Microbead-based ligase detection reaction assay using a molecular beacon probe for the detection of low-abundance point mutations

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 1, 2014, Pages 900-906

  Watanabe, Sho ^a   Hagihara, Kenta ^a   Tsukagoshi, Kazuhiko ^a   Hashimoto, Masahiko ^a  

^a DOSHISHA UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFIDENCE LEVELS; CONFINED SPACE; FLUORESCENCE SCANNING; LIGASE DETECTION REACTIONS; MOLECULAR BEACON; MUTATION DETECTION; POINT MUTATIONS; RAPID DETECTION;

PROBES; PROTEINS;

ASSAYS;

LIGASE; MICROSPHERE;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CHEMISTRY; GENETICS; HUMAN; MOLECULAR GENETICS; MOLECULAR PROBE; POINT MUTATION;

AMINO ACID SEQUENCE; HUMANS; LIGASES; MICROSPHERES; MOLECULAR PROBES; MOLECULAR SEQUENCE DATA; POINT MUTATION;

EID: 84891778290     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac403531x     Document Type: Article

References (42)

1. de Ligt, J.; Veltman, J. A.; Vissers, L. E. Curr. Opin. Genet. Dev. 2013, 23, 257-263
2. Lin, L.; Liu, A.; Zhao, C.; Weng, S.; Lei, Y.; Liu, Q.; Lin, X.; Chen, Y. Biosens. Bioelectron. 2013, 42, 409-414
3. Khanna, M.; Park, P.; Zirvi, M.; Cao, W.; Picon, A.; Day, J.; Paty, P.; Barany, F. Oncogene 1999, 18, 27-38
4. Guo, J. Y.; Karsli-Uzunbas, G.; Mathew, R.; Aisner, S. C.; Kamphorst, J. J.; Strohecker, A. M.; Chen, G.; Price, S.; Lu, W.; Teng, X.; Snyder, E.; Santanam, U.; Dipaola, R. S.; Jacks, T.; Rabinowitz, J. D.; White, E. Genes Dev. 2013, 27, 1447-1461
5. Wu, M.; Semba, S.; Oue, N.; Ikehara, N.; Yasui, W.; Yokozaki, H. Gastric Cancer 2004, 7, 246-253
6. Gerry, N. P.; Witowski, N. E.; Day, J.; Hammer, R. P.; Barany, G.; Barany, F. J. Mol. Biol. 1999, 292, 251-262
7. Luo, J. D.; Chan, E. C.; Shih, C. L.; Chen, T. L.; Liang, Y.; Hwang, T. L.; Chiou, C. C. Nucleic Acids Res. 2006, 34, e12
8. Sinville, R.; Coyne, J.; Meagher, R. J.; Cheng, Y. W.; Barany, F.; Barron, A.; Soper, S. A. Electrophoresis 2008, 29, 4751-4760
9. Thomas, G.; Sinville, R.; Sutton, S.; Farquar, H.; Hammer, R. P.; Soper, S. A.; Cheng, Y. W.; Barany, F. Electrophoresis 2004, 25, 1668-1677
10. Hashimoto, M.; Barany, F.; Xu, F.; Soper, S. A. Analyst 2007, 132, 913-921
11. Khanna, M.; Cao, W.; Zirvi, M.; Paty, P.; Barany, F. Clin. Biochem. 1999, 32, 287-290
12. Yi, P.; Chen, Z.; Yu, L.; Zheng, Y.; Liu, G.; Xie, H.; Zhou, Y.; Zheng, X.; Han, J.; Li, L. J. Matern. Fetal Neonatal Med. 2010, 23, 920-927
13. Pingle, M. R.; Granger, K.; Feinberg, P.; Shatsky, R.; Sterling, B.; Rundell, M.; Spitzer, E.; Larone, D.; Golightly, L.; Barany, F. J. Clin. Microbiol. 2007, 45, 1927-1935
14. Granger, K.; Rundell, M. S.; Pingle, M. R.; Shatsky, R.; Larone, D. H.; Golightly, L. M.; Barany, F.; Spitzer, E. D. J. Clin. Microbiol. 2010, 48, 277-280
15. Hamada, M.; Shimase, K.; Noda, K.; Tsukagoshi, K.; Hashimoto, M. Electrophoresis 2013, 34, 1415-1422
16. Chen, Y. W.; Wang, H.; Hupert, M.; Witek, M.; Dharmasiri, U.; Pingle, M. R.; Barany, F.; Soper, S. A. Lab Chip 2012, 12, 3348-3355
17. Wang, Y.; Vaidya, B.; Farquar, H. D.; Stryjewski, W.; Hammer, R. P.; McCarley, R. L.; Soper, S. A.; Cheng, Y. W.; Barany, F. Anal. Chem. 2003, 75, 1130-1140
18. Hashimoto, M.; Barany, F.; Soper, S. A. Biosens. Bioelectron. 2006, 21, 1915-1923
19. Soper, S. A.; Hashimoto, M.; Situma, C.; Murphy, M. C.; McCarley, R. L.; Cheng, Y. W.; Barany, F. Methods 2005, 37, 103-113
20. Gerry, N. P.; Witowski, N. E.; Day, J.; Hammer, R. P.; Barany, G.; Barany, F. J. Mol. Biol. 1999, 292, 251-262
21. Favis, R.; Day, J. P.; Gerry, N. P.; Phelan, C.; Narod, S.; Barany, F. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 561-564
22. Hashimoto, M.; Hupert, M. L.; Murphy, M. C.; Soper, S. A.; Cheng, Y. W.; Barany, F. Anal. Chem. 2005, 77, 3243-3255
23. Wei, C. W.; Cheng, J. Y.; Huang, C. T.; Yen, M. H.; Young, T. H. Nucleic Acids Res. 2005, 33, e78
24. Wang, W.; Huang, Y.; Jin, Y.; Liu, G.; Chen, Y.; Ma, H.; Zhao, R. Analyst 2013, 138, 2890-2896
25. Cheng, S.; Shi, F.; Jiang, X.; Wang, L.; Chen, W.; Zhu, C. Anal. Chem. 2012, 84, 2129-2132
26. Zhu, X.; Duan, D.; Publicover, N. G. Analyst 2010, 135, 381-389
27. Afshar, R.; Moser, Y.; Lehnert, T.; Gijs, M. A. M. Anal. Chem. 2011, 83, 1022-1029
28. Chaudhary, A.; Raina, M.; Harma, H.; Hanninen, P.; McShane, M. J.; Srivastava, R. Biotechnol. Bioeng. 2009, 104, 1075-1085
29. Liu, X.; Gomez, F. A. Electrophoresis 2009, 30, 1194-1197
30. Hommatsu, M.; Okahashi, H.; Ohta, K.; Tamai, Y.; Tsukagoshi, K.; Hashimoto, M. Anal. Sci. 2013, 29, 689-695
31. Sheng, H.; Ye, B.-C. Appl. Biochem. Biotechnol. 2009, 152, 54-65
32. Wang, J.; McCord, B. Electrophoresis 2011, 32, 1631-1638
33. Duo, J.; Stenken, J. A. Anal. Bioanal. Chem. 2011, 399, 783-793
34. Jagadeesan, B.; Littlejohn, A. E. F.; Amalaradjou, M. A. R.; Singh, A. K.; Mishra, K. K.; La, D.; Kihara, D.; Bhunia, A. K. PLoS One 2011, 6, e20694
35. Kasai, K.; Hirata, A.; Ohyama, T.; Nokihara, K.; Yokoyama, T.; Mohri, S. FEBS Lett. 2012, 586, 325-329
36. Richman, M.; Wilk, S.; Skirtenko, N.; Perelman, A.; Rahimipour, S. Chem.-Eur. J. 2011, 17, 11171-11177
37. Li, J.; Wan, Y.; Wang, L.; Zhu, X.; Su, Y.; Li, D.; Zhao, Y.; Huang, Q.; Song, S.; Fan, C. Anal. Chim. Acta 2011, 702, 114-119
38. Zhao, Q.; Lu, X.; Yuan, C.-G.; Li, X.-F.; Le, X. C. Anal. Chem. 2009, 81, 7484-7489
39. Tyagi, S.; Kramer, F. R. Nat. Biotechnol. 1996, 14, 303-308
40. Sekar, M. M.; Bloch, W.; St John, P. M. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 366-375
41. Luo, J.; Bergstrom, D. E.; Barany, F. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 3071-3078
42. Dempke, W. C.; Heinemann, V. Anticancer Res. 2010, 30, 4673-4677