Microarrays assembled in microfluidic chips fabricated from poly(methyl methacrylate) for the detection of low-abundant DNA mutations

Analytical Chemistry

Volumn 75, Issue 5, 2003, Pages 1130-1140

  Wang, Yun ^a   Vaidya, Bikas ^a   Farquar, Hannah D ^a   Stryjewski, Wieslaw ^a   Hammer, Robert P ^a   McCarley, Robin L ^a   Soper, Steven A ^a   Cheng, Yu Wei ^b   Barany, Francis ^b  

^a LOUISIANA STATE UNIVERSITY   (United States)

^b Department of Obstetrics Gynecology   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; FLUORESCENCE; GENES;

MICROFLUIDIC CHIPS;

POLYMETHYL METHACRYLATES;

DNA; FLUORESCENT DYE; GENOMIC DNA; LIGASE; POLY(METHYL METHACRYLATE); PRIMER DNA;

ALLELE; ARTICLE; CHEMISTRY; DNA FLANKING REGION; DNA MICROARRAY; ENZYME ASSAY; GENE SEQUENCE; GENETIC CODE; GENETIC LINKAGE; HYBRIDIZATION; KINETICS; MUTANT; NONHUMAN; ONCOGENE K RAS; POINT MUTATION; PROMOTER REGION; WILD TYPE;

DNA; DNA PRIMERS; INDICATORS AND REAGENTS; MICROCOMPUTERS; MUTATION; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; POLYMETHYL METHACRYLATE; REVERSE TRANSCRIPTASE POLYMERASE CHAIN REACTION;

EID: 0037355342     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac020683w     Document Type: Article

References (60)

1. Pauling, L.; Itano, H. A.; Singer, S. J.; Wells, I. C. Science 1949, 110, 543-548.
2. Rothschild, C. B.; Brewer, C. S.; Loggie, B.; Beard, G. A.; Triscott, M. X. J. Immunol. Methods 1997, 206, 11-19.
3. Otori, K.; Oda, Y.; Sugiyama, K.; Hasebe, T.; Mukai, K.; Fujii, T.; Tajiri, H.; Yoshida, S.; Fukushima, S.; Esumi, H. Gut 1997, 40, 660-663.
4. Mulcahy, H. E.; Anker, P.; Chen, X.; Lefort, F.; Vasioukhin, V.; Lyautey, J.; Lederrey, C.; Stroun, M.; Farthing, M. J. G. Gastroenterology 1996, 110, A563-A563.
5. Chiang, J. M. Cancer Lett. 1998, 126, 179-185.
6. Andersen, S. N.; Lovig, T.; Breivik, J.; Lund, E.; Gaudernack, G.; Meling, G. I.; Rognum, T. O. Scand. J. Gastroenterol. 1997, 32, 62-69.
7. Fearon, E. R.; Vogelstein, B. Cell 1990, 61, 759-767.
8. Bronner, C. E.; Baker, S. M.; Morrison, P. T.; Warren, G.; Smith, L. G.; Lescoe, M. K.; Kane, M.; Earabino, C.; Lipford, J.; Lindblom, A.; Tannergard, P.; Bollag, R. J.; Godwin, A. R.; Ward, D. C.; Nordenskjold, M.; Fishel, R.; Kolodner, R.; Liskay, R. M. Nature 1994, 368, 258-261.
9. Fishel, R.; Lescoe, M. K.; Rao, M. R. S.; Copeland, N. G.; Jenkins, N. A.; Garber, J.; Kane, M.; Kolodner, R. Cell 1993, 75, 1027-1038.
10. Korinek, V.; Barker, N.; Morin, P. J.; vanWichen, D.; deWeger, R.; Kinzler, K. W.; Vogelstein, B.; Clevers, H. Science 1997, 275, 1784-1787.
11. Leach, F. S.; Nicolaides, N. C.; Papadopoulos, N.; Liu, B.; Jen, J.; Parsons, R.; Peltomaki, P.; Sistonen, P.; Aaltonen, L. A.; Nystromlahti, M.; Guan, X. Y.; Zhang, J.; Meltzer, P. S.; Yu, J. W.; Kao, F. T.; Chen, D. J.; Cerosaletti, K. M.; Fournier, R. E. K.; Todd, S.; Lewis, T.; Leach, R. J.; Naylor, S. L.; Weissenbach, J.; Mecklin, J. P.; Jarvinen, H.; Petersen, G. M.; Hamilton, S. R.; Green, J.; Jass, J.; Watson, P.; Lynch, H. T.; Trent, J. M.; Delachapelle, A.; Kinzler, K. W.; Vogelstein, B. Cell 1993, 75, 1215-1225.
12. Morin, P. J.; Sparks, A. B.; Korinek, V.; Barker, N.; Clevers, H.; Vogelstein, B.; Kinzler, K. W. Science 1997, 275, 1787-1790.
13. Papadopoulos, N.; Nicolaides, N. C.; Wei, Y. F.; Ruben, S. M.; Carter, K. C.; Rosen, C. A.; Haseltine, W. A.; Fleischmann, R. D.; Fraser, C. M.; Adams, M. D.; Venter, J. C.; Hamilton, S. R.; Petersen, G. M.; Watson, P.; Lynch, H. T.; Peltomaki, P.; Mecklin, J. P.; Delachapelle, A.; Kinzler, K. W.; Vogelstein, B. Science 1994, 263, 1625-1629.
14. Rampino, N.; Yamamoto, H.; Ionov, Y.; Li, Y.; Sawai, H.; Reed, J. C.; Perucho, M. Science 1997, 275, 967-969.
15. Gerry, N. P.; Witowski, N. E.; Day, J.; Hammer, R. P.; Barany, G.; Barany, F. J. Mol. Biol. 1999, 292, 251-262.
16. Barany, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 189-193.
17. Wei, Q.; Barany, F.; Wilson, V. L. Mol. Biol. Cell 1992, 3, A22-A22.
18. Wiedmann, M.; Barany, F.; Batt, C. A. Appl. Environ. Microbiol. 1993, 59, 2743-2745.
19. Wiedmann, M.; Wilson, W. J.; Czajka, J.; Luo, J. Y.; Barany, F.; Batt, C. A. Pcr-Methods Appl. 1994, 3, S51-S64.
20. Day, D. J.; Speiser, P. W.; White, P. C.; Barany, F. Genomics 1995, 29, 152-162.
21. Luo, J. Y.; Bergstrom, D. E.; Barany, F. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 3071-3078.
22. Luo, J. Y.; Barany, F. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 3079-3085.
23. Khanna, M.; Cao, W. G.; Zirvi, M.; Paty, P.; Barany, F. Clin. Biochem. 1993, 32, 287-290.
24. Khanna, M.; Park, P.; Zirvi, M.; Cao, W. G.; Picon, A.; Day, J.; Paty, P.; Barany, F. Oncogene 1999, 18, 27-38.
25. Tong, J.; Cao, W. G.; Barany, F. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 788-794.
26. Consolandi, C.; Castiglioni, B.; Bordoni, R.; Busti, E.; Battaglia, C.; De Bellis, G. Minerva Biotechnol. 2001, 13, 261-268.
27. De Benedetti, V. M. G.; Biglia, N.; Sismondi, P.; De Bortoli, M. Int. J. Biol. Markers 2000, 15, 1-9.
28. Dimitrjevic, B. Jugosl. Med. Biohem. 2001, 20, 65-71.
29. Gregg, J. Clin. Chem. 1999, 45, S13-S13.
30. Gupta, P. K.; Roy, J. K.; Prasad, M. Curr. Sci. 1999, 77, 875-884.
31. Hacia, J. G.; Collins, F. S. J. Med. Genet. 1999, 36, 730-736.
32. Hacia, J. G. Nat. Genet. 1999, 21, 42-47.
33. Haviv, I.; Campbell, I. G. Mol. Cell. Endocrino. 2002, 191, 121-126.
34. Kolchinsky, A.; Mirzabekov, A. Hum. Mutat. 2002, 19, 343-360.
35. Lee, P.; Hudson, T. J. M S-Med. Sci. 2000, 16, 43-49.
36. Petrik, J. Vox Sang. 2001, 80, 1-11.
37. Tawata, M.; Aida, K.; Onaya, T. Comb. Chem. High Throughput Screening 2000, 3, 1-9.
38. Zakhrabekova, S.; Kannangara, C. G.; von Wettstein, D.; Hansson, M. Plant Physiol. Biochem. 2002, 40, 189-197.
39. Southern, E.; Mir, K.; Shchepinov, M. Nat. Genet. 1999, 21, 5-9.
40. Beattie, K. L.; Beattie, W. G.; Meng, L.; Turner, S. L.; Coral-Vazquez, R.; Smith, D. D.; McIntyre, P. M.; Dao, D. D. Clin. Chem. 1995, 41, 700-706.
41. Guo, Z.; Liu, Q.; Smith, L. M. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 5456-5465.
42. Hacia, J. G.; Brody, L. C.; Chee, M. S.; Fodor, S. P.; Collins, F. S. Nat. Genet. 1996, 14, 441-447.
43. Nikiforov, T. T.; Rendle, R. B.; Goelet, P.; Rogers, Y. H.; Kotewicz, M. L.; Anderson, S.; Trainor, G. L.; Knapp, M. R. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 4167-4175.
44. Lockley, A. K.; Jones, C. G.; Bruce, J. S.; Franklin, S. J.; Bardsley, R. G. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 1313-1314.
45. Favis, R.; Barany, F. In Circulating Nucleic Acids in Plasma or Serum; Anker, P., Stroun, M., Eds.; Annuals of the New York Academy of Sciences 906; New York Academy of Sciences: New York, 2000; pp 39-43.
46. Favis, R.; Day, J. P.; Gerry, N. P.; Phelan, C.; Narod, S.; Barany, F. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 561-564.
47. Henry, A. C.; Tutt, T. J.; Galloway, M.; Davidson, Y. Y.; McWhorter, C. S.; Soper, S. A.; McCarley, R. L. Anal. Chem. 2000, 72, 5331-5337.
48. Waddell, E.; Wang, Y.; Stryjewski, W.; McWhorter, S.; Henry, A. C.; Evans, D.; McCarley, R. L.; Soper, S. A. Anal. Chem. 2000, 72, 5907-5917.
49. Fan, Z. H.; Mangru, S.; Granzow, R.; Heaney, P.; Ho, W.; Dong, Q.; Kumar, R. Anal. Chem. 1999, 71, 4851-4859.
50. Benoit, V.; Steel, A.; Torres, M.; Lu, Y. Y.; Yang, H. J.; Cooper, J. Anal. Chem. 2001, 73, 2412-2420.
51. Liu, Y.; Rauch, C. B.; Stevens, R. L.; Lenigk, R.; Yang, J.; Rhine, D. B.; Grodzinski, P. Anal. Chem. 2002, 74, 1170-1177.
52. Wabuyele, M. B.; Ford, S. M.; Stryjewski, W.; Barrow, J.; Soper, S. A. Electrophoresis 2001, 22, 3939-3948.
53. Ford, S. M.; Davies, J.; Kar, B.; Qi, S. D.; McWhorter, S.; Soper, S. A.; Malek, C. K. J. Biomech. Eng.-Trans. ASME 1999, 121, 13-21.
54. Galloway, M.; Stryjewski, W.; Henry, A.; Ford, S. M.; Llopis, S.; McCarley, R. L.; Soper, S. A. Anal. Chem. 2002, 74, 2407-2415.
55. Ford, S. M.; Kar, B.; McWhorter, S.; Davies, J.; Soper, S. A.; Klopf, M.; Calderon, G.; Saile, V. J. Microcolumn Sep. 1998, 10, 413-422.
56. Stellwagen, N. C.; Magnusdottir, S.; Gelfi, C.; Righetti, P. G. Biopolymers 2001, 58, 390-397.
57. Shchepinov, M. S. C.-G.; Southern, E. M. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 1155-1161.
58. Reyes, D. R. I., D.; Auroux, P. A.; Manz, A. Anal. Chem. 2002, 74, 2623-2652.
59. Brown, T. A. Molecular Biology; Academic Press: New York, 1998.
60. Williams, D. C.; Soper, S. A. Anal. Chem. 1995, 67, 3427-3432.