Mechanistic aspects of proton chain transfer: A computational study for the green fluorescent protein chromophore

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 10, 2006, Pages 5084-5093

  Wang, Sufan ^a   Smith, Sean C ^a  

^a UNIVERSITY OF QUEENSLAND   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHROMOPHORES; COMPUTATIONAL COMPLEXITY; MATRIX ALGEBRA; PHENOLIC RESINS; PROTONS; QUANTUM THEORY; REACTION KINETICS;

CHAIN TRANSFERS; MECHANISTIC ASPECTS; MINIMUM ENERGY PATHWAYS (MEPS); PROTEIN MATRIX;

PROTEINS;

EID: 33645515454     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp056966k     Document Type: Article

References (46)

1. Tsien, R. Y. Annu. Rev. Biochem. 1998, 67, 509-544.
2. Chattoraj, M.; King, B. A.; Bublitz, G. U.; Boxer, S. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8362-8367.
3. Lossau, H.; Kummer, A.; Heinecke, R.; Pöllinger-Dammer, F.; Kompa, C.; BIeser, G.; Jonsson, T.; Silva, C. M.; Yang, M. M.; Youvan, D. C.; Micheal-Beyerle, M. E. Chem. Phys. 1996, 213, 1-16.
4. Creemers, T. M. H.; Lock, A. J.; Subramaniam, V.; Jovin, T. M.; Voelker, S. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 557-560.
5. Winkler, K.; Lindner, J.; Subramaniam, V.; Jovin, T. M.; Vöhringer, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 1072-1081.
6. Cubitt, A. B.; Heim, R.; Adams, S. R.; Boyd, A. E.; Gross, L. A.; Tsien, R. Y. Trends Biochem. Sci. 1995, 20, 448-455.
7. Prasher, D. C. Trends Genet. 1995, 11, 320-323.
8. Gerdes, H.-H.; Kaether, C. FEBS Lett. 1996, 389, 44-47.
9. He, X.; Bell, A. F.; Tonge, P. J. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 6056-6066.
10. Niwa, H.; Inouye, S.; Hirano, T.; Matsuno, T.; Kojima, S.; Kubota, M.; Ohashi, M.; Tsuji, F. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 13617-13622.
11. Brejc, K.; Sixma, T. K.; Kitts, P. A.; Kain, S. R.; Tsien, R. Y.; Ormö, M.; Remington, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 2306-2311.
12. Warren, A.; Zimmer, M. J. Mol. Graphics Modell. 2001, 19, 297-303.
13. Zimmer, M. Chem. Rev. 2002, 102, 759-781.
14. Helms, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 169-175.
15. Chen, M. C.; Lambert, C. R.; Urgitis, J. D.; Zimmer, M. Chem. Phys. 2001, 270, 157-164.
16. Weber, W.; Helms, V.; McCammon, J. A.; Langhoff, P. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6177-6182.
17. Toniolo, A.; Ben-Nun, M.; Martinez, T. J. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 4679-4689.
18. Toniolo, A.; Granucci, G.; Martinez, T. J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 3822-3830.
19. Martin, M. E.; Negri, F.; Olivucci, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5452-5464.
20. Vendrell, O.; Gelabert, R.; Moreno, M.; Lluch, J. M. Chem. Phys. Lett. 2004, 396, 202-207
21. Sobolewski, A. L.; Domcke, W. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 9275-9283.
22. Laino, T.; Nifosi, R.; Tozzini, V. Chem. Phys. 2004, 298, 17-28.
23. Lill, M. A.; Helms, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 2778-2781.
24. Reuter, N.; Lin, H.; Thiel, W. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 6310-6321.
25. Litvineko, K. L.; Webber, N. M.; Meech, S. R. Bull. Chem. Soc. Jpn. 2002, 75, 1065-1070.
26. Isaev, A.; Scheiner, S. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6420-6426.
27. Lu, D.; Voth, G. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4006-4014.
28. Lill, M. A.; Mutter, M. C.; Helms, V. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 8283-8289.
29. Lill, M. A.; Helms, V. J. Chem. Phys. 2001, 114, 1125-1132.
30. Lill, M. A.; Helms, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 2778-2781.
31. Cui, Q.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 1071-1078.
32. Chen, H.; Li, S.; Jiang, Y. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 4652-4660.
33. Zhang, R.; Nguyen, M. T.; Ceulemans, A. Chem. Phys. Lett. 2005, 404, 250-256
34. Helms, V.; Winstead, C.; Langhoff, P. W. J. Mol. Struct. 2000, 506, 179-189.
35. Nielsen, S. B.; Lapierre, A.; Andersen, J. U.; Pedersen, U. V.; Tomita, S.; Andersen, L. H. Phys. Rev. Lett. 2001, 87, 228102.
36. Schellenberg, P.; Johnson, E.; Esposito, A. P.; Reid, P. J.; Parson, W. W. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 5316-5322.
37. Litvinenko, K. L.; Webber, N. M.; Meech, S. R. Chem. Phys. Lett. 2001, 346, 47-53.
38. Mandal, D.; Tahara, T.; Webber, N. M.; Meech, S. R. Chem. Phys. Lett. 2002, 358, 495-501.
39. Wang, S.; Smith, S. Chem. Phys., in press.
40. Gonzalez, C.; Schlegel, H. B. J. Chem. Phys. 1989, 90, 2154-2161.
41. Gonzalez, C.; Schlegel, H. B. J. Phys. Chem. 1990, 94, 5523-5527.
42. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision B.05; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
43. Perrin, C. L.; Nielson, J. B. Annu. Rev. Phys. Chem. 1997, 48, 511-544.
44. Del Bene, J. E.; Jordan, M. J. T. Int. Rev. Phys. Chem. 1999, 18, 119-162.
45. Seebacher, C.; Deeg, F. W.; Bräuchle, C. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 7728-7732.
46. Kennis, J. T. M.; Larsen, D. S.; van Stokkum, I. H. M.; Vengris, M.; van Thor, J. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 17988-17993.