-
2
-
-
7444244483
-
-
Frank, R. A. W.; Titman, C. M.; Pratap, J. V.; Luisi, B. F.; Perham, R. N. Science 2004, 306, 872-876.
-
(2004)
Science
, vol.306
, pp. 872-876
-
-
Frank, R.A.W.1
Titman, C.M.2
Pratap, J.V.3
Luisi, B.F.4
Perham, R.N.5
-
4
-
-
0034640331
-
-
Okamura, M.; Paddock, M.; Graige, M.; Feher, G. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1458, 148.
-
(2000)
Biochim. Biophys. Acta
, vol.1458
, pp. 148
-
-
Okamura, M.1
Paddock, M.2
Graige, M.3
Feher, G.4
-
8
-
-
7544235790
-
-
Kreuer, K.; Paddison, S. J.; Spohr, E.; Schuster, M. Chem. Rev. 2004, 104, 4637-4678.
-
(2004)
Chem. Rev.
, vol.104
, pp. 4637-4678
-
-
Kreuer, K.1
Paddison, S.J.2
Spohr, E.3
Schuster, M.4
-
21
-
-
0344418714
-
-
Sham, Y. Y.; Muegge, I.; Warshel, A. Proteins: Struct., Fund., Genet. 1999, 36, 484-500.
-
(1999)
Proteins: Struct., Fund., Genet.
, vol.36
, pp. 484-500
-
-
Sham, Y.Y.1
Muegge, I.2
Warshel, A.3
-
23
-
-
13444269025
-
-
Fisher, Z.; Hernandez Prada, J. A.; Tu, C.; Duda, D.; Yoshioka, C.; H., A.; Govindasamy, L.; Silverman, D. N.; McKenna, R. Biochemistry 2005, 44, 1097.
-
(2005)
Biochemistry
, vol.44
, pp. 1097
-
-
Fisher, Z.1
Hernandez Prada, J.A.2
Tu, C.3
Duda, D.4
Yoshioka, C.H.A.5
Govindasamy, L.6
Silverman, D.N.7
McKenna, R.8
-
25
-
-
12344266417
-
-
Braun-Sand, S.; Strajbl, M.; Warshel, A. Biophys. J. 2004, 87, 2221-2239.
-
(2004)
Biophys. J.
, vol.87
, pp. 2221-2239
-
-
Braun-Sand, S.1
Strajbl, M.2
Warshel, A.3
-
27
-
-
31544432989
-
-
submitted for publication
-
Xu, D.; Riccardi, D.; Ghosh, N.; Elstner, M.; Guo, H.; Cui, Q. J. Am. Chem. Soc., submitted for publication, 2005.
-
(2005)
J. Am. Chem. Soc.
-
-
Xu, D.1
Riccardi, D.2
Ghosh, N.3
Elstner, M.4
Guo, H.5
Cui, Q.6
-
28
-
-
0033577309
-
-
Toba, S.; Colombo, G.; Merz, K. M. J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2290-2302.
-
(1999)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.121
, pp. 2290-2302
-
-
Toba, S.1
Colombo, G.2
Merz, K.M.J.3
-
29
-
-
0032190415
-
-
Lu, D.; Voth, G. A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1998, 33, 119-134.
-
(1998)
Proteins: Struct., Funct., Genet.
, vol.33
, pp. 119-134
-
-
Lu, D.1
Voth, G.A.2
-
33
-
-
0033638375
-
-
Schumaker, M. F.; Pomès, R.; Roux, B. Biophys. J. 2000, 79, 2840.
-
(2000)
Biophys. J.
, vol.79
, pp. 2840
-
-
Schumaker, M.F.1
Pomès, R.2
Roux, B.3
-
34
-
-
7744225102
-
-
Bondar, A.; Fischer, S.; Smith, J. C.; Elstner, M.; Suhai, S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14668.
-
(2004)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.126
, pp. 14668
-
-
Bondar, A.1
Fischer, S.2
Smith, J.C.3
Elstner, M.4
Suhai, S.5
-
35
-
-
3142613053
-
-
Bondar, A.; Elstner, M.; Suhai, S.; Smith, J. C.; Fischer, S. Structure 2004, 12, 1281.
-
(2004)
Structure
, vol.12
, pp. 1281
-
-
Bondar, A.1
Elstner, M.2
Suhai, S.3
Smith, J.C.4
Fischer, S.5
-
36
-
-
1642493669
-
-
Chakrabarti, N.; Tajkhorshid, E.; Roux, B.; Pomès, R. Structure 2004, 12, 65.
-
(2004)
Structure
, vol.12
, pp. 65
-
-
Chakrabarti, N.1
Tajkhorshid, E.2
Roux, B.3
Pomès, R.4
-
38
-
-
4644308725
-
-
Chakrabarti, N.; Roux, B.; Pomès, R. J. Mol. Biol. 2004, 343, 493.
-
(2004)
J. Mol. Biol.
, vol.343
, pp. 493
-
-
Chakrabarti, N.1
Roux, B.2
Pomès, R.3
-
42
-
-
1942423697
-
-
Olkhova, E.; Huter, M. C.; Lill, M. A.; Helms, V.; Michel, H. Biophys. J. 2004, 86, 1873-1889.
-
(2004)
Biophys. J.
, vol.86
, pp. 1873-1889
-
-
Olkhova, E.1
Huter, M.C.2
Lill, M.A.3
Helms, V.4
Michel, H.5
-
43
-
-
0037726809
-
-
Wikstrom, M.; Verkhovsky, M. I.; Hummer, G. Biochim. Biophys. Acta 2003, 1604, 61-65.
-
(2003)
Biochim. Biophys. Acta
, vol.1604
, pp. 61-65
-
-
Wikstrom, M.1
Verkhovsky, M.I.2
Hummer, G.3
-
44
-
-
12344277810
-
-
Braun-Sand, S.; Burykin, A.; Chu, Z. T.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 583-592.
-
(2005)
J. Phys. Chem. B
, vol.109
, pp. 583-592
-
-
Braun-Sand, S.1
Burykin, A.2
Chu, Z.T.3
Warshel, A.4
-
51
-
-
0035249196
-
-
Im, W.; Berneche, S.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2924.
-
(2001)
J. Chem. Phys.
, vol.114
, pp. 2924
-
-
Im, W.1
Berneche, S.2
Roux, B.3
-
52
-
-
0035138648
-
-
Cui, Q.; Elstner, M.; Kaxiras, E.; Frauenheim, T.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 569.
-
(2001)
J. Phys. Chem. B
, vol.105
, pp. 569
-
-
Cui, Q.1
Elstner, M.2
Kaxiras, E.3
Frauenheim, T.4
Karplus, M.5
-
53
-
-
19944408652
-
-
König, P. H.; Hoffmann, M.; Frauenheim, T.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B, 109, 9082.
-
J. Phys. Chem. B
, vol.109
, pp. 9082
-
-
König, P.H.1
Hoffmann, M.2
Frauenheim, T.3
Cui, Q.4
-
54
-
-
0001582558
-
-
Zhang, Y.; Lee, T.; Yang, W. J. Chem. Phys. 1999, 110, 46.
-
(1999)
J. Chem. Phys.
, vol.110
, pp. 46
-
-
Zhang, Y.1
Lee, T.2
Yang, W.3
-
55
-
-
0000145441
-
-
Zhang, Y.; Liu, H.; Yang, W. J. Chem. Phys. 2000, 112, 3483.
-
(2000)
J. Chem. Phys.
, vol.112
, pp. 3483
-
-
Zhang, Y.1
Liu, H.2
Yang, W.3
-
56
-
-
0001664118
-
-
Murphy, R. B.; Philipp, D. M.; Friesner, R. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1442.
-
(2000)
J. Comput. Chem.
, vol.21
, pp. 1442
-
-
Murphy, R.B.1
Philipp, D.M.2
Friesner, R.A.3
-
58
-
-
0000411659
-
-
Gao, J.; Amara, P.; Alhambra, C.; Field, M. J. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 4714.
-
(1998)
J. Phys. Chem. A
, vol.102
, pp. 4714
-
-
Gao, J.1
Amara, P.2
Alhambra, C.3
Field, M.J.4
-
59
-
-
1542779956
-
-
Elstner, M.; Porezag, D.; Jungnickel, G.; Eisner, J.; Haugk, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Seifert, G. Phys. Rev. B 1998, 58, 7260.
-
(1998)
Phys. Rev. B
, vol.58
, pp. 7260
-
-
Elstner, M.1
Porezag, D.2
Jungnickel, G.3
Eisner, J.4
Haugk, M.5
Frauenheim, T.6
Suhai, S.7
Seifert, G.8
-
60
-
-
0242558240
-
-
Elstner, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S. THEOCHEM 2003, 632, 29.
-
(2003)
THEOCHEM
, vol.632
, pp. 29
-
-
Elstner, M.1
Frauenheim, T.2
Suhai, S.3
-
61
-
-
0141566583
-
-
Elstner, M.; Cui, Q.; Munih, P.; Kaxiras, E.; Frauenheim, T.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2003, 24, 565.
-
(2003)
J. Comput. Chem.
, vol.24
, pp. 565
-
-
Elstner, M.1
Cui, Q.2
Munih, P.3
Kaxiras, E.4
Frauenheim, T.5
Karplus, M.6
-
62
-
-
0346668338
-
-
Zhang, X.; Harrison, D. H. T.; Cui, Q. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14871.
-
(2002)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.124
, pp. 14871
-
-
Zhang, X.1
Harrison, D.H.T.2
Cui, Q.3
-
63
-
-
0041734330
-
-
Formaneck, M. S.; Li, G.; Zhang, X.; Cui, Q. J. Theor. Comput. Chem. 2002, 1, 53.
-
(2002)
J. Theor. Comput. Chem.
, vol.1
, pp. 53
-
-
Formaneck, M.S.1
Li, G.2
Zhang, X.3
Cui, Q.4
-
64
-
-
0037076062
-
-
Cui, Q.; Elstner, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 2721.
-
(2002)
J. Phys. Chem. B
, vol.106
, pp. 2721
-
-
Cui, Q.1
Elstner, M.2
Karplus, M.3
-
66
-
-
0041786771
-
-
Li, G.; Zhang, X.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 8643.
-
(2003)
J. Phys. Chem. B
, vol.107
, pp. 8643
-
-
Li, G.1
Zhang, X.2
Cui, Q.3
-
68
-
-
0035863003
-
-
Elstner, M.; Jalkanen, K. J.; Knapp-Mohammady, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S. Chem. Phys. 2001, 263, 203-219.
-
(2001)
Chem. Phys.
, vol.263
, pp. 203-219
-
-
Elstner, M.1
Jalkanen, K.J.2
Knapp-Mohammady, M.3
Frauenheim, T.4
Suhai, S.5
-
69
-
-
0034656826
-
-
Elstner, M.; Jalkanen, K. J.; Knapp-Mohammady, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S. Chem. Phys. 2000, 256, 15-27.
-
(2000)
Chem. Phys.
, vol.256
, pp. 15-27
-
-
Elstner, M.1
Jalkanen, K.J.2
Knapp-Mohammady, M.3
Frauenheim, T.4
Suhai, S.5
-
70
-
-
0037441479
-
-
Hu, H.; Elstner, M.; Hermans, J. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2003, 50, 451-463.
-
(2003)
Proteins: Struct., Funct., Genet.
, vol.50
, pp. 451-463
-
-
Hu, H.1
Elstner, M.2
Hermans, J.3
-
71
-
-
0035138648
-
-
Cui, Q.; Elstner, M.; Kaxiras, E.; Frauenheim, T.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 569.
-
(2001)
J. Phys. Chem. B
, vol.105
, pp. 569
-
-
Cui, Q.1
Elstner, M.2
Kaxiras, E.3
Frauenheim, T.4
Karplus, M.5
-
73
-
-
0036424048
-
-
Bolhuis, P. G.; Chandler, D.; Dellago, C.; Geissler, P. L. Annu. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 291.
-
(2002)
Annu. Rev. Phys. Chem.
, vol.53
, pp. 291
-
-
Bolhuis, P.G.1
Chandler, D.2
Dellago, C.3
Geissler, P.L.4
-
78
-
-
1042288181
-
-
Nam, K.; Prat-Resina, X.; Garcia-Viloca, M.; Devi-Kesavan, L. S.; Gao, J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1369-1376.
-
(2004)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.126
, pp. 1369-1376
-
-
Nam, K.1
Prat-Resina, X.2
Garcia-Viloca, M.3
Devi-Kesavan, L.S.4
Gao, J.5
-
79
-
-
0033580290
-
-
Marx, D.; Tuckerman, M. E.; Hutter, J.; Parrinello, M. Nature 1999, 397, 601.
-
(1999)
Nature
, vol.397
, pp. 601
-
-
Marx, D.1
Tuckerman, M.E.2
Hutter, J.3
Parrinello, M.4
-
83
-
-
34548059996
-
-
Schaefer, P.; Riccardi, D.; Cui, Q. J. Chem. Phys., 123, 014905.
-
J. Chem. Phys.
, vol.123
, pp. 014905
-
-
Schaefer, P.1
Riccardi, D.2
Cui, Q.3
-
84
-
-
19944369519
-
-
Nam, K.; Gao, J.; York, D. M. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 2-13.
-
(2005)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.1
, pp. 2-13
-
-
Nam, K.1
Gao, J.2
York, D.M.3
-
87
-
-
0343005873
-
-
Weber, W.; Hunenberger, P. H.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 3668-3675.
-
(2000)
J. Phys. Chem. B
, vol.104
, pp. 3668-3675
-
-
Weber, W.1
Hunenberger, P.H.2
McCammon, J.A.3
-
91
-
-
0024421430
-
-
Tu, C.; Silverman, D. N.; Forsman, C.; Jonsson, B.-H.; Lindskog, S. Biochemistry 1989, 28, 7913.
-
(1989)
Biochemistry
, vol.28
, pp. 7913
-
-
Tu, C.1
Silverman, D.N.2
Forsman, C.3
Jonsson, B.-H.4
Lindskog, S.5
-
92
-
-
0024218271
-
-
Eriksson, A. E.; Jones, T. A.; Liljas, A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1988, 4, 274.
-
(1988)
Proteins: Struct., Funct., Genet.
, vol.4
, pp. 274
-
-
Eriksson, A.E.1
Jones, T.A.2
Liljas, A.3
-
94
-
-
0041784950
-
-
MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Quo, H.; Ha, S.; Joseph McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
-
(1998)
J. Phys. Chem. B
, vol.102
, pp. 3586
-
-
MacKerell, A.D.1
Bashford, D.2
Bellott, M.3
Dunbrack, R.L.4
Evanseck, J.D.5
Field, M.J.6
Fischer, S.7
Gao, J.8
Quo, H.9
Ha, S.10
Joseph McCarthy, D.11
Kuchnir, L.12
Kuczera, K.13
Lau, F.T.K.14
Mattos, C.15
Michnick, S.16
Ngo, T.17
Nguyen, D.T.18
Prodhom, B.19
Reiher III, W.E.20
Roux, B.21
Schlenkrich, M.22
Smith, J.C.23
Stote, R.24
Straub, J.25
Watanabe, M.26
Wiorkiewicz-Kuczera, J.27
Yin, D.28
Karplus, M.29
more..
-
97
-
-
0032853219
-
-
Borgnia, M.; Nielsen, S.; Engel, A.; Agre, P. Annu. Rev. Biochem. 1999, 68, 425,
-
(1999)
Annu. Rev. Biochem.
, vol.68
, pp. 425
-
-
Borgnia, M.1
Nielsen, S.2
Engel, A.3
Agre, P.4
-
98
-
-
0037134267
-
-
Tajkhorshid, E.; Nollert, P.; Jensen, M. O.; Miercke, L. J. W.; O'Connell, J.; Stroud, R. M.; Schulten, K. Science 2002, 296, 525.
-
(2002)
Science
, vol.296
, pp. 525
-
-
Tajkhorshid, E.1
Nollert, P.2
Jensen, M.O.3
Miercke, L.J.W.4
O'Connell, J.5
Stroud, R.M.6
Schulten, K.7
-
100
-
-
0141534474
-
-
de Groot, B. L.; Frigato, T.; Helms, V.; Grubmüller, H. J. Mol. Biol. 2003, 333, 279.
-
(2003)
J. Mol. Biol.
, vol.333
, pp. 279
-
-
De Groot, B.L.1
Frigato, T.2
Helms, V.3
Grubmüller, H.4
-
101
-
-
0242269040
-
-
Jensen, M. O.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K. Biophys. J. 2003, 85, 2884.
-
(2003)
Biophys. J.
, vol.85
, pp. 2884
-
-
Jensen, M.O.1
Tajkhorshid, E.2
Schulten, K.3
-
102
-
-
0032096837
-
-
Im, W.; Beglov, D.; Roux, B. Comput. Phys. Commun. 1998, 111, 59-75.
-
(1998)
Comput. Phys. Commun.
, vol.111
, pp. 59-75
-
-
Im, W.1
Beglov, D.2
Roux, B.3
-
103
-
-
7044249333
-
-
Woo, H. J.; Dinner, A. R.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2004, 121, 6392-6400.
-
(2004)
J. Chem. Phys.
, vol.121
, pp. 6392-6400
-
-
Woo, H.J.1
Dinner, A.R.2
Roux, B.3
-
105
-
-
0023060081
-
-
Warshel, A.; Sussman, F.; King, G. Biochemistry 1986, 25, 8368-8372.
-
(1986)
Biochemistry
, vol.25
, pp. 8368-8372
-
-
Warshel, A.1
Sussman, F.2
King, G.3
-
106
-
-
0042430573
-
-
Stroud, R. M.; Miercke, L. J. W.; O'Connell, J.; Khademi, S.; Lee, J. K.; Remis, J.; Harries, W.; Robles, Y.; Akhavan, D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 424.
-
(2003)
Curr. Opin. Struct. Biol.
, vol.13
, pp. 424
-
-
Stroud, R.M.1
Miercke, L.J.W.2
O'Connell, J.3
Khademi, S.4
Lee, J.K.5
Remis, J.6
Harries, W.7
Robles, Y.8
Akhavan, D.9
-
107
-
-
1842583051
-
-
Ilan, B.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K.; Voth, G. A. Proteins 2004, 55, 223.
-
(2004)
Proteins
, vol.55
, pp. 223
-
-
Ilan, B.1
Tajkhorshid, E.2
Schulten, K.3
Voth, G.A.4
-
109
-
-
0031167555
-
-
Nina, M.; Beglov, D.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 5239.
-
(1997)
J. Phys. Chem. B
, vol.101
, pp. 5239
-
-
Nina, M.1
Beglov, D.2
Roux, B.3
-
110
-
-
0000012952
-
-
Stote, R. H.; States, D. J.; Karplus, M. J. Chim. Phys. 1991, 88, 2419-2433.
-
(1991)
J. Chim. Phys.
, vol.88
, pp. 2419-2433
-
-
Stote, R.H.1
States, D.J.2
Karplus, M.3
-
111
-
-
10844222975
-
-
Lu, D.; Li, Y.; Rotkin, S. V.; Ravaioli, U.; Schulten, K. Nano Lett. 2004, 4, 2383.
-
(2004)
Nano Lett.
, vol.4
, pp. 2383
-
-
Lu, D.1
Li, Y.2
Rotkin, S.V.3
Ravaioli, U.4
Schulten, K.5
-
112
-
-
0027145628
-
-
Smart, O. S.; Goodfellow, J. M.; Wallace, B. A. Biophys. J. 2003, 65, 2455-60.
-
(2003)
Biophys. J.
, vol.65
, pp. 2455-2460
-
-
Smart, O.S.1
Goodfellow, J.M.2
Wallace, B.A.3
-
113
-
-
0035829539
-
-
Hummer, G.; Rasaiah, J. C.; Noworyta, J. P. Nature 2001, 414, 188-190.
-
(2001)
Nature
, vol.414
, pp. 188-190
-
-
Hummer, G.1
Rasaiah, J.C.2
Noworyta, J.P.3
-
115
-
-
0037152843
-
-
Allen, R.; Melchionna, S.; Hansen, J. P. Phys. Rev. Lett. 2002, 89, 175502-1-175502-4.
-
(2002)
Phys. Rev. Lett.
, vol.89
, pp. 1755021-1755024
-
-
Allen, R.1
Melchionna, S.2
Hansen, J.P.3
|