Molecular simulation studies of the orientation and conformation of cytochrome c adsorbed on self-assembled monolayers

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 45, 2004, Pages 17418-17424

  Zhou, Jian ^a   Zheng, Jie ^a   Jiang, Shaoyl ^a  

^a University of Washington ^*  (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOELECTRONIC DEVICES; ELECTRON TRANSFER (ET); SURFACE CHARGE DENSITY; X-RAY ABSORPTION FINE STRUCTURE (XAFS);

ADSORPTION; COMPUTER SIMULATION; DIFFERENTIAL SCANNING CALORIMETRY; ELECTROCHEMISTRY; ELECTRON TRANSITIONS; FLUORESCENCE; FOURIER TRANSFORM INFRARED SPECTROSCOPY; WAVEGUIDES;

SELF ASSEMBLY;

EID: 9144237008     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp038048x     Document Type: Article

References (73)

1. Herron, J. N.; Wang, H. K.; Janatova, V.; Durtschi, J. D.; Caldwell, K. D.; Christensen, D. A.; Chang, I. N.; Huang, S. C. In Biopolymers at Interfaces: Marcel Dekker: New York, 1998, p 221.
2. Jeuken, L. J. C. Biochim. Biophys. Acta-Bioenergetics 2003, 1604, 67.
3. Davis, J. J.; Hill, H. A. O.; Bond, A. M. Chem. Rev. 2000, 200, 411.
4. Fedurco, M. Coord. Chem. Rev. 2000, 209, 263.
5. Zhang, J.; Chi, Q.; Kuznetsov, A. M.; Hansen, A. G.; Wackerbarth, H.; Christensen, H. E. M.; Andersen, J. E. T.; Ulstrup, J. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 1131.
6. Tarlov, M. J.; Bowden, E. F. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 1847.
7. Collinson, M.; Bowden, E. F.; Tarlov, M. J. Langmuir 1992, 8, 1247.
8. Song, S.; Clark, R. A.; Bowden, E. F.; Tarlov, M. J. J. Phys. Chem. 1993, 97, 6564.
9. Leopold, M. C.; Bowden, E. F. Langmuir 2002, 18, 2239.
10. Kuznetsov, B. A.; Byzova, N. A.; Shumakovich, G. P. J. Electroanal. Chem. 1994, 371, 85.
11. Macdonald, I. D. G.; Smith, W. E. Langmuir 1996, 12, 706.
12. Avila, A.; Gregory, B. W.; Niki, K.; Cotton, T. M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 2579.
13. Dick, L. A.; Haes, A. J.: Van Duyne, R. P. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11752.
14. Chen, X. X.; Ferrigno, R.; Yang, J.; Whitesides G. M. Langmuir 2002, 18, 7009.
15. Hobara, D.; Imabayashi, S.; Kakiuchi, T. Nano Lett. 2002, 2, 1021.
16. Wei, J. J.; Liu, H. Y.; Khoshtariya, D. E.; Yamamoto, H.; Dick, A.; Waldeck, D. H. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41, 4700.
17. Wei, J. J.; Liu, H. Y.; Dick, A.; Yamamoto, H.; He, Y. F.; Waldeck, D. H. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 9591.
18. Khoshtariya, D. E.; Wei, J. J.; Liu, H. Y.; Yue, H. J.; Waldeck, D. H. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7704.
19. Liu, H. Y.; Yamamoto, H. Wei, J. J.; Waldeck, D. H. Langmuir 2003, 19, 2378.
20. Xu, W. S.; Zhou, H.; Regnier, F. E. Anal. Chem. 2003, 75, 1931.
21. Edmiston, P. L.; Wood, L. L.; Lee, J. E.; Saavedra, S. S. J. Phys. Chem. 1996, 100, 775.
22. Lee, J. E.; Saavedra, S. S. Langmuir 1996, 12, 4025.
23. Wood, L. L.; Cheng, S. S.; Edmiston, P. L.; Saavedra, S. S. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 560.
24. Edmiston, P. L.; Lee, J. E.; Cheng, S. S.; Saavedra, S. S.J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 571.
25. Edmiston, P. L.; Saavedra, S. S. Biophys. J. 1998, 74, 999.
26. Edmiston, P. L.; Saavedra, S. S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1665.
27. Du, Y. Z.; Saavedra, S. S. Langmuir 2003, 19, 6443.
28. Edwards, A. M.; Zhang, K.; Nordgren, C. E.; Blasie, J. K. Biophys. J. 2000, 79, 3105.
29. Kondo, A.; Oku, S.; Murakami, F.; Higashitani, K. Colloids Surf., B 1993, 1, 197.
30. Welzel, P. B. Thermochim. Acta 2002, 382, 175.
31. Burkett, S. L.; Read, M. J. Langmuir 2001, 17, 5059.
32. Schwinte, P.; Ball, V.; Szalontai, B.; Haikel, Y.; Voegel, J. C.; Schaaf, P. Biomacromolecules 2002, 3, 1135.
33. Wang, J.; Buck, S. M.; Chen, Z. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 11666.
34. Xia, N.; May, C. J.; McArthur, S. L.; Castner, D. G. Langmuir 2002, 18, 4090.
35. Petralli-Mallow, T. P.; Plant, A. L.; Lewis, M. L.; Hicks, J. M. Langmuir 2000, 16, 5960.
36. El Kasmi, A.; Leopold, M. C.; Galligan, R.; Robertson, R. T.; Saavedra. S. S.; El Kacemi, K., Bowden, E. F. Electrochem. Commun. 2002, 4, 177.
37. Oberholzer, M. R.; Wagner, N. J.; Lenhoff, A. M. J. Chem. Phys. 1997, 107, 9157.
38. Gray, J. J.; Bonnecaze, R. T. J. Chem. Phys. 2001, 114, 1366.
39. Zhou, J.; Tsao, H. K.; Sheng, Y. J.; Jiang, S. Y. J. Chem. Phys. 2004, 121, 1050.
40. Zhou, J.; Chen, S. F.; Jiang, S. Y. Langmuir 2003, 19, 3472.
41. Chen, S. F.; Liu, L. Y.; Zhou, J.; Jiang, S. Y. Langmuir 2003, 19, 2859.
42. Wang, H.; Castner, D. G.; Ratner, B. D.; Jiang, S. Langmuir 2004, 20, 1877.
43. Juffer, A. H.; Argos, P.; DeVlieg, J. J. Comput. Chem. 1996, 17, 1783.
44. Ravichandran, S.; Madura, J. D.; Talbot, J. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 3610.
45. Tobias, D. J.; Mar, W.; Blasie, J. K.; Klein, M. L. Biophys. J. 1996, 71, 2933.
46. Nordgren, C. E.; Tobias, D. J.; Klein, M. L.; Blasie, J. K. Biophys. J. 2002, 83, 2906.
47. Castells, V.; Yang, S. X.; van Tassel, P. R. Phys. Rev. E 2002, 65, 031912.
48. Wong, C. F.; Zheng, C.; Shen, J.; McCammon, J. A.; Wolynes, P. G. J. Phys. Chem. 1993, 97, 3100
49. Simonson, T.; Perahia, D. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 7987.
50. Prabhu, N. V.; Dalosto, S. D.; Sharp, K. A.; Wright. W. W.: Vanderkooi, J. M. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 5561.
51. Roth, C. M.; Lenhoff, A. M. Langmuir 1993, 9, 962.
52. Johnson, C. A.; Wu, P.: Lenhoff A. M. Langmuir 1994, 10, 3705.
53. Roth, C. M.; Lenhoff, A. M. Langmuir 1995, 11, 3500.
54. Asthagiri, D.; Lenhoff, A. M. Langmuir 1997, 13, 6761.
55. Roth, C. M.; Sader, J. E.; Lenhoff, A. M. J. Colloid Interface Sci. 1998, 203, 218.
56. Satulovsky, J.; Carignano, M. A.; Szleifer, I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 9037.
57. Fang, F.; Szleifer, I. Biophys. J. 2001, 80, 2568.
58. Mrksich, M.; Whitesides. G. M. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1996, 25, 55.
59. Prime, K. L.; Whitesides, G. M. Science 1991, 252, 1164.
60. Ostuni, E.; Yan, L.; Whitesides, G. M. Colloids Surf., B 1999, 15, 3.
61. Ostuni, E.; Chapman, R. G.; Holmlin, R. E.; Takayama, S.; Whitesides, G. M. Langmuir 2001, 17, 5605.
62. Chaki, N. K.; Vijayamohanan, K. Biosens. Bioelectron. 2002, 17, 1.
63. Bushnell, G. W.; Louie, G. V.; Brayer, G. D. J. Mol. Biol. 1990, 214, 585.
64. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, R. L.; Dunbrack, R L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha. S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir. L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
65. MacKerell A. D. Personal communication.
66. Feller, S. E.; MacKerell, A. D. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7510.
67. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
68. Beglov, D.; Roux, B. J. Chem. Phys. 1994, 100, 9050.
69. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren W. F.; Dinola A.; Haak J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
70. Andersen, H. C. J. Comput. Phys. 1983, 52, 24.
71. Auerbach, D. J.; Paul, W.; Lutz, C.; Bakker, A. F.; Rudge, W. E.; Abraham, F. F. J. Phys. Chem. 1987, 91, 4881.
72. Humphrey, W. F.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33.
73. Stocker, U.; Spiegel, K.; van Gunsteren, W. F. J. Biomol. NMR 2000, 18, 1.