Martini force field parameters for glycolipids

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 3, 2013, Pages 1694-1708

  López, César A ^a   Sovova, Zofie ^b   Van Eerden, Floris J ^a   De Vries, Alex H ^a   Marrink, Siewert J ^a  

^a UNIVERSITY OF GRONINGEN   (Netherlands)

^b UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84874832748     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct3009655     Document Type: Article

References (70)

1. Bush, C. A.; Martin-Pastor, M.; Imberty, A. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999, 28, 269-293
2. Lingwood, D.; Simons, K. Science 2010, 327, 46-50
3. Gounaris, K.; Barber, J. Trends Biochem. Sci. 1983, 8, 378-381
4. Webb, M. S.; Green, B. R. Biochim. Biophys. Acta, Bioenergetics 1991, 1060, 133-158
5. Simons, K.; Gerl, M. J. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2010, 11, 688-699
6. Mulet, X.; Templer, R. H.; Woscholski, R.; Ces, O. Langmuir 2008, 24, 8443-8447
7. Westerlund, B.; Slotte, J. P. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2009, 1788, 194-201
8. Connell, T. D. Expert Rev. Vaccines 2007, 6, 821-834
9. Hinz, H. J.; Kuttenreich, H.; Meyer, R.; Renner, M.; Fruend, R.; Koynova, R.; Boyanov, A.; Tenchov, B. Biochemistry 1991, 30, 5125-5138
10. Chen, J.-W.; Shi, K.; Zhang, L.; Huang, F. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1992, 186, 1294-1298
11. Castro, V.; Dvinskikh, S. V.; Widmalm, G.; Sandstrom, D.; Maliniak, A. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2007, 1768, 2432-2437
12. Köberl, M.; Hinz, H. J.; Rapp, G. Chem. Phys. Lipids 1998, 91, 13-37
13. Zaraiskaya, T.; Jeffrey, K. R. Biophys. J. 2005, 88, 4017-4031
14. Barenholz, Y.; Bach, D.; Thompson, T. E.; Freire, E.; Correa-Freire, M.; Miller, L. R. Thermochim. Acta 1989, 148, 355-363
15. Slotte, J. P.; Oestman, A. L.; Kumar, E. R.; Bittman, R. Biochemistry 1993, 32, 7886-7892
16. Gupta, G.; Surolia, A. FEBS Lett. 2010, 584, 1634-1641
17. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Tieleman, D. P. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2009, 1788, 149-168
18. Rog, T.; Vattulainen, I.; Karttunen, M. Cell. Mol. Biol. Lett. 2005, 10, 625-630
19. Róg, T.; Vattulainen, I.; Bunker, A.; Karttunen, M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 10146-10154
20. Kapla, J.; Stevensson, B.; Dahlberg, M.; Maliniak, A. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 244-252
21. Lupyan, D.; Mezei, M.; Logothetis, D. E.; Osman, R. Biophys. J. 2010, 98, 240-247
22. Li, Z.; Venable, R. M.; Rogers, L. A.; Murray, D.; Pastor, R. W. Biophys. J. 2009, 97, 155-163
23. Hall, A.; Róg, T.; Vattulainen, I. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 14424-14434
24. Roy, D.; Mukhopadhyay, C. J. Biomol. Struct. Dyn. 2002, 19, 1121-1132
25. DeMarco, M. L.; Woods, R. J.; Prestegard, J. H.; Tian, F. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1334-1338
26. Patel, R. Y.; Balaji, P. V. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 3346-3356
27. Sega, M.; Jedlovszky, P.; Vallauri, R. J. Mol. Liq. 2006, 129, 86-91
28. Vasudevan, S. V.; Balaji, P. V. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7033-7041
29. Jedlovszky, P.; Sega, M.; Vallauri, R. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 4876-4886
30. DeMarco, M. L.; Woods, R. J. Glycobiology 2009, 19, 344-355
31. Sega, M.; Vallauri, R.; Brocca, P.; Melchionna, S. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 20322-20330
32. Mori, K.; Mahmood, M. I.; Neya, S.; Matsuzaki, K.; Hoshino, T. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 5111-5121
33. Voth, G. A. In Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems; CRC Press: Boca Raton, FL, 2008.
34. Hyeon, C.; Thirumalai, D. Nat Commun. 2011, 2, 487-487
35. Lyubartsev, A. P.; Rabinovich, A. L. Soft Matter 2011, 7, 25-39
36. Bennun, S. V.; Hoopes, M. I.; Xing, C.; Faller, R. Chem. Phys. Lipids 2009, 159, 59-66
37. Deserno, M. Macromol. Rapid Commun. 2009, 30, 752-771
38. Marrink, S. J.; Risselada, H. J.; Yefimov, S.; Tieleman, D. P.; de Vries, A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812-7824
39. Singh, G.; Tieleman, D. P. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2316-2324
40. de Jong, D. H.; Periole, X.; Marrink, S. J. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 1003-1014
41. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 750-760
42. Monticelli, L.; Kandasamy, S. K.; Periole, X.; Larson, R. G.; Tieleman, D. P.; Marrink, S.-J. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 819-834
43. López, C. A.; Rzepiela, A. J.; de Vries, A. H.; Dijkhuizen, L.; Hünenberger, P. H.; Marrink, S. J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 3195-3210
44. Yesylevskyy, S. O.; Schäfer, L. V.; Sengupta, D.; Marrink, S. J. PLoS Comput. Biol. 2010, 6, e1000810
45. Rzepiela, A. J.; Schafer, L. V.; Goga, N.; Risselada, H. J.; de Vries, A. H.; Marrink, S. J. J. Comput. Chem. 2009, 31, 1333-1343
46. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
47. Marrink, S. J.; Risselada, J.; Mark, A. E. Chem. Phys. Lipids 2005, 135, 223-244
48. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
49. Oostenbrink, C.; Villa, A.; Mark, A. E.; van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1656-1676
50. Lins, R. D.; Hünenberger, P. H. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1400-1412
51. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. In Interaction Models for Water in Relation to Protein Hydration; Pullman, B., Ed.; Reidel: Dordrecht, The Netherlands, 1981; pp 331-342.
52. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
53. van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C. Angew. Chem., Int. Ed. 1990, 29, 992-1023
54. Tironi, I.; Sperb, R.; Smith, P.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 1995, 102, 5451-5459
55. Howard, K. P.; Prestegard, J. H. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5031-5040
56. Pereira, C. S.; Kony, D.; Baron, R.; Müller, M.; van Gunsteren, W. F.; Hünenberger, P. H. Biophys. J. 2006, 90, 4337-4344
57. Stansfeld, P. J.; Hopkinson, R.; Ashcroft, F. M.; Sansom, M. S. P. Biochemistry 2009, 48, 10926-10933
58. van den Bogaart, G.; Meyenberg, K.; Risselada, H. J.; Amin, H.; Willig, K. I.; Hubrich, B. E.; Dier, M.; Hell, S. W.; Grubmüller, H.; Diederichsen, U.; Jahn, R. Nature 2011, 479, 552-555
59. Lis, L. J.; Quinn, P. J. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 1986, 862, 81-86
60. Graham Shipley, G.; Green, J. P.; Nichols, B. W. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 1973, 311, 531-544
61. Redfern, D. A.; Gericke, A. Biochem. J. 2004, 86, 2980-2992
62. Mannock, D. A.; Brain, A. P. R.; Williams, W. P. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 1985, 817, 289-298
63. Hato, M.; Minamikawa, H.; Tamada, K.; Baba, T.; Tanabe, Y. Adv. Colloid Interface Sci. 1999, 80, 233-270
64. Orthaber, D.; Glatter, O. Chem. Phys. Lipids 1998, 92, 53-62
65. Ohta, Y.; Yokoyama, S.; Sakai, H.; Abe, M. Colloids Surf., B 2004, 33, 191-197
66. Yuan, C.; Johnston, L. J. Biophys. J. 2001, 81, 1059-1069
67. Saxena, K.; Duclos, R. I.; Zimmermann, P.; Schmidt, R. R.; Shipley, G. G. J. Lipid Res. 1999, 40, 839-849
68. Shaw, N. Bacteriol. Rev. 1970, 34, 365-377
69. Howard, K. P.; Prestegard, J. H. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 3345-3353
70. de Jong, D. H.; López, C. A.; Marrink, S. J. Faraday Discuss. 2013, 161, 347-363