Large-scale investigation of oxygen response mutants in Saccharomyces cerevisiae

Molecular BioSystems

Volumn 9, Issue 6, 2013, Pages 1351-1359

  Samanfar, Bahram ^a   Omidi, Katayoun ^a   Hooshyar, Mohsen ^a   Laliberte, Ben ^a   Alamgir, Md ^a   Seal, Andrew J ^a   Ahmed Muhsin, Eman ^a   Viteri, Duber Frey ^a   Said, Kamaleldin ^a,b   Chalabian, Firoozeh ^a,c   Wainer, Gabriel ^a   Burnside, Daniel ^a   Shostak, Kristina ^a   Bugno, Magdalena ^a   Willmore, William G ^a   Smith, Myron L ^a   Golshani, Ashkan ^a   Golshani, Ardeshir ^a  

^a CARLETON UNIVERSITY   (Canada)

^b QASSIM UNIVERSITY   (Saudi Arabia)

^c ISLAMIC AZAD UNIVERSITY   (Iran)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACYL COENZYME A DESATURASE; BETA GALACTOSIDASE; CNOT8 PROTEIN, HUMAN; COBALT; DELTA-9 FATTY ACID DESATURASE; FERROZINE; IRON CHELATING AGENT; MEMBRANE PROTEIN; MGA2 PROTEIN, S CEREVISIAE; OXYGEN; POP2 PROTEIN, S CEREVISIAE; RIBONUCLEASE; SACCHAROMYCES CEREVISIAE PROTEIN; TRACE ELEMENT; TRANSCRIPTION FACTOR; DELTA 9 FATTY ACID DESATURASE;

CELL HYPOXIA; CELL LINE; CELL SURVIVAL; GENE DELETION; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE EXPRESSION REGULATION; GENETICS; HUMAN; METABOLISM; PROMOTER REGION; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; TRANSCRIPTION INITIATION; ARTICLE;

BETA-GALACTOSIDASE; CELL HYPOXIA; CELL LINE; CELL SURVIVAL; COBALT; FATTY ACID DESATURASES; FERROZINE; GENE DELETION; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE EXPRESSION REGULATION, FUNGAL; HUMANS; IRON CHELATING AGENTS; MEMBRANE PROTEINS; OXYGEN; PROMOTER REGIONS, GENETIC; RIBONUCLEASES; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SACCHAROMYCES CEREVISIAE PROTEINS; TRACE ELEMENTS; TRANSCRIPTION FACTORS; TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION;

EID: 84877783691     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3mb25516f     Document Type: Article

References (77)

1. M. R. Hodge G. Kim K. Singh M. G. Cumsky Mol. Cell. Biol. 1989 9 1958 1964
2. R. T. Lorenz L. W. Parks Lipids 1991 26 598 603
3. B. M. Emerling N. S. Chandel Sci. STKE 2005 289 pe30
4. D. L. Gilbert, in Oxygen and Living Processes: An Interdisciplinary Approach, ed., D. L. Gilbert, Springer-Verlag publication, New York, 1981, pp. 73-101
5. T. P. Devasagayam J. C. Tilak K. K. Boloor K. S. Sane S. S. Ghaskadbi R. D. Lele J. Assoc. Physicians India 2004 52 794 804
6. M. Benhar D. Engelberg A. Levitzki EMBO Rep. 2002 3 420 425
7. H. U. Simon A. Haj-Yehia F. Levi-Schaffer Apoptosis 2000 5 415 418
8. H. Pelicano D. Carney P. Huang Drug Resist. Updates 2004 7 97 110
9. G. E. Conner M. Salathe R. Forteza Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2002 166 57 61
10. B. Rada T. L. Leto Contrib. Microbiol. 2008 15 415 418
11. M. Saran W. Bors Chem.-Biol. Interact. 1994 90 35 45
12. L. E. Huang J. Gu M. Schau H. F. Bunn Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 7987 7992
13. P. Vaupel A. Mayer Cancer Metastasis Rev. 2007 26 225 239
14. H. F. Bunn J. Gu L. E. Huang J. W. Park H. Zhu J. Exp. Biol. 1998 201 1197 1201
15. P. J. Ratcliffe J. F. O'Rourke P. H. Maxwell C. W. Pugh J. Exp. Biol. 1998 201 1153 1162
16. J. Lopez-Barneo R. Pardal P. Ortega-Sáenz Annu. Rev. Physiol. 2001 63 259 287
17. M. G. Jonz C. A. Nurse J. Exp. Biol. 2005 208 1537 1549
18. S. F. Perry M. G. Jonz K. M. Gilmour Fish Physiol. 2009 27 193 253
19. H. G. Crabtree Biochem. J. 1928 22 1289 1298
20. J. M. Thomson E. A. Gaucher M. F. Burgan D. W. De Kee T. Li J. P. Aris S. A. Benner Nat. Genet. 2005 37 630 635
21. R. O. Poyton Respir. Physiol. 1999 115 119 133
22. R. O. Poyton R. Dirmeier K. O'Brien P. David A. Dodd Methods Enzymol. 2004 381 644 662
23. T. Hon A. Dodd R. Dirmeier N. Gorman P. R. Sinclair L. Zhang R. O. Poyton J. Biol. Chem. 2003 278 50771 50780
24. K. E. Kwast P. V. Burke B. T. Staahl R. O. Poyton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 5446 5451
25. R. K. Bruick Genes Dev. 2003 17 2614 2623
26. W. R. Paulding M. F. Czyzyk-Krzeska Adv. Exp. Med. Biol. 2002 475 111 121
27. L. X. Liu H. Lu Y. Luo T. Date A. J. Belanger K. A. Vincent G. Y. Akita M. Goldberg S. H. Cheng R. J. Gregory C. Jiang Biochem. Biophys. Res. Commun. 2002 291 908 914
28. T. Keng Mol. Cell. Biol. 1992 12 2616 2623
29. O. Sertil R. Kapoor B. D. Cohen N. Abramova C. V. Lowry Nucleic Acids Res. 2003 31 5831 5837
30. R. Chellappa P. Kandasamy C. S. Oh Y. Jiang M. Vemula C. E. Martin J. Biol. Chem. 2001 276 43548 43556
31. T. Hon H. C. Lee A. Hach J. L. Johnson E. A. Craig H. Erdjument-Bromage P. Tempst L. Zhang Mol. Cell. Biol. 2001 21 7923 7932
32. M. J. Hickman F. Winston Mol. Cell. Biol. 2007 27 7414 7424
33. K. E. Kwast L. C. Lai N. Menda D. T. James S. Aref P. V. Burke J. Bacteriol. 2002 184 250 265
34. A. J. Kastaniotis T. A. Mennella C. Konrad A. M. Torres R. S. Zitomer Mol. Cell. Biol. 2000 20 7088 7098
35. T. A. Mennella L. G. Klinkenberg R. S. Zitomer Eukaryotic Cell 2003 2 1288 1303
36. Y. Jiang M. J. Vasconcelles S. Wretzel A. Light C. E. Martin M. A. Goldberg Mol. Cell. Biol. 2001 21 6161 6169
37. J. L. Stauber T. M. Florence Mar. Biol. 1987 94 511 519
38. E. Cadenas K. J. Davies Free Radicals Biol. Med. 2000 29 222 230
39. M. J. Vasconcelles Y. Jiang K. McDaid L. Gilooly S. Wretzel D. L. Porter C. E. Martin M. A. Goldberg J. Biol. Chem. 2001 276 14374 14384
40. A. H. Y. Tong M. Evangelista A. B. Parsons H. Xu G. D. Bader N. Page M. Robinson S. Raghibizadeh C. W. V. Hogue H. Bussey B. Andrews M. Tyer C. Boone Science 2001 294 2364 2368
41. R. G. Taylor D. C. Walker R. R. McInnes Nucleic Acids Res. 1993 2 1677 1678
42. E. A. Winzeler D. D. Shoemaker A. Astromoff K. Anderson B. Andre R. Bangham R. Benito J. D. Boeke H. Bussey A. M. Chu C. Connelly K. Davis F. Dietrich S. W. Dow M. E. Bakkoury F. Foury S. H. Friend E. Gentalen G. Giaever J. H. Hegemenn T. Jones M. Laub H. Liao N. Liebundguth D. J. Lockhart A. Lucau-Danila M. Lussier N. M'Rabert P. Menard M. Mittmann C. Pai C. Rebischung J. L. Revuelta L. Riles C. J. Robert P. Ross-MacDonald B. Scherens M. Snyder S. Sookhai-Mahadeo R. K. Storms S. Veronneau M. Voet G. Volckaert T. R. Ward R. Wysocki G. S. Yen K. Yu K. Zimmermann P. Philippsen M. Johnston R. W. Davis Science 1999 285 901 906
43. M. Alamgir V. Erukova M. Jessulat A. Azizi A. Golshani BMC Chem. Biol. 2010 10 6 20
44. N. Memarian M. Jessulat J. Alirezaie N. Mir-Rashed J. Xu M. Zareie M. Smith A. Golshani BMC Bioinf. 2007 8 117 127
45. R. H. Schiestl R. D. Gietz Curr. Genet. 1989 16 339 346
46. H. Inoue H. Norjima H. Okayama Gene 1990 96 23 28
47. I. Stansfield P. Akhmaloka M. F. Tuite Curr. Genet. 1995 27 417 426
48. N. J. Krogan M. Kim A. Tong A. Golshani G. Cagney V. Canadien D. P. Richards B. K. Beattie A. Emili C. Boone A. Shilatifard S. Buratowski J. Greenblatt Mol. Cell. Biol. 2003 23 4207 4218
49. D. Shenton J. B. Smirnova J. N. Selley K. Carroll S. J. Hubbard G. D. Pavitt M. P. Ashe C. M. Grant J. Biol. chem. 2006 281 29011 29021
50. M. Alamgir V. Eroukova M. Jessulat J. Xu A. Golshani BMC Genomics 2008 9 583 595
51. N. L. Chepelev J. D. Bennitz T. Huang S. McBride W. G. Willmore PLoS One 2011 6 29167
52. H. W. Hann M. W. Stahlhut C. L. Hann Hepatology 1990 11 566 569
53. M. J. Wacker M. P. Godard J. Biomol. Tech. 2005 16 266 271
54. H. Towbin T. Staehelin J. Gordon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 1979 76 4350 4354
55. T. Mossmann J. Immunol. Methods 1983 65 55 63
56. M. Flueraru A. Chichirau N. L. Chepelev W. G. Willmore T. Durst M. Charron L. R. Barclay J. S. Wright Free Radicals Biol. Med. 2005 39 1368 1377
57. M. Van England L. J. Nieland F. C. Ramaekers B. Schutte C. P. Reutelingsperger Cytometry 1998 31 1 9
58. E. Lesuisse F. Raguzzi R. R. Crichton J. Gen. Microbiol. 1987 133 3229 3236
59. R. J. Crisp A. Pollington C. Galea S. Jaron Y. Yamaguchi-Iwai J. Kaplan J. Biol. Chem. 2003 278 45499 45506
60. J. C. Rutherford A. J. Bird Eukaryotic Cell 2004 3 1 13
61. J. A. Stadler R. J. Schweyen J. Biol. Chem. 2002 277 39649 39654
62. V. T. Ho H. F. Bunn Biochem. Biophys. Res. Commun. 1996 223 175 180
63. S. Zhang Y. Skalsky D. J. Garfinkel Genetics 1999 151 473 483
64. T. Hoppe K. Matuschewski M. Rape S. Schlenker H. D. Ulrich S. Jentsch Cell 2000 102 577 586
65. P. McGraw S. A. Henry Genetics 1989 122 317 330
66. P. Kandasamy M. Vemula C. S. Oh R. Chellappa C. E. Martin J. Biol. Chem. 2004 279 36586 36592
67. S. Meyer C. Temme E. Wahle Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2004 39 197 216
68. M. C. Daugeron F. Mauxion B. Séraphin Nucleic Acids Res. 2001 29 2448 2455
69. S. Thore F. Mauxion B. Séraphin D. Suck EMBO Rep. 2003 4 1150 1155
70. Y. Cui D. B. Ramnarain Y. C. Chiang L. H. Ding J. S. McMahon C. L. Denis Mol. Genet. Genomics 2008 279 323 337
71. M. Costanzo A. Baryshnikova J. Bellay Y. Kim E. D. Spear C. S. Sevier H. Ding J. L. Koh K. Toufighi S. Mostafavi J. Prinz R. P. St-Onge B. VanderSluis T. Makhnevych F. J. Vizeacoumar S. Alizadeh S. Bahr R. L. Brost Y. Chen M. Cokol R. Deshpande Z. Li Z. Y. Lin W. Liang M. Marback J. Paw B. J. San Luis E. Shuteriqi A. H. Tong N. Van Dyk I. M. Wallace J. A. Whitney M. T. Weirauch G. Zhong H. Zhu W. A. Houry M. Brudno S. Ragibizadeh B. Papp C. Pál F. P. Roth G. Giaever C. Nislow O. G. Troyanskaya H. Bussey G. D. Bader A. C. Gingras Q. D. Morris P. M. Kim C. A. Kaiser C. L. Myers B. J. Andrews C. Boone Science 2010 327 425 431
72. A. Ikner K. Shiozaki Mutat. Res. 2005 569 13 27
73. X. Pan P. Ye D. S. Yuan X. Wang J. S. Bader J. D. Boeke Cell 2006 124 1069 1081
74. S. R. Collins P. Kemmeren X. C. Zho J. F. Greenblatt F. Spencer F. C. Holstege J. S. Weissman N. J. krogan Mol. Cell. Proteomics 2007 6 439 450
75. A. Aslam S. Mittal F. Koch J. C. Andrau G. S. Winkler Mol. Biol. Cell 2009 20 3840 3850
76. R. H. Winger J. Exp. Biol. 2000 203 1253 1263
77. C. J. Schofield P. J. Ratcliffe Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2004 5 343 354