Understanding the photophysics of the Spinach-DFHBI RNA aptamer-fluorogen complex to improve live-cell RNA imaging

Journal of the American Chemical Society

Volumn 135, Issue 50, 2013, Pages 19033-19038

  Han, Kyu Young ^a,b   Leslie, Benjamin J ^a,b   Fei, Jingyi ^b   Zhang, Jichuan ^b   Ha, Taekjip ^a,b,c  

^a HOWARD HUGHES MEDICAL INSTITUTE   (United States)

^b University of Illinois at Urbana Champaign   (United States)

^c UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CELLULAR IMAGING; FLUORESCENCE DECAYS; FLUORESCENCE INTENSITIES; FLUORESCENCE LIFETIMES; HIGH-RESOLUTION IMAGING; LIVE-CELL RNA IMAGING; PHOTOCONVERSION; PHOTOPHYSICS;

FLUORESCENCE; IMAGE RECONSTRUCTION;

RNA;

3,5 DIFLUORO 4 HYDROXYBENZYLIDENE IMIDAZOLINONE; APTAMER; IMIDAZOLINE DERIVATIVE; RNA; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; FLUORESCENCE ANALYSIS; ILLUMINATION; MOLECULAR IMAGING; PHOTOCHEMISTRY; PHYSICS; RNA ANALYSIS; SPINACH;

APTAMERS, NUCLEOTIDE; FLUORESCENCE; GREEN FLUORESCENT PROTEINS; KINETICS; PHOTOCHEMICAL PROCESSES; SPINACIA OLERACEA;

EID: 84890771933     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja411060p     Document Type: Article

References (45)

1. Krol, J.; Loedige, I.; Filipowicz, W. Nat. Rev. Genet. 2010, 11, 597
2. Guttman, M.; Rinn, J. L. Nature 2012, 482, 339
3. Martin, K. C.; Ephrussi, A. Cell 2009, 136, 719
4. Moore, M. J. Science 2005, 309, 1514
5. Fusco, D.; Accornero, N.; Lavoie, B.; Shenoy, S. M.; Blanchard, J. M.; Singer, R. H.; Bertrand, E. Curr. Biol. 2003, 13, 161
6. Shav-Tal, Y.; Darzacq, X.; Shenoy, S. M.; Fusco, D.; Janicki, S. M.; Spector, D. L.; Singer, R. H. Science 2004, 304, 1797
7. Golding, I.; Cox, E. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 11310
8. Darzacq, X.; Shav-Tal, Y.; de Turris, V.; Brody, Y.; Shenoy, S. M.; Phair, R. D.; Singer, R. H. Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 14, 796
9. Engreitz, J. M.; Pandya-Jones, A.; McDonel, P.; Shishkin, A.; Sirokman, K.; Surka, C.; Kadri, S.; Xing, J.; Goren, A.; Lander, E. S.; Plath, K.; Guttman, M. Science 2013, 341, 767
10. Lawrence, J. B.; Singer, R. H.; Marselle, L. M. Cell 1989, 57, 493
11. Femino, A.; Fay, F. S.; Fogarty, K.; Singer, R. H. Science 1998, 280, 585
12. Raj, A.; van den Bogaard, P.; Rifkin, S. A.; van Oudenaarden, A.; Tyagi, S. Nat. Methods 2008, 5, 877
13. Bertrand, E.; Chartrand, P.; Schaefer, M.; Shenoy, S. M.; Singer, R. H.; Long, R. M. Mol. Cell 1998, 2, 437
14. Daigle, N.; Ellenberg, J. Nat. Methods 2007, 4, 633
15. Ozawa, T.; Natori, Y.; Sato, M.; Umezawa, Y. Nat. Methods 2007, 4, 413
16. Valencia-Burton, M.; McCullough, R. M.; Cantor, C. R.; Broude, N. E. Nat. Methods 2007, 4, 421
17. Kerppola, T. K. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2006, 7, 449
18. Paige, J. S.; Wu, K. Y.; Jaffrey, S. R. Science 2011, 333, 642
19. Paige, J. S.; Nguyen-Duc, T.; Song, W.; Jaffrey, S. R. Science 2012, 335, 1194
20. Song, W.; Strack, R. L.; Jaffrey, S. R. Nat. Methods 2013, 10, 873
21. Strack, R. L.; Jaffrey, S. R. Curr. Opin. Chem. Biol. 2013, 17, 651
22. Roy, R.; Hohng, S.; Ha, T. Nat. Methods 2008, 5, 507
23. Day, R. N.; Davidson, M. W. Chem. Soc. Rev. 2009, 38, 2887
24. Han, K. Y.; Kim, S. K.; Eggeling, C.; Hell, S. W. Nano Lett. 2010, 10, 3199
25. Han, K. Y.; Wildanger, D.; Rittweger, E.; Meijer, J.; Pezzagna, S.; Hell, S. W.; Eggeling, C. New J. Phys. 2012, 14 123002
26. Patterson, G. H.; Knobel, S. M.; Sharif, W. D.; Kain, S. R.; Piston, D. W. Biophys. J. 1997, 73, 2782
27. Dickson, R. M.; Cubitt, A. B.; Tsien, R. Y.; Moerner, W. E. Nature 1997, 388, 355
28. Wang, P.; Querard, J.; Maurin, S.; Nath, S. S.; Le Saux, T.; Gautier, A.; Jullien, L. Chem. Sci. 2013, 4, 2865
29. Kulshina, N.; Baird, N. J.; Ferre-D'Amare, A. R. Nat. Struct. Mol. Biol. 2009, 16, 1212
30. Wang, T. J.; Hoy, J. A.; Lamm, M. H.; Nilsen-Hamilton, M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 14747
31. Donnert, G.; Eggeling, C.; Hell, S. W. Nat. Methods 2007, 4, 81
32. Dean, K. M.; Lubbeck, J. L.; Binder, J. K.; Schwall, L. R.; Jimenez, R.; Palmer, A. E. Biophys. J. 2011, 101, 961
33. Nguyen, D. H.; DeFina, S. C.; Fink, W. H.; Dieckmann, T. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 15081
34. Chudakov, D. M.; Feofanov, A. V.; Mudriku, N. N.; Lukyanov, S.; Lukyanov, K. A. J. Biol. Chem. 2003, 278, 7215
35. Andresen, M.; Stiel, A. C.; Trowitzsch, S.; Weber, G.; Eggeling, C.; Wahl, M. C.; Hell, S. W.; Jakobs, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 13005
36. Tolbert, L. M.; Baldridge, A.; Kowalik, J.; Solntsev, K. M. Acc. Chem. Res. 2012, 45, 171
37. Dedecker, P.; De Schryver, F. C.; Hofkens, J. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 2387
38. Voliani, V.; Bizzarri, R.; Nifosi, R.; Abbruzzetti, S.; Grandi, E.; Viappiani, C.; Beltram, F. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 10714
39. Addison, K.; Conyard, J.; Dixon, T.; Page, P. C. B.; Solntsev, K. M.; Meech, S. R. J. Phys. Chem. Lett. 2012, 3, 2298
40. Strack, R. L.; Disney, M. D.; Jaffrey, S. R. Nat. Methods 2013, 10, 1219
41. Babendure, J. R.; Adams, S. R.; Tsien, R. Y. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14716
42. Sparano, B. A.; Koide, K. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4785
43. Constantin, T. P.; Silva, G. L.; Robertson, K. L.; Hamilton, T. P.; Fague, K.; Waggoner, A. S.; Armitage, B. A. Org. Lett. 2008, 10, 1561
44. Sando, S.; Narita, A.; Hayami, M.; Aoyama, Y. Chem. Commun. 2008, 3858
45. Lee, J.; Lee, K. H.; Jeon, J.; Dragulescu-Andrasi, A.; Xiao, F.; Rao, J. ACS Chem. Biol. 2010, 5, 1065