Cell-based proteome profiling of potential Dasatinib targets by use of affinity-based probes

Journal of the American Chemical Society

Volumn 134, Issue 6, 2012, Pages 3001-3014

  Shi, Haibin ^a   Zhang, Chong Jing ^a   Chen, Grace Y J ^a   Yao, Shao Q ^a  

^a NATIONAL UNIVERSITY OF SINGAPORE   (Singapore)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AFFINITY MATRIX; ANGIOGENESIS; CELL LYSATES; CELL-BASED; CELL-PERMEABLE; CELLULAR TARGETS; CHEMICAL PROFILING; CHRONIC MYELOGENOUS LEUKEMIA; KINASE INHIBITION; KINASE INHIBITORS; KINASE TARGETS; LIVE CELL; PHARMACOLOGICAL EFFECTS; PROTEIN KINASE; PROTEOME PROFILING; RAPID IDENTIFICATION; SRC FAMILY; THERAPEUTIC AGENTS; TYROSINE KINASE;

AMINO ACIDS; BIOCHEMISTRY; CELLS; CYTOLOGY; DRUG INTERACTIONS; PROBES;

ENZYMES;

DASATINIB; IMATINIB; PROTEIN KINASE; PROTEIN SERINE THREONINE KINASE; PROTEIN TYROSINE KINASE; PROTEIN TYROSINE KINASE INHIBITOR; PROTEOME; RECOMBINANT PROTEIN; STAUROSPORINE;

ANIMAL CELL; ARTICLE; AUTOPHOSPHORYLATION; CELL LYSATE; CELL PROLIFERATION; CHRONIC MYELOID LEUKEMIA; CONTROLLED STUDY; DRUG BIOAVAILABILITY; DRUG PROTEIN BINDING; DRUG STRUCTURE; DRUG TARGETING; ENZYME INHIBITION; ENZYME PHOSPHORYLATION; ENZYME PURIFICATION; MAMMAL CELL; MOLECULAR MODEL; NONHUMAN;

ADENOSINE TRIPHOSPHATE; ANIMALS; CELL PROLIFERATION; CHO CELLS; CRICETINAE; ELECTROPHORESIS, POLYACRYLAMIDE GEL; ENZYME INHIBITORS; HEP G2 CELLS; HUMANS; INHIBITORY CONCENTRATION 50; K562 CELLS; MODELS, CHEMICAL; OLIGONUCLEOTIDE PROBES; PHOSPHORYLATION; PROTEIN-TYROSINE KINASES; PROTEOME; PROTEOMICS; PYRIMIDINES; SOLVENTS; TECHNOLOGY, PHARMACEUTICAL; THIAZOLES; ULTRAVIOLET RAYS;

EID: 84863116427     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja208518u     Document Type: Article

References (77)

1. Cohen, P. Nat. Rev. Drug Discovery 2002, 1, 309-315
2. Dancey, J.; Sausville, E. A. Nat. Rev. Drug Discovery 2003, 2, 296-313
3. Kim, L. C.; Song, L.-X.; Haura, E. B. Nat. Rev. Clin. Oncol. 2009, 6, 587-595
4. Irby, R. B.; Yeatman, T. J. Oncogene 2000, 19, 5636-5642
5. Deininger, M. W. N.; Goldman, J. M.; Melo, J. V. Blood 2000, 96, 3343-3356
6. Capdeville, R.; Buchdunger, E.; Zimmermann, J.; Matter, A. Nat. Rev. Drug Discovery 2002, 1, 493-502
7. Jaenne, P. A.; Gray, N.; Settleman, J. Nat. Rev. Drug Discovery 2009, 8, 709-723
8. Shah, N. P.; Tran, C.; Lee, F. Y.; Chen, P.; Norris, D.; Sawyers, C. L. Science 2004, 305, 399-401
9. Weisberg, E; Manley, P. W.; Cowan-Jacob, S. W.; Hochhaus, A.; Griffin, J. D. Nat. Rev. Cancer 2007, 7, 345-356
10. Nam, S.; Kim, D. W.; Cheng, J. Q.; Zhang, S. M.; Lee, J. H.; Buettner, R.; Mirosevich, J.; Lee, F. Y.; Jove, R. Cancer Res. 2005, 65, 9185-9189
11. Rix, U.; Superti-Furgo, G. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 616-624
12. Davies, S. P.; Reddy, H.; Caivano, M.; Cohen, P. Biochem. J. 2000, 351, 95-105
13. Bain, J.; McLauchlan, H.; Elliott, M.; Cohen, P. Biochem. J. 2003, 371, 199-204
14. Fabian, M. A. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 329-336
15. Karaman, M. W. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 127-132
16. Knockaert, M.; Gray, N.; Damiens, E.; Chang, Y. -T.; Grellier, P.; Grant, K.; Fergusson, D.; Mottram, J.; Soete, M.; Dubremetz, K.-F. Chem. Biol. 2000, 7, 411-422
17. Knockaert, M.; Wieking, K.; Schmitt, S.; Leost, M.; Grant, K. M.; Mottram, J. C.; Kunick, C.; Meijer, L. J. Biol. Chem. 2002, 277, 25493-25501
18. Bantscheff, M. Nat. Biotechnol. 2007, 25, 1035-1044
19. Du, J. Nat. Biotechnol. 2009, 27, 77-83
20. Hantschel, O.; Rix, U.; Schmidt, U.; Burckstummer, T.; Kneidinger, M.; Schutze, G.; Colinge, J.; Bennett, K. L.; Ellmeier, W.; Valent, P.; Superti-Furgo, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 114, 13283-13288
21. Li, J. H.; Rix, U.; Fang, B.; Bai, Y.; Edwards, A.; Colinge, J.; Bennett, K. L.; Gao, J.; Song, L.; Eschrich, S.; Superti-Furgo, G.; Koomen, J.; Haura, E. B. Nat. Chem. Biol. 2010, 6, 291-299
22. Fischer, J. J.; Graebner, O. Y.; Dalhoff, C.; Michaelis, S.; Schrey, A. K.; Ungewiss, J.; Andrich, K.; Jeske, D.; Kroll, F.; Glinski, M.; Sefkow, M.; Dreger, M.; Koester, H. J. Proteome Res. 2010, 9, 806-817
23. Fischer, J. J.; Dalhoff, C.; Schrey, A. K.; Graebner neé Baessler, O. Y.; Michaelis, S.; Andrich, K.; Glinski, M.; Kroll, F.; Sefkow, M.; Dreger, M.; Koester, H. J. Proteomics 2011, 75, 160-168
24. Yang, P.-Y.; Liu, K.; Ngai, M. H.; Lear, M. J.; Wenk, M. R.; Yao, S. Q. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 656-666
25. Ngai, M. H.; Yang, P.-Y.; Liu, K.; Shen, Y.; Wenk, M. R.; Yao, S. Q.; Lear, M. J. Chem. Commun. 2010, 46, 8335-8337
26. Kalesh, K. A.; Sim, D. S. B.; Wang, J..; Liu, K.; Lin, Q. S.; Yao, S. Q. Chem. Commun. 2010, 46, 1118-1120
27. Shi, H.; Cheng, X.-M.; Sze, S. K.; Yao, S. Q. Chem. Commun. 2011, 47, 11306-11308
28. Evans, M. J.; Cravatt, B. F. Chem. Rev. 2006, 106, 3279-3301
29. Uttamchandani, M.; Li, J.; Sun, H.; Yao, S. Q. ChemBioChem 2008, 9, 667-675
30. Fonović, M; Bogyo, M. Exp. Rev. Proteomics 2008, 5, 721-730
31. Heal, W. P.; Dang, T. H. T.; Tate, E. W. Chem. Soc. Rev. 2011, 40, 246-257
32. Saghatelian, A.; Jessani, N.; Joseph, A.; Humphrey, M.; Cravatt, B. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 10000-10005
33. Chan, E. W. S.; Chattopadhaya, S.; Panicker, R. C.; Huang, X.; Yao, S. Q. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14435-14446
34. Liu, K.; Shi, H.; Xiao, H.; Chong, A. G. L.; Bi, X.; Chang, Y. T.; Tan, K.; Yada, R. Y.; Yao, S. Q. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 8293-8297
35. Fuwa, H.; Takahashi, Y.; Konno, Y.; Watanabe, N.; Miyashita, H.; Sasaki, M.; Natsugari, H.; Kan, T.; Fukuyama, T.; Tomita, T.; Iwatsubo, T. ACS Chem. Biol. 2007, 2, 408-418
36. Shi, H.; Liu, K.; Xu, A.; Yao, S. Q. Chem. Commun. 2009, 5030-5032
37. Lombardo, L. J. J. Med. Chem. 2004, 47, 6658-6661
38. Veach, D. R.; Namavari, M.; Pillarsetty, N.; Santos, E. B.; Beresten-Kochetkov, T.; Lambek, C.; Punzalan, B. J.; Antczak, C.; Smith-Jones, P. M.; Djaballah, H.; Clarkson, B.; Larson, S. M. J. Med. Chem. 2007, 50, 5853-5857
39. Kolb, H. C.; Sharpless, K. B. Drug Discovery Today 2003, 8, 1128-1137
40. Meldal, M.; Tornøe, C. W. Chem. Rev. 2008, 108, 2952-3015
41. Sletten, E. M.; Bertozzi, C. R. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 6974-6998
42. Kalesh, K. A.; Shi, H.; Ge, J.; Yao, S. Q. Org. Biomol. Chem. 2010, 8, 1749-1762
43. Cohen, M. S.; Hadjivassiliou, H.; Taunton, J. Nat. Chem. Biol. 2007, 3, 156-160
44. Blair, J. A.; Rauh, D.; Kung, C.; Yun, C.-H.; Fan, Q.-W.; Rode, H.; Zhang, C.; Eck, M. J.; Weiss, W. A.; Shokat, K. M. Nat. Chem. Biol. 2007, 3, 229-238
45. Yee, M.-C.; Fas, S. C.; Stohlmeyer, M. M.; Wandless, T. J.; Cimprich, K. A. J. Biol. Chem. 2005, 280, 29053-29059
46. Xu, W. Q.; Doshi, A.; Lei, M.; Eck, M. J.; Harrison, S. C. Mol. Cell 1999, 3, 629-638
47. Tokarski, J. S.; Newitt, J. A.; Chang, C. Y.; Cheng, J. D.; Wittekind, M.; Kiefer, S. E.; Kish, K.; Lee, F. Y.; Borzillerri, R.; Lombardo, L. Cancer Res. 2006, 66, 5790-5797
48. Sanner, M. F. J. Mol. Graphics Model. 1999, 17, 57-61
49. Trott, O.; Olson, A. J. J. Comput. Chem. 2010, 31, 455-461
50. Cole, P. A.; Shen, K.; Qiao, Y.; Wang, D. Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7, 580-585
51. For a recent review, see Baruch, A.; Jeffery, D. A.; Bogyo, M. Trends Cell Biol. 2004, 14, 29-35
52. Blum, G.; Mullins, S. R.; Keren, K.; Fonovic, M.; Jedeszko, C.; Rice, M. J.; Sloane, B. F.; Bogyo, M. Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 203-209
53. Blum, G.; von Degenfeld, G.; Merchant, M. J.; Blau, H. M.; Bogyo, M. Nat. Chem. Biol. 2007, 3, 668-677
54. Pratt, M. R.; Sekedat, M. D.; Chiang, K. P.; Muir, T. W. Chem. Biol. 2009, 16, 1001-1012
55. Watzke, A.; Kosec, G.; Kindermann, M.; Jeske, V.; Nestler, H. P.; Turk, V.; Turk, B.; Wendt, K. U. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 406-409
56. Li, J.; Yao, S. Q. Org. Lett. 2009, 11, 405-408
57. Hu, M.; Li, L.; Wu, H.; Su, Y.; Yang, P.-Y.; Uttamchandani, M.; Xu, Q.-H.; Yao, S. Q. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 12009-12020
58. Kim, Y. K.; Lee, J.-S.; Bi, X.; Ha, H.-H.; Ng, S. H.; Ahn, Y.-H.; Lee, J. -J.; Wagner, B. K.; Clemons, P. A.; Chang, Y.-T. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 2761-2763
59. Budin, G.; Yang, K. S.; Reiner, T.; Weissleder, R. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 9378-9381
60. Apsel, B.; Blair, J. A.; Gonzalez, B.; Nazif, T. M.; Feldman, M. E.; Aizenstein, B.; Hoffman, R.; Williams, R. L.; Shokat, K. M.; Knight, Z. A. Nat. Chem. Biol. 2008, 4, 691-699
61. Getlik, M.; Grutter, C.; Simard, J. R.; Kluter, S.; Rabiller, M.; Rode, H. B.; Robubi, A.; Rauh, D. J. Med. Chem. 2009, 52, 3915-3926
62. Liu, K.; Kalesh, K. A; Ong, L. B.; Yao, S. Q. ChemBioChem 2008, 9, 1883-1888
63. Vojtechová, M.; Kenigl, F.; Kloncová, E.; Tuhábková, Z. Arch. Biochem. Biophys. 2006, 455, 136-143
64. Wang, D.; Cole, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 8883-8886
65. Osusky, M.; Taylor, S. J.; Shalloway, D. J. Biol. Chem. 1995, 270, 25729-25732
66. Vitolo, O. V.; SantAngelo, A.; Costanzo, V.; Battaglia, F.; Arancio, O.; Shelanski, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 13217-13221
67. Xing, J.; Kornhauser, J. M.; Xia, Z.; Thiele, E. A.; Greenberg, M. E. Mol. Cell. Biol. 1998, 18, 1946-1955
68. Tao, Z.-F. J. Med. Chem. 2009, 52, 6621-6636
69. Chang, M.; Kanwar, N.; Feng, E.; Siu, A.; Ma, D.; Jongstra, J. Mol. Cancer Ther. 2010, 9, 2478-2487
70. Singh, J.; Petter, R. C.; Baillie, T. A.; Whitty, A. Nat. Rev. Drug Discovery 2011, 10, 307-317
71. Uttamchandani, M.; Lu, C. H. S.; Yao, S. Q. Acc. Chem. Res. 2009, 42, 1183-1192
72. Seeliger, M. A.; Young, M. M.; Henderson, N.; Pellicena, P.; King, D. S.; Falick, A. M.; Kuriyan, J. Protein Sci. 2005, 14, 3135-3139
73. Wu, H.; Ge, J.; Yao, S. Q. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 6528-6532
74. Uttamchandani, M.; Lee, W. L.; Wang, J.; Yao, S. Q. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 13110-13117
75. Uttamchandani, M.; Wang, J.; Li, J.; Hu, M.; Sun, H.; Chen, K. Y. -T.; Liu, K.; Yao, S. Q. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 7848-7858
76. Gan, C. S.; Guo, T.; Zhang, H.; Kim, S. K.; Sze, S. K. J. Proteome Res. 2008, 7, 4869-4877
77. Hao, P.; Guo, T.; Li, X.; Adav, S. S.; Yang, J.; Wei, M.; Sze, S. K. J. Proteome Res. 2010, 9, 3520-352