Stable isotope-assisted lipidomics combined with nontargeted isotopomer filtering, a tool to unravel the complex dynamics of lipid metabolism

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 9, 2013, Pages 4651-4657

  Li, Jia ^a   Hoene, Miriam ^b,c,d   Zhao, Xinjie ^a   Chen, Shili ^a   Wei, Hai ^e   Häring, Hans Ulrich ^b,c,d   Lin, Xiaohui ^e   Zeng, Zhongda ^a   Weigert, Cora ^b,c,d   Lehmann, Rainer ^b,c,d   Xu, Guowang ^a  

^a DALIAN INSTITUTE OF CHEMICAL PHYSICS   (China)

^b UNIVERSITY HOSPITAL TÜBINGEN   (Germany)

^c UNIVERSITY OF TÜBINGEN   (Germany)

^d GERMAN CENTER FOR DIABETES RESEARCH DZD   (Germany)

^e DALIAN UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANALYTICAL APPROACH; FOCUS OF RESEARCHES; LIPID METABOLISMS; METABOLIC MECHANISM; MOLECULAR SPECIFICITY; PHYSIOLOGICAL MECHANISMS; SKELETAL MUSCLE CELLS; ULTRA-HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHIES;

COMPLEX NETWORKS; DATA PROCESSING; DYNAMICS; ISOMERS; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; PHYSIOLOGY;

ISOTOPES;

LIPID;

ARTICLE; CELL CULTURE; COMPUTER PROGRAM; CYTOLOGY; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; HUMAN; ISOTOPE LABELING; LIPID METABOLISM; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; SKELETAL MUSCLE; THERMODYNAMICS;

CELLS, CULTURED; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; HUMANS; ISOTOPE LABELING; LIPID METABOLISM; LIPIDS; MASS SPECTROMETRY; MUSCLE, SKELETAL; SOFTWARE; THERMODYNAMICS;

EID: 84877319229     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac400293y     Document Type: Article

References (35)

1. Wymann, M. P.; Schneiter, R. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2008, 9, 162-176
2. Shevchenko, A.; Simons, K. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2010, 11, 593-598
3. Han, X.; Gross, R. W. J. Lipid Res. 2003, 44, 1071-1079
4. Wenk, M. R. Nat. Rev. Drug Discovery 2005, 4, 594-610
5. Hu, C.; van der Heijden, R.; Wang, M.; van der Greef, J.; Hankemeier, T.; Xu, G. J. Chromatogr., B 2009, 877, 2836-2846
6. Postle, A. D. Curr. Opin. Clin. Nutr. Metab. Care 2012, 15, 127-133
7. Postle, A. D.; Hunt, A. N. J. Chromatogr., B 2009, 877, 2716-2721
8. Hellerstein, M. K.; Neese, R. A. Am. J. Physiol. 1999, 276, E1146-1170
9. Castro-Perez, J. M.; Roddy, T. P.; Shah, V.; McLaren, D. G.; Wang, S.-P.; Jensen, K.; Vreeken, R. J.; Hankemeier, T.; Johns, D. G.; Previs, S. F.; Hubbard, B. K. J. Proteome Res. 2011, 10, 4281-4290
10. Castro-Perez, J.; Previs, S. F.; McLaren, D. G.; Shah, V.; Herath, K.; Bhat, G.; Johns, D. G.; Wang, S.-P.; Mitnaul, L.; Jensen, K.; Vreeken, R.; Hankemeier, T.; Roddy, T. P.; Hubbard, B. K. J. Lipid Res. 2010, 52, 159-169
11. McLaren, D. G.; He, T.; Wang, S.-P.; Mendoza, V.; Rosa, R.; Gagen, K.; Bhat, G.; Herath, K.; Miller, P. L.; Stribling, S.; Taggart, A.; Imbriglio, J.; Liu, J.; Chen, D.; Pinto, S.; Balkovec, J. M.; DeVita, R. J.; Marsh, D. J.; Castro-Perez, J. M.; Strack, A.; Johns, D. G.; Previs, S. F.; Hubbard, B. K.; Roddy, T. P. J. Lipid Res. 2011, 52, 1150-1161
12. Blachnio-Zabielska, A. U.; Persson, X.-M. T.; Koutsari, C.; Zabielski, P.; Jensen, M. D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2012, 26, 1134-1140
13. Enjalbal, C.; Roggero, R.; Cerdan, R.; Martinez, J.; Vial, H.; Aubagnac, J.-L. Anal. Chem. 2004, 76, 4515-4521
14. Bleijerveld, O. B.; Houweling, M.; Thomas, M. J.; Cui, Z. Anal. Biochem. 2006, 352, 1-14
15. Haynes, C. A.; Allegood, J. C.; Wang, E. W.; Kelly, S. L.; Sullards, M. C.; Merrill, A. H. J. Lipid Res. 2011, 52, 1583-1594
16. Blachnio-Zabielska, A. U.; Koutsari, C.; Jensen, M. D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2011, 25, 2223-2230
17. Kamphorst, J. J.; Fan, J.; Lu, W.; White, E.; Rabinowitz, J. D. Anal. Chem. 2011, 83, 9114-9122
18. Weigert, C.; Brodbeck, K.; Staiger, H.; Kausch, C.; Machicao, F.; Haring, H. U.; Schleicher, E. D. J. Biol. Chem. 2004, 279, 23942-23952
19. Peter, A.; Weigert, C.; Staiger, H.; Machicao, F.; Schick, F.; Machann, J.; Stefan, N.; Thamer, C.; Häring, H.-U.; Schleicher, E. Diabetes 2009, 58, 1757-1765
20. Matyash, V.; Liebisch, G.; Kurzchalia, T. V.; Shevchenko, A.; Schwudke, D. J. Lipid Res. 2008, 49, 1137-1146
21. Hu, C.; van Dommelen, J.; van der Heijden, R.; Spijksma, G.; Reijmers, T. H.; Wang, M.; Slee, E.; Lu, X.; Xu, G.; van der Greef, J.; Hankemeier, T. J. Proteome Res. 2008, 7, 4982-4991
22. Gika, H. G.; Theodoridis, G. A.; Wingate, J. E.; Wilson, I. D. J. Proteome Res. 2007, 6, 3291-3303
23. Wishart, D. S.; Tzur, D.; Knox, C.; Eisner, R.; Guo, A. C.; Young, N.; Cheng, D.; Jewell, K.; Arndt, D.; Sawhney, S.; Fung, C.; Nikolai, L.; Lewis, M.; Coutouly, M.-A.; Forsythe, I.; Tang, P.; Shrivastava, S.; Jeroncic, K.; Stothard, P.; Amegbey, G.; Block, D.; Hau, D. D.; Wagner, J.; Miniaci, J.; Clements, M.; Gebremedhin, M.; Guo, N.; Zhang, Y.; Duggan, G. E.; Macinnis, G. D.; Weljie, A. M.; Dowlatabadi, R.; Bamforth, F.; Clive, D.; Greiner, R.; Li, L.; Marrie, T.; Sykes, B. D.; Vogel, H. J.; Querengesser, L. Nucleic Acids Res. 2007, 35, D521-526
24. Smith, C. A.; O'Maille, G.; Want, E. J.; Qin, C.; Trauger, S. A.; Brandon, T. R.; Custodio, D. E.; Abagyan, R.; Siuzdak, G. Ther. Drug Monit. 2005, 27, 747-751
25. Sud, M.; Fahy, E.; Cotter, D.; Brown, A.; Dennis, E. A.; Glass, C. K.; Merrill, A. H.; Murphy, R. C.; Raetz, C. R. H.; Russell, D. W.; Subramaniam, S. Nucleic Acids Res. 2007, 35, D527-D532
26. Schuhmann, K.; Herzog, R.; Schwudke, D.; Metelmann-Strupat, W.; Bornstein, S. R.; Shevchenko, A. Anal. Chem. 2011, 83, 5480-5487
27. Bijlsma, S.; Bobeldijk, I.; Verheij, E. R.; Ramaker, R.; Kochhar, S.; Macdonald, I. A.; van Ommen, B.; Smilde, A. K. Anal. Chem. 2006, 78, 567-574
28. van den Berg, R. A.; Hoefsloot, H. C.; Westerhuis, J. A.; Smilde, A. K.; van der Werf, M. BMC Genomics 2006, 7, 142
29. Fahy, E.; Subramaniam, S.; Brown, H. A.; Glass, C. K.; Merrill, A. H., Jr.; Murphy, R. C.; Raetz, C. R. H.; Russell, D. W.; Seyama, Y.; Shaw, W.; Shimizu, T.; Spener, F.; van Meer, G.; VanNieuwenhze, M. S.; White, S. H.; Witztum, J. L.; Dennis, E. A. J. Lipid Res. 2005, 46, 839-861
30. Fahy, E.; Subramaniam, S.; Murphy, R. C.; Nishijima, M.; Raetz, C. R. H.; Shimizu, T.; Spener, F.; van Meer, G.; Wakelam, M. J. O.; Dennis, E. A. J. Lipid Res. 2008, 50, S9-S14
31. Li, L. O.; Klett, E. L.; Coleman, R. A. Biochim. Biophys. Acta 2010, 1801, 246-251
32. Muoio, D. M.; Neufer, P. D. Cell Metab. 2012, 15, 595-605
33. Listenberger, L. L.; Han, X.; Lewis, S. E.; Cases, S.; Farese, R. V.; Ory, D. S.; Schaffer, J. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 3077-3082
34. Amati, F.; Dubé, J. J.; Alvarez-Carnero, E.; Edreira, M. M.; Chomentowski, P.; Coen, P. M.; Switzer, G. E.; Bickel, P. E.; Stefanovic-Racic, M.; Toledo, F. G. S.; Goodpaster, B. H. Diabetes 2011, 60, 2588-2597
35. Turpin, S. M.; Lancaster, G. I.; Darby, I.; Febbraio, M. A.; Watt, M. J. Am. J. Physiol.: Endocrinol. Metab. 2006, 291, E1341-1350