Expanding DNAzyme functionality through enzyme cascades with applications in single nucleotide repair and tunable DNA-directed assembly of nanomaterials

Chemical Science

Volumn 4, Issue 1, 2013, Pages 398-404

  Xiang, Yu ^a   Wang, Zidong ^b   Xing, Hang ^a   Lu, Yi ^a,b  

^a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

^b University of Illinois at Urbana Champaign   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL FUNCTIONS; DNA LIGATION; DNA STRANDS; DNA-DIRECTED ASSEMBLY; DNAZYME; ENZYME CASCADES; NEW FUNCTIONS; RIBONUCLEOTIDES; RNA CLEAVAGE; SINGLE NUCLEOTIDES;

DNA SEQUENCES; ENZYMES; RNA;

DNA;

EID: 84874407299     PISSN: 20416520     EISSN: 20416539     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2sc20763j     Document Type: Article

References (60)

1. D. L. Robertson G. F. Joyce Nature 1990 344 467 468
2. R. R. Breaker G. F. Joyce Chem. Biol. 1994 1 223 229
3. D. Sen C. R. Geyer Curr. Opin. Chem. Biol. 1998 2 680 687
4. Y. F. Li R. R. Breaker Curr. Opin. Struct. Biol. 1999 9 315 323
5. Y. Lu Chem.-Eur. J. 2002 8 4588 4596
6. R. R. Breaker Nature 2004 432 838 845
7. K. Schlosser Y. F. Li Chem. Biol. 2009 16 311 322
8. S. K. Silverman Acc. Chem. Res. 2009 42 1521 1531
9. R. R. Breaker G. F. Joyce Chem. Biol. 1995 2 655 660
10. N. Carmi S. R. Balkhi R. R. Breaker Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 2233 2237
11. A. R. Feldman D. Sen J. Mol. Biol. 2001 313 283 294
12. J. W. Liu A. K. Brown X. L. Meng D. M. Cropek J. D. Istok D. B. Watson Y. Lu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 2056 2061
13. M. Chandra A. Sachdeva S. K. Silverman Nat. Chem. Biol. 2009 5 718 720
14. B. Cuenoud J. W. Szostak Nature 1995 375 611 614
15. A. Sreedhara Y. F. Li R. R. Breaker J. Am. Chem. Soc. 2004 126 3454 3460
16. W. E. Purtha R. L. Coppins M. K. Smalley S. K. Silverman J. Am. Chem. Soc. 2005 127 13124 13125
17. Y. F. Li R. R. Breaker Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 2746 2751
18. Y. F. Li Y. Liu R. R. Breaker Biochemistry 2000 39 3106 3114
19. T. L. Sheppard P. Ordoukhanian G. F. Joyce Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 7802 7807
20. Y. F. Li D. Sen Nat. Struct. Biol. 1996 3 743 747
21. D. Sen L. C. H. Poon Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2011 46 478 492
22. M. Chandra S. K. Silverman J. Am. Chem. Soc. 2008 130 2936 2937
23. P. I. Pradeepkumar C. Hobartner D. A. Baum S. K. Silverman Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 1753 1757
24. P. Travascio Y. F. Li D. Sen Chem. Biol. 1998 5 505 517
25. L. C. H. Poon S. P. Methot W. Morabi-Pazooki F. Pio A. J. Bennet D. Sen J. Am. Chem. Soc. 2011 133 1877 1884
26. D. J. F. Chinnapen D. Sen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 65 69
27. C. A. Mirkin R. L. Letsinger R. C. Mucic J. J. Storhoff Nature 1996 382 607 609
28. J. W. Liu Y. Lu J. Am. Chem. Soc. 2003 125 6642 6643
29. Y. Li and Y. Lu, Functional Nucleic Acids for Sensing and Other Analytical Applications, Springer, New York, 2009
30. J. W. Liu Z. H. Cao Y. Lu Chem. Rev. 2009 109 1948 1998
31. M. M. Ali S. D. Aguirre H. Lazim Y. F. Li Angew. Chem., Int. Ed. 2011 50 3751 3754
32. I. Willner B. Shlyahovsky M. Zayats B. Willner Chem. Soc. Rev. 2008 37 1153 1165
33. Y. Chen M. S. Wang C. D. Mao Angew. Chem., Int. Ed. 2004 43 3554 3557
34. A. Peracchi Rev. Med. Virol. 2004 14 47 64
35. A. M. Pyle V. T. Chu E. Jankowsky H. Boudvillain Methods Enzymol. 2000 317 140 146
36. M. Isildar M. N. Schuchmann D. Schultefrohlinde C. Vonsonntag Int. J. Radiat. Biol. 1981 40 347 354
37. P. S. Eder R. Y. Walder J. A. Walder Biochimie 1993 75 123 126
38. N. C. Horton B. C. Finzel J. Mol. Biol. 1996 264 521 533
39. S. Nakano T. Kanzaki N. Sugimoto J. Am. Chem. Soc. 2004 126 1088 1095
40. C. M. Joyce Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 1619 1622
41. K. J. Scanlon M. Kashanisabet H. Miyachi Cancer Invest. 1989 7 581 587
42. B. Rydberg J. Game Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 16654 16659
43. N. Kim S. Y. N. Huang J. S. Williams Y. C. Li A. B. Clark J. E. Cho T. A. Kunkel Y. Pommier S. Jinks-Robertson Science 2011 332 1561 1564
44. S. J. Park T. A. Taton C. A. Mirkin Science 2002 295 1503 1506
45. N. L. Rosi C. A. Mirkin Chem. Rev. 2005 105 1547 1562
46. C. S. Thaxton D. G. Georganopoulou C. A. Mirkin Clin. Chim. Acta 2006 363 120 126
47. Z. D. Wang Y. Lu J. Mater. Chem. 2009 19 1788 1798
48. H. Wang R. H. Yang L. Yang W. H. Tan ACS Nano 2009 3 2451 2460
49. W. Xu X. J. Xue T. H. Li H. Q. Zeng X. G. Liu Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 6849 6852
50. F. Wang Y. Han C. S. Lim Y. H. Lu J. Wang J. Xu H. Y. Chen C. Zhang M. H. Hong X. G. Liu Nature 2010 463 1061 1065
51. S. Y. Park A. K. R. Lytton-Jean B. Lee S. Weigand G. C. Schatz C. A. Mirkin Nature 2008 451 553 556
52. J. Sharma R. Chhabra A. Cheng J. Brownell Y. Liu H. Yan Science 2009 323 112 116
53. Y. Wang G. Chen M. X. Yang G. Silber S. X. Xing L. H. Tan F. Wang Y. H. Feng X. G. Liu S. Z. Li H. Y. Chen Nat. Commun. 2010 10.1038/ncomms1089
54. A. V. Pinheiro D. R. Han W. M. Shih H. Yan Nat. Nanotechnol. 2011 6 763 772
55. Z. Zhao E. L. Jacovetty Y. Liu H. Yan Angew. Chem., Int. Ed. 2011 50 2041 2044
56. W. A. Zhao J. C. F. Lam W. Chiuman M. A. Brook Y. F. Li Small 2008 4 810 816
57. J. Li Y. Lu J. Am. Chem. Soc. 2000 122 10466 10467
58. Y. Okumoto Y. Tanabe N. Sugimoto Biochemistry 2003 42 2158 2165
59. S. Nakano H. T. Karimata Y. Kitagawa N. Sugimoto J. Am. Chem. Soc. 2009 131 16881 16888
60. J. W. Liu Y. Lu Chem. Commun. 2007 4872 4874