Cytochrome C on a gold surface: Investigating structural relaxations and their role in protein-surface electron transfer by molecular dynamics simulations

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 15, Issue 16, 2013, Pages 5945-5956

  Siwko, Magdalena E ^a,b   Corni, Stefano ^b  

^a UNIVERSITY OF MODENA AND REGGIO EMILIA   (Italy)

^b CNR   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CYTOCHROME C; DRUG DERIVATIVE; GOLD; HEME; HEME 6 PROPIONATE; HEME 6-PROPIONATE; IMMOBILIZED PROTEIN; RECOMBINANT PROTEIN; WATER;

ARTICLE; BIOSYNTHESIS; CHEMISTRY; ELECTRON TRANSPORT; GENETIC PROCEDURES; GENETICS; HYDROGEN BOND; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS; MUTATION; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; SURFACE PROPERTY;

BIOSENSING TECHNIQUES; CYTOCHROMES C; ELECTRON TRANSPORT; GOLD; HEME; HYDROGEN BONDING; IMMOBILIZED PROTEINS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MUTATION; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; RECOMBINANT PROTEINS; SURFACE PROPERTIES; WATER;

EID: 84876587217     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3cp00146f     Document Type: Article

References (55)

1. R. Rinaldi A. Biasco G. Maruccio V. Arima P. Visconti R. Cingolani P. Facci F. De Rienzo R. Di Felice E. Molinari M. Ph. Verbeet G. W. Canters Appl. Phys. Lett. 2003 82 472
2. G. Maruccio A. Biasco P. Visconti A. Bramanti P. P. Pompa F. Calabi R. Cingolani R. Rinaldi S. Corni R. Di Felice E. Molinari M. Ph. Verbeet G. W. Canters Adv. Mater. 2005 17 816 822
3. A. Alessandrini M. Salerno S. Frabboni P. Facci Appl. Phys. Lett. 2005 86 133902
4. Y.-S. Chen M.-Y. Hong G. S. Huang Nat. Nanotechnol. 2012 7 197
5. T. Kacar M. T. Zin C. So B. Wilson H. Ma N. Gul-Karaguler A. K.-Y. Jen M. Sarikaya C. Tamerler Biotechnol. Bioeng. 2009 103 696 705
6. M. Sarikaya C. Tamerler A. K.-Y. Jen K. Schulten F. Baneyx Nat. Mater. 2003 2 577 585
7. J. A. Cracknell K. A. Vincent F. A. Armstrong Chem. Rev. 2008 108 2439 2461
8. I. Willner Y.-M. Yan B. Willner R. Tel-Vered Fuel Cells 2009 9 7 24
9. C. Léger P. Bertrand Chem. Rev. 2008 108 2379 2438
10. E. P. Friis J. E. Andersen Y. I. Kharkats A. M. Kuznetsov R. J. Nichols J. D. Zhang J. Ulstrup Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 1379 1384
11. A. Alessandrini S. Corni P. Facci Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 4383 4397
12. J. Zhang A. M. Kuznetsov I. G. Medvedev Q. Chi T. Albrecht P. S. Jensen J. Ulstrup Chem. Rev. 2008 108 2737 2791
13. E. A. Della Pia Q. Chi D. D. Jones J. E. Macdonald J. Ulstrup M. Elliott Nano Lett. 2011 11 176 182
14. C. A. Bortolotti M. Borsari M. Sola R. Chertkova D. Dolgikh A. Kotlyar P. Facci J. Phys. Chem. C 2007 111 12100 12105
15. H. A. Heering F. G. M. Wiertz C. Dekker S. de Vries J. Am. Chem. Soc. 2004 126 11103 11112
16. R. Di Felice A. Selloni E. Molinari J. Phys. Chem. B 2003 107 1151 1156
17. D. N. Beratan J. N. Betts J. N. Onuchic J. Phys. Chem. 1992 96 2852 2855
18. C. C. Page C. C. Moser X. Chen P. L. Dutton Nature 1999 402 47 52
19. C. A. Bortolotti G. Battistuzzi M. Borsari P. Facci A. Ranieri M. Sola J. Am. Chem. Soc. 2006 128 5444 5451
20. T. Simonson D. Perahia J. Am. Chem. Soc. 1995 117 7987 8000
21. I. Muegge P. X. Qi A. J. Wand Z. T. Chu A. Warshel J. Phys. Chem. B 1997 101 825 836
22. J. Zhou J. Zheng S. Jiang J. Phys. Chem. B 2004 108 17418 17424
23. C. Gorba T. Geyer V. Helms J. Chem. Phys. 2004 121 457 464
24. P. M. De Biase D. A. Paggi F. Doctorovich P. Hildebrandt D. A. Estrin D. H. Murgida M. A. Marti J. Am. Chem. Soc. 2009 131 16248 16256
25. D. Alvarez-Paggi D. F. Martín P. M. DeBiase P. Hildebrandt M. A. Martí D. H. Murgida J. Am. Chem. Soc. 2010 132 5769 5778
26. C. A. Bortolotti M. E. Siwko E. Castellini A. Ranieri M. Sola S. Corni J. Phys. Chem. Lett. 2011 2 1761 1765
27. A. R. Bizzarri Biophys. Chem. 2006 122 206 214
28. A. R. Bizzarri G. Costantini S. Cannistraro Biophys. Chem. 2003 106 111 123
29. A. R. Bizzarri B. Bonanni G. Costantini S. Cannistraro ChemPhysChem 2003 4 1189 1195
30. A. S. Venkat S. Corni R. Di Felice Small 2007 3 1431 1437
31. W. L. Jorgensen D. S. Maxwell J. Tirado-Rives J. Am. Chem. Soc. 1996 118 11225 11236
32. O. F. Lange D. van der Spoel B. L. de Groot Biophys. J. 2010 99 647 655
33. F. Autenrieth E. Tajkhorshid J. Baudry Z. Luthey-Schulten J. Comput. Chem. 2004 25 1613 1622
34. V. Gogonea J. M. Shy P. K. Biswas J. Phys. Chem. B 2006 110 22861 22871
35. F. Iori R. Di Felice E. Molinari S. Corni J. Comput. Chem. 2009 30 1465 1476
36. M. Hoefling F. Iori S. Corni K.-E. Gottschalk Langmuir 2010 26 8347 8351
37. W. L. Jorgensen J. Tirado-Rives J. Am. Chem. Soc. 1988 110 1657 1666
38. R. Zhou B. J. Berne R. Germain Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 14931 14936
39. B. Hess C. Kutzner D. van der Spoel E. Lindahl J. Chem. Theory Comput. 2008 4 435 447
40. R. Braun M. Sarikaya K. Schulten J. Biomater. Sci., Polym. Ed. 2002 13 747 758
41. H. Heinz R. A. Vaia B. L. Farmer R. R. Naik J. Phys. Chem. C 2008 112 17281 17290
42. A. Vila Verde J. M. Acres J. K. Maranas Biomacromolecules 2009 10 2118 2128
43. R. A. Latour Biointerphases 2008 2 12
44. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gunsteren and J. Hermans, in Intermolecular Forces, ed., B. Pullman, Reidel, Dordrecth, 1981
45. B. Hess H. Bekker H. J. C. Berendsen J. G. E. M. Fraaije J. Comput. Chem. 1997 18 1463
46. M. Parrinello A. Rahman J. Appl. Phys. 1981 52 7182 7191
47. S. A. Nose J. Chem. Phys. 1984 81 511 519
48. W. G. Hoover Phys. Rev. A 1985 31 1695 1697
49. I. V. Kurnikov, HARLEM code available at http://harlem.chem.cmu.edu
50. W. Kabsch C. Sander Biopolymers 1983 22 2577 2637
51. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33 38
52. A. J. Bard and L. R. Faulkner, Electrochemical Methods, Wiley, New York, 1998
53. M. L. Jones I. V. Kurnikov D. N. Beratan J. Phys. Chem. A 2002 106 2002 2006
54. A. Chen Z. Shi D. Bizzotto J. Lipkowski B. Pettinger C. Bilger J. Electroanal. Chem. 1999 467 342 353
55. A. Amadei I. Daidone M. Aschi Phys. Chem. Chem. Phys. 2012 14 1360 1370