Probing chemical shifts of invisible states of proteins with relaxation dispersion NMR spectroscopy: How well can we do?

Journal of the American Chemical Society

Volumn 130, Issue 8, 2008, Pages 2667-2675

  Hansen, D Flemming ^a   Vallurupalli, Pramodh ^a   Lundström, Patrik ^a   Neudecker, Philipp ^a   Kay, Lewis E ^a  

^a UNIVERSITY OF TORONTO   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOMOLECULES; CHEMICAL SHIFT; CONFORMATIONS; GROUND STATE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; RELAXATION PROCESSES;

BIOLOGICAL MOLECULES; PROBE EXCHANGE; RELAXATION DISPERSION;

PROTEINS;

PROTEIN;

ACCURACY; ARTICLE; CHEMICAL BOND; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN STRUCTURE; PROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; QUANTITATIVE ANALYSIS;

COMPUTER SIMULATION; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MICROFILAMENT PROTEINS; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; PROTEIN-SERINE-THREONINE KINASES; REFERENCE STANDARDS; SACCHAROMYCES CEREVISIAE PROTEINS;

EID: 39749156063     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja078337p     Document Type: Article

References (65)

1. Palmer, A. G.; Williams, J.; McDermott, A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 13293-13310.
2. Peng, J. W.; Wagner, G. Methods Enzymol. 1994, 239, 563-596.
3. Ishima, R.; Torchia, D. A. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 740-743.
4. Mittermaier, A.; Kay, L. E. Science 2006, 312, 224-228.
5. Wagner, G. Nat. Struct. Biol. 1997, (Suppl. 4), 841-844.
6. Kay, L. E. Nat. Struct. Biol. NMR Suppl. 1998, 5, 513-516.
7. Boehr, D. D.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Chem. Rev. 2006, 106, 3055-3079.
8. Palmer, A. G.; Grey, M. J.; Wang, C. Methods Enzymol. 2005, 394, 430-465.
9. Palmer, A. G.; Kroenke, C. D.; Loria, J. P. Methods Enzymol. 2001, 339, 204-238.
10. Carr, H. Y.; Purcell, E. M. Phys. Rev. 1954, 4, 630-638.
11. Meiboom, S.; Gill, D. Rev. Sci. Instrum. 1958, 29, 688-691.
12. Korzhnev, D. M.; Salvatella, X.; Vendruscolo, M.; Di Nardo, A. A.; Davidson, A. R.; Dobson, C. M.; Kay, L. E. Nature 2004, 430, 586-590.
13. Korzhnev, D. M.; Neudecker, P.; Zarrine-Afsar, A.; Davidson, A. R.; Kay, L. E. Biochemistry 2006, 45, 10175-10183.
14. Korzhnev, D. M.; Bezsonova, I.; Evanics, F.; Taulier, N.; Zhou, Z.; Bai, Y.; Chalikian, T. V.; Prosser, R. S.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 5262-5269.
15. Bezsonova, I.; Korzhnev, D. M.; Prosser, R. S.; Forman-Kay, J. D.; Kay, L. E. Biochemistry 2006, 45, 4711-4719.
16. Boehr, D. D.; McElheny, D.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Science 2006, 313, 1638-1642.
17. Grey, M. J.; Wang, C. Y.; Palmer, A. G. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14324-14335.
18. Cornilescu, G.; Delaglio, F.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1999, 13, 289-302.
19. Korzhnev, D. M.; Neudecker, P.; Mittermaier, A.; Orekhov, V. Y.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 15602-15611.
20. Lundstrom, P.; Vallurupalli, P.; Religa, T. L.; Dahlquist, F. W.; Kay, L. E. J. Biomol. NMR 2007, 38, 79-88.
21. Ishima, R.; Baber, J.; Louis, J. M.; Torchia, D. A. J. Biomol. NMR 2004, 29, 187-198.
22. Ishima, R.; Torchia, D. J. Biomol. NMR 2003, 25, 243-248.
23. Lundstrom, P.; Teilum, K.; Carstensen, T.; Bezsonova, I.; Wiesner, S.; Hansen, D. F.; Religa, T. L.; Akke, M.; Kay, L. E. J. Biomol. NMR 2007, 38, 199-212.
24. Teilum, K.; Brath, U.; Lundstrom, P.; Akke, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2506-2507.
25. Cavalli, A.; Salvatella, X.; Dobson, C. M.; Vendruscolo, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 9615-9620.
26. Kovrigin, E. L.; Kempf, J. G.; Grey, M. J.; Loria, J. P. J. Magn. Reson. 2006, 180, 93-104.
27. Neudecker, P.; Korzhnev, D. M.; Kay, L. E. J. Biomol. NMR 2006, 34, 129-135.
28. Rath, A.; Davidson, A. R. Protein Sci. 2000, 9, 2457-2469.
29. Lila, T.; Drubin, D. G. Mol. Biol. Cell 1997, 8, 367-385.
30. Drubin, D. G.; Mulholland, J.; Zhu, Z. M.; Botstein, D. Nature 1990, 343, 288-290.
31. Haynes, J.; Garcia, B.; Stollar, E. J.; Rath, A.; Andrews, B. J.; Davidson, A. R. Genetics 2007, 176, 193-208.
32. Hu, J. S.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8170-8171.
33. Grzesiek, S.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1997, 9, 207-211.
34. Peti, W.; Hennig, M.; Smith, L. J.; Schwalbe, H. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 12017-12018.
35. Mulder, F. A. A.; Skrynnikov, N. R.; Hon, B.; Dahlquist, F. W.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 967-975.
36. Loria, J. P.; Ranee, M.; Palmer, A. G. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2331-2332.
37. Loria, J. P.; Rance, M.; Palmer, A. G. J. Biomol. NMR 1999, 15, 151-155.
38. Tollinger, M.; Skrynnikov, N. R.; Mulder, F. A. A.; Forman-Kay, J. D.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11341-11352.
39. Hansen, D. F.; Vallurupalli, P.; Kay, L. E. J. Phys. Chem. B, published online Nov. 15, 2007. PMID: 18001083
40. Delaglio, F.; Grzesiek, S.; Vuister, G. W.; Zhu, G.; Pfeifer, J.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1995, 6, 277-293.
41. McConnell, H. M. J. Chem. Phys. 1958, 28, 430-431.
42. Millet, O.; Loria, J. P.; Kroenke, C. D.; Pons, M.; Palmer, A. G. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 2867-2877.
43. Orekhov, V. Y.; Korzhnev, D. M.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1886-1891.
44. Skrynnikov, N. R.; Dahlquist, F. W.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12352-12360.
45. Kay, L. E.; Ikura, M.; Tschudin, R.; Bax, A. J. Magn. Reson. 1990, 89, 496-514.
46. Eisenmesser, E. Z.; Bosco, D. A.; Akke, M.; Kern, D. Science 2002, 295, 1520-1523.
47. Eisenmesser, E. Z.; Millet, O.; Labeikovsky, W.; Korzhnev, D. M.; Wolf-Watz, M.; Bosco, D. A.; Skalicky, J. J.; Kay, L. E.; Kern, D. Nature 2005, 438, 117-121.
48. Wolf-Watz, M.; Thai, V.; Henzler-Wildman, K.; Hadjipavlou, G.; Eisenmesser, E. Z.; Kern, D. Nat. Struct. Mol. Biol. 2004, 11, 945-949.
49. Sugase, K.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Nature 2007, 447, 1021-1024.
50. Zeeb, M.; Balbach, J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 13207-13212.
51. Mulder, F. A. A.; Mittermaier, A.; Hon, B.; Dahlquist, F. W.; Kay, L. E. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 932-935.
52. Neudecker, P.; Zarrine-Afsar, A.; Choy, W. Y.; Muhandiram, D. R.; Davidson, A. R.; Kay, L. E. J. Mol. Biol. 2006, 363, 958-976.
53. Schwarzinger, S.; Kroon, G. J.; Foss, T. R.; Chung, J.; Wright, P. E.; Dyson, H. J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2970-2978.
54. Wishart, D. S.; Bigam, C. G.; Holm, A.; Hodges, R. S.; Sykes, B. D. J. Biomol. NMR 1995, 5, 67-81.
55. Spera, S.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5490-5492.
56. Wishart, D. S.; Sykes, B. D. J. Biomol. NMR 1994, 4, 171-180.
57. Geen, H.; Freeman, R. J. Magn. Reson. 1991, 93, 93-141.
58. Zuiderweg, E. R. J. Magn. Reson. 1990, 89, 533-542.
59. Brown, L. R.; Sanctuary, B. C. J. Magn. Reson. 1991, 91, 413-421.
60. Shaka, A. J.; Keeler, J.; Frenkiel, T.; Freeman, R. J. Magn. Reson. 1983, 52, 335-338.
61. Marion, D.; Ikura, M.; Tschudin, R.; Bax, A. J. Magn. Reson. 1989, 85, 393-399.
62. Vallurupalli, P.; Scott, L.; Williamson, J. R.; Kay, L. E. J. Biomol. NMR 2007, 38, 41-46.
63. Cornilescu, G.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10143-10154.
64. Efron, B.; Tibshirani, R. Stat. Sci. 1986, 1, 54-77.
65. Kloiber, K.; Konrat, R. J. Biomol. NMR 2000, 18, 33-42.