Characterisation of an intrinsically disordered protein complex of Swi5-Sfr1 by ion mobility mass spectrometry and small-angle X-ray scattering

Analyst

Volumn 138, Issue 5, 2013, Pages 1441-1449

  Saikusa, Kazumi ^a   Kuwabara, Naoyuki ^b   Kokabu, Yuichi ^a   Inoue, Yu ^a   Sato, Mamoru ^a   Iwasaki, Hiroshi ^c   Shimizu, Toshiyuki ^b   Ikeguchi, Mitsunori ^a   Akashi, Satoko ^a  

^a YOKOHAMA CITY UNIVERSITY   (Japan)

^b UNIVERSITY OF TOKYO   (Japan)

^c TOKYO INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84873655009     PISSN: 00032654     EISSN: 13645528     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2an35878f     Document Type: Article

References (53)

1. A. J. R. Heck Nat. Methods 2008 5 927 933
2. M. Sharon C. V. Robinson Annu. Rev. Biochem. 2007 76 167 193
3. D. E. Clemmer R. R. Hudgins M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 1995 117 10141 10142
4. B. T. Ruotolo K. Giles I. Campuzano A. M. Sandercock R. H. Bateman C. V. Robinson Science 2005 310 1658 1661
5. C. Uetrecht R. J. Rose E. van Duijin K. Lorenzen A. J. R. Heck Chem. Soc. Rev. 2010 39 1633 1655
6. C. A. Scarff K. Thalassinos G. R. Hilton J. H. Scrivens Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008 22 3297 3304
7. E. Jurneczko P. E. Barran Analyst 2011 136 20 28
8. L. A. Lane C. Fernández-Tornero M. Zhou N. Morgner D. Ptchelkine U. Steuerwald A. Politis D. Lindner J. Gvozdenovic A. C. Gavin C. W. Muller C. V. Robinson Structure 2011 19 90 100
9. C. Uetrecht A. J. R. Heck Angew. Chem., Int. Ed. 2011 50 8248 8262
10. C. Uetrecht N. R. Watts S. J. Stahl P. T. Wingfield A. C. Steven A. J. R. Heck Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 13368 13371
11. S. L. Bernstein T. Wyttenbach A. Baumketner J. E. Shea G. Bitan D. B. Teplow M. T. Bowers J. Am. Chem. Soc. 2005 127 2075 2084
12. A. Baumketner S. L. Bernstein T. Wyttenbach G. Bitan D. B. Teplow M. T. Bowers J. E. Shea Protein Sci. 2006 15 420 428
13. S. L. Bernstein D. Liu T. Wyttenbach M. T. Bowers J. C. Lee H. B. Gray J. R. Winkler J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004 15 1435 1443
14. M. Grabenauer S. L. Bernstein J. C. Lee T. Wyttenbach N. F. Dupuis H. B. Gray J. R. Winkler M. T. Bowers J. Phys. Chem. B 2008 112 11147 11154
15. S. Brocca L. Testa F. Sobott M. Samalikova A. Natalello E. Papaleo M. Lotti L. D. Gioia S. M. Doglia L. Alberghina R. Grandori Biophys. J. 2011 100 2243 2252
16. A. K. Dunker M. S. Cortese P. Romero L. M. Iakoucheva V. N. Uversky FEBS J. 2005 272 5129 5148
17. P. E. Wright H. J. Dyson Curr. Opin. Struct. Biol. 2009 19 31 38
18. V. N. Uversky A. K. Dunker Biochim. Biophys. Acta 2010 1804 1231 1264
19. Y. Itoh S. Unzai M. Sato A. Nagadoi M. Okuda Y. Nishimura S. Akashi Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2005 61 633 641
20. E. N. Kitova D. R. Bundle J. S. Klassen Angew. Chem., Int. Ed. 2004 43 4183 4186
21. J. A. Loo B. Berhane C. S. Kaddis K. M. Wooding Y. Xie S. L. Kaufman I. V. Chernushevich J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005 16 998 1008
22. E. van Duijin A. Barendregt S. Synowsky C. Versluis A. J. R. Heck J. Am. Chem. Soc. 2009 131 1452 1459
23. L. W. Zilch D. T. Kaleta M. Kohtani R. Krishnan M. F. Jarrold J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007 18 1239 1248
24. T. Wyttenbach M. T. Bowers J. Phys. Chem. B 2011 115 12266 12275
25. B. T. Ruotolo C. V. Robinson Curr. Opin. Chem. Biol. 2006 10 402 408
26. I. Michaelevski M. Eisenstein M. Sharon Anal. Chem. 2010 82 9484 9491
27. B. T. Ruootolo S. Hyung P. M. Robinson K. Giles R. H. Bateman C. V. Robinson Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 8001 8004
28. Y. Kurokawa Y. Murayama N. Haruta-Takahashi I. Urabe H. Iwasaki PLoS Biol. 2008 6 e88
29. Y. Kokabu Y. Murayama N. Kuwabara T. Oroguchi H. Hashimoto Y. Tsutsui N. Nozaki S. Akashi S. Unzai T. Shimizu H. Iwasaki M. Sato M. Ikeguchi J. Biol. Chem. 2011 286 43569 43576
30. N. Kuwabara Y. Murayama H. Hashimoto Y. Kokabu M. Ikeguchi M. Sato K. Mayanagi Y. Tsutsui H. Iwasaki T. Shimizu Structure 2012 20 440 449
31. D. Svergun C. Barberato M. H. J. Koch J. Appl. Crystallogr. 1995 28 768 773
32. D. I. Svergun J. Appl. Crystallogr. 1992 25 495 503
33. D. I. Svergun M. V. Petoukhov M. H. J. Koch Biophys. J. 2001 80 2946 2953
34. M. F. Mesleh J. M. Hunter A. A. Shvartsburg G. C. Schatz M. F. Jarrold J. Phys. Chem. 1996 100 16082 16086
35. A. A. Shvartsburg M. F. Jarrold Chem. Phys. Lett. 1996 261 86 91
36. A. A. Shvartsburg G. C. Schatz M. F. Jarrold J. Chem. Phys. 1998 108 2416 2423
37. J. L. P. Benesch B. T. Ruotolo Curr. Opin. Struct. Biol. 2011 21 1 9
38. B. T. Ruotolo J. L. P. Benesch A. M. Sandercock S. J. Hyung C. V. Robinson Nat. Protoc. 2008 3 1139 1152
39. K. Giles J. P. Williams I. Campuzano Rapid Commun. Mass Spectrom. 2011 25 1559 1566
40. Y. Zhong S. J. Hyung B. T. Ruotolo Analyst 2011 136 3534 3541
41. D. E. Clemmer, Cross-Section Database, http://www.indiana.edu/ ∼clemmer
42. K. B. Shelimov D. E. Clemmer R. R. Hudgins M. F. Jarrold J. Am. Chem. Soc. 1997 119 2240 2248
43. M. F. Bush Z. Hall K. Giles J. Hoyes C. V. Robinson B. T. Ruotolo Anal. Chem. 2010 82 9557 9565
44. A. Politis A. Y. Park S. J. Hyung D. Barsky B. T. Ruotolo C. V. Robinson PLoS One 2010 5 e12080
45. N. Kuwabara H. Hashimoto N. Yamada S. Unzai M. Ikeguchi M. Sato Y. Murayama H. Iwasaki T. Shimizu Acta Crystallogr., Sect. F: Struct. Biol. Cryst. Commun. 2010 66 1124 1126
46. L. Testa S. Brocca R. Grandori Anal. Chem. 2011 83 6459 6463
47. E. Maurizio L. Cravello L. Brady B. Spolaore L. Arnoldo V. Giancotti G. Manfioletti R. Sgarra J. Proteome Res. 2011 10 3283 3291
48. P. Bernadó Eur. Biophys. J. 2010 39 769 780
49. S. J. Valentine A. E. Counterman D. E. Clemmer J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1999 10 1188 1211
50. S. J. Valentine M. A. Ewing J. M. Dilger M. S. Glover S. Geromanos C. Hughes D. E. Clemmer J. Proteome Res. 2011 10 2318 2329
51. T. Koschubs K. Lorenzen S. Baumli S. Sandström A. J. R. Heck P. Cramer Nucleic Acids Res. 2010 38 3186 3195
52. M. Zhou A. M. Sandercock C. S. Fraser G. Ridlova E. Stephens M. R. Schenauer T. Yokoi-Fong D. Barsky J. A. Leary J. W. Hershey J. A. Doudna C. V. Robinson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 18139 18144
53. Z. Hall A. Politis M. F. Bush L. J. Smith C. V. Robinson J. Am. Chem. Soc. 2012 134 3429 3438