An optical trap combined with three-color FRET

Journal of the American Chemical Society

Volumn 135, Issue 49, 2013, Pages 18260-18263

  Lee, Sanghwa ^a   Hohng, Sungchul ^a  

^a Seoul National University   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOMOLECULAR SYSTEM; CORRELATED MOTIONS; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; HOLLIDAY JUNCTIONS; HYBRID TECHNIQUES; MECHANICAL FORCE; MULTIDIMENSIONAL EFFECTS; SINGLE-MOLECULE FRETS;

ENERGY TRANSFER; NUCLEIC ACIDS; OPTICAL TWEEZERS;

MOLECULES;

PROTEIN; RNA;

ARTICLE; DNA HAIRPIN; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; OPTICAL TWEEZERS;

DNA; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; NUCLEIC ACID CONFORMATION; OPTICS AND PHOTONICS;

EID: 84890513700     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja408767p     Document Type: Article

References (32)

1. Neuman, K. C.; Nagy, A. Nat. Methods 2008, 5, 491
2. Fernandez, J. M.; Li, H. Science 2004, 303, 1674
3. Greenleaf, W. J.; Woodside, M. T.; Block, S. M. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2007, 36, 171
4. Herbert, K. M.; Greenleaf, W. J.; Block, S. M. Annu. Rev. Biochem. 2008, 77, 149
5. Moffitt, J. R.; Chemla, Y. R.; Smith, S. B.; Bustamante, C. Annu. Rev. Biochem. 2008, 77, 205
6. Meglio, A.; Praly, E.; Ding, F.; Allemand, J. F.; Bensimon, D.; Croquette, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2009, 19, 615
7. Bustamante, C.; Cheng, W.; Mejia, Y. X. Cell 2011, 144, 480
8. Killian, J. L.; Li, M.; Sheinin, M. Y.; Wang, M. D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2012, 22, 80
9. De Vlaminck, I.; Dekker, C. Annu. Rev. Biophys. 2012, 41, 453
10. Dulin, D.; Lipfert, J.; Moolman, M. C.; Dekker, N. H. Nat. Rev. Genet. 2013, 14, 9
11. Ishijima, A.; Kojima, H.; Funatsu, T.; Tokunaga, M.; Higuchi, H.; Tanaka, H.; Yanagida, T. Cell 1998, 92, 161
12. Lang, M. J.; Fordyce, P. M.; Engh, A. M.; Neuman, K. C.; Block, S. M. Nat. Methods 2004, 1, 133
13. Comstock, M. J.; Ha, T.; Chemla, Y. R. Nat. Methods 2011, 8, 335
14. Hohng, S.; Zhou, R.; Nahas, M. K.; Yu, J.; Schulten, K.; Lilley, D. M.; Ha, T. Science 2007, 318, 279
15. Tarsa, P. B.; Brau, R. R.; Barch, M.; Ferrer, J. M.; Freyzon, Y.; Matsudaira, P.; Lang, M. J. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 1999
16. Shroff, H.; Reinhard, B. M.; Siu, M.; Agarwal, H.; Spakowitz, A.; Liphardt, J. Nano Lett. 2005, 5, 1509
17. van Mameren, J.; Modesti, M.; Kanaar, R.; Wyman, C.; Peterman, E. J.; Wuite, G. J. Nature 2009, 457, 745
18. van Mameren, J.; Gross, P.; Farge, G.; Hooijman, P.; Modesti, M.; Falkenberg, M.; Wuite, G. J.; Peterman, E. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 18231
19. Lee, M.; Kim, S. H.; Hong, S. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 4985
20. Zhou, R.; Kozlov, A. G.; Roy, R.; Zhang, J.; Korolev, S.; Lohman, T. M.; Ha, T. Cell 2011, 146, 222
21. Long, X.; Parks, J. W.; Bagshaw, C. R.; Stone, M. D. Nucleic Acids Res. 2013, 41, 2746
22. Schwarz, F. W.; Toth, J.; van Aelst, K.; Cui, G.; Clausing, S.; Szczelkun, M. D.; Seidel, R. Science 2013, 340, 353
23. Lee, K. S.; Balci, H.; Jia, H.; Lohman, T. M.; Ha, T. Nat. Commun. 2013, 4, 1878
24. Zhou, R.; Schlierf, M.; Ha, T. Methods Enzymol. 2010, 475, 405
25. Lee, S.; Lee, J.; Hohng, S. PLoS One 2010, 5, e12270
26. McKinney, S. A.; Declais, A. C.; Lilley, D. M.; Ha, T. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 93
27. Joo, C.; McKinney, S. A.; Lilley, D. M.; Ha, T. J. Mol. Biol. 2004, 341, 739
28. Liphardt, J.; Onoa, B.; Smith, S. B.; Tinoco, I., Jr.; Bustamante, C. Science 2001, 292, 733
29. Bustamante, C.; Chemla, Y. R.; Forde, N. R.; Izhaky, D. Annu. Rev. Biochem. 2004, 73, 705
30. Woodside, M. T.; Behnke-Parks, W. M.; Larizadeh, K.; Travers, K.; Herschlag, D.; Block, S. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 6190
31. Kim, J.; Seo, M. H.; Lee, S.; Cho, K.; Yang, A.; Woo, K.; Kim, H. S.; Park, H. S. Anal. Chem. 2013, 85, 1468
32. McKinney, S. A.; Joo, C.; Ha, T. Biophys. J. 2006, 91, 1941