-
3
-
-
0037780207
-
-
Schmidt, D. M. Z.; Mundorff, E. C.; Dojka, M.; Bermudez, E.; Ness, J. E.; Govindarajan, S.; Babbitt, P. C.; Minshull, J.; Gerlt, J. A. Biochemistry 2003, 42, 8387-8393
-
(2003)
Biochemistry
, vol.42
, pp. 8387-8393
-
-
Schmidt, D.M.Z.1
Mundorff, E.C.2
Dojka, M.3
Bermudez, E.4
Ness, J.E.5
Govindarajan, S.6
Babbitt, P.C.7
Minshull, J.8
Gerlt, J.A.9
-
7
-
-
11244281311
-
-
Aharoni, A.; Gaidukov, L.; Khersonsky, O.; Gould, S. M.; Roodveldt, C.; Tawfik, D. S. Nat. Genet. 2005, 37, 73-76
-
(2005)
Nat. Genet.
, vol.37
, pp. 73-76
-
-
Aharoni, A.1
Gaidukov, L.2
Khersonsky, O.3
Gould, S.M.4
Roodveldt, C.5
Tawfik, D.S.6
-
8
-
-
33748525883
-
-
Khersonsky, O.; Roodveldt, C.; Tawfik, D. S. Curr. Opin. Chem. Biol. 2006, 10, 498-508
-
(2006)
Curr. Opin. Chem. Biol.
, vol.10
, pp. 498-508
-
-
Khersonsky, O.1
Roodveldt, C.2
Tawfik, D.S.3
-
12
-
-
77649239492
-
-
van Loo, B.; Jonas, S.; Babtie, A. C.; Benjdia, A.; Berteau, O.; Hyvönen, M.; Hollfelder, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 2740-2745
-
(2010)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.107
, pp. 2740-2745
-
-
Van Loo, B.1
Jonas, S.2
Babtie, A.C.3
Benjdia, A.4
Berteau, O.5
Hyvönen, M.6
Hollfelder, F.7
-
13
-
-
0038286174
-
-
Lad, C.; Williams, N. H.; Wolfenden, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 5607-5610
-
(2003)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.100
, pp. 5607-5610
-
-
Lad, C.1
Williams, N.H.2
Wolfenden, R.3
-
14
-
-
56949087215
-
-
Zalatan, J.; Fenn, A.; Herschlag, D. J. Mol. Biol. 2008, 384, 1174-1189
-
(2008)
J. Mol. Biol.
, vol.384
, pp. 1174-1189
-
-
Zalatan, J.1
Fenn, A.2
Herschlag, D.3
-
16
-
-
33747517236
-
-
Zalatan, J.; Fenn, T.; Brunger, A.; Herschlag, D. Biochemistry 2006, 45, 9788-9803
-
(2006)
Biochemistry
, vol.45
, pp. 9788-9803
-
-
Zalatan, J.1
Fenn, T.2
Brunger, A.3
Herschlag, D.4
-
17
-
-
0034705337
-
-
Stec, B.; Holtz, K.; Kantrowitz, E. J. Mol. Biol. 2000, 299, 1303-1311
-
(2000)
J. Mol. Biol.
, vol.299
, pp. 1303-1311
-
-
Stec, B.1
Holtz, K.2
Kantrowitz, E.3
-
18
-
-
79959432785
-
-
Lassila, J. K.; Zalatan, J. G.; Herschlag, D. Annu. Rev. Biochem. 2011, 80, 669-702
-
(2011)
Annu. Rev. Biochem.
, vol.80
, pp. 669-702
-
-
Lassila, J.K.1
Zalatan, J.G.2
Herschlag, D.3
-
21
-
-
4644314829
-
-
Nikolic-Hughes, I.; Rees, D.; Herschlag, D. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11814-11819
-
(2004)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.126
, pp. 11814-11819
-
-
Nikolic-Hughes, I.1
Rees, D.2
Herschlag, D.3
-
23
-
-
34547805718
-
-
Zalatan, J.; Catrina, I.; Mitchell, R.; Grzyska, P.; O'Brien, P.; Herschlag, D. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 9789-9798
-
(2007)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.129
, pp. 9789-9798
-
-
Zalatan, J.1
Catrina, I.2
Mitchell, R.3
Grzyska, P.4
O'brien, P.5
Herschlag, D.6
-
24
-
-
66549119306
-
-
López-Canut, V.; Marti, S.; Bertrán, J.; Moliner, V.; Tuñón, I. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 7816-7824
-
(2009)
J. Phys. Chem. B
, vol.113
, pp. 7816-7824
-
-
López-Canut, V.1
Marti, S.2
Bertrán, J.3
Moliner, V.4
Tuñón, I.5
-
25
-
-
77952571528
-
-
López-Canut, V.; Roca, M.; Bertrán, J.; Moliner, V.; Tuñón, I. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 6955-6963
-
(2010)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.132
, pp. 6955-6963
-
-
López-Canut, V.1
Roca, M.2
Bertrán, J.3
Moliner, V.4
Tuñón, I.5
-
26
-
-
79961136627
-
-
López-Canut, V.; Roca, M.; Bertrán, J.; Moliner, V.; Tuñón, I. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 12050-12062
-
(2011)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.133
, pp. 12050-12062
-
-
López-Canut, V.1
Roca, M.2
Bertrán, J.3
Moliner, V.4
Tuñón, I.5
-
27
-
-
34547625687
-
-
Nam, K.; Cui, Q.; Gao, J.; York, D. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 486-504
-
(2007)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.3
, pp. 486-504
-
-
Nam, K.1
Cui, Q.2
Gao, J.3
York, D.4
-
28
-
-
41149118457
-
-
Rosta, E.; Kamerlin, S. C. L.; Warshel, A. Biochemistry 2008, 47, 3725-3735
-
(2008)
Biochemistry
, vol.47
, pp. 3725-3735
-
-
Rosta, E.1
Kamerlin, S.C.L.2
Warshel, A.3
-
29
-
-
53849112669
-
-
McWhirter, C.; Lund, E. A.; Tanifum, E. A.; Feng, G.; Sheikh, Q. I.; Hengge, A. C.; Williams, N. H. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 13673-13682
-
(2008)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.130
, pp. 13673-13682
-
-
McWhirter, C.1
Lund, E.A.2
Tanifum, E.A.3
Feng, G.4
Sheikh, Q.I.5
Hengge, A.C.6
Williams, N.H.7
-
30
-
-
47649087237
-
-
O'Brien, P.; Lassila, J.; Fenn, T.; Zalatan, J.; Herschlag, D. Biochemistry 2008, 47, 7663-7672
-
(2008)
Biochemistry
, vol.47
, pp. 7663-7672
-
-
O'brien, P.1
Lassila, J.2
Fenn, T.3
Zalatan, J.4
Herschlag, D.5
-
31
-
-
84855682901
-
-
in press
-
Bobyr, E.; Lassila, J. K.; Wiersma-Koch, H. I.; Fenn, T. D.; Lee, J. J.; Nikolic-Hughes, I.; Hodgson, K. O.; Rees, D. C.; Hedman, B.; Herschlag, D. J. Mol. Biol. 2011, in press.
-
(2011)
J. Mol. Biol.
-
-
Bobyr, E.1
Lassila, J.K.2
Wiersma-Koch, H.I.3
Fenn, T.D.4
Lee, J.J.5
Nikolic-Hughes, I.6
Hodgson, K.O.7
Rees, D.C.8
Hedman, B.9
Herschlag, D.10
-
32
-
-
1542779956
-
-
Elstner, M.; Porezag, D.; Jungnickel, G.; Elsner, J.; Haugk, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Seifert, G. Phys. Rev. B 1998, 58, 7260-7268
-
(1998)
Phys. Rev. B
, vol.58
, pp. 7260-7268
-
-
Elstner, M.1
Porezag, D.2
Jungnickel, G.3
Elsner, J.4
Haugk, M.5
Frauenheim, T.6
Suhai, S.7
Seifert, G.8
-
34
-
-
18644365762
-
-
Kruger, T.; Elstner, M.; Schiffels, P.; Frauenheim, T. J. Chem. Phys. 2005, 122, 114110
-
(2005)
J. Chem. Phys.
, vol.122
, pp. 114110
-
-
Kruger, T.1
Elstner, M.2
Schiffels, P.3
Frauenheim, T.4
-
35
-
-
33846700979
-
-
Sattelmeyer, K. W.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 13551-13559
-
(2006)
J. Phys. Chem. A
, vol.110
, pp. 13551-13559
-
-
Sattelmeyer, K.W.1
Tirado-Rives, J.2
Jorgensen, W.3
-
36
-
-
34547428921
-
-
Otte, N.; Scholten, M.; Thiel, W. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5751-5755
-
(2007)
Phys. Chem. A
, vol.111
, pp. 5751-5755
-
-
Otte, N.1
Scholten, M.2
Thiel, W.J.3
-
37
-
-
58149235077
-
-
Yang, Y.; Yu, H.; York, D.; Elstner, M.; Cui, Q. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 2067-2084
-
(2008)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.4
, pp. 2067-2084
-
-
Yang, Y.1
Yu, H.2
York, D.3
Elstner, M.4
Cui, Q.5
-
38
-
-
48749103219
-
-
Yang, Y.; Yu, H.; Cui, Q. J. Mol. Biol. 2008, 381, 1407-1420
-
(2008)
Mol. Biol.
, vol.381
, pp. 1407-1420
-
-
Yang, Y.1
Yu, H.2
Cui, Q.J.3
-
41
-
-
77955584390
-
-
Hou, G. H.; Zhu, X.; Cui, Q. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2303-2314
-
(2010)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.6
, pp. 2303-2314
-
-
Hou, G.H.1
Zhu, X.2
Cui, Q.3
-
42
-
-
84962345519
-
-
Kelly, C. P.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 1133-1152
-
(2005)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.1
, pp. 1133-1152
-
-
Kelly, C.P.1
Cramer, C.J.2
Truhlar, D.G.3
-
49
-
-
54249084848
-
-
Jonas, S.; van Loo, B.; Hyvönen, M.; Hollfelder, F. J. Mol. Biol. 2008, 384, 120-136
-
(2008)
J. Mol. Biol.
, vol.384
, pp. 120-136
-
-
Jonas, S.1
Van Loo, B.2
Hyvönen, M.3
Hollfelder, F.4
-
50
-
-
0034622591
-
-
Holtz, K. M.; Catrina, I. E.; Hengge, A. C.; Kantrowitz, E. R. Biochemistry 2000, 39, 9451-9458
-
(2000)
Biochemistry
, vol.39
, pp. 9451-9458
-
-
Holtz, K.M.1
Catrina, I.E.2
Hengge, A.C.3
Kantrowitz, E.R.4
-
51
-
-
0024250301
-
-
Brunger, A.; Karplus, M. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1988, 4, 148-156
-
(1988)
Proteins: Struct., Funct., Genet.
, vol.4
, pp. 148-156
-
-
Brunger, A.1
Karplus, M.2
-
52
-
-
84986512474
-
-
Boorks, B.; Bruccoleri, R.; Olafson, B.; States, D.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217
-
(1983)
J. Comput. Chem.
, vol.4
, pp. 187-217
-
-
Boorks, B.1
Bruccoleri, R.2
Olafson, B.3
States, D.4
Swaminathan, S.5
Karplus, M.6
-
55
-
-
0004016501
-
-
Jorgensen, W.; Chandrasekhar, J.; Madura, J.; Impey, R.; Klein, M. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
-
(1983)
J. Chem. Phys.
, vol.79
, pp. 926-935
-
-
Jorgensen, W.1
Chandrasekhar, J.2
Madura, J.3
Impey, R.4
Klein, M.5
-
56
-
-
19944408652
-
-
Konig, P.; Hoffmann, M.; Frauenheim, T.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 9082-9095
-
(2005)
J. Phys. Chem. B
, vol.109
, pp. 9082-9095
-
-
Konig, P.1
Hoffmann, M.2
Frauenheim, T.3
Cui, Q.4
-
58
-
-
0035249196
-
-
Im, W.; Bernffeche, S.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2924-2937
-
(2001)
J. Chem. Phys.
, vol.114
, pp. 2924-2937
-
-
Im, W.1
Bernffeche, S.2
Roux, B.3
-
59
-
-
34548059996
-
-
Schaefer, P.; Riccardi, D.; Cui, Q. J. Chem. Phys. 2005, 123, 014905
-
(2005)
J. Chem. Phys.
, vol.123
, pp. 014905
-
-
Schaefer, P.1
Riccardi, D.2
Cui, Q.3
-
61
-
-
33646940952
-
-
Rychaert, J.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
-
(1977)
J. Comput. Phys.
, vol.23
, pp. 327-341
-
-
Rychaert, J.1
Ciccotti, G.2
Berendsen, H.3
-
62
-
-
0031167555
-
-
Nina, M.; Beglov, D.; Roux, D. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 5239-5248
-
(1997)
J. Phys. Chem. B
, vol.101
, pp. 5239-5248
-
-
Nina, M.1
Beglov, D.2
Roux, D.3
-
63
-
-
0032968444
-
-
Nina, M.; Im, W.; Roux, D. Biophys. Chem. 1999, 78, 89-96
-
(1999)
Biophys. Chem.
, vol.78
, pp. 89-96
-
-
Nina, M.1
Im, W.2
Roux, D.3
-
67
-
-
0345491105
-
-
Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789
-
(1988)
Phys. Rev. B
, vol.37
, pp. 785-789
-
-
Lee, C.1
Yang, W.2
Parr, R.3
-
68
-
-
36549091806
-
-
Petersson, G.; Bennett, A.; Tensfeldt, T.; Allaham, M.; Shirley, W.; Mantzaris, J. J. Chem. Phys. 1988, 89, 2193-2218
-
(1988)
J. Chem. Phys.
, vol.89
, pp. 2193-2218
-
-
Petersson, G.1
Bennett, A.2
Tensfeldt, T.3
Allaham, M.4
Shirley, W.5
Mantzaris, J.6
-
72
-
-
84986519238
-
-
Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021
-
(1992)
J. Comput. Chem.
, vol.13
, pp. 1011-1021
-
-
Kumar, S.1
Bouzida, D.2
Swendsen, R.H.3
Kollman, P.A.4
Rosenberg, J.M.5
-
73
-
-
25844473576
-
-
Riccardi, D.; Schaefer, P.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 17715-17733
-
(2005)
J. Phys. Chem. B
, vol.109
, pp. 17715-17733
-
-
Riccardi, D.1
Schaefer, P.2
Cui, Q.3
-
74
-
-
0001754862
-
-
Hengge, A. C.; Tobin, A. E.; Cleland, W. W. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5919-5926
-
(1995)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.117
, pp. 5919-5926
-
-
Hengge, A.C.1
Tobin, A.E.2
Cleland, W.W.3
-
75
-
-
0037130636
-
-
Harris, M. E.; Cassano, A. G.; Anderson, V. E. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 10964-10965
-
(2002)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.124
, pp. 10964-10965
-
-
Harris, M.E.1
Cassano, A.G.2
Anderson, V.E.3
-
76
-
-
65249102764
-
-
Tunon, I.; Lopez-Canut, V.; Ruiz-Pernia, J.; Ferrer, S.; Moliner, V. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 439-442
-
(2009)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.5
, pp. 439-442
-
-
Tunon, I.1
Lopez-Canut, V.2
Ruiz-Pernia, J.3
Ferrer, S.4
Moliner, V.5
-
77
-
-
79954547473
-
-
Gaus, M.; Cui, Q.; Elstner, M. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 931-948
-
(2011)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.7
, pp. 931-948
-
-
Gaus, M.1
Cui, Q.2
Elstner, M.3
-
78
-
-
70350430420
-
-
Gaus, M.; Chou, C. P.; Witek, H.; Elstner, M. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 11866-11881
-
(2009)
J. Phys. Chem. A
, vol.113
, pp. 11866-11881
-
-
Gaus, M.1
Chou, C.P.2
Witek, H.3
Elstner, M.4
-
79
-
-
0033605749
-
-
Holtz, K. M.; Stec, B.; Kantrowitz, E. R. J. Biol. Chem. 1999, 274, 8351-8354
-
(1999)
J. Biol. Chem.
, vol.274
, pp. 8351-8354
-
-
Holtz, K.M.1
Stec, B.2
Kantrowitz, E.R.3
-
82
-
-
0037115887
-
-
Das, D.; Eurenius, K. P.; Billings, E. M.; Sherwood, P.; Chatffeld, D. C.; Hodoscek, M.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 2002, 117, 10534-10547
-
(2002)
J. Chem. Phys.
, vol.117
, pp. 10534-10547
-
-
Das, D.1
Eurenius, K.P.2
Billings, E.M.3
Sherwood, P.4
Chatffeld, D.C.5
Hodoscek, M.6
Brooks, B.R.7
-
83
-
-
33748584863
-
-
Gao, J. L.; Ma, S. H.; Major, D. T.; Nam, K.; Pu, J. Z.; Truhlar, D. G. Chem. Rev. 2006, 106, 3188-3209
-
(2006)
Chem. Rev.
, vol.106
, pp. 3188-3209
-
-
Gao, J.L.1
Ma, S.H.2
Major, D.T.3
Nam, K.4
Pu, J.Z.5
Truhlar, D.G.6
-
84
-
-
60349127442
-
-
Senn, H. M.; Thiel, W. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 1198-1229
-
(2009)
Angew. Chem., Int. Ed.
, vol.48
, pp. 1198-1229
-
-
Senn, H.M.1
Thiel, W.2
-
87
-
-
0029837557
-
-
Strater, N.; Lipscomb, W. N.; Klabunde, T.; Krebs, B. Angew. Chem., Int. Ed. 1996, 35, 2024-2055
-
(1996)
Angew. Chem., Int. Ed.
, vol.35
, pp. 2024-2055
-
-
Strater, N.1
Lipscomb, W.N.2
Klabunde, T.3
Krebs, B.4
-
89
-
-
0033618556
-
-
Tesmer, J. J. G.; Sunahara, R. K.; Johnson, R. A.; Gosselin, G.; Gilman, A. G.; Sprang, S. R. Science 1999, 285, 756-760
-
(1999)
Science
, vol.285
, pp. 756-760
-
-
Tesmer, J.J.G.1
Sunahara, R.K.2
Johnson, R.A.3
Gosselin, G.4
Gilman, A.G.5
Sprang, S.R.6
-
91
-
-
21644470988
-
-
Nikolic-Hughes, I.; O'Brien, P.; Herschlag, D. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 9314-9315
-
(2005)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.127
, pp. 9314-9315
-
-
Nikolic-Hughes, I.1
O'brien, P.2
Herschlag, D.3
-
92
-
-
79952270966
-
-
Gao, H.; Ke, Z.; DeYonker, N. J.; Wang, J.; Xu, H.; Mao, Z.; Phillips, D. L.; Zhao, C. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 2904-2915
-
(2011)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.133
, pp. 2904-2915
-
-
Gao, H.1
Ke, Z.2
Deyonker, N.J.3
Wang, J.4
Xu, H.5
Mao, Z.6
Phillips, D.L.7
Zhao, C.8
-
94
-
-
33845458652
-
-
Hermann, J. C.; Ghanem, E.; Li, Y.; Raushel, F. M.; Irwin, J. J.; Shoichet, B. K. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15882-15891
-
(2006)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.128
, pp. 15882-15891
-
-
Hermann, J.C.1
Ghanem, E.2
Li, Y.3
Raushel, F.M.4
Irwin, J.J.5
Shoichet, B.K.6
-
95
-
-
34547939672
-
-
Hermann, J. C.; Marti-Arbona, R.; Fedorov, A. A.; Fedorov, E.; Almo, S. C.; Shoichet, B. K.; Raushel, F. M. Nature 2007, 448, 775-779
-
(2007)
Nature
, vol.448
, pp. 775-779
-
-
Hermann, J.C.1
Marti-Arbona, R.2
Fedorov, A.A.3
Fedorov, E.4
Almo, S.C.5
Shoichet, B.K.6
Raushel, F.M.7
-
96
-
-
34250872269
-
-
Toscano, M. D.; Woycechowsky, K. J.; Hilvert, D. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 3212-3236
-
(2007)
Angew. Chem., Int. Ed.
, vol.46
, pp. 3212-3236
-
-
Toscano, M.D.1
Woycechowsky, K.J.2
Hilvert, D.3
-
97
-
-
40449116114
-
-
Jiang, L.; Althoff, E. A.; Clemente, F. R.; Doyle, L.; Rothlisberger, D.; Zanghellini, A.; Gallaher, J. L.; Betker, J. L.; Tanaka, F.; Barbas, C. F.; Hilvert, D.; Houk, K. N.; Stoddard, B. L.; Baker, D. Science 2008, 319, 1387-1391
-
(2008)
Science
, vol.319
, pp. 1387-1391
-
-
Jiang, L.1
Althoff, E.A.2
Clemente, F.R.3
Doyle, L.4
Rothlisberger, D.5
Zanghellini, A.6
Gallaher, J.L.7
Betker, J.L.8
Tanaka, F.9
Barbas, C.F.10
Hilvert, D.11
Houk, K.N.12
Stoddard, B.L.13
Baker, D.14
-
98
-
-
33750985304
-
-
Fujio, M.; Mciver, R. T.; Taft, R. W. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 4017-4029
-
(1981)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.103
, pp. 4017-4029
-
-
Fujio, M.1
McIver, R.T.2
Taft, R.W.3
|