Effect of galactosylceramide on the dynamics of cholesterol-rich lipid membranes

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 49, 2011, Pages 14424-14434

  Hall, Anette ^a   Róg, Tomasz ^a   Vattulainen, Ilpo ^a,b,c  

^a TAMPERE UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Finland)

^b AALTO UNIVERSITY   (Finland)

^c UNIVERSITY OF SOUTHERN DENMARK   (Denmark)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DYNAMICS; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; PHOSPHOLIPIDS;

GLYCOSPHINGOLIPIDS; INTERDIGITATIONS; LATERAL DIFFUSION; LIPID MEMBRANES; LIPID RAFT; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PHOSPHATIDYLCHOLINE; PHOSPHOLIPID MOLECULES; SPHINGOMYELIN;

CHOLESTEROL;

EID: 83455219514     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp203234n     Document Type: Article

References (54)

1. Hakomori, S. Biochim. Biophys. Acta 2008, 1780, 325-346
2. Degroote, S.; Wolthoorn, J.; van Meer, G. Sem. Cell Dev. Biol. 2004, 15, 357-387
3. Róg, T.; Vattulainen, I.; Bunker, A.; Karttunen, M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 10146-10154
4. Hinz, H.-J.; Kuttenreich, H.; Meyer, R.; Renner, M.; Fründ, R. Biochemistry 1991, 30, 5125-5138
5. Pike, L. J. Biochem. J. 2004, 387, 281-292
6. Kasahara, K.; Sanai, Y. Biophys. Chem. 1999, 82, 121-127
7. Hooper, N. M. Mol. Membr. Biol. 1999, 16, 145-146
8. Simons, K.; Ikonen, E. Nature 1997, 387, 569-572
9. Lingwood, D.; Simons, K. Science 2010, 327, 46-50
10. Rajendran, L.; Simons, K. J. Cell Science 2005, 118, 1099-1102
11. Schnaar, R. L.; Suzuki, A.; Stanley, A. In Essentials of Glycobiology: Glycosphingolipids, 2 nd ed.; Varki, A., Eds.; Cold Spring Harbor Laboratory Press: New York, 2009; pp 129-141.
12. Maunula, S.; Björkvist, Y. J. E.; Slotte, J. P.; Ramstedt, B. Biochim. Biophys. Acta 2007, 1768, 336-345
13. Björkvist, Y. J. E.; Nyholm, T. K. M.; Slotte, J. P.; Ramstedt, B. Biophys. J. 2005, 88, 4054-4063
14. Lingwood, D.; Binnington, B.; Rog, T.; Vattulainen, I.; Grzybek, M.; Coskun, U.; Lingwood, C. A.; Simons, K. Nat. Chem. Biol. 2011, 7, 260-262
15. Prinetti, A.; Loberto, N.; Chigorno, V.; Sonnino, S. Biochim. Biophys. Acta 2009, 1788, 184-193
16. Westerlund, B.; Slotte, J. P. Biochim. Biophys. Acta 2009, 1788, 194-201
17. Bjelkmar, P; Niemela, P. S.; Vattulainen, I; Lindahl, E. PLoS Comput. Biol. 2009, 5, e1000289
18. Shaw, D. E.; Maragakis, P.; Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Bank, J. A.; Jumper, J. M.; Salmon, J. K.; Shan, Y. B.; Wriggers, W. Science 2010, 330, 341-346
19. Falck, E.; Rog, T.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 44-45
20. Niemela, P.; Miettinen, M. S.; Monticelli, L.; Hammaren, H.; Bjelkmar, P.; Murtola, T.; Lindahl, E.; Vattulainen, I. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 7574-7575
21. Hall, A.; Róg, T.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 7797-7807
22. Tieleman, D. P.; Berendsen, H. J. C. Biophys. J. 1998, 74, 2786-2801
23. Niemelä, P.; Hyvönen, M. T.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2004, 87, 2976-2989
24. Höltje, M.; Förster, T.; Brandt, B.; Engels, T.; von Rybinski, W.; Höltje, H. D. Biochim. Biophys. Acta 2001, 1511, 156-167
25. Bachar, M.; Brunelle, P.; Tieleman, D. P.; Rauk, A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 7170-7179
26. Martinez-Seara, H.; Róg, T.; Karttunen, M.; Reigada, R.; Vattulainen, I. J. Chem. Phys. 2008, 129, 105103
27. Martinez-Seara, H.; Róg, T.; Pasenkiewicz-Gierula, M.; Vattulainen, I.; Karttunen, M.; Reigada, R. Biophys. J. 2008, 95, 3295-3305
28. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. Interaction models for water in relation to protein hydration. In Intermolecular Forces; Pullman, B., Ed.; Reidel: Dordrecht, The Netherlands, 1981.
29. Martinez, J. M.; Martinez, L. J. Comput. Chem. 2003, 24, 819-825
30. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43-56
31. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317
32. van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1719
33. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
34. Nose, S. Mol. Phys. 1984, 52, 255-268
35. Hoover, W. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697
36. Nose, S.; Klein, M. L. Mol. Phys. 1983, 50, 1055-1076
37. Parrinello, M.; Rahman, A. J. Appl. Phys. 1981, 52, 7182-7190
38. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
39. Karttunen, M.; Roettler, J.; Vattulainen, I.; Sagui, C. In Current topics in membranes: Computational modeling of membrane bilayers; Feller, S. E., Ed.; Elsevier: Amsterdam, 2008; pp 44-89.
40. Niemela, P.; Ollila, S.; Hyvonen, M. T.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. PLoS Comput. Biol. 2007, 3, 304-312
41. Patra, M.; Karttunen, M.; Hyvonen, M. T.; Falck, E.; Lindqvist, P.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2003, 84, 3636-3645
42. Patra, M.; Karttunen, M.; Hyvonen, M. T.; Falck, E.; Vattulainen, I. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 4485-4494
43. Niemelä, P. S.; Hyvönen, M. T.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2006, 90, 851-863
44. Das, C.; Noro, M. G.; Olmsted, P. D. Biophys. J. 2009, 97, 1941-1951
45. Pasenkiewicz-Gierula, M.; Róg, T.; Kitamura, K.; Kusumi, A. Biophys. J. 2000, 78, 1376-1389
46. Zhao, W.; Róg, T.; Gurtovenko, A. A.; Vattulainen, I.; Karttunen, M. Biochimie 2008, 90, 930-938
47. Martinez-Seara, H.; Róg, T.; Karttunen, M.; Vattulainen, I.; Reigada, R. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 8347-8356
48. Mehlhorn, I. E.; Florio, E.; Barber, K. R. Biochim. Biophys. Acta 1988, 939, 151-159
49. Barenholz, Y.; Thompson, T. E. Chem. Phys. Lipids 1999, 102, 29-34
50. Aittoniemi, J.; Niemela, S.; Hyvönen, M. T.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2007, 92, 1125-1137
51. Falck, E.; Patra, M.; Karttunen, M.; Hyvonen, M. T.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2004, 87, 1076-1091
52. Hofsas, C.; Lindahl, E.; Edholm, O. Biophys. J. 2003, 84, 2192-2206
53. Scheidt, H. A.; Huster, D.; Gawrisch, K. Biophys. J. 2005, 89, 2504-2512
54. Oradd, G.; Westerman, P. W.; Lindblom, G. Biophys. J. 2005, 89, 315-320