Mapping the genome of Plasmodium falciparum on the drug-like chemical space reveals novel anti-malarial targets and potential drug leads

Molecular BioSystems

Volumn 8, Issue 6, 2012, Pages 1678-1685

  Jensen, Kasper ^a   Plichta, Damian ^a   Panagiotou, Gianni ^a   Kouskoumvekaki, Irene ^a  

^a TECHNICAL UNIVERSITY OF DENMARK   (Denmark)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PLASMODIUM FALCIPARUM;

ANTIMALARIAL AGENT;

ARTICLE; CHEMISTRY; CHROMOSOME MAP; CLUSTER ANALYSIS; DRUG DEVELOPMENT; DRUG EFFECT; GENETICS; GENOME; GENOMICS; METHODOLOGY; MOLECULAR LIBRARY; PLASMODIUM FALCIPARUM;

ANTIMALARIALS; CHROMOSOME MAPPING; CLUSTER ANALYSIS; DRUG DISCOVERY; GENOME, PROTOZOAN; GENOMICS; PLASMODIUM FALCIPARUM; SMALL MOLECULE LIBRARIES;

EID: 84861142400     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb00008c     Document Type: Article

References (56)

1. A. G. Nerlich B. Schraut S. Dittrich T. Jelinek A. R. Zink Emerging Infect. Dis. 2008 14 1317 1319
2. J. Sachs P. Malaney Nature 2002 415 680 685
3. R. T. Eastman D. A. Fidock Nat. Rev. Microbiol. 2009 7 864 874
4. R. W. Snow C. A. Guerra A. M. Noor H. Y. Myint S. I. Hay Nature 2005 434 214 217
5. T. Anderson PLoS Med. 2009 6 e1000054
6. A. Afonso P. Hunt S. Cheesman A. C. Alves C. V. Cunha V. do Rosário P. Cravo Antimicrob. Agents Chemother. 2006 50 480 489
7. WHO World Malaria Report 2009, http://www.who.int/malaria/publications/ atoz/9789241563901/en/index.html. Last accessed Dec 6 2011. WHO
8. A. M. Dondorp F. Nosten P. Yi D. Das A. P. Phyo J. Tarning K. M. Lwin F. Ariey W. Hanpithakpong S. J. Lee P. Ringwald K. Silamut M. Imwong K. Chotivanich P. Lim T. Herdman S. S. An S. Yeung P. Singhasivanon N. P. J. Day N. Lindegardh D. Socheat N. J. White N. Engl. J. Med. 2009 361 455 467
9. S. M. Todryk A. V. S. Hill Nat. Rev. Microbiol. 2007 5 487 489
10. I. N. Subbayya S. S. Ray P. Balaram H. Balaram Indian J. Med. Res. 1997 106 79 94
11. A. S. Tarun X. Peng R. F. Dumpit Y. Ogata H. Silva-Rivera N. Camargo T. M. Daly L. W. Bergman S. H. I. Kappe Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 305 310
12. M. J. Gardner N. Hall E. Fung O. White M. Berriman R. W. Hyman J. M. Carlton A. Pain K. E. Nelson S. Bowman I. T. Paulsen K. James J. A. Eisen K. Rutherford S. L. Salzberg A. Craig S. Kyes M.-S. Chan V. Nene S. J. Shallom B. Suh J. Peterson S. Angiuoli M. Pertea J. Allen J. Selengut D. Haft M. W. Mather A. B. Vaidya D. M. A. Martin A. H. Fairlamb M. J. Fraunholz D. S. Roos S. A. Ralph G. I. McFadden L. M. Cummings G. M. Subramanian C. Mungall J. C. Venter D. J. Carucci S. L. Hoffman C. Newbold R. W. Davis C. M. Fraser B. Barrell Nature 2002 419 498 511
13. K. G. Le Roch Y. Zhou P. L. Blair M. Grainger J. K. Moch J. D. Haynes P. De La Vega A. A. Holder S. Batalov D. J. Carucci E. A. Winzeler Science 2003 301 1503 1508
14. TDR Targets. http://www.tdrtargets.org/. Last accessed Jan 3 2012
15. W. A. Guiguemde A. A. Shelat D. Bouck S. Duffy G. J. Crowther P. H. Davis D. C. Smithson M. Connelly J. Clark F. Zhu M. B. Jiménez-Díaz M. S. Martinez E. B. Wilson A. K. Tripathi J. Gut E. R. Sharlow I. Bathurst F. El Mazouni J. W. Fowble I. Forquer P. L. McGinley S. Castro I. Angulo-Barturen S. Ferrer P. J. Rosenthal J. L. Derisi D. J. Sullivan J. S. Lazo D. S. Roos M. K. Riscoe M. A. Phillips P. K. Rathod W. C. Van Voorhis V. M. Avery R. K. Guy Nature 2010 465 311 315
16. F.-J. Gamo L. M. Sanz J. Vidal C. de Cozar E. Alvarez J.-L. Lavandera D. E. Vanderwall D. V. S. Green V. Kumar S. Hasan J. R. Brown C. E. Peishoff L. R. Cardon J. F. Garcia-Bustos Nature 2010 465 305 310
17. S. L. Kinnings L. Xie K. H. Fung R. M. Jackson L. Xie P. E. Bourne PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000976
18. O. Taboureau S. K. Nielsen K. Audouze N. Weinhold D. Edsgärd F. S. Roque I. Kouskoumvekaki A. Bora R. Curpan T. S. Jensen S. Brunak T. I. Oprea Nucleic Acids Res. 2011 39 D367 D372
19. H. Matter J. Med. Chem. 1997 40 1219 1229
20. D. Leroy C. Doerig Trends Pharmacol. Sci. 2008 29 241 249
21. T. Mitamura N. M. Q. Palacpac Microbes Infect. 2003 5 545 552
22. U. Eckstein-Ludwig R. J. Webb I. D. A. Van Goethem J. M. East A. G. Lee M. Kimura P. M. O'Neill P. G. Bray S. A. Ward S. Krishna Nature 2003 424 957 961
23. P. D. Dobson D. B. Kell Nat. Rev. Drug Discovery 2008 7 205 220
24. HomoloGene. Home, http://www.ncbi.nlm.nih.gov.globalproxy.cvt.dk/ homologene/. Last accessed Jan 3 2012
25. L. He Y. Wu L. Lin J. Wang Y. Wu Y. Chen Z. Yi M. Liu X. Pang Cancer Sci. 2011 102 219 225
26. G. Plata T.-L. Hsiao K. L. Olszewski M. Llinás D. Vitkup Mol. Syst. Biol. 2010 6 408
27. A. P. Davis C. G. Murphy C. A. Saraceni-Richards M. C. Rosenstein T. C. Wiegers C. J. Mattingly Nucleic Acids Res. 2009 37 D786 D792
28. SIDER, Side Effect Resource
29. K. Lage N. T. Hansen E. O. Karlberg A. C. Eklund F. S. Roque P. K. Donahoe Z. Szallasi T. S. Jensen S. Brunak Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 20870 20875
30. K. Lage E. O. Karlberg Z. M. Størling P. I. Olason A. G. Pedersen O. Rigina A. M. Hinsby Z. Tümer F. Pociot N. Tommerup Y. Moreau S. Brunak Nat. Biotechnol. 2007 25 309 316
31. P. de Matos R. Alcantara A. Dekker M. Ennis J. Hastings K. Haug I. Spiteri S. Turner C. Steinbeck Nucleic Acids Res. 2009 38 D249 D254
32. T. Liu Y. Lin X. Wen R. N. Jorissen M. K. Gilson Nucleic Acids Res. 2007 35 D198 D201
33. B. Roth Pharmacol. Ther. 2004 102 99 110
34. D. S. Wishart C. Knox A. C. Guo D. Cheng S. Shrivastava D. Tzur B. Gautam M. Hassanali Nucleic Acids Res. 2008 36 D901 D906
35. M. Hewett D. E. Oliver D. L. Rubin K. L. Easton J. M. Stuart R. B. Altman T. E. Klein Nucleic Acids Res. 2002 30 163 165
36. M. Olah, R. Curpan, L. Ostopovici, A. Bora, N. Hadaruga, R. Moldovan, A. Fulias, M. Mracec and T. I. Oprea, in Chemical Biology: From Small Molecules to Systems Biology and Drug Design, Wiley-VCH, New York, 2007, pp. 760-786
37. D. L. Wheeler T. Barrett D. A. Benson S. H. Bryant K. Canese V. Chetvernin D. M. Church M. DiCuccio R. Edgar S. Federhen L. Y. Geer Y. Kapustin O. Khovayko D. Landsman D. J. Lipman T. L. Madden D. R. Maglott J. Ostell V. Miller K. D. Pruitt G. D. Schuler E. Sequeira S. T. Sherry K. Sirotkin A. Souvorov G. Starchenko R. L. Tatusov T. A. Tatusova L. Wagner E. Yaschenko Nucleic Acids Res. 2007 35 D5 D12
38. M. Kuhn D. Szklarczyk A. Franceschini M. Campillos C. von Mering L. J. Jensen A. Beyer P. Bork Nucleic Acids Res. 2009 38 D552 D556
39. The R Project for Statistical Computing. http://www.R-project.org
40. J. F. Rual K. Venkatesan T. Hao T. Hirozane-Kishikawa A. Dricot N. Li et al. Nature 2005 437 1173 1178
41. G. D. Bader D. Betel C. W. Hogue Nucleic Acids Res. 2003 31 248 250
42. C. Stark B. J. Breitkreutz T. Reguly L. Boucher A. Breitkreutz M. Tyers Nucleic Acids Res. 2006 34 D535 D539
43. A. Zanzoni L. Montecchi-Palazzi M. Quondam G. Ausiello M. Helmer-Citterich G. Cesareni FEBS Lett. 2002 513 135 140
44. L. Salwinski C. S. Miller A. J. Smith F. K. Pettit J. U. Bowie D. Eisenberg Nucleic Acids Res. 2004 32 D449 D451
45. G. R. Mishra M. Suresh K. Kumaran N. Kannabiran S. Suresh P. Bala et al. Nucleic Acids Res. 2006 34 D411 D414
46. H. Hermjakob L. Montecchi-Palazzi C. Lewington S. Mudali S. Kerrien S. Orchard et al. Nucleic Acids Res. 2004 32 D452 D455
47. P. Pagel S. Kovac M. Oesterheld B. Brauner I. Dunger-Kaltenbach G. Frishman et al. Bioinformatics 2005 21 832 834
48. U. Guldener M. Munsterkotter M. Oesterheld P. Pagel A. Ruepp H. W. Mewes et al. Nucleic Acids Res. 2006 34 D436 D441
49. G. Joshi-Tope M. Gillespie I. Vastrik P. D'Eustachio E. Schmidt B. de Bono et al. Nucleic Acids Res. 2005 33 D428 D432
50. M. Kanehisa S. Goto M. Hattori K. F. Aoki-Kinoshita M. Itoh S. Kawashima et al. Nucleic Acids Res. 2006 34 D354 D357
51. K. P. O'Brien M. Remm E. L. Sonnhammer Nucleic Acids Res. 2005 33 D476
52. A. Hamosh A. F. Scott J. S. Amberger C. A. Bocchini V. A. McKusick Nucleic Acids Res. 2005 33 D514 D517
53. K.-I. Goh M. E. Cusick D. Valle B. Childs M. Vidal A.-L. Barabási Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 8685 8690
54. J. P. Overington B. Al-Lazikani A. L. Hopkins Nat. Rev. Drug Discovery 2006 5 993 996
55. T. Shahian G. M. Lee A. Lazic L. A. Arnold P. Velusamy C. M. Roels R. K. Guy C. S. Craik Nat. Chem. Biol. 2009 5 640 646
56. H. M. Staines E. T. Derbyshire K. Slavic A. Tattersall H. Vial S. Krishna Trends Parasitol. 2010 26 284 296