Side-chain dynamics reveals transient association of Aβ1-40 monomers with amyloid fibers

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 46, 2012, Pages 13618-13623

  Krishnamoorthy, Janarthanan ^a   Brender, Jeffrey R ^a   Vivekanandan, Subramanian ^a   Jahr, Nicole ^a   Ramamoorthy, Ayyalusamy ^a  

^a UNIVERSITY OF MICHIGAN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDES; MOLECULAR DYNAMICS; MONOMERS; NEURODEGENERATIVE DISEASES; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PEPTIDES;

ALZHEIMER'S DISEASE; CARRPURCELL-MEIBOOM-GILL (CPMG); LIMIT OF DETECTION; LOW-LYING EXCITED STATE; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PEPTIDE BACKBONES; RELAXATION DISPERSION; SIDE-CHAIN DYNAMICS;

GLYCOPROTEINS;

EID: 84870046723     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp305279w     Document Type: Article

References (58)

1. DeToma, A. S.; Salamekh, S.; Ramamoorthy, A.; Lim, M. H. Chem. Soc. Rev. 2012, 41, 608-621
2. Uversky, V. N.; Fink, A. L. Biochim. Biophys. Acta 2004, 1698, 131-153
3. Williamson, J. A.; Miranker, A. D. Protein Sci. 2007, 16, 110-117
4. Yonemoto, I. T.; Kroon, G. J.; Dyson, H. J.; Balch, W. E.; Kelly, J. W. Biochemistry 2008, 47, 9900-9910
5. Brender, J. R.; Salamekh, S.; Ramamoorthy, A. Acc. Chem. Res. 2012, 45, 454-462
6. Nanga, R. P. R.; Brender, J. R.; Vivekanandan, S.; Popovych, N.; Ramamoorthy, A. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 17972-17979
7. Kayed, R.; Bernhagen, J.; Greenfield, N.; Sweimeh, K.; Brunner, H.; Voelter, W.; Kapurniotu, A. J. Mol. Biol. 1999, 287, 781-796
8. Riek, R.; Guntert, P.; Dobeli, H.; Wipf, B.; Wuthrich, K. Eur. J. Biochem. 2001, 268, 5930-5936
9. Hou, L. M.; Shao, H. Y.; Zhang, Y. B.; Li, H.; Menon, N. K.; Neuhaus, E. B.; Brewer, J. M.; Byeon, I. J. L.; Ray, D. G.; Vitek, M. P.; Iwashita, T.; Makula, R. A.; Przybyla, A. B.; Zagorski, M. G. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1992-2005
10. Zhang, S.; Iwata, K.; Lachenmann, M. J.; Peng, J. W.; Li, S.; Stimson, E. R.; Lu, Y.; Felix, A. M.; Maggio, J. E.; Lee, J. P. J. Struct. Biol. 2000, 130, 130-141
11. Yamaguchi, T.; Matsuzaki, K.; Hoshino, M. FEBS Lett. 2011, 585, 1097-1102
12. Lazo, N. D.; Grant, M. A.; Condron, M. C.; Rigby, A. C.; Teplow, D. B. Protein Sci. 2005, 14, 1581-1596
13. Vivekanandan, S.; Brender, J. R.; Lee, S. Y.; Ramamoorthy, A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2011, 411, 312-316
14. Sgourakis, N. G.; Merced-Serrano, M.; Boutsidis, C.; Drineas, P.; Du, Z. M.; Wang, C. Y.; Garcia, A. E. J. Mol. Biol. 2011, 405, 570-583
15. Yan, Y. L.; Liu, J. J.; McCallum, S. A.; Yang, D. W.; Wang, C. Y. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2007, 362, 410-414
16. Lim, K. H.; Collver, H. H.; Le, Y. T. H.; Nagchowdhuri, P.; Kenney, J. M. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2007, 353, 443-449
17. Lim, K. H.; Henderson, G. L.; Jha, A.; Louhivuori, M. ChemBioChem 2007, 8, 1251-1254
18. Narayanan, S.; Reif, B. Biochemistry 2005, 44, 1444-1452
19. Ding, H.; Wong, P. T.; Lee, E. L.; Gafni, A.; Steel, D. G. Biophys. J. 2009, 97, 912-921
20. Bitan, G.; Lomakin, A.; Teplow, D. B. J. Biol. Chem. 2001, 276, 35176-35184
21. Straub, J. E.; Thirumalai, D. Annu. Rev. Phys. Chem. 2011, 62, 437-463
22. Mukherjee, S.; Pondaven, S. P.; Jaroniec, C. P. Biochemistry 2011, 50, 5845-5857
23. Williamson, J. A.; Loria, J. P.; Miranker, A. D. J. Mol. Biol. 2009, 393, 383-396
24. Wei, L.; Jiang, P.; Yau, Y. H.; Summer, H.; Shochat, S. G.; Mu, Y. G.; Pervushin, K. Biochemistry 2009, 48, 2368-2376
25. Baldwin, A. J.; Kay, L. E. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 808-814
26. Mittermaier, A.; Kay, L. E. Science 2006, 312, 224-228
27. Mulder, F. A. A.; Mittermaier, A.; Hon, B.; Dahlquist, F. W.; Kay, L. E. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 932-935
28. Hansen, D. F.; Vallurupalli, P.; Lundstrom, P.; Neudecker, P.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 2667-2675
29. Tanner, J. E. J. Chem. Phys. 1970, 52, 2523-2526
30. Stejskal, E. O.; Tanner, J. E. J. Chem. Phys. 1965, 42, 288-292
31. Hansen, D. F.; Vallurupalli, P.; Kay, L. E. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 5898-5904
32. Delaglio, F.; Grzesiek, S.; Vuister, G. W.; Zhu, G.; Pfeifer, J.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1995, 6, 277-293
33. Yoo, S. I.; Yang, M.; Brender, J. R.; Subramanian, V.; Sun, K.; Joo, N. E.; Jeong, S. H.; Ramamoorthy, A.; Kotov, N. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 5110-5115
34. Carver, J. P.; Richards, R. E. J. Magn. Reson. 1972, 6, 89-105
35. Sabate, R.; Estelrich, J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11027-11032
36. Lomakin, A.; Chung, D. S.; Benedek, G. B.; Kirschner, D. A.; Teplow, D. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 1125-1129
37. Yong, W.; Lomakin, A.; Kirkitadze, M. D.; Teplow, D. B.; Chen, S. H.; Benedek, G. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 150-154
38. Lee, J.; Culyba, E. K.; Powers, E. T.; Kelly, J. W. Nat. Chem. Biol. 2011, 7, 602-609
39. Matsumura, S.; Shinoda, K.; Yamada, M.; Yokojima, S.; Inoue, M.; Ohnishi, T.; Shimada, T.; Kikuchi, K.; Masui, D.; Hashimoto, S. J. Biol. Chem. 2011, 286, 11555-11562
40. Noguchi, A.; Matsumura, S.; Dezawa, M.; Tada, M.; Yanazawa, M.; Ito, A.; Akioka, M.; Kikuchi, S.; Sato, M.; Ideno, S. J. Biol. Chem. 2009, 284, 32895-32905
41. Kovrigin, E. L.; Kempf, J. G.; Grey, M. J.; Loria, J. P. J. Magn. Reson. 2006, 180, 93-104
42. Ishima, R.; Torchia, D. A. J. Biomol. NMR 2006, 34, 209-219
43. Fawzi, N. L.; Ying, J.; Torchia, D. A.; Clore, G. M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 9948-9951
44. Kodaka, M. Biophys. Chem. 2004, 107, 243-253
45. Rhoades, E.; Gafni, A. Biophys. J. 2003, 84, 3480-3487
46. Soong, R.; Brender, J. R.; Macdonald, P. M.; Ramamoorthy, A. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 7079-7085
47. Huang, R.; Vivekanandan, S.; Brender, J. R.; Abe, Y.; Naito, A.; Ramamoorthy, A. J. Mol. Biol. 2012, 416, 108-120
48. Fawzi, N. L.; Ying, J. F.; Ghirlando, R.; Torchia, D. A.; Clore, G. M. Nature 2011, 480, 268-272
49. Straub, J. E.; Thirumalai, D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2010, 20, 187-195
50. Nguyen, P. H.; Li, M. S.; Stock, G.; Straub, J. E.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 111-116
51. Tollinger, M.; Skrynnikov, N. R.; Mulder, F. A. A.; Forman-Kay, J. D.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11341-11352
52. Scherzinger, E.; Sittler, A.; Schweiger, K.; Heiser, V.; Lurz, R.; Hasenbank, R.; Bates, G. P.; Lehrach, H.; Wanker, E. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 4604-4609
53. DePace, A. H.; Santoso, A.; Hillner, P.; Weissman, J. S. Cell 1998, 93, 1241-1252
54. Fooks, H. M.; Martin, A. C. R.; Woolfson, D. N.; Sessions, R. B.; Hutchinson, E. G. J. Mol. Biol. 2006, 356, 32-44
55. Braymer, J. J.; Choi, J. S.; DeToma, A. S.; Wang, C.; Nam, K.; Kampf, J. W.; Ramamoorthy, A.; Lim, M. H. Inorg. Chem. 2011, 50, 10724-10734
56. Choi, J. S.; Braymer, J. J.; Nanga, R. P. R.; Ramamoorthy, A.; Lim, M. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 21990-21995
57. Hindo, S. S.; Mancino, A. M.; Braymer, J. J.; Liu, Y. H.; Vivekanandan, S.; Ramamoorthy, A.; Lim, M. H. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 16663-16665
58. Jones, M. R.; Service, E. L.; Thompson, J. R.; Wang, M. C.; Kimsey, I. J.; Detoma, A. S.; Ramamoorthy, A.; Lim, M. H.; Storr, T. Metallomics 2012, 4, 910-920