; Hoogeland, B.; Koch, U.; Kozany, C.; Bracher, A.; Hausch, F. J. Med. Chem. 2013, 56, 3922-3935
57. Armistead, D. M.; Badia, M. C.; Deininger, D. D.; Duffy, J. P.; Saunders, J. O.; Tung, R. D.; Thomson, J. A.; Decenzo, M. T.; Futer, O.; Livingston, D. J.; Murcko, M. A.; Yamashitaand, M. M.; Navia, M. A. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 1995, D51, 522-528
58. Norville, I. H.; Breitbach, K.; Eske-Pogodda, K.; Harmer, N. J.; Sarkar-Tyson, M.; Titball, R. W.; Steinmetz, I. Microbiology 2011, 2629-2638
59. Lamb, M. L.; W, L. J. J. Med. Chem. 1998, 41, 3928-3939
60. Lamb, M.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. Bioorg. Med. Chem. 1999, 7, 851-860