Kinetics of switchable proton escape from a proton-wire within green fluorescence protein

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 27, 2007, Pages 7870-7878

  Agmon, Noam ^a  

^a HEBREW UNIVERSITY OF JERUSALEM   (Israel)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHROMOPHORES; FLUORESCENCE; HYDROGEN BONDS; PROTON TRANSFER; REACTION KINETICS; THERMAL EFFECTS;

GREEN FLUORESCENCE PROTEIN; PROTON ASSOCIATION; PROTON ESCAPE; TIME CONSTANT;

PROTEINS;

EID: 34547423998     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp071403p     Document Type: Article

References (42)

1. Wraight, C. A. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1757, 886-912.
2. Frank, R. A. W.; Titman, C. M.; Pratap, J. V.; Luisi, B. F.; Perham, R. N. Science 2004, 306, 872-876.
3. Zimmer, M. Chem. Rev. 2002, 102, 759-781.
4. Agmon, N. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 13-35.
5. Chattoraj, M.; King, B. A.; Bublitz, G. U.; Boxer, S. G. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8362-8367.
6. Lossau, H.; Kummer, A.; Heinecke, R.; Pöllinger-Dammer, F.; Kompa, C.; Bieser, G.; Jonsson, T.; Silva, C. M.; Yang, M. M.; Youvan, D. C.; Michel-Beyerle, M. E. Chem. Phys. 1996, 213, 1-16.
7. Yang, F.; Moss, L. G.; Phillips, G. N., Jr. Nature Biotech. 1996, 14, 1246-1251.
8. Brejc, K.; Sixma, T. K.; Kitts, P. A.; Kain, S. R.; Tsien, R. Y.; Ormö, M.; Remington, S. J. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 2306-2311.
9. Palm, G. J.; Zdanov, A.; Gaitanaris, G. A.; Stauber, R.; Pavlakis, G. N.; Wlodawer, A. Nature Struct. Biol. 1997, 4, 361-365.
10. van Thor, J. J.; Zanetti, G.; Ronayne, K. L.; Towrie, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 16099-16108.
11. Stoner-Ma, D.; Jaye, A. A.; Matousek, P.; Towrie, M.; Meech, S. R.; Tonge, P. J. J. Am. Chem Soc. 2005, 127, 2864-2865.
12. Stoner-Ma, D.; Melief, E. H.; Nappa, J.; Ronayne, K. L.; Tonge, P. J.; Meech, S. R. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 22009-22018.
13. Vendrell, O.; Gelabert, R.; Moreno, M.; Lluch, J. M. J. Am Chem. Soc. 2006, 128, 3564-3574. This work does not include dynamic effects. The description is quite different when dynamics is considered (Gelabert, R. Personal communication).
14. Wang, S.; Smith, S. C. Phys. Chem Chem. Phys. 2007, 9, 452-458.
15. Agmon, N. Biophys. J. 2005, 88, 2452-2461.
16. Schäfer, L. V.; Groenhof, G.; Klingen, A. R.; Ullmann, G. M.; Boggio-Pasquaand, M.; Robb, M. A.; Grubmüller, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 530-536.
17. Leiderman, P.; Ben-Ziv, M.; Genosar, L.; Huppert, D.; Solntsev, K. M.; Tolbert, L. M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 8043-8053.
18. Huppert, D.; Leiderman, P.; Ben-Ziv, M.; Genosar, L.; Cohen, L. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 4241-4251.
19. Leiderman, P.; Huppert, D.; Agmon, N. Biophys. J. 2006, 90, 1009-1018.
20. Agmon, N.; Pines, E.; Huppert, D. J. Chem. Phys. 1988, 88, 5631-5638.
21. Olsson, M. H. M.; Sharma, P. K.; Warshel, A. FEBS Lett. 2005, 579, 2026-2034.
22. Voth, G. A. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 143-150.
23. Kim, H.; Shin, K. J.; Agmon, N. J. Chem. Phys. 1999, 111, 3791-3799.
24. Gopich, I. V.; Solntsev, K. M.; Agmon, N. J. Chem. Phys. 1999, 110, 2164-2174.
25. Kim, H.; Shin, K. J.; Agmon, N. J. Chem. Phys. 2001, 114, 3905-3912.
26. Kim, H.; Shin, K. J. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9142-9150.
27. Krissinel', E. B.; Agmon, N. J. Comput. Chem. 1996, 17, 1085-1098.
28. Abramowitz, M., Stegun, I. A., Eds.; Handbook of Mathematical Functions, Dover: New York1970.
29. Agmon, N. J. Chem. Phys. 1984, 81, 2811-2817.
30. Agmon, N. Chem. Phys. Lett. 2006, 417, 530-534.
31. Winkler, K.; Lindner, J.; Bürsing, H.; Vöhringer, P. J. Chem. Phys. 2002, 113, 4674-4682.
32. Leiderman, P.; Gepshtein, R.; Uritski, A.; Genosar, L.; Huppert, D. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 9039-9050.
33. Singleton, D. L.; Cvetanović, R. J. J. Am. Chem. Soc. 1976, 98, 6812-6819.
34. Mozurkewich, M.; Benson, S. W. J. Phys. Chem. 1984, 88, 6429-6435.
35. Eigen, M. Angew. Chem., Int. Ed. 1964, 3, 1-72.
36. Ando, K.; Hynes, J. T. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10464-10478.
37. Leiderman, P.; Genosar, L.; Huppert, D. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 5965-5977.
38. Mohammed, O. F.; Pines, D.; Dreyer, J.; Pines, E.; Nibbering, E. T. J. Science 2005, 310, 83-86.
39. Xu, J.; Sharpe, M. A.; Qin, L.; Ferguson-Miller, S.; Voth, G. A. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 2910-2913.
40. Agmon, N. J. Chim. Phys. Phys.-Chim. Biol. 1996, 93, 1714-1736.
41. Rice, S. A. Diffusion-Limited Reactions, Comprehensive Chemical Kinetics; Elsevier: Amsterdam, 1985; Vol. 25.
42. Dantsker, D.; Samuni, U.; Friedman, J. M.; Agmon, N. Biochim. Biophys. Acta: Proteins Proteomics 2005, 1749, 234-251.