Tryptophan fluorescence as a reporter for structural changes in photoactive yellow protein elicited by photo-activation

Photochemical and Photobiological Sciences

Volumn 12, Issue 3, 2013, Pages 479-488

  Hospes, Marijke ^a   Hendriks, Johnny ^a   Hellingwerf, Klaas J ^a  

^a UNIVERSITY OF AMSTERDAM   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIAL PROTEIN; PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN, BACTERIA; TRYPTOPHAN; VISUAL PROTEINS AND PIGMENTS;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; FLUORESCENCE; GENETICS; KINETICS; LIGHT; LUMINESCENCE; METABOLISM; METHODOLOGY; MUTATION; PH; PROTEIN CONFORMATION; SITE DIRECTED MUTAGENESIS; SPECTROFLUOROMETRY;

BACTERIAL PROTEINS; FLUORESCENCE; HYDROGEN-ION CONCENTRATION; KINETICS; LIGHT; LUMINESCENT MEASUREMENTS; MODELS, MOLECULAR; MUTAGENESIS, SITE-DIRECTED; MUTATION; PHOTORECEPTORS, MICROBIAL; PROTEIN CONFORMATION; SPECTROMETRY, FLUORESCENCE; TRYPTOPHAN;

EID: 84876719730     PISSN: 1474905X     EISSN: 14749092     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2pp25222h     Document Type: Article

References (75)

1. B. L. Taylor I. B. Zhulin Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1999 63 479 506
2. J. L. Pellequer K. A. Wager-Smith S. A. Kay E. D. Getzoff Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 5884 5890
3. A. S. Halavaty K. Moffat Biochemistry 2007 46 14001 14009
4. A. Pandini L. Bonati Protein Eng., Des. Sel. 2005 18 127 137
5. J. Vreede M. A. van der Horst K. J. Hellingwerf W. Crielaard D. M. F. van Aalten J. Biol. Chem. 2003 278 18434 18439
6. T. E. Meyer Biochim. Biophys. Acta 1985 806 175 183
7. W. W. Sprenger W. D. Hoff J. P. Armitage K. J. Hellingwerf J. Bacteriol. 1993 175 3096 3104
8. J. S. Khan Y. Imamoto Y. Yamazaki M. Kataoka F. Tokunaga M. Terazima Anal. Chem. 2005 77 6625 6629
9. M. Baca G. E. O. Borgstahl M. Boissinot P. M. Burke D. R. Williams K. A. Slater E. D. Getzoff Biochemistry 1994 33 14369 14377
10. W. D. Hoff P. Dux K. Hard B. Devreese I. M. Nugterenroodzant W. Crielaard R. Boelens R. Kaptein J. Vanbeeumen K. J. Hellingwerf Biochemistry 1994 33 13959 13962
11. J. J. Vanbeeumen B. V. Devreese S. M. Vanbun W. D. Hoff K. J. Hellingwerf T. E. Meyer D. E. McRee M. A. Cusanovich Protein Sci. 1993 2 1114 1125
12. M. Kim R. A. Mathies W. D. Hoff K. J. Hellingwerf Biochemistry 1995 34 12669 12672
13. G. E. O. Borgstahl D. R. Williams E. D. Getzoff Biochemistry 1995 34 6278 6287
14. P. Dux G. Rubinstenn G. W. Vuister R. Boelens F. A. A. Mulder K. Hard W. D. Hoff A. R. Kroon W. Crielaard K. J. Hellingwerf R. Kaptein Biochemistry 1998 37 12689 12699
15. T. Gensch C. C. Gradinaru I. H. M. van Stokkum J. Hendriks K. J. Hellingwerf R. van Grondelle Chem. Phys. Lett. 2002 356 347 354
16. R. Kort H. Vonk X. Xu W. D. Hoff W. Crielaard K. J. Hellingwerf FEBS Lett. 1996 382 73 78
17. M. Unno M. Kumauchi J. Sasaki F. Tokunaga S. Yamauchi Biochemistry 2002 41 5668 5674
18. L. van Wilderen M. A. Van der Horst I. H. M. van Stokkum K. J. Hellingwerf R. van Grondelle M. L. Groot Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 15050 15055
19. Z. Ren B. Perman V. Srajer T. Y. Teng C. Pradervand D. Bourgeois F. Schotte T. Ursby R. Kort M. Wulff K. Moffat Biochemistry 2001 40 13788 13801
20. E. F. Chen T. Gensch A. B. Gross J. Hendriks K. J. Hellingwerf D. S. Kliger Biochemistry 2003 42 2062 2071
21. K. Takeshita Y. Imamoto M. Kataoka K. Mihara F. Tokunaga M. Terazima Biophys. J. 2002 83 1567 1577
22. J. Hendriks W. D. Hoff W. Crielaard K. J. Hellingwerf J. Biol. Chem. 1999 274 17655 17660
23. A. H. Xie L. Kelemen J. Hendriks B. J. White K. J. Hellingwerf W. D. Hoff Biochemistry 2001 40 1510 1517
24. T. E. Meyer G. Tollin J. H. Hazzard M. A. Cusanovich Biophys. J. 1989 56 559 564
25. J. Hendriks I. H. M. van Stokkum K. J. Hellingwerf Biophys. J. 2003 84 1180 1191
26. W. D. Hoff I. H. M. Vanstokkum H. J. Vanramesdonk M. E. Vanbrederode A. M. Brouwer J. C. Fitch T. E. Meyer R. Vangrondelle K. J. Hellingwerf Biophys. J. 1994 67 1691 1705
27. C. J. Craven N. M. Derix J. Hendriks R. Boelens K. J. Hellingwerf R. Kaptein Biochemistry 2000 39 14392 14399
28. W. D. Hoff A. Xie I. H. M. Van Stokkum X. J. Tang J. Gural A. R. Kroon K. J. Hellingwerf Biochemistry 1999 38 1009 1017
29. G. Rubinstenn G. W. Vuister F. A. A. Mulder P. E. Dux R. Boelens K. J. Hellingwerf R. Kaptein Nat. Struct. Biol. 1998 5 568 570
30. Y. Imamoto H. Kamikubo M. Harigai N. Shimizu M. Kataoka Biochemistry 2002 41 13595 13601
31. N. Shimizu Y. Imamoto M. Harigai H. Kamikubo Y. Yamazaki M. Kataoka J. Biol. Chem. 2006 281 4318 4325
32. J. Hendriks T. Gensch L. Hviid M. A. van der Horst K. J. Hellingwerf J. J. van Thor Biophys. J. 2002 82 1632 1643
33. M. A. van der Horst I. H. van Stokkum W. Crielaard K. J. Hellingwerf FEBS Lett. 2001 497 26 30
34. H. Ihee S. Rajagopal V. Srajer R. Pahl S. Anderson M. Schmidt F. Schotte P. A. Anfinrud M. Wulff K. Moffat Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 7145 7150
35. M. Unno M. Kumauchi N. Hamada F. Tokunaga S. Yamauchi J. Biol. Chem. 2004 279 23855 23858
36. D. Hoersch H. Otto M. A. Cusanovich M. P. Heyn J. Phys. Chem. B 2008 112 9118 9125
37. M. Kamiya S. Saito I. Ohmine J. Phys. Chem. B 2007 111 2948 2956
38. E. J. M. Leenders J. VandeVondele P. G. Bolhuis E. J. Meijer J. Phys. Chem. B 2007 111 13591 13599
39. M. A. van der Horst I. H. M. van Stokkum N. A. Dencher K. J. Hellingwerf Biochemistry 2005 44 9160 9167
40. A. D. Stahl M. Hospes K. Singhal I. van Stokkum R. van Grondelle M. L. Groot K. J. Hellingwerf Biophys. J. 2011 101 1184 1192
41. S. Yamaguchi H. Kamikubo K. Kurihara R. Kuroki N. Niimura N. Shimizu Y. Yamazaki M. Kataoka Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 440 444
42. J. Hendriks, M. Hospes and K. J. Hellingwerf, in CRC Handbook of Organic Photochemistry and Photobiology, CRC Press, 3rd edn, 2012, pp. 1137-1160
43. J. M. Beechem L. Brand Annu. Rev. Biochem. 1985 54 43 71
44. C. A. Royer Chem. Rev. 2006 106 1769 1784
45. T. Gensch J. Hendriks K. J. Hellingwerf Photochem. Photobiol. Sci. 2004 3 531 536
46. R. Kort W. D. Hoff M. VanWest A. R. Kroon S. M. Hoffer K. H. Vlieg W. Crielaard J. J. VanBeeumen K. J. Hellingwerf EMBO J. 1996 15 3209 3218
47. R. W. Hendler R. I. Shrager J. Biochem. Biophys. Methods 1994 28 1 33
48. A. R. Kroon W. D. Hoff H. P. M. Fenneman J. Gijzen G. J. Koomen J. W. Verhoeven W. Crielaard K. J. Hellingwerf J. Biol. Chem. 1996 271 31949 31956
49. T. E. Meyer G. Tollin T. P. Causgrove P. Cheng R. E. Blankenship Biophys. J. 1991 59 988 991
50. B. C. Lee P. A. Croonquist W. D. Hoff J. Biol. Chem. 2001 276 44481 44487
51. R. Cordfunke R. Kort A. Pierik B. Gobets G. J. Koomen J. W. Verhoeven K. J. Hellingwerf Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 7396 7401
52. J. Hendriks K. J. Hellingwerf J. Biol. Chem. 2009 284 5277 5288
53. Y. Imamoto H. Koshimizu K. Mihara O. Hisatomi T. Mizukami K. Tsujimoto M. Kataoka F. Tokunaga Biochemistry 2001 40 4679 4685
54. T. E. Meyer S. Devanathan T. Woo E. D. Getzoff G. Tollin M. A. Cusanovich Biochemistry 2003 42 3319 3325
55. K. Mihara O. Hisatomi Y. Imamoto M. Kataoka F. Tokunaga J. Biochem. 1997 121 876 880
56. R. Brudler T. E. Meyer U. K. Genick S. Devanathan T. T. Woo D. P. Millar K. Gerwert M. A. Cusanovich G. Tollin E. D. Getzoff Biochemistry 2000 39 13478 13486
57. W. D. Hoff I. H. M. Van Stokkum J. Gural K. J. Hellingwerf Biochim. Biophys. Acta, Bioenerg. 1997 1322 151 162
58. J. R. Lakowics, in Principles of Fluorescence Spectroscopy, Springer, 2006, pp. 529-575
59. E. C. Carroll M. Hospes C. Valladares K. J. Hellingwerf D. S. Larsen Photochem. Photobiol. Sci. 2011 10 464 468
60. H. Chosrowjan S. Taniguchi N. Mataga M. Unno S. Yamauchi N. Hamada M. Kumauchi F. Tokunago J. Phys. Chem. B 2004 108 2686 2698
61. N. Mataga H. Chosrowjan Y. Shibata Y. Imamoto M. Kataoka F. Tokunaga Chem. Phys. Lett. 2002 352 220 225
62. N. Mataga H. Chosrowjan S. Taniguchi J. Photochem. Photobiol., C: Photochem. Rev. 2004 5 155 168
63. X. Yu D. M. Leitner Chem. Phys. Lett. 2004 391 181 186
64. M. Harigai M. Kataoka Y. Imamoto J. Am. Chem. Soc. 2006 128 10646 10647
65. M. Hospes J. H. Ippel R. Boelens K. J. Hellingwerf J. Hendriks J. Phys. Chem. B 2012 116 44 13172 13182
66. H. Kandori T. Iwata J. Hendriks A. Maeda K. J. Hellingwerf Biochemistry 2000 39 7902 7909
67. Y. Imamoto S. Tatsumi M. Harigai Y. Yamazaki H. Kamikubo M. Kataoka Biophys. J. 2008 94 3620 3628
68. C. P. Joshi H. Otto D. Hoersch T. E. Meyer M. A. Cusanovich M. P. Heyn Biochemistry 2009 48 9980 9993
69. S. F. El-Mashtoly M. Unno M. Kumauchi N. Hamada K. Fujiwara J. Sasaki Y. Imamoto M. Kataoka F. Tokunaga S. Yamauchi Biochemistry 2004 43 2279 2287
70. T. Morishita M. Harigai Y. Yamazaki H. Kamikubo M. Kataoka Y. Imamoto Photochem. Photobiol. 2007 83 280 285
71. D. Hoersch H. Otto M. A. Cusanovich M. P. Heyn Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 5437 5444
72. P. L. Ramachandran J. E. Lovett P. J. Carl M. Cammarata J. H. Lee Y. O. Jung H. Ihee C. R. Timmel J. J. van Thor J. Am. Chem. Soc. 2011 133 9395 9404
73. Y. Chen M. D. Barkley Biochemistry 1998 37 9976 9982
74. W. H. Qiu T. P. Li L. Y. Zhang Y. Yang Y. T. Kao L. J. Wang D. P. Zhong Chem. Phys. 2008 350 154 164
75. H. Otto D. Hoersch T. E. Meyer M. A. Cusanovich M. P. Heyn Biochemistry 2005 44 16804 16816