Large-scale metabolome analysis and quantitative integration with genomics and proteomics data in Mycoplasma pneumoniae

Molecular BioSystems

Volumn 9, Issue 7, 2013, Pages 1743-1755

  Maier, Tobias ^a,b   Marcos, Josep ^b,c   Wodke, Judith A H ^a,b,d   Paetzold, Bernhard ^a,b   Liebeke, Manuel ^e   Gutiérrez Gallego, Ricardo ^b,c   Serrano, Luis ^a,b,f  

^a CENTRE FOR GENOMIC REGULATION CRG   (Spain)

^b UNIVERSITAT POMPEU FABRA   (Spain)

^c INST MUNIC D INVESTIGACIO MEDICA   (Spain)

^d HUMBOLDT UNIVERSITY   (Germany)

^e IMPERIAL COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

^f INSTITUCIÓ CATALANA DE RECERCA I ESTUDIS AVANÇATS ICREA   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIA (MICROORGANISMS); MYCOPLASMA PNEUMONIAE;

AMINO ACID; PROTEOME;

ARTICLE; GENETICS; GENOMICS; GLYCOLYSIS; METABOLISM; METABOLOME; METABOLOMICS; METHODOLOGY; MYCOPLASMA PNEUMONIAE; PROTEOMICS; PROCEDURES;

AMINO ACIDS; GENOMICS; GLYCOLYSIS; METABOLOME; METABOLOMICS; MYCOPLASMA PNEUMONIAE; PROTEOME; PROTEOMICS;

EID: 84878694217     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3mb70113a     Document Type: Article

References (51)

1. W. B. Dunn D. I. Broadhurst H. J. Atherton R. Goodacre J. L. Griffin Chem. Soc. Rev. 2011 40 387 426
2. A. Cornish-Bowden M. L. Cárdenas Nat. Biotechnol. 2000 18 267 268
3. O. Fiehn Plant Mol. Biol. 2002 48 155 171
4. J. M. Buescher W. Liebermeister M. Jules M. Uhr J. Muntel E. Botella B. Hessling R. J. Kleijn L. Le Chat F. Lecointe U. Mäder P. Nicolas S. Piersma F. Rügheimer D. Becher P. Bessieres E. Bidnenko E. L. Denham E. Dervyn K. M. Devine G. Doherty S. Drulhe L. Felicori M. J. Fogg A. Goelzer A. Hansen C. R. Harwood M. Hecker S. Hubner C. Hultschig H. Jarmer E. Klipp A. Leduc P. Lewis F. Molina P. Noirot S. Peres N. Pigeonneau S. Pohl S. Rasmussen B. Rinn M. Schaffer J. Schnidder B. Schwikowski J. M. Van Dijl P. Veiga S. Walsh A. J. Wilkinson J. Stelling S. Aymerich U. Sauer Science 2012 335 1099 1103
5. J. K. Nicholson J. C. Lindon Nature 2008 455 1054 1056
6. D. J. Creek A. Jankevics R. Breitling D. G. Watson M. P. Barrett K. E. V. Burgess Anal. Chem. 2011 83 8703 8710
7. R. Goodacre S. Vaidyanathan W. B. Dunn G. G. Harrigan D. B. Kell Trends Biotechnol. 2004 22 245 252
8. F. Geier E. Want A. Leroi J. Bundy Anal. Chem. 2011 83 3730 3736
9. L. M. Liberman R. Sozzani P. N. Benfey Curr. Opin. Plant Biol. 2012 15 162 167
10. A. Scalbert L. Brennan O. Fiehn T. Hankemeier B. S. Kristal B. van Ommen E. Pujos-Guillot E. Verheij D. Wishart S. Wopereis Metabolomics 2009 5 435 458
11. W. M. van Gulik Curr. Opin. Biotechnol. 2010 21 27 34
12. N. C. Duarte S. A. Becker N. Jamshidi I. Thiele M. L. Mo T. D. Vo R. Srivas B. Ø. Palsson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 1777 1782
13. A. M. Feist M. J. Herrgord I. Thiele J. L. Reed B. Ø. O. Palsson M. J. Herrgård Nat. Rev. Microbiol. 2009 7 129 143
14. T. Dandekar M. Huynen J. T. Regula B. Ueberle C. U. Zimmermann M. A. Andrade T. Doerks L. Sánchez-Pulido B. Snel M. Suyama Y. P. Yuan R. Herrmann P. Bork L. Sanchez-Pulido Nucleic acids Res. 2000 28 3278 3288
15. R. Himmelreich H. Hilbert H. Plagens E. Pirkl B. C. Li R. Herrmann Nucleic Acids Res. 1996 24 4420 4449
16. R. M. Chanock W. D. James H. H. Fox H. C. Turner M. A. Mufson L. Hayflick Proc. Soc. Exp. Biol. Med. 1962 110 884 889
17. A. P. H. Danielsson T. Moritz H. Mulder P. Spégel Anal. Biochem. 2010 404 30 39
18. M. Güell V. van Noort E. Yus W.-H. Chen J. Leigh-Bell K. Michalodimitrakis T. Yamada M. Arumugam T. Doerks S. Kühner M. Rode M. Suyama S. Schmidt A.-C. Gavin P. Bork L. Serrano Science 2009 326 1268 1271
19. T. Maier A. Schmidt M. Güell S. Kühner A.-C. Gavin R. Aebersold L. Serrano Mol. Syst. Biol. 2011 7 1 12
20. S. Kühner V. van Noort M. J. Betts A. Leo-Macias C. Batisse M. Rode T. Yamada T. Maier S. Bader P. Beltran-Alvarez D. Castaño-Diez W.-H. Chen D. Devos M. Güell T. Norambuena I. Racke V. Rybin A. Schmidt E. Yus R. Aebersold R. Herrmann B. Böttcher A. S. Frangakis R. B. Russell L. Serrano P. Bork A.-C. Gavin Science 2009 326 1235 1240
21. V. van Noort J. Seebacher S. Bader S. Mohammed I. Vonkova M. J. Betts S. Kühner R. Kumar T. Maier M. O'Flaherty V. Rybin A. Schmeisky E. Yus J. Stülke L. Serrano R. B. Russell A. J. R. Heck P. Bork A.-C. Gavin Mol. Syst. Biol. 2012 8 571
22. E. Yus T. Maier K. Michalodimitrakis V. van Noort T. Yamada W.-H. Chen J. A. H. Wodke M. Güell S. Martínez R. Bourgeois S. Kühner E. Raineri I. Letunic O. V. Kalinina M. Rode R. Herrmann R. Gutiérrez- Gallego R. B. Russell A.-C. Gavin P. Bork L. Serrano Science 2009 326 1263 1268
23. M. J. van der Werf K. M. Overkamp B. Muilwijk L. Coulier T. Hankemeier Anal. Biochem. 2007 370 17 25
24. M. Bu D. Czernik J. C. Ewald U. Sauer J. M. Büscher N. Zamboni Metab., Clin. Exp. 2009 81 2135 2143
25. M. Liebeke K. Dörries D. Zühlke J. Bernhardt S. Fuchs J. Pané-Farré S. Engelmann U. Völker R. Bode T. Dandekar U. Lindequist M. Hecker M. Lalk Mol. BioSyst. 2011 7 1241 1253
26. T. Soga Y. Ohashi Y. Ueno H. Naraoka M. Tomita T. Nishioka J. Proteome Res. 2003 2 488 494
27. M. J. van der Werf K. M. Overkamp B. Muilwijk M. M. Koek B. J. C. van der Werff-van der Vat R. H. Jellema L. Coulier T. Hankemeier Mol. BioSyst. 2008 4 315 327
28. R. t'Kindt R. A. Scheltema A. Jankevics K. Brunker S. Rijal J.-C. Dujardin R. Breitling D. G. Watson G. H. Coombs S. Decuypere PLoS Neglected Trop. Dis. 2010 4 e904
29. J. Weiner III Nucleic Acids Res. 2003 31 6306 6320
30. D. D. Buechter D. N. Paolella B. S. Leslie M. S. Brown K. A. Mehos E. A. Gruskin J. Biol. Chem. 2003 278 645 650
31. J. K. Johnson N. L. Somerson Appl. Environ. Microbiol. 1980 40 391 399
32. J. D. Pollack N. L. Somerson L. B. Senterfit Infect. Immun. 1970 2 326 339
33. R. N. McElhaney M. E. Tourtellotte Science 1969 164 3878 433 434
34. A. W. Curnow K. W. Hong R. Yuan S. I. Kim O. Martins W. Winkler T. M. Henkin D. Söll Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 11819 11826
35. H. de Koning G. Diallinas Mol. Membr. Biol. 2000 17 75 94
36. B. D. Bennett E. H. Kimball M. Gao R. Osterhout S. J. Van J. D. Rabinowitz S. J. Van Dien Nat. Chem. Biol. 2009 5 593 599
37. R. Costenoble P. Picotti L. Reiter R. Stallmach M. Heinemann U. Sauer R. Aebersold Mol. Syst. Biol. 2011 7 464
38. M. Papagianni N. Avramidis G. Filiousis Microb. Cell Fact. 2007 6 16
39. R. Schuetz N. Zamboni M. Zampieri M. Heinemann U. Sauer Science 2012 336 601 604
40. E. C. Y. Chan K. K. Pasikanti J. K. Nicholson Nat. Protocols 2011 6 1483 1499
41. T. G. Sobolevsky A. I. Revelsky B. Miller V. Oriedo E. S. Chernetsova I. A. Revelsky J. Sep. Sci. 2003 26 1474 1478
42. G. Corso M. Esposito M. Gallo Biol. Mass Spectrom. 1993 22 698 702
43. O. Beckonert H. C. Keun T. M. D. Ebbels J. Bundy E. Holmes J. C. Lindon J. K. Nicholson Nat. Protocols 2007 2 2692 2703
44. D. S. Wishart C. Knox A. C. Guo R. Eisner N. Young B. Gautam D. D. Hau N. Psychogios E. Dong S. Bouatra R. Mandal I. Sinelnikov J. Xia L. Jia J. A. Cruz E. Lim C. A. Sobsey S. Shrivastava P. Huang P. Liu L. Fang J. Peng R. Fradette D. Cheng D. Tzur M. Clements A. Lewis A. De Souza A. Zuniga M. Dawe Y. Xiong D. Clive R. Greiner A. Nazyrova R. Shaykhutdinov L. Li H. J. Vogel I. Forsythe Nucleic Acids Res. 2009 37 D603 D610
45. K. Spagou I. D. Wilson P. Masson G. Theodoridis N. Raikos M. Coen E. Holmes J. C. Lindon R. S. Plumb J. K. Nicholson E. J. Want Anal. Chem. 2011 83 382 390
46. E. J. Want I. D. Wilson H. Gika G. Theodoridis R. S. Plumb J. Shockcor E. Holmes J. K. Nicholson Nat. Protocols 2010 5 1005 1018
47. M. Liebeke H. Meyer S. Donat K. Ohlsen M. Lalk Chem. Biol. 2010 17 820 830
48. H. Tong D. Bell K. Tabei M. M. Siegel J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1999 10 11 1174 1187
49. A. Jankevics M. E. Merlo M. Vries R. J. Vonk E. Takano R. Breitling Metabolomics 2011 suppl. 1 29 36
50. C. A. Smith G. O'Maille E. J. Want C. Qin S. A. Trauger T. R. Brandon D. E. Custodio R. Abagyan G. Siuzdak Ther. Drug Monit. 2005 27 747 751
51. H. Horai M. Arita S. Kanaya Y. Nihei T. Ikeda K. Suwa Y. Ojima K. Tanaka S. Tanaka K. Aoshima Y. Oda Y. Kakazu M. Kusano T. Tohge F. Matsuda Y. Sawada M. Y. Hirai H. Nakanishi K. Ikeda N. Akimoto T. Maoka H. Takahashi T. Ara N. Sakurai H. Suzuki D. Shibata S. Neumann T. Iida K. Tanaka K. Funatsu F. Matsuura T. Soga R. Taguchi K. Saito T. Nishioka J. Mass Spectrom. 2010 45 703 714