-
2
-
-
62349124337
-
-
Murtola, T.; Bunker, A.; Vattulainen, I.; Deserno, M.; Karttunen, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 1869-1892
-
(2009)
Phys. Chem. Chem. Phys.
, vol.11
, pp. 1869-1892
-
-
Murtola, T.1
Bunker, A.2
Vattulainen, I.3
Deserno, M.4
Karttunen, M.5
-
4
-
-
34247098754
-
-
Ayton, G. S.; Noid, W. G.; Voth, G. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 192-198
-
(2007)
Curr. Opin. Struct. Biol.
, vol.17
, pp. 192-198
-
-
Ayton, G.S.1
Noid, W.G.2
Voth, G.A.3
-
5
-
-
0035902367
-
-
Shelley, J. C.; Shelley, M. Y.; Reeder, R. C.; Bandyopadhyay, S.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 4464-4470
-
(2001)
J. Phys. Chem. B
, vol.105
, pp. 4464-4470
-
-
Shelley, J.C.1
Shelley, M.Y.2
Reeder, R.C.3
Bandyopadhyay, S.4
Klein, M.L.5
-
6
-
-
33947408324
-
-
Shinoda, W.; Devane, R.; Klein, M. L. Mol. Simul. 2007, 33, 27-36
-
(2007)
Mol. Simul.
, vol.33
, pp. 27-36
-
-
Shinoda, W.1
Devane, R.2
Klein, M.L.3
-
7
-
-
1642485164
-
-
Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 750-760
-
(2004)
J. Phys. Chem. B
, vol.108
, pp. 750-760
-
-
Marrink, S.J.1
De Vries, A.H.2
Mark, A.E.3
-
8
-
-
34547474332
-
-
Marrink, S. J.; Risselada, H. J.; Yefimov, S.; Tieleman, D. P.; de Vries, A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812-7824
-
(2007)
J. Phys. Chem. B
, vol.111
, pp. 7812-7824
-
-
Marrink, S.J.1
Risselada, H.J.2
Yefimov, S.3
Tieleman, D.P.4
De Vries, A.H.5
-
9
-
-
31444433207
-
-
Srinivas, G.; Nielsen, S.; Moore, P.; Klein, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 848-853
-
(2006)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.128
, pp. 848-853
-
-
Srinivas, G.1
Nielsen, S.2
Moore, P.3
Klein, M.4
-
10
-
-
70350238527
-
-
Rzepiela, A. J.; Sengupta, D.; Goga, N.; Marrink, S. J. Faraday Discuss. 2010, 144, 431-443
-
(2010)
Faraday Discuss.
, vol.144
, pp. 431-443
-
-
Rzepiela, A.J.1
Sengupta, D.2
Goga, N.3
Marrink, S.J.4
-
12
-
-
78651349736
-
-
Rossi, G.; Monticelli, L.; Puisto, S. R.; Vattulainen, I.; Ala-Nissila, T. Soft Matter 2011, 7, 698-708
-
(2011)
Soft Matter
, vol.7
, pp. 698-708
-
-
Rossi, G.1
Monticelli, L.2
Puisto, S.R.3
Vattulainen, I.4
Ala-Nissila, T.5
-
13
-
-
49449113010
-
-
Monticelli, L.; Kandasamy, S. K.; Periole, X.; Larson, R. G.; Tieleman, D. P.; Marrink, S.-J. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 819-834
-
(2008)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.4
, pp. 819-834
-
-
Monticelli, L.1
Kandasamy, S.K.2
Periole, X.3
Larson, R.G.4
Tieleman, D.P.5
Marrink, S.-J.6
-
14
-
-
73549096657
-
-
DeVane, R.; Shinoda, W.; Moore, P. B.; Klein, M. L. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2115-2124
-
(2009)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.5
, pp. 2115-2124
-
-
Devane, R.1
Shinoda, W.2
Moore, P.B.3
Klein, M.L.4
-
15
-
-
0000095892
-
-
Liwo, A.; Oldziej, S.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 849-873
-
(1997)
J. Comput. Chem.
, vol.18
, pp. 849-873
-
-
Liwo, A.1
Oldziej, S.2
Pincus, M.R.3
Wawak, R.J.4
Rackovsky, S.5
Scheraga, H.A.6
-
17
-
-
46149109506
-
-
Noid, W. G.; Chu, J.-W.; Ayton, G. S.; Krishna, V.; Izvekov, S.; Voth, G. A.; Das, A.; Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 2008, 128, 244114
-
(2008)
J. Chem. Phys.
, vol.128
, pp. 244114
-
-
Noid, W.G.1
Chu, J.-W.2
Ayton, G.S.3
Krishna, V.4
Izvekov, S.5
Voth, G.A.6
Das, A.7
Andersen, H.C.8
-
18
-
-
0035424584
-
-
Liwo, A.; Czaplewski, C.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2323-2347
-
(2001)
J. Chem. Phys.
, vol.115
, pp. 2323-2347
-
-
Liwo, A.1
Czaplewski, C.2
Pillardy, J.3
Scheraga, H.A.4
-
28
-
-
80051721587
-
-
Ellis, C. R.; Rudzinski, J. F.; Noid, W. G. Macromol. Theory Simul. 2011, 20, 478-495
-
(2011)
Macromol. Theory Simul.
, vol.20
, pp. 478-495
-
-
Ellis, C.R.1
Rudzinski, J.F.2
Noid, W.G.3
-
30
-
-
0003644127
-
-
2 nd ed. Academic Press: San Diego, CA, USA
-
Hansen, J.-P.; McDonald, I. R. Theory of Simple Liquids, 2 nd ed.; Academic Press: San Diego, CA, USA, 1990.
-
(1990)
Theory of Simple Liquids
-
-
Hansen, J.-P.1
McDonald, I.R.2
-
31
-
-
68849130738
-
-
Dias, C. L.; Ala-Nissila, T.; Grant, M.; Karttunen, M. J. Chem. Phys. 2009, 131, 054505
-
(2009)
J. Chem. Phys.
, vol.131
, pp. 054505
-
-
Dias, C.L.1
Ala-Nissila, T.2
Grant, M.3
Karttunen, M.4
-
33
-
-
0034446492
-
-
Baschnagel, J.; Binder, K.; Doruker, P.; Gusev, A. A.; Hahn, O.; Kremer, K.; Mattice, W. L.; Muller-Plathe, F.; Murat, M.; Paul, W.; Santos, S.; Suter, U. W.; Tries, V. Adv. Polym. Sci. 2000, 152, 41-156
-
(2000)
Adv. Polym. Sci.
, vol.152
, pp. 41-156
-
-
Baschnagel, J.1
Binder, K.2
Doruker, P.3
Gusev, A.A.4
Hahn, O.5
Kremer, K.6
Mattice, W.L.7
Muller-Plathe, F.8
Murat, M.9
Paul, W.10
Santos, S.11
Suter, U.W.12
Tries, V.13
-
34
-
-
0034683316
-
-
Louis, A. A.; Bolhuis, P. G.; Hansen, J. P.; Meijer, E. J. Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 2522-2525
-
(2000)
Phys. Rev. Lett.
, vol.85
, pp. 2522-2525
-
-
Louis, A.A.1
Bolhuis, P.G.2
Hansen, J.P.3
Meijer, E.J.4
-
35
-
-
0035281252
-
-
Bolhuis, P.; Louis, A.; Hansen, J.; Meijer, E. J. Chem. Phys. 2001, 114, 4296-4311
-
(2001)
J. Chem. Phys.
, vol.114
, pp. 4296-4311
-
-
Bolhuis, P.1
Louis, A.2
Hansen, J.3
Meijer, E.4
-
37
-
-
0042783950
-
-
Reith, D.; Putz, M.; Muller-Plathe, F. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1624-1636
-
(2003)
J. Comput. Chem.
, vol.24
, pp. 1624-1636
-
-
Reith, D.1
Putz, M.2
Muller-Plathe, F.3
-
39
-
-
70350215902
-
-
Lyubartsev, A.; Mirzoev, A.; Chen, L. J.; Laaksonen, A. Faraday Disc. 2010, 144, 43-56
-
(2010)
Faraday Disc.
, vol.144
, pp. 43-56
-
-
Lyubartsev, A.1
Mirzoev, A.2
Chen, L.J.3
Laaksonen, A.4
-
43
-
-
68849132278
-
-
Murtola, T.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. J. Chem. Phys. 2009, 131, 055101
-
(2009)
J. Chem. Phys.
, vol.131
, pp. 055101
-
-
Murtola, T.1
Karttunen, M.2
Vattulainen, I.3
-
47
-
-
46149099398
-
-
Noid, W. G.; Liu, P.; Wang, Y. T.; Chu, J.-W.; Ayton, G. S.; Izvekov, S.; Andersen, H. C.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2008, 128, 244115
-
(2008)
J. Chem. Phys.
, vol.128
, pp. 244115
-
-
Noid, W.G.1
Liu, P.2
Wang, Y.T.3
Chu, J.-W.4
Ayton, G.S.5
Izvekov, S.6
Andersen, H.C.7
Voth, G.A.8
-
48
-
-
34248359980
-
-
Noid, W. G.; Chu, J.-W.; Ayton, G. S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 4116-4127
-
(2007)
J. Phys. Chem. B
, vol.111
, pp. 4116-4127
-
-
Noid, W.G.1
Chu, J.-W.2
Ayton, G.S.3
Voth, G.A.4
-
52
-
-
73949097591
-
-
Ruhle, V.; Junghans, C.; Lukyanov, A.; Kremer, K.; Andrienko, D. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 3211-3223
-
(2009)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.5
, pp. 3211-3223
-
-
Ruhle, V.1
Junghans, C.2
Lukyanov, A.3
Kremer, K.4
Andrienko, D.5
-
54
-
-
67650752138
-
-
Krishna, V.; Noid, W. G.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2009, 131, 024103
-
(2009)
J. Chem. Phys.
, vol.131
, pp. 024103
-
-
Krishna, V.1
Noid, W.G.2
Voth, G.A.3
-
55
-
-
77950149115
-
-
Lu, L. Y.; Izvekov, S.; Das, A.; Andersen, H. C.; Voth, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 954-965
-
(2010)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.6
, pp. 954-965
-
-
Lu, L.Y.1
Izvekov, S.2
Das, A.3
Andersen, H.C.4
Voth, G.A.5
-
57
-
-
77952398307
-
-
Larini, L.; Lu, L. Y.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2010, 132, 164107
-
(2010)
J. Chem. Phys.
, vol.132
, pp. 164107
-
-
Larini, L.1
Lu, L.Y.2
Voth, G.A.3
-
58
-
-
77955729387
-
-
Izvekov, S.; Chung, P. W.; Rice, B. M. J. Chem. Phys. 2010, 133, 064109
-
(2010)
J. Chem. Phys.
, vol.133
, pp. 064109
-
-
Izvekov, S.1
Chung, P.W.2
Rice, B.M.3
-
60
-
-
46249092554
-
-
Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
-
(2008)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.4
, pp. 435-447
-
-
Hess, B.1
Kutzner, C.2
Van Der Spoel, D.3
Lindahl, E.4
-
61
-
-
33750587438
-
-
Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
-
(1984)
J. Chem. Phys.
, vol.81
, pp. 3684-3690
-
-
Berendsen, H.J.C.1
Postma, J.P.M.2
Van Gunsteren, W.F.3
Dinola, A.4
Haak, J.R.5
-
62
-
-
84943502952
-
-
Nose, S. Mol. Phys. 1984, 52, 255-268
-
(1984)
Mol. Phys.
, vol.52
, pp. 255-268
-
-
Nose, S.1
-
65
-
-
36449007976
-
-
Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 99, 8345-8348
-
(1993)
J. Chem. Phys.
, vol.99
, pp. 8345-8348
-
-
Darden, T.1
York, D.2
Pedersen, L.3
-
66
-
-
0029912748
-
-
Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225-11236
-
(1996)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.118
, pp. 11225-11236
-
-
Jorgensen, W.L.1
Maxwell, D.S.2
Tirado-Rives, J.3
-
67
-
-
0025956321
-
-
Papaloannoy, D.; Zlakas, D.; Panayiotou, C. J. Chem. Eng. Data 1991, 36, 35-39
-
(1991)
J. Chem. Eng. Data
, vol.36
, pp. 35-39
-
-
Papaloannoy, D.1
Zlakas, D.2
Panayiotou, C.3
-
68
-
-
1242346370
-
-
Berendsen, H.; Grigera, J.; Straatsma, T. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269-6271
-
(1987)
J. Phys. Chem.
, vol.91
, pp. 6269-6271
-
-
Berendsen, H.1
Grigera, J.2
Straatsma, T.3
-
69
-
-
0029878720
-
-
Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38
-
(1996)
J. Mol. Graphics
, vol.14
, pp. 33-38
-
-
Humphrey, W.1
Dalke, A.2
Schulten, K.3
-
70
-
-
0004161838
-
-
Cambridge University Press: New York, NY USA
-
Press, W. H.; Teukolsky, S. A.; Vetterling, W. T.; Flannery, B. P. Numerical Recipes in FORTRAN: The Art of Scientific Computing; Cambridge University Press: New York, NY USA, 1992.
-
(1992)
Numerical Recipes in FORTRAN: The Art of Scientific Computing
-
-
Press, W.H.1
Teukolsky, S.A.2
Vetterling, W.T.3
Flannery, B.P.4
-
72
-
-
0003706460
-
-
SIAM: Philadelphia, PA USA
-
Anderson, E.; Bai, Z.; Bischof, C.; Blackford, S.; Demmel, J.; Dongarra, J.; Croz, J. D.; Greenbaum, A.; Hammarling, S.; McKenney, A. LAPACK Users Guide; SIAM: Philadelphia, PA USA, 1999.
-
(1999)
LAPACK Users Guide
-
-
Anderson, E.1
Bai, Z.2
Bischof, C.3
Blackford, S.4
Demmel, J.5
Dongarra, J.6
Croz, J.D.7
Greenbaum, A.8
Hammarling, S.9
McKenney, A.10
-
73
-
-
33749672504
-
-
Harmandaris, V. A.; Adhikari, N. P.; van der Vegt, N. F. A.; Kremer, K. Macromolecules 2006, 39, 6708-6719
-
(2006)
Macromolecules
, vol.39
, pp. 6708-6719
-
-
Harmandaris, V.A.1
Adhikari, N.P.2
Van Der Vegt, N.F.A.3
Kremer, K.4
-
76
-
-
80052332742
-
-
Cho, H. M.; Gross, A. S.; Chu, J.-W. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 14033-14041
-
(2011)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.133
, pp. 14033-14041
-
-
Cho, H.M.1
Gross, A.S.2
Chu, J.-W.3
-
77
-
-
0001580557
-
-
Andersen, H. C.; Chandler, D.; Weeks, J. D. Adv. Chem. Phys. 1976, 34, 105
-
(1976)
Adv. Chem. Phys.
, vol.34
, pp. 105
-
-
Andersen, H.C.1
Chandler, D.2
Weeks, J.D.3
-
78
-
-
33746606875
-
-
Chu, J.-W.; Izvekov, S.; Voth, G. A. Mol. Simul. 2006, 32, 211-218
-
(2006)
Mol. Simul.
, vol.32
, pp. 211-218
-
-
Chu, J.-W.1
Izvekov, S.2
Voth, G.A.3
-
79
-
-
25444487536
-
-
Izvekov, S.; Violi, A.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 17019-17024
-
(2005)
J. Phys. Chem. B
, vol.109
, pp. 17019-17024
-
-
Izvekov, S.1
Violi, A.2
Voth, G.A.3
-
80
-
-
34548019746
-
-
Liu, P.; Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 11566-11575
-
(2007)
J. Phys. Chem. B
, vol.111
, pp. 11566-11575
-
-
Liu, P.1
Izvekov, S.2
Voth, G.A.3
-
84
-
-
11444260155
-
-
Chen, Y. G.; Kaur, C.; Weeks, J. D. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 19874-19884
-
(2004)
J. Phys. Chem. B
, vol.108
, pp. 19874-19884
-
-
Chen, Y.G.1
Kaur, C.2
Weeks, J.D.3
-
85
-
-
33748087819
-
-
Rodgers, J. M.; Kaur, C.; Chen, Y. G.; Weeks, J. D. Phys. Rev. Lett. 2006, 97, 097801
-
(2006)
Phys. Rev. Lett.
, vol.97
, pp. 097801
-
-
Rodgers, J.M.1
Kaur, C.2
Chen, Y.G.3
Weeks, J.D.4
|