PaLaCe: A coarse-grain protein model for studying mechanical properties

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 1, 2013, Pages 785-793

  Pasi, Marco ^a   Lavery, Richard ^a   Ceres, Nicoletta ^a  

^a UNIVERSITÉ LYON 1   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84872159997     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct3007925     Document Type: Article

References (60)

1. Bahar, I.; Rader, A. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 586-92
2. Eyal, E.; Dutta, A.; Bahar, I. WIRES:. Comput. Mol. Sci. 2011, 1, 426-439
3. Sacquin-Mora, S.; Lavery, R. Biophys. J. 2006, 90, 2706-17
4. Sacquin-Mora, S.; Laforet, E.; Lavery, R. Proteins 2007, 67, 350-9
5. Sacquin-Mora, S.; Sebban, P.; Derrien, V.; Frick, B.; Lavery, R.; Alba-Simionesco, C. Biochemistry 2007, 46, 14960-8
6. Izvekov, S.; Voth, J. A. J. Phys. Chem. B. 2005, 109, 2469
7. Hills, R. D.; Lu, L.; Voth, G. A. PLoS Comput. Biol. 2010, 6, e1000827
8. Zacharias, M. Protein Sci. 2003, 12, 1271-82
9. Monticelli, L.; Kandasamy, S. K.; Periole, X.; Larson, R. G.; Tieleman, D. P.; Marrink, S. J. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 819-834
10. Simons, K. T.; Kooperberg, C.; Huang, E.; Baker, D. J. Mol. Biol. 1997, 268, 209-25
11. Voegler Smith, A.; Hall, C. K. Proteins 2001, 44, 344-60
12. Maupetit, J.; Tuffery, P.; Derreumaux, P. Proteins 2007, 69, 394-408
13. Bereau, T.; Deserno, M. J. Chem. Phys. 2009, 130, 235106
14. Tozzini, V.; McCammon, J. A. Chem. Phys. Lett.. 2005, 413, 123-128
15. Tozzini, V.; Rocchia, W.; McCammon, J. A. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 667-673
16. Ceres, N.; Lavery, R. In Innovations in Biomolecular Modeling and Simulations; Schlick, T., Ed.; Royal Society of Chemistry: London, 2012; pp 219-248.
17. Hinsen, K. J. Comput. Chem. 2000, 21, 79-85
18. Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 104, 59-107
19. Ołdziej, S.; Kozłowska, U.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 8035-8046
20. Májek, P.; Elber, R. Proteins 2009, 76, 822-36
21. Hingerty, B.; Richie, R. H.; Ferrel, T. L.; Turner, J. E. Biopolymers 1985, 24, 427-439
22. Lavery, R.; Zakrzewska, K.; Sklenar, H. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 135-158
23. Mehler, E. L.; Solmajer, T. Protein Eng. 1991, 4, 903-910
24. Mezei, M. J. Mol. Graphics Modell. 2003, 21, 463-72
25. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Iype, L.; Schneider, B.; Zardecki, C. Acta Crystallogr., Sect. D 2002, 58, 889-898
26. Thomas, P. D.; Dill, K. A. J. Mol. Biol. 1996, 257, 457-69
27. Ben-Naim, A. J. Chem. Phys. 1997, 107, 3698
28. Wang, T.; Wade, R. C. Proteins 2003, 50, 158-169
29. Tusnády, G. E.; Dosztányi, Z.; Simon, I. Bioinformatics 2004, 20, 2964-72
30. Narang, P.; Bhushan, K.; Bose, S.; Jayaram, B. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 2364
31. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577-2637
32. Thomas, P. D.; Dill, K. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996, 93, 11628
33. Reith, D.; Pütz, M.; Müller-Plathe, F. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1624-36
34. Huang, S. Y.; Zou, X. Proteins 2008, 72, 557-79
35. Song, Y.; Tyka, M.; Leaver-Fay, A.; Thompson, J.; Baker, D. Proteins 2011, 79, 1898-909
36. Orengo, C. A.; Bray, J. E.; Buchan, D. W.; Harrison, A.; Lee, D.; Pearl, F. M.; Sillitoe, I.; Todd, A. E.; Thornton, J. M. Proteomics 2002, 2, 11-21
37. Papaleo, E.; Pasi, M.; Riccardi, L.; Sambi, I.; Fantucci, P.; De Gioia, L. FEBS Lett. 2008, not supplied.
38. SmalaÌŠs, A. O.; Heimstad, E. S.; Hordvik, A.; Willassen, N. P.; Male, R. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 1994, 20, 149-166
39. Schroder, H. K.; Willassen, N. P.; Smalas, A. O. Acta Crystallogr., Sect. D 1998, 54, 780-798
40. Zhang, Y.; Xi, Z.; Hegde, R. S.; Shakked, Z.; Crothers, D. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 8337-41
41. Xu, D.; Williamson, M. J.; Walker, R. C. Ann. Rep. Comput. Chem. 2010, 6, 1
42. Andersen, C. A. F.; Palmer, A. G.; Brunak, S.; Rost, B. Structure 2002, 10, 175-184
43. Hunenberger, P. H.; Mark, A. E.; van Gunsteren, W. F. Proteins 1995, 21, 196-213
44. Tskhovrebova, L.; Trinick, J. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2003, 4, 679-89
45. Rief, M.; Gautel, M.; Oesterhelt, F.; Fernandez, J. M.; Gaub, H. E. Science 1997, 276, 1109-12
46. Kellermayer, M. S.; Smith, S. B.; Granzier, H. L.; Bustamante, C. Science 1997, 276, 1112-6
47. Carrion-Vazquez, M.; Oberhauser, A. F.; Fowler, S. B.; Marszalek, P. E.; Broedel, S. E.; Clarke, J.; Fernandez, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 3694
48. Grützner, A.; Garcia-Manyes, S.; Kötter, S.; Badilla, C. L.; Fernandez, J. M.; Linke, W. A. Biophys. J. 2009, 97, 825-34
49. Lu, H.; Isralewitz, B.; Krammer, A.; Vogel, V.; Schulten, K. Biophys. J. 1998, 75, 662-671
50. Lu, X. J.; Babcock, M. S.; Olson, W. K. J. Biomol. Struct. Dyn. 1999, 16, 833-43
51. Lu, H.; Krammer, A.; Isralewitz, B.; Vogel, V.; Schulten, K. In Elastic Filaments of the Cell; Granzier, H. L.; Pollack, G. H., Eds.; Kluwer: New York, 2000; pp 143-162.
52. Fowler, S. B.; Best, R. B.; Toca Herrera, J. L.; Rutherford, T. J.; Steward, A.; Paci, E.; Karplus, M.; Clarke, J. J. Mol. Biol. 2002, 322, 841-849
53. Grubmüller, H.; Heymann, B.; Tavan, P. Science 1996, 271, 997
54. Evans, E.; Ritchie, K. Biophys. J. 1997, 72, 1541-55
55. Lee, E. H.; Hsin, J.; Sotomayor, M.; Comellas, G.; Schulten, K. Structure 2009, 17, 1295-306
56. Fowler, S. B.; Best, R. B.; Toca Herrera, J. L.; Rutherford, T. J.; Steward, A.; Paci, E.; Karplus, M.; Clarke, J. J. Mol. Biol. 2002, 322, 841-849
57. Hummer, G.; Szabo, A. Biophys. J. 2003, 85, 5-15
58. Dudko, O. K.; Hummer, G.; Szabo, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 15755
59. Hummer, G.; Szabo, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 21441-6
60. Schäfer, L. V.; de Jong, D. H.; Holt, A.; Rzepiela, A. J.; de Vries, A. H.; Poolman, B.; Killian, J. A.; Marrink, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 1343-8