메뉴 건너뛰기




Volumn 2, Issue , 2010, Pages 815-837

Theoretical Studies of Green and Red Fluorescent Proteins

Author keywords

Complete active space self consistent field (CASSCF); Density functional theory (DFT) calculations ground state proton chain transfer pathway in GFP model; Far red fluorescent protein HcRed and molecular dynamics (MD) and QM MM calculations; Fluorescence mechanism in green fluorescent protein (GFP) and red fluorescent protein (RFP); GFP, bio imaging reagent understanding photophysics of embedded chromophores; GFPs, intrinsic red fluorescent proteins (RFPs) in Anthozoa species; Green fluorescent protein (GFP) of Aequorea victoria jellyfish structural analogues, red fluorescent protein; Internal conversion mechanism in FP chromophores; Quantum dynamics (QD) calculations; Theoretical studies, of green and red fluorescent proteins

Indexed keywords


EID: 84863041808     PISSN: None     EISSN: None     Source Type: Book    
DOI: 10.1002/9780470669143.ch36     Document Type: Chapter
Times cited : (1)

References (85)
  • 1
    • 0031663369 scopus 로고    scopus 로고
    • Annu. Rev. Biochem.
    • R. Y. Tsien, Annu. Rev. Biochem., 67, 509 (1998).
    • (1998) , vol.67 , pp. 509
    • Tsien, R.Y.1
  • 2
    • 0036489443 scopus 로고    scopus 로고
    • Chem. Rev.
    • M. Zimmer, Chem. Rev., 102, 759 (2002).
    • (2002) , vol.102 , pp. 759
    • Zimmer, M.1
  • 3
    • 0030953638 scopus 로고    scopus 로고
    • Proc. Natl. Acad. Sci. USA
    • K, Brejc, T. K. Sixma, P. A. Kitts et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 94, 2306 (1997).
    • (1997) , vol.94 , pp. 2306
    • Brejc, K.1    Sixma, T.K.2    Kitts, P.A.3
  • 6
  • 7
    • 11144239424 scopus 로고    scopus 로고
    • Proc. Natl. Acad. Sci. USA
    • J. T. M. Kennis, D. S. Larsen, I. H. M. Stokkum et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 101, 17988 (2004).
    • (2004) , vol.101 , pp. 17988
    • Kennis, J.T.M.1    Larsen, D.S.2    Stokkum, I.H.M.3
  • 12
    • 33645515454 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Phys. Chem. B
    • S. Wang and S. C. Smith, J. Phys. Chem. B, 110, 5084 (2006).
    • (2006) , vol.110 , pp. 5084
    • Wang, S.1    Smith, S.C.2
  • 13
    • 33846160577 scopus 로고    scopus 로고
    • Phys. Chem. Chem. Phys.
    • S. Wang and S. C. Smith, Phys. Chem. Chem. Phys., 9, 452 (2007).
    • (2007) , vol.9 , pp. 452
    • Wang, S.1    Smith, S.C.2
  • 16
    • 0028580734 scopus 로고
    • Proc. Natl. Acad. Sci. USA
    • R. Heim, D. C. Prasher and R. Y. Tsien, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 91, 12501 (1994).
    • (1994) , vol.91 , pp. 12501
    • Heim, R.1    Prasher, D.C.2    Tsien, R.Y.3
  • 17
    • 0028832822 scopus 로고
    • Trends Biochem. Sci.
    • A. B. Cubitt, R. Heim, S. R. Adams et al., Trends Biochem. Sci., 20, 448 (1995).
    • (1995) , vol.20 , pp. 448
    • Cubitt, A.B.1    Heim, R.2    Adams, S.R.3
  • 22
  • 23
    • 22144472527 scopus 로고    scopus 로고
    • Biophys. J.
    • N. Agmon, Biophys. J., 88, 2452 (2005).
    • (2005) , vol.88 , pp. 2452
    • Agmon, N.1
  • 25
    • 34547423998 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Phys. Chem. B
    • N. Agmon, J. Phys. Chem. B, 111, 7870 (2007).
    • (2007) , vol.111 , pp. 7870
    • Agmon, N.1
  • 27
  • 28
    • 33751300213 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Phys. Chem. B
    • D. Stoner-Ma, E. H. Melief, J. Nappa et al., J. Phys. Chem. B, 110, 22009 (2006).
    • (2006) , vol.110 , pp. 22009
    • Stoner-Ma, D.1    Melief, E.H.2    Nappa, J.3
  • 29
    • 0037066871 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Phys. Chem. B
    • H.-Y. Yoo, J. A. Boatz, V. Helms et al., J. Phys. Chem. B, 105, 2850 (2001).
    • (2001) , vol.105 , pp. 2850
    • Yoo, H.-Y.1    Boatz, J.A.2    Helms, V.3
  • 33
    • 0035928131 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Phys. Chem. B
    • V. Tozzini and R. Nifosi, J. Phys. Chem. B, 105, 5797 (2001).
    • (2001) , vol.105 , pp. 5797
    • Tozzini, V.1    Nifosi, R.2
  • 34
    • 0037142745 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Phys. Chem. B
    • N. Reuter, H. Lin and W. Thiel, J. Phys. Chem. B, 106, 6310 (2002).
    • (2002) , vol.106 , pp. 6310
    • Reuter, N.1    Lin, H.2    Thiel, W.3
  • 35
    • 0037022637 scopus 로고    scopus 로고
    • Proc. Natl. Acad. Sci. USA
    • M. A. Lill and V. Helms, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99, 2778 (2002).
    • (2002) , vol.99 , pp. 2778
    • Lill, M.A.1    Helms, V.2
  • 38
    • 36749023891 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Theor. Comput. Chem.
    • H. Zhang and S. C. Smith, J. Theor. Comput. Chem., 6, 789 (2007).
    • (2007) , vol.6 , pp. 789
    • Zhang, H.1    Smith, S.C.2
  • 41
    • 32944475864 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Biomed. Opt.
    • R. M. Hoffman, J. Biomed. Opt., 10, 41202 (2005).
    • (2005) , vol.10 , pp. 41202
    • Hoffman, R.M.1
  • 51
    • 33644676335 scopus 로고    scopus 로고
    • Chem. Phys. Lett.
    • S. Olsen, M. Prescott, P. Wilmann et al., Chem. Phys. Lett., 420, 507 (2006).
    • (2006) , vol.420 , pp. 507
    • Olsen, S.1    Prescott, M.2    Wilmann, P.3
  • 52
    • 33745699773 scopus 로고    scopus 로고
    • Chem. Phys. Lett.
    • S. Olsen and S. C. Smith, Chem. Phys. Lett., 426, 159 (2006).
    • (2006) , vol.426 , pp. 159
    • Olsen, S.1    Smith, S.C.2
  • 53
    • 33847320616 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Am. Chem. Soc.
    • S. Olsen and S. C. Smith, J. Am. Chem. Soc., 129, 2054 (2007).
    • (2007) , vol.129 , pp. 2054
    • Olsen, S.1    Smith, S.C.2
  • 54
    • 46949088950 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Am. Chem. Soc.
    • S. Olsen and S. C. Smith, J. Am. Chem. Soc., 130, 8677 (2008).
    • (2008) , vol.130 , pp. 8677
    • Olsen, S.1    Smith, S.C.2
  • 55
    • 0034710921 scopus 로고    scopus 로고
    • Proc. Natl. Acad. Sci. USA
    • L. A. Gross, G. S. Baird, R. C. Hoffman et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 97, 11990 (2000).
    • (2000) , vol.97 , pp. 11990
    • Gross, L.A.1    Baird, G.S.2    Hoffman, R.C.3
  • 56
    • 34249798168 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Am. Chem. Soc.
    • S. Olsen, J. Riesz, I. Mahadevan et al., J. Am. Chem. Soc., 129, 6672 (2007).
    • (2007) , vol.129 , pp. 6672
    • Olsen, S.1    Riesz, J.2    Mahadevan, I.3
  • 58
    • 33646234250 scopus 로고    scopus 로고
    • Photochem. Photobiol.
    • P. G. Wilmann, J. Battad, T. Beddoe et al., Photochem. Photobiol., 82, 359 (2006).
    • (2006) , vol.82 , pp. 359
    • Wilmann, P.G.1    Battad, J.2    Beddoe, T.3
  • 61
    • 0000189651 scopus 로고
    • J. Chem. Phys.
    • A. D. Becke, J. Chem. Phys., 98, 5648 (1993).
    • (1993) , vol.98 , pp. 5648
    • Becke, A.D.1
  • 62
    • 0345491105 scopus 로고
    • Phys. Rev. B
    • C. Lee, W. Yang and R. G. Parr, Phys. Rev. B, 37, 785 (1988).
    • (1988) , vol.37 , pp. 785
    • Lee, C.1    Yang, W.2    Parr, R.G.3
  • 64
    • 0038626673 scopus 로고    scopus 로고
    • Gaussian 03
    • Gaussian, Inc., Wallingford, CT
    • M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel et al., Gaussian 03, Gaussian, Inc., Wallingford, CT (2004).
    • (2004)
    • Frisch, M.J.1    Trucks, G.W.2    Schlegel, H.B.3
  • 65
    • 3843146349 scopus 로고
    • J. Chem Phys.
    • D. E. Woon and T. H. Dunning, J. Chem Phys., 98, 1358 (1993).
    • (1993) , vol.98 , pp. 1358
    • Woon, D.E.1    Dunning, T.H.2
  • 66
    • 84886162048 scopus 로고    scopus 로고
    • MOLPRO version 2006. 1, a package of ab initio programs, see
    • H.-J. Werner, P. J. Knowles, R. Lindh et al., MOLPRO version 2006. 1, a package of ab initio programs, see www.molpro.net
    • Werner, H.-J.1    Knowles, P.J.2    Lindh, R.3
  • 67
    • 0000700156 scopus 로고
    • J. Chem. Phys.
    • U. Manthe and W. H. Miller, J. Chem. Phys., 99, 3411 (1993).
    • (1993) , vol.99 , pp. 3411
    • Manthe, U.1    Miller, W.H.2
  • 68
    • 36849099559 scopus 로고
    • J. Chem. Phys.
    • K. K. Docken and J. Hinze, J. Chem. Phys., 57, 4928 (1972).
    • (1972) , vol.57 , pp. 4928
    • Docken, K.K.1    Hinze, J.2
  • 70
    • 0000394417 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Chem. Phys.
    • P. Celani and H.-J. Werner, J. Chem. Phys., 112, 5546 (2000).
    • (2000) , vol.112 , pp. 5546
    • Celani, P.1    Werner, H.-J.2
  • 71
    • 0024250301 scopus 로고
    • Proteins: Struct. Funct. Genet.
    • A. T. Brunger and M. Karplus, Proteins: Struct. Funct. Genet., 4, 148 (1988).
    • (1988) , vol.4 , pp. 148
    • Brunger, A.T.1    Karplus, M.2
  • 72
    • 28644432877 scopus 로고    scopus 로고
    • Proteins: Struct., Funct. Bioinformat.
    • H. Li, A. D. Robertson and J. H. Jensen, Proteins: Struct., Funct. Bioinformat., 61, 704 (2005).
    • (2005) , vol.61 , pp. 704
    • Li, H.1    Robertson, A.D.2    Jensen, J.H.3
  • 76
    • 0442279531 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Phys. Chem. A
    • J. Z. Pu, J. L. Gao and D. G. Truhlar, J. Phys. Chem. A, 108, 5454 (2004).
    • (2004) , vol.108 , pp. 5454
    • Pu, J.Z.1    Gao, J.L.2    Truhlar, D.G.3
  • 77
    • 0345713551 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Phys. Chem.
    • D. Bakowies and W. Thiel, J. Phys. Chem., 100, 10580 (1996).
    • (1996) , vol.100 , pp. 10580
    • Bakowies, D.1    Thiel, W.2
  • 78
    • 84875164151 scopus 로고    scopus 로고
    • a Computational Chemistry Shell
    • see
    • ChemShell, a Computational Chemistry Shell, see www.chemshell.org
    • ChemShell1
  • 80
    • 0034658025 scopus 로고    scopus 로고
    • Phys. Chem. Chem. Phys.
    • S. R. Billeter, A. J. Turner and W. Thiel, Phys. Chem. Chem. Phys., 2, 2177 (2000).
    • (2000) , vol.2 , pp. 2177
    • Billeter, S.R.1    Turner, A.J.2    Thiel, W.3
  • 81
    • 33745513669 scopus 로고    scopus 로고
    • Chem. Phys.
    • S. Wang and S. C. Smith, Chem. Phys., 326, 204 (2006).
    • (2006) , vol.326 , pp. 204
    • Wang, S.1    Smith, S.C.2
  • 82
    • 70349467544 scopus 로고    scopus 로고
    • Phys. Chem. Chem. Phys.
    • H. Zhang, S. Wang, Q. Sun and S. C. Smith, Phys. Chem. Chem. Phys., 11, 8422 (2009).
    • (2009) , vol.11 , pp. 8422
    • Zhang, H.1    Wang, S.2    Sun, Q.3    Smith, S.C.4
  • 84
    • 0034649665 scopus 로고    scopus 로고
    • Nature
    • A. Salih, A. Larkum, G. Cox et al., Nature, 408, 850 (2000).
    • (2000) , vol.408 , pp. 850
    • Salih, A.1    Larkum, A.2    Cox, G.3
  • 85
    • 77954920137 scopus 로고    scopus 로고
    • QM/MM studies of structural and energetic properties of the far-red fluorescent protein HcRed
    • Q. Sun, M. Doerr, Z. Li, S. C. Smith and T. Thiel, QM/MM studies of structural and energetic properties of the far-red fluorescent protein HcRed, Phys. Chem. Chem. Phys., 12, 2450 (2010).
    • (2010) Phys. Chem. Chem. Phys. , vol.12 , pp. 2450
    • Sun, Q.1    Doerr, M.2    Li, Z.3    Smith, S.C.4    Thiel, T.5


* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.