Protein structure in Vacuo: Gas-phase conformations of BPTI and cytochrome c

Journal of the American Chemical Society

Volumn 119, Issue 9, 1997, Pages 2240-2248

  Shelimov, Konstantin B ^a,b   Clemmer, David E ^a,c   Hudgins, Robert R ^a   Jarrold, Martin F ^a  

^a NORTHWESTERN UNIVERSITY   (United States)

^b RICE UNIVERSITY   (United States)

^c INDIANA UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CYTOCHROME C; TRYPSIN INHIBITOR;

ARTICLE; PRESSURE; PROTEIN STRUCTURE;

EID: 0030939178     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja9619059     Document Type: Article

References (47)

1. See for example: Richards, F. M. Sci. Am. 1991, January, 54. Protein Folding, Creighton, T. E., Ed.; Freeman: New York, 1992. Karplus, M.; Sali, A. Curr. Opin. Struc. Biol. 1995, 5, 58. Thirumalai, D.; Woodson, S. A. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 433.
2. See for example: Richards, F. M. Sci. Am. 1991, January, 54. Protein Folding, Creighton, T. E., Ed.; Freeman: New York, 1992. Karplus, M.; Sali, A. Curr. Opin. Struc. Biol. 1995, 5, 58. Thirumalai, D.; Woodson, S. A. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 433.
3. See for example: Richards, F. M. Sci. Am. 1991, January, 54. Protein Folding, Creighton, T. E., Ed.; Freeman: New York, 1992. Karplus, M.; Sali, A. Curr. Opin. Struc. Biol. 1995, 5, 58. Thirumalai, D.; Woodson, S. A. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 433.
4. See for example: Richards, F. M. Sci. Am. 1991, January, 54. Protein Folding, Creighton, T. E., Ed.; Freeman: New York, 1992. Karplus, M.; Sali, A. Curr. Opin. Struc. Biol. 1995, 5, 58. Thirumalai, D.; Woodson, S. A. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 433.
5. Lazaridis, T.; Archontis, G.; Karplus, M. Adv. Protein Chem. 1995, 47, 231.
6. Makhatadze, G. I.; Privalov, P. L. Adv. Protein Chem. 1995, 47, 307.
7. Rupley, J. A.; Gratton, E.; Careri, G. Trends Biochem. Sci. 1983, 8, 18. Steinbach, P. J.; Brooks, B. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 9135. Rupley, J. A.; Careri, G. Adv. Protein Chem. 1991, 41, 37. van Gunsteren, W. F.; Luque, F. J.; Timms, D.; Torda, A. E. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1994, 23, 847.
8. Rupley, J. A.; Gratton, E.; Careri, G. Trends Biochem. Sci. 1983, 8, 18. Steinbach, P. J.; Brooks, B. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 9135. Rupley, J. A.; Careri, G. Adv. Protein Chem. 1991, 41, 37. van Gunsteren, W. F.; Luque, F. J.; Timms, D.; Torda, A. E. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1994, 23, 847.
9. Rupley, J. A.; Gratton, E.; Careri, G. Trends Biochem. Sci. 1983, 8, 18. Steinbach, P. J.; Brooks, B. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 9135. Rupley, J. A.; Careri, G. Adv. Protein Chem. 1991, 41, 37. van Gunsteren, W. F.; Luque, F. J.; Timms, D.; Torda, A. E. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1994, 23, 847.
10. Rupley, J. A.; Gratton, E.; Careri, G. Trends Biochem. Sci. 1983, 8, 18. Steinbach, P. J.; Brooks, B. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 9135. Rupley, J. A.; Careri, G. Adv. Protein Chem. 1991, 41, 37. van Gunsteren, W. F.; Luque, F. J.; Timms, D.; Torda, A. E. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1994, 23, 847.
11. Monagham, J. J.; Barber, M.; Bordolim, R.; Sedgewick, E.; Taylor, A. Org. Mass Spectrom. 1982, 17, 596. Whitehouse, C. M.; Dreyer, R. N.; Yamashuta, M.; Fenn, J. B. Anal. Chem. 1985, 57, 675. Karas, M.; Hillenkamp, F. Anal. Chem. 1988, 60, 2299.
12. Monagham, J. J.; Barber, M.; Bordolim, R.; Sedgewick, E.; Taylor, A. Org. Mass Spectrom. 1982, 17, 596. Whitehouse, C. M.; Dreyer, R. N.; Yamashuta, M.; Fenn, J. B. Anal. Chem. 1985, 57, 675. Karas, M.; Hillenkamp, F. Anal. Chem. 1988, 60, 2299.
13. Monagham, J. J.; Barber, M.; Bordolim, R.; Sedgewick, E.; Taylor, A. Org. Mass Spectrom. 1982, 17, 596. Whitehouse, C. M.; Dreyer, R. N.; Yamashuta, M.; Fenn, J. B. Anal. Chem. 1985, 57, 675. Karas, M.; Hillenkamp, F. Anal. Chem. 1988, 60, 2299.
14. Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 2426.
15. Woenckhaus, J.; Mao, Y.; Ratner, M. A.; Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. In press.
16. See for example: Biemann, K. Annu. Rev. Biochem., 1992, 61, 977. Burlingame, A. L.; Boyd, R. K.; Gaskell, S. J. Anal. Chem. 1994, 66, 634R. Bahr, U.; Karas, M.; Hillenkamp, F. Fresenius J. Anal. Chem. 1994, 348, 783. Kaufmann, R. J. Biotechnol. 1995, 41, 155. Chait, B. T.; Kent, S. B. K. Science 1992, 257, 1885. Chait, B. K.; Wong, R.; Beavis, R. C.; Kent, S. B. H. Science 1993, 262, 89.
17. See for example: Biemann, K. Annu. Rev. Biochem., 1992, 61, 977. Burlingame, A. L.; Boyd, R. K.; Gaskell, S. J. Anal. Chem. 1994, 66, 634R. Bahr, U.; Karas, M.; Hillenkamp, F. Fresenius J. Anal. Chem. 1994, 348, 783. Kaufmann, R. J. Biotechnol. 1995, 41, 155. Chait, B. T.; Kent, S. B. K. Science 1992, 257, 1885. Chait, B. K.; Wong, R.; Beavis, R. C.; Kent, S. B. H. Science 1993, 262, 89.
18. See for example: Biemann, K. Annu. Rev. Biochem., 1992, 61, 977. Burlingame, A. L.; Boyd, R. K.; Gaskell, S. J. Anal. Chem. 1994, 66, 634R. Bahr, U.; Karas, M.; Hillenkamp, F. Fresenius J. Anal. Chem. 1994, 348, 783. Kaufmann, R. J. Biotechnol. 1995, 41, 155. Chait, B. T.; Kent, S. B. K. Science 1992, 257, 1885. Chait, B. K.; Wong, R.; Beavis, R. C.; Kent, S. B. H. Science 1993, 262, 89.
19. See for example: Biemann, K. Annu. Rev. Biochem., 1992, 61, 977. Burlingame, A. L.; Boyd, R. K.; Gaskell, S. J. Anal. Chem. 1994, 66, 634R. Bahr, U.; Karas, M.; Hillenkamp, F. Fresenius J. Anal. Chem. 1994, 348, 783. Kaufmann, R. J. Biotechnol. 1995, 41, 155. Chait, B. T.; Kent, S. B. K. Science 1992, 257, 1885. Chait, B. K.; Wong, R.; Beavis, R. C.; Kent, S. B. H. Science 1993, 262, 89.
20. See for example: Biemann, K. Annu. Rev. Biochem., 1992, 61, 977. Burlingame, A. L.; Boyd, R. K.; Gaskell, S. J. Anal. Chem. 1994, 66, 634R. Bahr, U.; Karas, M.; Hillenkamp, F. Fresenius J. Anal. Chem. 1994, 348, 783. Kaufmann, R. J. Biotechnol. 1995, 41, 155. Chait, B. T.; Kent, S. B. K. Science 1992, 257, 1885. Chait, B. K.; Wong, R.; Beavis, R. C.; Kent, S. B. H. Science 1993, 262, 89.
21. See for example: Biemann, K. Annu. Rev. Biochem., 1992, 61, 977. Burlingame, A. L.; Boyd, R. K.; Gaskell, S. J. Anal. Chem. 1994, 66, 634R. Bahr, U.; Karas, M.; Hillenkamp, F. Fresenius J. Anal. Chem. 1994, 348, 783. Kaufmann, R. J. Biotechnol. 1995, 41, 155. Chait, B. T.; Kent, S. B. K. Science 1992, 257, 1885. Chait, B. K.; Wong, R.; Beavis, R. C.; Kent, S. B. H. Science 1993, 262, 89.
22. Winger, B. E.; Light-Wahl, K. J.; Rockwood, A. L.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 5897.
23. Suckau, D.; Shi, Y.; Beu, S. C.; Senko, M. W.; Quinn, J. P.; Wampler, F. M.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 790.
24. Wood, T. D.; Chorush, R. A.; Wampler, F. M.; Little, D. P.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 2451.
25. Cassady, C. J.; Carr, S. R. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 247.
26. Gross, D. S.; Schnier, P. D.; Rodriguez-Cruz, S. E.; Fagerquist, C. K.; Williams, E. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 3143.
27. Schnier, P. D.; Gross, D. S.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6747.
28. Covey, T. R.; Douglas, D. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 616.
29. Collings, B. A.; Douglas, D. J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 4488.
30. Cox, K. A.; Julian, R. K.; Cooks, R. G.; Kaiser, R. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 127.
31. Quist, A. P.; Ahlbom, J.; Reimann, C. T.; Sundqvist, B. U. R. Nucl. Instr. Meth. Phys. Res. B 1994, 88, 164. Sullivan, P. A.; Axelsson, J.; Altmann, S.; Quist, A. P.; Sundqvist, B. U. R.; Reinmann, C. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 329.
32. Quist, A. P.; Ahlbom, J.; Reimann, C. T.; Sundqvist, B. U. R. Nucl. Instr. Meth. Phys. Res. B 1994, 88, 164. Sullivan, P. A.; Axelsson, J.; Altmann, S.; Quist, A. P.; Sundqvist, B. U. R.; Reinmann, C. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 329.
33. Hagen, D. F. Anal. Chem. 1979, 51, 870. Karpas, Z.; Cohen, M. J.; Stimac, R. M.; Wernlund, R. F. Int. J. Mass Spectrom. Ion Proc. 1986, 83, 163. von Helden, G.; Hsu, M. T.; Kemper, P. R.; Bowers, M. T. J. Chem. Phys. 1991, 95, 3835. For a recent review see, St. Louis, R. H.; Hill, H. H. Crit. Rev. Anal. Chem. 1990, 21, 321.
34. Hagen, D. F. Anal. Chem. 1979, 51, 870. Karpas, Z.; Cohen, M. J.; Stimac, R. M.; Wernlund, R. F. Int. J. Mass Spectrom. Ion Proc. 1986, 83, 163. von Helden, G.; Hsu, M. T.; Kemper, P. R.; Bowers, M. T. J. Chem. Phys. 1991, 95, 3835. For a recent review see, St. Louis, R. H.; Hill, H. H. Crit. Rev. Anal. Chem. 1990, 21, 321.
35. Hagen, D. F. Anal. Chem. 1979, 51, 870. Karpas, Z.; Cohen, M. J.; Stimac, R. M.; Wernlund, R. F. Int. J. Mass Spectrom. Ion Proc. 1986, 83, 163. von Helden, G.; Hsu, M. T.; Kemper, P. R.; Bowers, M. T. J. Chem. Phys. 1991, 95, 3835. For a recent review see, St. Louis, R. H.; Hill, H. H. Crit. Rev. Anal. Chem. 1990, 21, 321.
36. Hagen, D. F. Anal. Chem. 1979, 51, 870. Karpas, Z.; Cohen, M. J.; Stimac, R. M.; Wernlund, R. F. Int. J. Mass Spectrom. Ion Proc. 1986, 83, 163. von Helden, G.; Hsu, M. T.; Kemper, P. R.; Bowers, M. T. J. Chem. Phys. 1991, 95, 3835. For a recent review see, St. Louis, R. H.; Hill, H. H. Crit. Rev. Anal. Chem. 1990, 21, 321.
37. Lin, S. T.; Griffin, G. W.; Horning, E. C.; Wentworth, W. E. J. Chem. Phys. 1974, 60, 4994.
38. Jarrold, M. F.; Constant, V. A. Phys. Rev. Lett. 1992; 67, 2994. Clemmer, D. E.; Hunter, J. M.; Shelimov, K. B.; Jarrold, M. F. Nature 1994, 572 248. Hunter, J. M.; Fye, J. L.; Jarrold, M. F.; Bower, J. E. Phys. Rev. Lett. 1994, 73 2063. Hunter, J. M.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117 10317. Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1995, 99 15. Shelimov, K. B.; Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Chem. Soc. Dalton 1996, 567.
39. Jarrold, M. F.; Constant, V. A. Phys. Rev. Lett. 1992; 67, 2994. Clemmer, D. E.; Hunter, J. M.; Shelimov, K. B.; Jarrold, M. F. Nature 1994, 572 248. Hunter, J. M.; Fye, J. L.; Jarrold, M. F.; Bower, J. E. Phys. Rev. Lett. 1994, 73 2063. Hunter, J. M.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117 10317. Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1995, 99 15. Shelimov, K. B.; Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Chem. Soc. Dalton 1996, 567.
40. Jarrold, M. F.; Constant, V. A. Phys. Rev. Lett. 1992; 67, 2994. Clemmer, D. E.; Hunter, J. M.; Shelimov, K. B.; Jarrold, M. F. Nature 1994, 572 248. Hunter, J. M.; Fye, J. L.; Jarrold, M. F.; Bower, J. E. Phys. Rev. Lett. 1994, 73 2063. Hunter, J. M.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117 10317. Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1995, 99 15. Shelimov, K. B.; Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Chem. Soc. Dalton 1996, 567.
41. Jarrold, M. F.; Constant, V. A. Phys. Rev. Lett. 1992; 67, 2994. Clemmer, D. E.; Hunter, J. M.; Shelimov, K. B.; Jarrold, M. F. Nature 1994, 572 248. Hunter, J. M.; Fye, J. L.; Jarrold, M. F.; Bower, J. E. Phys. Rev. Lett. 1994, 73 2063. Hunter, J. M.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117 10317. Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1995, 99 15. Shelimov, K. B.; Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Chem. Soc. Dalton 1996, 567.
42. Jarrold, M. F.; Constant, V. A. Phys. Rev. Lett. 1992; 67, 2994. Clemmer, D. E.; Hunter, J. M.; Shelimov, K. B.; Jarrold, M. F. Nature 1994, 572 248. Hunter, J. M.; Fye, J. L.; Jarrold, M. F.; Bower, J. E. Phys. Rev. Lett. 1994, 73 2063. Hunter, J. M.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117 10317. Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1995, 99 15. Shelimov, K. B.; Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Chem. Soc. Dalton 1996, 567.
43. Jarrold, M. F.; Constant, V. A. Phys. Rev. Lett. 1992; 67, 2994. Clemmer, D. E.; Hunter, J. M.; Shelimov, K. B.; Jarrold, M. F. Nature 1994, 572 248. Hunter, J. M.; Fye, J. L.; Jarrold, M. F.; Bower, J. E. Phys. Rev. Lett. 1994, 73 2063. Hunter, J. M.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117 10317. Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1995, 99 15. Shelimov, K. B.; Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Chem. Soc. Dalton 1996, 567.
44. von Helden, G.; Hsu, M.-T.; Gotts, N.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8182. von Helden, G.; Gotts, N. G.; Maitre, P.; Bowers, M. T. Chem. Phys. Lett. 1994, 227, 601. von Helden, G.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. Ion Proc. 1995, 146/147, 349. Lee, S.; Wyttenbach, T.; von Helden, G.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10159.
45. von Helden, G.; Hsu, M.-T.; Gotts, N.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8182. von Helden, G.; Gotts, N. G.; Maitre, P.; Bowers, M. T. Chem. Phys. Lett. 1994, 227, 601. von Helden, G.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. Ion Proc. 1995, 146/147, 349. Lee, S.; Wyttenbach, T.; von Helden, G.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10159.
46. von Helden, G.; Hsu, M.-T.; Gotts, N.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8182. von Helden, G.; Gotts, N. G.; Maitre, P.; Bowers, M. T. Chem. Phys. Lett. 1994, 227, 601. von Helden, G.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. Ion Proc. 1995, 146/147, 349. Lee, S.; Wyttenbach, T.; von Helden, G.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10159.
47. von Helden, G.; Hsu, M.-T.; Gotts, N.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8182. von Helden, G.; Gotts, N. G.; Maitre, P.; Bowers, M. T. Chem. Phys. Lett. 1994, 227, 601. von Helden, G.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. Ion Proc. 1995, 146/147, 349. Lee, S.; Wyttenbach, T.; von Helden, G.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10159.