Molecular dynamics simulation of autotaxin: Roles of the nuclease-like domain and the glycan modification

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 39, 2012, Pages 11798-11808

  Koyama, Michio ^a   Nishimasu, Hiroshi ^a   Ishitani, Ryuichiro ^a,b   Nureki, Osamu ^a  

^a UNIVERSITY OF TOKYO   (Japan)

^b RIKEN   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CATALYST ACTIVITY; PHOSPHOLIPIDS;

BIOCHEMICAL EXPERIMENTS; CATALYTIC DOMAINS; CELLULAR RESPONSE; G PROTEIN COUPLED RECEPTORS; LIPID MEDIATORS; LYSOPHOSPHATIDIC ACID; LYSOPHOSPHOLIPASE D; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; N-GLYCOSYLATION; THREONINE RESIDUES;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 84867067667     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp303198u     Document Type: Article

References (39)

1. Umezu-Goto, M.; Kishi, Y.; Taira, A.; Hama, K.; Dohmae, N.; Takio, K.; Yamori, T.; Mills, G. B.; Inoue, K.; Aoki, J. J. Cell Biol. 2002, 158, 227-233
2. Tokumura, A.; Majima, E.; Kariya, Y.; Tominaga, K.; Kogure, K.; Yasuda, K.; Fukuzawa, K. J. Biol. Chem. 2002, 277, 39436-39442
3. Noguchi, K.; Herr, D.; Mutoh, T.; Chun, J. Curr. Opin. Pharmacol. 2009, 9, 15-23
4. Moolenaar, W. H.; van Meeteren, L. A.; Giepmans, B. N. G. BioEssays 2004, 26, 870-881
5. Contos, J. J. A.; Fukushima, N.; Weiner, J. A.; Kaushal, D.; Chun, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 13384-13389
6. Tanaka, M.; Okudaira, S.; Kishi, Y.; Ohkawa, R.; Iseki, S.; Ota, M.; Noji, S.; Yatomi, Y.; Aoki, J.; Arai, H. J. Biol. Chem. 2006, 281, 25822-25830
7. van Meeteren, L. A.; Ruurs, P.; Stortelers, C.; Bouwman, P.; van Rooijen, M. A.; Pradère, J. P.; Pettit, T. R.; Wakelam, M. J. O.; Saulnier-Blache, J. S.; Mummery, C. L. J. Mol. Cell Biol. (Oxford, U.K.) 2006, 26, 5015-5022
8. Kanda, H.; Newton, R.; Klein, R.; Morita, Y.; Gunn, M. D.; Rosen, S. D. Nat. Immunol. 2008, 9, 415-423
9. Inoue, M.; Rashid, M. H.; Fujita, R.; Contos, J. J. A.; Chun, J.; Ueda, H. Nat. Med. (Tokyo, Jpn.) 2004, 10, 712-718
10. Liu, S.; Umezu-Goto, M.; Murph, M.; Lu, Y.; Liu, W.; Zhang, F.; Yu, S.; Stephens, L. C.; Cui, X.; Murrow, G. Cancer Cell 2009, 15, 539-550
11. Baumforth, K. R. N.; Flavell, J. R.; Reynolds, G. M.; Davies, G.; Pettit, T. R.; Wei, W.; Morgan, S.; Stankovic, T.; Kishi, Y.; Arai, H. Blood 2005, 106, 2138-2146
12. Zhang, G.; Zhao, Z.; Xu, S.; Ni, L.; Wang, X. Chin. Med. J. 1999, 112, 330-332
13. Masuda, A.; Nakamura, K.; Izutsu, K.; Igarashi, K.; Ohkawa, R.; Jona, M.; Higashi, K.; Yokota, H.; Okudaira, S.; Kishimoto, T. Br. J. Haematol. 2008, 143, 60-70
14. Hama, K.; Aoki, J.; Fukaya, M.; Kishi, Y.; Sakai, T.; Suzuki, R.; Ohta, H.; Yamori, T.; Watanabe, M.; Chun, J. J. Biol. Chem. 2004, 279, 17634-17639
15. Parrill, A. L.; Baker, D. L. Anti-Cancer Agents Med. Chem. 2008, 8, 917-923
16. Nishimasu, H.; Okudaira, S.; Hama, K.; Mihara, E.; Dohmae, N.; Inoue, A.; Ishitani, R.; Takagi, J.; Aoki, J.; Nureki, O. Nat. Struct. Mol. Biol. 2011, 18, 205-212
17. Hausmann, J.; Kamtekar, S.; Christodoulou, E.; Day, J. E.; Wu, T.; Fulkerson, Z.; Albers, H. M. H. G.; van Meeteren, L. A.; Houben, A. J. S.; van Zeijl, L. Nat. Struct. Mol. Biol. 2011, 18, 198-204
18. Cimpean, A.; Stefan, C.; Gijsbers, R.; Stalmans, W.; Bollen, M. Biochem. J. 2004, 381, 71-77
19. Gijsbers, R.; Ceulemans, H.; Bollen, M. Biochem. J. 2003, 371, 321-330
20. Jansen, S.; Andries, M.; Derua, R.; Waelkens, E.; Bollen, M. J. Biol. Chem. 2009, 284, 14296-14302
21. Jansen, S.; Callewaert, N.; Dewerte, I.; Andries, M.; Ceulemans, H.; Bollen, M. J. Biol. Chem. 2007, 282, 11084-11091
22. Case, D. A.; Cheatham, T. E., III; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M., Jr.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668-1688
23. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999-2012
24. Kirschner, K. N.; Yongye, A. B.; Tschampel, S. M.; González- Outeiriño, J.; Daniels, C. R.; Foley, B. L.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2008, 29, 622-655
25. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kalé, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802
26. Feller, S. E.; Zhang, Y.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 1995, 103, 4613-4621
27. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
28. Xu, D.; Newhouse, I. E.; Amaro, E. R.; Pao, C. H.; Cheng, S. L.; Markwick, R. L. P.; McCammon, A. J.; Li, W. W.; Arzberger, W. P. J. Mol. Biol. 2009, 387, 465-491
29. Ishitani, R.; Sugita, Y.; Dohmae, N.; Furuya, N.; Hattori, M.; Nureki, O. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 15393-15398
30. Amadei, A.; Linssen, A.; Berendsen, H. Proteins 1993, 17, 412-425
31. Yang, L.; Song, G.; Carriquiry, A.; Jernigan, R. Structure 2008, 16, 321-330
32. Zalatan, J. G.; Fenn, T. D.; Brunger, A. T.; Herschlag, D. Biochemistry 2006, 45, 9788-9803
33. Brandman, R.; Lampe, J.; Brandman, Y.; Montellano, P. Arch. Biochem. Biophys. 2011, 509, 127-132
34. Eisenmesser, E.; Millet, O.; Eisenmesser, E.; Millet, O.; Labeikovsky, W; Korzhnev, D.; Wolf-Watz, M.; Bosco, D.; Skalicky, J.; Kay, L.; Kern, D. Nature 2005, 438, 117-121
35. Lange, O.; Grubmuller, H. Proteins 2008, 70, 1294-1312
36. Rod, T.; Radkiewicz, J.; Brooks, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 6980-6985
37. Agarwal, P.; Geist, A.; Gorin, A. Biochemistry 2004, 43, 10605-10608
38. del Sol, A.; Tsai, C.-J.; Ma, B.; Nussinov, R. Structure 2009, 17, 1042-1050
39. Stefan, C.; Jansen, S.; Bollen, M. Trends Biochem. Sci. 2005, 30, 542-550