-
3
-
-
0031776135
-
-
Record, M. T.; Zhang, W. T.; Anderson, C. F. Adv. Protein Chem. 1998, 51, 281-353
-
(1998)
Adv. Protein Chem.
, vol.51
, pp. 281-353
-
-
Record, M.T.1
Zhang, W.T.2
Anderson, C.F.3
-
4
-
-
77749259034
-
-
Ma, L.; Pegram, L.; Record, M. T., Jr.; Cui, Q. Biochemistry 2010, 49, 1954-1962
-
(2010)
Biochemistry
, vol.49
, pp. 1954-1962
-
-
Ma, L.1
Pegram, L.2
Record, Jr.M.T.3
Cui, Q.4
-
5
-
-
84859239240
-
-
Shao, Q.; Fan, Y. B.; Yang, L. J.; Gao, Y. Q. J. Chem. Phys. 2012, 136, 115101
-
(2012)
J. Chem. Phys.
, vol.136
, pp. 115101
-
-
Shao, Q.1
Fan, Y.B.2
Yang, L.J.3
Gao, Y.Q.4
-
6
-
-
84858198890
-
-
Harada, R.; Sugita, Y.; Feig, M. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 4842-4849
-
(2012)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.134
, pp. 4842-4849
-
-
Harada, R.1
Sugita, Y.2
Feig, M.3
-
10
-
-
0035249196
-
-
Im, W.; Bernèche, S.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2924
-
(2001)
J. Chem. Phys.
, vol.114
, pp. 2924
-
-
Im, W.1
Bernèche, S.2
Roux, B.3
-
11
-
-
48749103219
-
-
Yang, Y.; Yu, H.; Cui, Q. J. Mol. Biol. 2008, 381, 1407-1420
-
(2008)
J. Mol. Biol.
, vol.381
, pp. 1407-1420
-
-
Yang, Y.1
Yu, H.2
Cui, Q.3
-
16
-
-
1542779956
-
-
Elstner, M.; Porezag, D.; Jungnickel, G.; Elsner, J.; Haugk, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Seifert, G. Phys. Rev. B 1998, 58, 7260
-
(1998)
Phys. Rev. B
, vol.58
, pp. 7260
-
-
Elstner, M.1
Porezag, D.2
Jungnickel, G.3
Elsner, J.4
Haugk, M.5
Frauenheim, T.6
Suhai, S.7
Seifert, G.8
-
17
-
-
67650500988
-
-
Brooks, B. R.; Brooks, C. L., III; Mackerell, A. D.; Nilsson, L.; Petrella, R. J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S.; Caisch, A.; Caves, L.; Cui, Q.; Dinner, A. R.; Feig, M.; Fischer, S.; Gao, J.; Hodoscek, M.; Im, W.; Kuczera, K.; Lazaridis, T.; Ma, J.; Ovchinnikov, V.; Paci, E.; Pastor, R. W.; Post, C. B.; Pu, J. Z.; Schaefer, M.; Tidor, B.; Venable, R. M.; Woodcock, H. L.; Wu, X.; Yang, W.; York, D. M.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545-1614
-
(2009)
J. Comput. Chem.
, vol.30
, pp. 1545-1614
-
-
Brooks, B.R.1
Brooks III, C.L.2
MacKerell, A.D.3
Nilsson, L.4
Petrella, R.J.5
Roux, B.6
Won, Y.7
Archontis, G.8
Bartels, C.9
Boresch, S.10
Caisch, A.11
Caves, L.12
Cui, Q.13
Dinner, A.R.14
Feig, M.15
Fischer, S.16
Gao, J.17
Hodoscek, M.18
Im, W.19
Kuczera, K.20
Lazaridis, T.21
Ma, J.22
Ovchinnikov, V.23
Paci, E.24
Pastor, R.W.25
Post, C.B.26
Pu, J.Z.27
Schaefer, M.28
Tidor, B.29
Venable, R.M.30
Woodcock, H.L.31
Wu, X.32
Yang, W.33
York, D.M.34
Karplus, M.35
more..
-
18
-
-
85067759617
-
-
Q-Chem Program Package., 2007
-
Q-Chem Program Package. http://www.q-chem.com (2007).
-
-
-
-
20
-
-
0032096837
-
-
Im, W.; Beglov, D.; Roux, B. Comput. Phys. Commun. 1998, 111 (1-3) 59-75
-
(1998)
Comput. Phys. Commun.
, vol.111
, Issue.1-3
, pp. 59-75
-
-
Im, W.1
Beglov, D.2
Roux, B.3
-
21
-
-
7044249333
-
-
Woo, H. J.; Dinner, A. R.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2004, 121, 6392-6400
-
(2004)
J. Chem. Phys.
, vol.121
, pp. 6392-6400
-
-
Woo, H.J.1
Dinner, A.R.2
Roux, B.3
-
22
-
-
0030735981
-
-
Roux, B. Biophys. J. 1997, 73, 2980-2989
-
(1997)
Biophys. J.
, vol.73
, pp. 2980-2989
-
-
Roux, B.1
-
23
-
-
84986512474
-
-
Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187
-
(1983)
J. Comput. Chem.
, vol.4
, pp. 187
-
-
Brooks, B.R.1
Bruccoleri, R.E.2
Olafson, B.D.3
States, D.J.4
Swaminathan, S.5
Karplus, M.6
-
26
-
-
31544463548
-
-
König, P. H.; Ghosh, N.; Hoffmann, M.; Elstner, M.; Tajkhorshid, E.; Frauenheim, T.; Cui, Q. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 548
-
(2006)
J. Phys. Chem. A
, vol.110
, pp. 548
-
-
König, P.H.1
Ghosh, N.2
Hoffmann, M.3
Elstner, M.4
Tajkhorshid, E.5
Frauenheim, T.6
Cui, Q.7
-
27
-
-
78650545848
-
-
Kaila, V. R.; Verkhovsky, M. V.; Wikström, M. Chem. Rev. 2010, 110, 7062-7081
-
(2010)
Chem. Rev.
, vol.110
, pp. 7062-7081
-
-
Kaila, V.R.1
Verkhovsky, M.V.2
Wikström, M.3
-
28
-
-
0041784950
-
-
MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wióorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586
-
(1998)
J. Phys. Chem. B
, vol.102
, pp. 3586
-
-
Mackerell Jr., A.D.1
Bashford, D.2
Bellott, M.3
Dunbrack Jr., R.L.4
Evanseck, J.D.5
Field, M.J.6
Fischer, S.7
Gao, J.8
Guo, H.9
Ha, S.10
Joseph-Mccarthy, D.11
Kuchnir, L.12
Kuczera, K.13
Lau, F.T.K.14
Mattos, C.15
Michnick, S.16
Ngo, T.17
Nguyen, D.T.18
Prodhom, B.19
Roux III, B.20
Roux, B.21
Schlenkrich, M.22
Smith, J.C.23
Stote, R.24
Straub, J.25
Watanabe, M.26
Wióorkiewicz-Kuczera, J.27
Yin, D.28
Karplus, M.29
more..
-
29
-
-
58149235077
-
-
Yang, Y.; Yu, H.; York, D.; Elstner, M.; Cui, Q. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 2067
-
(2008)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.4
, pp. 2067
-
-
Yang, Y.1
Yu, H.2
York, D.3
Elstner, M.4
Cui, Q.5
-
32
-
-
0001447932
-
-
Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Pople, J. A. Chem. Phys. Lett. 1993, 209, 506
-
(1993)
Chem. Phys. Lett.
, vol.209
, pp. 506
-
-
Gill, P.M.W.1
Johnson, B.G.2
Pople, J.A.3
-
33
-
-
19944408652
-
-
König, P.; Hoffmann, M.; Frauenheim, T.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 9082
-
(2005)
J. Phys. Chem. B
, vol.109
, pp. 9082
-
-
König, P.1
Hoffmann, M.2
Frauenheim, T.3
Cui, Q.4
-
35
-
-
0022964504
-
-
Klapper, I.; Hagstrom, R.; Fine, R.; Sharp, K.; Honig, B. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1986, 1, 47
-
(1986)
Proteins: Struct., Funct., Genet.
, vol.1
, pp. 47
-
-
Klapper, I.1
Hagstrom, R.2
Fine, R.3
Sharp, K.4
Honig, B.5
-
38
-
-
27944511812
-
-
Simmonett, A. C.; Gilbert, A. T. B.; Gill, P. M. W. Mol. Phys. 2005, 103, 2789
-
(2005)
Mol. Phys.
, vol.103
, pp. 2789
-
-
Simmonett, A.C.1
Gilbert, A.T.B.2
Gill, P.M.W.3
-
39
-
-
0035576329
-
-
Galperin, M. Y.; Hedrzejas, M. J. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2001, 45, 318
-
(2001)
Proteins: Struct., Funct., Bioinf.
, vol.45
, pp. 318
-
-
Galperin, M.Y.1
Hedrzejas, M.J.2
-
41
-
-
79960858431
-
-
Andrews, L. D.; Deng, H.; Herschlag, D. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 11621
-
(2011)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.133
, pp. 11621
-
-
Andrews, L.D.1
Deng, H.2
Herschlag, D.3
-
43
-
-
66549119306
-
-
Lopez-Canut, V.; Marti, S.; Bertran, J.; Moliner, V.; Tunon, I. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 7816
-
(2009)
J. Phys. Chem. B
, vol.113
, pp. 7816
-
-
Lopez-Canut, V.1
Marti, S.2
Bertran, J.3
Moliner, V.4
Tunon, I.5
-
44
-
-
41949085799
-
-
Sheppard, D.; Terrell, R.; Henkelman, G. J. Chem. Phys. 2008, 128, 134106
-
(2008)
J. Chem. Phys.
, vol.128
, pp. 134106
-
-
Sheppard, D.1
Terrell, R.2
Henkelman, G.3
-
45
-
-
47649087237
-
-
OBrien, P. J.; Lassila, J. K.; Fenn, T. D.; Zalatan, J. G.; Herschlag, D. Biochemistry 2008, 47, 7663
-
(2008)
Biochemistry
, vol.47
, pp. 7663
-
-
Obrien, P.J.1
Lassila, J.K.2
Fenn, T.D.3
Zalatan, J.G.4
Herschlag, D.5
-
46
-
-
84986492477
-
-
Besler, B. H.; Merz, K. M.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1990, 11, 431
-
(1990)
J. Comput. Chem.
, vol.11
, pp. 431
-
-
Besler, B.H.1
Merz, K.M.2
Kollman, P.A.3
-
48
-
-
79951494422
-
-
Ghysels, A.; Woodcock, H. L., III; Larkin, J. D.; Miller, B. T.; Shao, Y.; Kong, J.; Van Neck, D.; Van Speybroeck, V.; Waroquier, M.; Brooks, B. R. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 496
-
(2011)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.7
, pp. 496
-
-
Ghysels, A.1
Woodcock III, H.L.2
Larkin, J.D.3
Miller, B.T.4
Shao, Y.5
Kong, J.6
Van Neck, D.7
Van Speybroeck, V.8
Waroquier, M.9
Brooks, B.R.10
-
49
-
-
84855283093
-
-
Bobyr, E.; Lassila, J. K.; Wiersma-Koch, H. I.; Fenn, T. D.; Lee, J. J.; Nikolic-Hughes, I.; Hodgson, K. O.; Rees, D. C.; Hedman, B.; Herschlag, D. J. Mol. Biol. 2012, 415, 102
-
(2012)
J. Mol. Biol.
, vol.415
, pp. 102
-
-
Bobyr, E.1
Lassila, J.K.2
Wiersma-Koch, H.I.3
Fenn, T.D.4
Lee, J.J.5
Nikolic-Hughes, I.6
Hodgson, K.O.7
Rees, D.C.8
Hedman, B.9
Herschlag, D.10
-
50
-
-
33646356998
-
-
Riccardi, D.; Schaefer, P.; Yang, Y.; Yu, H.; Ghosh, N.; Prat-Resina, X.; Konig, P.; Li, G.; Xu, D.; Guo, H.; Elstner, M.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 6458-6469
-
(2006)
J. Phys. Chem. B
, vol.110
, pp. 6458-6469
-
-
Riccardi, D.1
Schaefer, P.2
Yang, Y.3
Yu, H.4
Ghosh, N.5
Prat-Resina, X.6
Konig, P.7
Li, G.8
Xu, D.9
Guo, H.10
Elstner, M.11
Cui, Q.12
-
51
-
-
39749169756
-
-
Riccardi, D.; Koenig, P.; Guo, H.; Cui, Q. Biochemistry 2008, 47, 2369-2378
-
(2008)
Biochemistry
, vol.47
, pp. 2369-2378
-
-
Riccardi, D.1
Koenig, P.2
Guo, H.3
Cui, Q.4
-
52
-
-
33748456949
-
-
Kato, M.; Pisliakov, A. V.; Warshel, A. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006, 64, 829-844
-
(2006)
Proteins: Struct., Funct., Bioinf.
, vol.64
, pp. 829-844
-
-
Kato, M.1
Pisliakov, A.V.2
Warshel, A.3
-
55
-
-
84893169025
-
-
Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347
-
(1993)
J. Comput. Chem.
, vol.14
, pp. 1347
-
-
Schmidt, M.W.1
Baldridge, K.K.2
Boatz, J.A.3
Elbert, S.T.4
Gordon, M.S.5
Jensen, J.H.6
Koseki, S.7
Matsunaga, N.8
Nguyen, K.A.9
Su, S.J.10
Windus, T.L.11
Dupuis, M.12
Montgomery, J.A.13
-
57
-
-
79958088797
-
-
Goyal, P.; Elstner, M.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 6790-6805
-
(2011)
J. Phys. Chem. B
, vol.115
, pp. 6790-6805
-
-
Goyal, P.1
Elstner, M.2
Cui, Q.3
|