Energetic studies on DNA-peptide interaction in relation to the enthalpy-entropy compensation paradox

Organic and Biomolecular Chemistry

Volumn 11, Issue 1, 2013, Pages 48-61

  Yang, Robin C K ^a   Huang, Jonathan T B ^a   Chien, Shih Chuan ^a   Huang, Roy ^a   Jeng, Kee Ching G ^b   Chen, Yen Chung ^a   Liao, Mokai ^a   Wu, Jia Rong ^a   Hung, Wei Kang ^a   Hung, Chia Chun ^a   Chen, Yu Ling ^a   Waring, Michael J ^c   Sheh, Leung ^a  

^a TUNGHAI UNIVERSITY   (Taiwan)

^b TAICHUNG VETERANS GENERAL HOSPITAL   (Taiwan)

^c UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACTIVE NETWORKS; BINDING ENERGY; BIOCHEMISTRY; ENTHALPY; ENTROPY; PEPTIDES; STOICHIOMETRY;

3-DIMENSIONAL; ALLOSTERIC COMMUNICATION; BINDING FREE ENERGY; BIOCHEMICAL REACTIONS; CONFORMATIONAL CHANGE; COOPERATIVE BINDING; COOPERATIVITY; DNA CONFORMATIONS; DNA DUPLEXES; DNA STRANDS; ENTHALPY-ENTROPY COMPENSATION; FOOTPRINTING; G-VALUES; HIGH-T; INCUBATION TEMPERATURES; INTERACTION NETWORKS; IONIC FORCES; ISOTHERMAL TITRATION CALORIMETRY; MINOR GROOVES; MONODENTATES; N-METHYLPYRROLES; SEQUENCE RECOGNITION; TEMPERATURE VARIATION;

DNA;

EID: 84870479872     PISSN: 14770520     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2ob26320c     Document Type: Article

References (33)

1. K. R. Fox M. J. Waring Methods Enzymol. 2001 340 412 430
2. J. B. Chaires K. R. Fox J. E. Herrera M. Britt M. J. Waring Biochemistry 1987 26 8227 8236
3. D. L. Boger J.-H. Chen K. W. Saionz J. Am. Chem. Soc. 1996 118 1629 1644
4. C. Bailly J. B. Chaires Bioconjugate Chem. 1998 9 513 538
5. Y. H. Chen J. W. Lown J. Am. Chem. Soc. 1994 116 6995 7005
6. W. L. Walker E. M. Landaw R. E. Dickerson D. S. Goodsell Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 5634 5639
7. A. Blasko T. C. Bruice Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993 90 10018 10022
8. R. P. L. DeClairac B. N. Geierstanger M. Mrksich P. B. Dervan D. E. Wemmer J. Am. Chem. Soc. 1997 119 7909 7916
9. E. J. Fechter P. B. Dervan J. Am. Chem. Soc. 2003 125 8476 8485
10. M. Mrksich M. E. Parks P. B. Dervan J. Am. Chem. Soc. 1994 116 7983 7988
11. K. L. Buchmueller A. M. Staples C. M. Howard S. M. Horick P. B. Uthe N. Le Minh K. K. Cox B. Nguyen K. A. O. Pacheco W. D. Wilson M. Lee J. Am. Chem. Soc. 2005 127 742 750
12. T. Brown H. Mackay M. Turlinton A. Sutterfield T. Smith A. Sielaff L. Westrate C. Bruce J. Kluza C. O'Hare B. Nguyen W. D. Wilson J. A. Hartley M. Lee Bioorg. Med. Chem. 2008 16 5266 5276
13. M. Munde M. A. Ismail R. Arafa P. Peixoto C. J. Collar l. Yang L. Hu M. H. David-Cordonnier A. Lansiaux C. Bailly D. W. Boykin W. D. Wilson J. Am. Chem. Soc. 2007 129 13732 13743
14. J.-C. Chang C.-H. Yang P.-J. Chou W.-H. Yang I.-C. Chou C.-T. Lu P.-H. Lin R. C.-W. Hou K.-C. G. Jeng C.-C. Cheng L. Sheh Bioorg. Med. Chem. 2004 12 53 61
15. C.-H. Yang W. F. Chen M.-C. Jong B.-J. Jong J.-C. Chang M. J. Waring L. Ma L. Sheh J. Am. Chem. Soc. 2004 126 8104 8105
16. C. H. Yang K. C. G. Jeng W. H. Yang Y. L. Chen C. C. Hung J. W. Lin S. T. Chen S. Richardson C. R. H. Martin M. J. Waring L. Sheh ChemBioChem 2006 7 1187 1196
17. K. L. Kao J. C. T. Huang C. K. Yang K. C. G. Jeng J. C. Chang W. C. Yao S. C. Hsien M. J. Waring M. H. Chen L. Ma L. Sheh Bioorg. Med. Chem. 2010 18 366 376
18. J. T. B. Huang, R. C. K. Yang, W. K. Hung, M. J. Waring and L. Sheh, in Molecular Recognition, ed., J. A. McEvoy, Nova Science Publishers Inc., New York, 2011. ISBN 978-1-61122-734-5, internet open access available
19. J. T. B. Huang Y. C. Chen J. C. Chang K. C. G. Jeng K. L. Kao C. K. Yang L. S. Kan M. T. Wey M. J. Waring C. S. Chen W. J. Chien L. Sheh Bioorg. Med. Chem. 2010 18 2575 2585
20. M. E. A. Churchill M. Suzuki EMBO J. 1989 8 4189 4195
21. M. Suzuki Nature 1990 344 562 565
22. D. E. Koshland Jr. K. Hamadani J. Biol. Chem. 2002 277 46481 46844
23. W. E. Calvano et al. Nature 2005 437 1032 1037
24. R. B. Russell P. Aloy Nat. Chem. Biol. 2008 4 666 673
25. M. Ciubotaru L. M. Ptaszek G. A. Baker S. N. Baker F. V. Bright D. G. Schatz J. Biol. Chem. 2003 278 5584 5596
26. A. A. Ouameur H.-A. Tajmir-Riahi J. Biol. Chem. 2004 279 42041 42054
27. I. Tato S. Zunzunegui F. de la Cruz E. Cabezon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 8156 8161
28. N. M. Luscombe R. A. Laskowski J. M. Thornton Nucleic Acids Res. 2001 29 2860 2874
29. K. J. Breslauer D. P. Rometa W. Y. Chou R. Ferrante J. Curry D. Zaunczkowski J. G. Snyder L. A. Marky Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1987 84 8922 8926
30. E. B. Starikov B. Norden J. Phys. Chem. B 2007 111 14431 14435
31. D. H. Williams E. Stephens D. P. O'Brien M. Zhou Angew. Chem., Int. Ed. 2004 43 6596 6616
32. A. Cooper D. T. F. Dryden Eur. Biophys. J. 1984 11 103 109
33. H. Shiozawa B. C. S. Chia N. L. Davies R. Zerella D. H. Williams J. Am. Chem. Soc. 2002 124 3914 3919