Human complex trait genetics: Lifting the Lid of the genomics toolbox - from pathways to prediction

Current Genomics

Volumn 13, Issue 3, 2012, Pages 213-224

  Rowe, Suzanne J ^a   Tenesa, Albert ^a,b  

^a UNIVERSITY OF EDINBURGH   (United Kingdom)

^b WESTERN GENERAL HOSPITAL   (United Kingdom)

Author keywords

Association complex human genetics genome wide genomics GWAS prediction

Indexed keywords

ARTICLE; BREAST CANCER; CANCER RISK; CANCER SUSCEPTIBILITY; CHROMOSOME DUPLICATION; CHROMOSOME INVERSION; COLORECTAL CANCER; COPY NUMBER VARIATION; CPG ISLAND; CROHN DISEASE; DNA METHYLATION; FALSE POSITIVE RESULT; GENE FREQUENCY; GENE LINKAGE DISEQUILIBRIUM; GENE MAPPING; GENETIC ASSOCIATION; GENETIC TRAIT; GENETIC VARIABILITY; GENOMICS; GENOTYPE; HUMAN; HUMAN GENOME; INDEL MUTATION; INHERITANCE; INSULIN DEPENDENT DIABETES MELLITUS; MONOGENIC DISORDER; NON INSULIN DEPENDENT DIABETES MELLITUS; PHENOTYPE; PROSTATE CANCER; QUANTITATIVE TRAIT; QUANTITATIVE TRAIT LOCUS; RECEIVER OPERATING CHARACTERISTIC; REGRESSION ANALYSIS; RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM; RETINA MACULA DEGENERATION; SICK SINUS SYNDROME; SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM;

EID: 84860531396     PISSN: 13892029     EISSN: 18755488     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/138920212800543101     Document Type: Article

References (82)

1. Falconer, D. S.; T.F.C. Mackay Introduction to Quantitative Genetics; Fourth Edition ed.; 4. Longmans Green, Harlow, Essex, UK: 1996.
2. Visscher, P. M.; Hill, W. G.; Wray, N. R. Heritability in the genomics era--concepts and misconceptions. Nat. Rev. Genet., 2008, 9 (4), 255-266.
3. Goldstein, D. B.; Cavalleri, G. L. Genomics: understanding human diversity. Nature, 2005, 437 (7063), 1241-1242.
4. Haseman, J. K.; Elston, R. C. The investigation of linkage between a quantitative trait and a marker locus. Behav. Genet., 1972, 2 (1), 3-19.
5. Spielman, R. S.; Ewens, W. J. The TDT and other family-based tests for linkage disequilibrium and association. Am. J. Hum. Genet., 1996, 59 (5), 983-989.
6. Lunetta, K. L.; Faraone, S. V.; Biederman, J.; Laird, N. M. Familybased tests of association and linkage that use unaffected sibs, covariates, and interactions. Am J Hum. Genet., 2000, 66 (2), 605-614.
7. Allison, D. B. Transmission-disequilibrium tests for quantitative traits. Am. J. Hum. Genet., 1997, 60 (3), 676-690.
8. Risch, N.; Merikangas, K. The future of genetic studies of complex human diseases. Science, 1996, 273 (5281), 1516-1517.
9. Reich, D. E.; Lander, E. S. On the allelic spectrum of human disease. Trends Genet., 2001, 17 (9), 502-510.
10. Durbin, R. M.; Abecasis, G. R.; Altshuler, D. L.; Auton, A.; Brooks, L. D.; Durbin, R. M.; Gibbs, R. A.; Hurles, M. E.; McVean, G. A. A map of human genome variation from population-scale sequencing. Nature, 2010, 467 (7319), 1061-1073.
11. Price, A. L.; Patterson, N. J.; Plenge, R. M.; Weinblatt, M. E.; Shadick, N. A.; Reich, D. Principal components analysis corrects for stratification in genome-wide association studies. Nat. Genet., 2006, 38 (8), 904-909.
12. Altshuler, D. M.; Gibbs, R. A.; Peltonen, L.; Altshuler, D. M.; Gibbs, R. A.; Peltonen, L.; Dermitzakis, E.; Schaffner, S. F.; Yu, F.; Peltonen, L.; Dermitzakis, E.; Bonnen, P. E.; Altshuler, D. M.; Gibbs, R. A.; de Bakker, P. I.; Deloukas, P.; Gabriel, S. B.; Gwilliam, R.; Hunt, S.; Inouye, M.; Jia, X.; Palotie, A.; Parkin, M.; Whittaker, P.; Yu, F.; Chang, K.; Hawes, A.; Lewis, L. R.; Ren, Y.; Wheeler, D.; Gibbs, R. A.; Muzny, D. M.; Barnes, C.; Darvishi, K.; Hurles, M.; Korn, J. M.; Kristiansson, K.; Lee, C.; McCarrol, S. A.; Nemesh, J.; Dermitzakis, E.; Keinan, A.; Montgomery, S. B.; Pollack, S.; Price, A. L.; Soranzo, N.; Bonnen, P. E.; Gibbs, R. A.; Gonzaga-Jauregui, C.; Keinan, A.; Price, A. L.; Yu, F.; Anttila, V.; Brodeur, W.; Daly, M. J.; Leslie, S.; McVean, G.; Moutsianas, L.; Nguyen, H.; Schaffner, S. F.; Zhang, Q.; Ghori, M. J.; McGinnis, R.; McLaren, W.; Pollack, S.; Price, A. L.; Schaffner, S. F.; Takeuchi, F.; Grossman, S. R.; Shlyakhter, I.; Hostetter, E. B.; Sabeti, P. C.; Adebamowo, C. A.; Foster, M. W.; Gordon, D. R.; Licinio, J.; Manca, M. C.; Marshall, P. A.; Matsuda, I.; Ngare, D.; Wang, V. O.; Reddy, D.; Rotimi, C. N.; Royal, C. D.; Sharp, R. R.; Zeng, C.; Brooks, L. D.; McEwen, J. E. Integrating common and rare genetic variation in diverse human populations. Nature, 2010, 467 (7311), 52-58.
13. Howie, B. N.; Donnelly, P.; Marchini, J. A flexible and accurate genotype imputation method for the next generation of genomewide association studies. PLoS. Genet., 2009, 5 (6), e1000529.
14. Marchini, J.; Howie, B. Genotype imputation for genome-wide association studies. Nat. Rev. Genet., 2010, 11 (7), 499-511.
15. Li, Y.; Willer, C.; Sanna, S.; Abecasis, G. Genotype imputation. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet., 2009, 10, 387-406.
16. Li, Y.; Willer, C. J.; Ding, J.; Scheet, P.; Abecasis, G. R. MaCH: using sequence and genotype data to estimate haplotypes and unobserved genotypes. Genet. Epidemiol., 2010, 34 (8), 816-834.
17. Hindorff, L. A.; Sethupathy, P.; Junkins, H. A.; Ramos, E. M.; Mehta, J. P.; Collins, F. S.; Manolio, T. A. Potential etiologic and functional implications of genome-wide association loci for human diseases and traits. Proc. Natl. Acad. Sci U. S. A, 2009, 106 (23), 9362-9367.
18. Fletcher, O.; Houlston, R. S. Architecture of inherited susceptibility to common cancer. Nat. Rev Cancer, 2010, 10 (5), 353-361.
19. Lango Allen, H.; Estrada, K.; Lettre, G.; Berndt, S. I.; Weedon, M. N.; Rivadeneira, F.; Willer, C. J.; Jackson, A. U.; Vedantam, S.; Raychaudhuri, S.; Ferreira, T.; Wood, A. R.; Weyant, R. J.; Segre, A. V.; Speliotes, E. K.; Wheeler, E.; Soranzo, N.; Park, J. H.; Yang, J.; Gudbjartsson, D.; Heard-Costa, N. L.; Randall, J. C.; Qi, L.; Vernon Smith, A.; Magi, R.; Pastinen, T.; Liang, L.; Heid, I. M.; Luan, J.; Thorleifsson, G.; Winkler, T. W.; Goddard, M. E.; Sin Lo, K.; Palmer, C.; Workalemahu, T.; Aulchenko, Y. S.; Johansson, A.; Carola Zillikens, M.; Feitosa, M. F.; Esko, T.; Johnson, T.; Ketkar, S.; Kraft, P.; Mangino, M.; Prokopenko, I.; Absher, D.; Albrecht, E.; Ernst, F.; Glazer, N. L.; Hayward, C.; Hottenga, J. J.; Jacobs, K. B.; Knowles, J. W.; Kutalik, Z.; Monda, K. L.; Polasek, O.; Preuss, M.; Rayner, N. W.; Robertson, N. R.; Steinthorsdottir, V.; Tyrer, J. P.; Voight, B. F.; Wiklund, F.; Xu, J.; Hua Zhao, J.; Nyholt, D. R.; Pellikka, N.; Perola, M.; Perry, J. R. B.; Surakka, I.; Tammesoo, M. L.; Altmaier, E. L.; Amin, N.; Aspelund, T.; Bhangale, T.; Boucher, G.; Chasman, D. I.; Chen, C.; Coin, L.; Cooper, M. N.; Dixon, A. L.; Gibson, Q.; Grundberg, E.; Hao, K.; Juhani Junttila, M.; Kaplan, L. M.; Kettunen, J.; Konig, I. R.; Kwan, T.; Lawrence, R. W.; Levinson, D. F.; Lorentzon, M.; McKnight, B.; Morris, A. P.; Muller, M.; Suh Ngwa, J.; Purcell, S.; Rafelt, S.; Salem, R. M.; Salvi, E.; Sanna, S.; Shi, J.; Sovio, U.; Thompson, J. R.; Turchin, M. C.; Vandenput, L.; Verlaan, D. J.; Vitart, V.; White, C. C.; Ziegler, A.; Almgren, P.; Balmforth, A. J.; Campbell, H.; Citterio, L.; De Grandi, A.; Dominiczak, A.; Duan, J.; Elliott, P.; Elosua, R.; Eriksson, J. G.; Freimer, N. B.; Geus, E. J. C.; Glorioso, N.; Haiqing, S.; Hartikainen, A. L.; Havulinna, A. S.; Hicks, A. A.; Hui, J.; Igl, W.; Illig, T.; Jula, A.; Kajantie, E.; Kilpelainen, T. O.; Koiranen, M.; Kolcic, I.; Koskinen, S.; Kovacs, P.; Laitinen, J.; Liu, J.; Lokki, M. L.; Marusic, A.; Maschio, A.; Meitinger, T.; Mulas, A.; Pare, G.; Parker, A. N.; Peden, J. F.; Petersmann, A.; Pichler, I.; Pietilainen, K. H.; Pouta, A.; Ridderstrale, M.; Rotter, J. I.; Sambrook, J. G.; Sanders, A. R.; Oliver Schmidt, C.; Sinisalo, J.; Smit, J. H.; Stringham, H. M.; Bragi Walters, G.; Widen, E.; Wild, S. H.; Willemsen, G.; Zagato, L.; Zgaga, L.; Zitting, P.; Alavere, H.; Farrall, M.; McArdle, W. L.; Nelis, M.; Peters, M. J.; Ripatti, S.; van Meurs, J. B. J.; Aben, K. K.; Ardlie, K. G.; Beckmann, J. S.; Beilby, J. P.; Bergman, R. N.; Bergmann, S.; Collins, F. S.; Cusi, D.; den Heijer, M.; Eiriksdottir, G.; Gejman, P. V.; Hall, A. S.; Hamsten, A.; Huikuri, H. V.; Iribarren, C.; Kahonen, M.; Kaprio, J.; Kathiresan, S.; Kiemeney, L.; Kocher, T.; Launer, L. J.; Lehtimaki, T.; Melander, O.; Mosley Jr, T. H.; Musk, A. W.; Nieminen, M. S.; 'Donnell, C. J.; Ohlsson, C.; Oostra, B.; Palmer, L. J.; Raitakari, O.; Ridker, P. M.; Rioux, J. D.; Rissanen, A.; Rivolta, C.; Schunkert, H.; Shuldiner, A. R.; Siscovick, D. S.; Stumvoll, M.; Tonjes, A.; Tuomilehto, J.; van Ommen, G. J.; Viikari, J.; Heath, A. C.; Martin, N. G.; Montgomery, G. W.; Province, M. A.; Kayser, M.; Arnold, A. M.; Atwood, L. D.; Boerwinkle, E.; Chanock, S. J.; Deloukas, P.; Gieger, C.; Gronberg, H.; Hall, P.; Hattersley, A. T.; Hengstenberg, C.; Hoffman, W.; Mark Lathrop, G.; Salomaa, V.; Schreiber, S.; Uda, M.; Waterworth, D.; Wright, A. F.; Assimes, T. L.; Barroso, I.; Hofman, A.; Mohlke, K. L.; Boomsma, D. I.; Caulfield, M. J.; drienne Cupples, L.; Erdmann, J.; Fox, C. S.; Gudnason, V.; Gyllensten, U.; Harris, T. B.; Hayes, R. B.; Jarvelin, M. R.; Mooser, V.; Munroe, P. B.; Ouwehand, W. H. Hundreds of variants clustered in genomic loci and biological pathways affect human height. Nature, 2010, 467 (7317), 832-838.
20. Voight, B. F.; Scott, L. J.; Steinthorsdottir, V.; Morris, A. P.; Dina, C.; Welch, R. P.; Zeggini, E.; Huth, C.; Aulchenko, Y. S.; Thorleifsson, G.; McCulloch, L. J.; Ferreira, T.; Grallert, H.; Amin, N.; Wu, G.; Willer, C. J.; Raychaudhuri, S.; McCarroll, S. A.; Langenberg, C.; Hofmann, O. M.; Dupuis, J.; Qi, L.; Segre, A. V.; van, H. M.; Navarro, P.; Ardlie, K.; Balkau, B.; Benediktsson, R.; Bennett, A. J.; Blagieva, R.; Boerwinkle, E.; Bonnycastle, L. L.; Bengtsson, B. K.; Bravenboer, B.; Bumpstead, S.; Burtt, N. P.; Charpentier, G.; Chines, P. S.; Cornelis, M.; Couper, D. J.; Crawford, G.; Doney, A. S.; Elliott, K. S.; Elliott, A. L.; Erdos, M. R.; Fox, C. S.; Franklin, C. S.; Ganser, M.; Gieger, C.; Grarup, N.; Green, T.; Griffin, S.; Groves, C. J.; Guiducci, C.; Hadjadj, S.; Hassanali, N.; Herder, C.; Isomaa, B.; Jackson, A. U.; Johnson, P. R.; Jorgensen, T.; Kao, W. H.; Klopp, N.; Kong, A.; Kraft, P.; Kuusisto, J.; Lauritzen, T.; Li, M.; Lieverse, A.; Lindgren, C. M.; Lyssenko, V.; Marre, M.; Meitinger, T.; Midthjell, K.; Morken, M. A.; Narisu, N.; Nilsson, P.; Owen, K. R.; Payne, F.; Perry, J. R.; Petersen, A. K.; Platou, C.; Proenca, C.; Prokopenko, I.; Rathmann, W.; Rayner, N. W.; Robertson, N. R.; Rocheleau, G.; Roden, M.; Sampson, M. J.; Saxena, R.; Shields, B. M.; Shrader, P.; Sigurdsson, G.; Sparso, T.; Strassburger, K.; Stringham, H. M.; Sun, Q.; Swift, A. J.; Thorand, B.; Tichet, J.; Tuomi, T.; van Dam, R. M.; van Haeften, T. W.; van, H. T.; van Vliet-Ostaptchouk, J. V.; Walters, G. B.; Weedon, M. N.; Wijmenga, C.; Witteman, J.; Bergman, R. N.; Cauchi, S.; Collins, F. S.; Gloyn, A. L.; Gyllensten, U.; Hansen, T.; Hide, W. A.; Hitman, G. A.; Hofman, A.; Hunter, D. J.; Hveem, K.; Laakso, M.; Mohlke, K. L.; Morris, A. D.; Palmer, C. N.; Pramstaller, P. P.; Rudan, I.; Sijbrands, E.; Stein, L. D.; Tuomilehto, J.; Uitterlinden, A.; Walker, M.; Wareham, N. J.; Watanabe, R. M.; Abecasis, G. R.; Boehm, B. O.; Campbell, H.; Daly, M. J.; Hattersley, A. T.; Hu, F. B.; Meigs, J. B.; Pankow, J. S.; Pedersen, O.; Wichmann, H. E.; Barroso, I.; Florez, J. C.; Frayling, T. M.; Groop, L.; Sladek, R.; Thorsteinsdottir, U.; Wilson, J. F.; Illig, T.; Froguel, P.; van Duijn, C. M.; Stefansson, K.; Altshuler, D.; Boehnke, M.; McCarthy, M. I. Twelve type 2 diabetes susceptibility loci identified through largescale association analysis. Nat. Genet., 2010, 42 (7), 579-589.
21. Franke, A.; McGovern, D. P.; Barrett, J. C.; Wang, K.; Radford-Smith, G. L.; Ahmad, T.; Lees, C. W.; Balschun, T.; Lee, J.; Roberts, R.; Anderson, C. A.; Bis, J. C.; Bumpstead, S.; Ellinghaus, D.; Festen, E. M.; Georges, M.; Green, T.; Haritunians, T.; Jostins, L.; Latiano, A.; Mathew, C. G.; Montgomery, G. W.; Prescott, N. J.; Raychaudhuri, S.; Rotter, J. I.; Schumm, P.; Sharma, Y.; Simms, L. A.; Taylor, K. D.; Whiteman, D.; Wijmenga, C.; Baldassano, R. N.; Barclay, M.; Bayless, T. M.; Brand, S.; Buning, C.; Cohen, A.; Colombel, J. F.; Cottone, M.; Stronati, L.; Denson, T.; De, V. M.; D'Inca, R.; Dubinsky, M.; Edwards, C.; Florin, T.; Franchimont, D.; Gearry, R.; Glas, J.; Van, G. A.; Guthery, S. L.; Halfvarson, J.; Verspaget, H. W.; Hugot, J. P.; Karban, A.; Laukens, D.; Lawrance, I.; Lemann, M.; Levine, A.; Libioulle, C.; Louis, E.; Mowat, C.; Newman, W.; Panes, J.; Phillips, A.; Proctor, D. D.; Regueiro, M.; Russell, R.; Rutgeerts, P.; Sanderson, J.; Sans, M.; Seibold, F.; Steinhart, A. H.; Stokkers, P. C.; Torkvist, L.; Kullak-Ublick, G.; Wilson, D.; Walters, T.; Targan, S. R.; Brant, S. R.; Rioux, J. D.; D'Amato, M.; Weersma, R. K.; Kugathasan, S.; Griffiths, A. M.; Mansfield, J. C.; Vermeire, S.; Duerr, R. H.; Silverberg, M. S.; Satsangi, J.; Schreiber, S.; Cho, J. H.; Annese, V.; Hakonarson, H.; Daly, M. J.; Parkes, M. Genome-wide metaanalysis increases to 71 the number of confirmed Crohn's disease susceptibility loci. Nat. Genet., 2010, 42 (12), 1118-1125.
22. Lander, E. S. Initial impact of the sequencing of the human genome. Nature, 2011, 470 (7333), 187-197.
23. Maher, B. Personal genomes: The case of the missing heritability. Nature, 2008, 456 (7218), 18-21.
24. Manolio, T. A.; Collins, F. S.; Cox, N. J.; Goldstein, D. B.; Hindorff, L. A.; Hunter, D. J.; McCarthy, M. I.; Ramos, E. M.; Cardon, L. R.; Chakravarti, A.; Cho, J. H.; Guttmacher, A. E.; Kong, A.; Kruglyak, L.; Mardis, E.; Rotimi, C. N.; Slatkin, M.; Valle, D.; Whittemore, A. S.; Boehnke, M.; Clark, A. G.; Eichler, E. E.; Gibson, G.; Haines, J. L.; Mackay, T. F.; McCarroll, S. A.; Visscher, P. M. Finding the missing heritability of complex diseases. Nature, 2009, 461 (7265), 747-753.
25. Barrett, J. C.; Hansoul, S.; Nicolae, D. L.; Cho, J. H.; Duerr, R. H.; Rioux, J. D.; Brant, S. R.; Silverberg, M. S.; Taylor, K. D.; Barmada, M. M.; Bitton, A.; Dassopoulos, T.; Datta, L. W.; Green, T.; Griffiths, A. M.; Kistner, E. O.; Murtha, M. T.; Regueiro, M. D.; Rotter, J. I.; Schumm, L. P.; Steinhart, A. H.; Targan, S. R.; Xavier, R. J.; Libioulle, C.; Sandor, C.; Lathrop, M.; Belaiche, J.; Dewit, O.; Gut, I.; Heath, S.; Laukens, D.; Mni, M.; Rutgeerts, P.; Van, G. A.; Zelenika, D.; Franchimont, D.; Hugot, J. P.; de, V. M.; Vermeire, S.; Louis, E.; Cardon, L. R.; Anderson, C. A.; Drummond, H.; Nimmo, E.; Ahmad, T.; Prescott, N. J.; Onnie, C. M.; Fisher, S. A.; Marchini, J.; Ghori, J.; Bumpstead, S.; Gwilliam, R.; Tremelling, M.; Deloukas, P.; Mansfield, J.; Jewell, D.; Satsangi, J.; Mathew, C. G.; Parkes, M.; Georges, M.; Daly, M. J. Genome-wide association defines more than 30 distinct susceptibility loci for Crohn's disease. Nat. Genet., 2008, 40 (8), 955-962.
26. Houlihan, L. M.; Davies, G.; Tenesa, A.; Harris, S. E.; Luciano, M.; Gow, A. J.; McGhee, K. A.; Liewald, D. C.; Porteous, D. J.; Starr, J. M.; Lowe, G. D.; Visscher, P. M.; Deary, I. J. Common variants of large effect in F12, KNG1, and HRG are associated with activated partial thromboplastin time. Am. J. Hum. Genet., 2010, 86 (4), 626-631.
27. Slatkin, M. Epigenetic inheritance and the missing heritability problem. Genetics, 2009, 182 (3), 845-850.
28. Hill, W. G.; Goddard, M. E.; Visscher, P. M. Data and theory point to mainly additive genetic variance for complex traits. PLoS. Genet., 2008, 4 (2), e1000008.
29. Yang, J.; Manolio, T. A.; Pasquale, L. R.; Boerwinkle, E.; Caporaso, N.; Cunningham, J. M.; de, A. M.; Feenstra, B.; Feingold, E.; Hayes, M. G.; Hill, W. G.; Landi, M. T.; Alonso, A.; Lettre, G.; Lin, P.; Ling, H.; Lowe, W.; Mathias, R. A.; Melbye, M.; Pugh, E.; Cornelis, M. C.; Weir, B. S.; Goddard, M. E.; Visscher, P. M. Genome partitioning of genetic variation for complex traits using common SNPs. Nat. Genet, 2011, 43 (6), 519-525.
30. Tenesa, A.; Knott, S. A.; Carothers, A. D.; Visscher, P. M. Power of linkage disequilibrium mapping to detect a quantitative trait locus (QTL) in selected samples of unrelated individuals. Ann. Hum. Genet., 2003, 67 (Pt 6), 557-566.
31. Tenesa, A.; Visscher, P. M.; Carothers, A. D.; Knott, S. A. Mapping quantitative trait loci using linkage disequilibrium: marker-versus trait-based methods. Behav. Genet, 2005, 35 (2), 219-228.
32. Wessel, J.; Schork, N. J. Generalized genomic distance-based regression methodology for multilocus association analysis. Am J Hum. Genet., 2006, 79 (5), 792-806.
33. Stranger, B. E.; Stahl, E. A.; Raj, T. Progress and promise of genome-wide association studies for human complex trait genetics. Genetics, 2011, 187 (2), 367-383.
34. Pritchard, J. K.; Cox, N. J. The allelic architecture of human disease genes: common disease-common variant. or not? Hum. Mol. Genet., 2002, 11 (20), 2417-2423.
35. Pritchard, J. K. Are rare variants responsible for susceptibility to complex diseases? Am. J. Hum. Genet., 2001, 69 (1), 124-137.
36. Bodmer, W.; Bonilla, C. Common and rare variants in multifactorial susceptibility to common diseases. Nat. Genet., 2008, 40 (6), 695-701.
37. Holm, H.; Gudbjartsson, D. F.; Sulem, P.; Masson, G.; Helgadottir, H. T.; Zanon, C.; Magnusson, O. T.; Helgason, A.; Saemundsdottir, J.; Gylfason, A.; Stefansdottir, H.; Gretarsdottir, S.; Matthiasson, S. E.; Thorgeirsson, G. M.; Jonasdottir, A.; Sigurdsson, A.; Stefansson, H.; Werge, T.; Rafnar, T.; Kiemeney, L. A.; Parvez, B.; Muhammad, R.; Roden, D. M.; Darbar, D.; Thorleifsson, G.; Walters, G. B.; Kong, A.; Thorsteinsdottir, U.; Arnar, D. O.; Stefansson, K. A rare variant in MYH6 is associated with high risk of sick sinus syndrome. Nat. Genet., 2011, 43 (4), 316-320.
38. Haiman, C. A.; Patterson, N.; Freedman, M. L.; Myers, S. R.; Pike, M. C.; Waliszewska, A.; Neubauer, J.; Tandon, A.; Schirmer, C.; McDonald, G. J.; Greenway, S. C.; Stram, D. O.; Le, M. L.; Kolonel, L. N.; Frasco, M.; Wong, D.; Pooler, L. C.; Ardlie, K.; Oakley-Girvan, I.; Whittemore, A. S.; Cooney, K. A.; John, E. M.; Ingles, S. A.; Altshuler, D.; Henderson, B. E.; Reich, D. Multiple regions within 8q24 independently affect risk for prostate cancer. Nat. Genet., 2007, 39 (5), 638-644.
39. Wray, N. R.; Goddard, M. E.; Visscher, P. M. Prediction of individual genetic risk of complex disease. Curr. Opin. Genet. Dev., 2008, 18 (3), 257-263.
40. Ashley, E. A.; Butte, A. J.; Wheeler, M. T.; Chen, R.; Klein, T. E.; Dewey, F. E.; Dudley, J. T.; Ormond, K. E.; Pavlovic, A.; Morgan, A. A.; Pushkarev, D.; Neff, N. F.; Hudgins, L.; Gong, L.; Hodges, L. M.; Berlin, D. S.; Thorn, C. F.; Sangkuhl, K.; Hebert, J. M.; Woon, M.; Sagreiya, H.; Whaley, R.; Knowles, J. W.; Chou, M. F.; Thakuria, J. V.; Rosenbaum, A. M.; Zaranek, A. W.; Church, G. M.; Greely, H. T.; Quake, S. R.; Altman, R. B. Clinical assessment incorporating a personal genome. Lancet, 2010, 375 (9725), 1525-1535.
41. Spencer, K. L.; Olson, L. M.; Schnetz-Boutaud, N.; Gallins, P.; Agarwal, A.; Iannaccone, A.; Kritchevsky, S. B.; Garcia, M.; Nalls, M. A.; Newman, A. B.; Scott, W. K.; Pericak-Vance, M. A.; Haines, J. L. Using genetic variation and environmental risk factor data to identify individuals at high risk for age-related macular degeneration. PLoS. One., 2011, 6 (3), e17784.
42. Wei, Z.; Wang, K.; Qu, H. Q.; Zhang, H.; Bradfield, J.; Kim, C.; Frackleton, E.; Hou, C.; Glessner, J. T.; Chiavacci, R.; Stanley, C.; Monos, D.; Grant, S. F.; Polychronakos, C.; Hakonarson, H. From disease association to risk assessment: an optimistic view from genome-wide association studies on type 1 diabetes. PLoS. Genet., 2009, 5 (10), e1000678.
43. de los Campos, G.; Gianola, D.; Allison, D. B. Predicting genetic predisposition in humans: the promise of whole-genome markers. Nat. Rev. Genet., 2010, 11 (12), 880-886.
44. Meuwissen, T.; Goddard, M. Accurate prediction of genetic values for complex traits by whole-genome resequencing. Genetics, 2010, 185 (2), 623-631.
45. Goddard, M.; Wray, N. R.; Verbyla, K.; Visscher, P. M. Estimating effects and making predictions from genome-wide marker data. Statistical Science, 2009, 4, 517-529.
46. Meuwissen, T. H.; Hayes, B. J.; Goddard, M. E. Prediction of total genetic value using genome-wide dense marker maps. Genetics, 2001, 157 (4), 1819-1829.
47. Meuwissen, T. Genomic selection: marker assisted selection on a genome wide scale. J Anim Breed. Genet., 2007, 124 (6), 321-322.
48. Tibshirani, R. Regression shrinkage and selection via the Lasso. Journal of the Royal Statistical Society, Series B, 1996, 58, 267-288.
49. Gianola, D.; de los, C. G.; Hill, W. G.; Manfredi, E.; Fernando, R. Additive genetic variability and the Bayesian alphabet. Genetics, 2009, 183 (1), 347-363.
50. Daetwyler, H. D.; Villanueva, B.; Woolliams, J. A. Accuracy of predicting the genetic risk of disease using a genome-wide approach. PLoS. One., 2008, 3 (10), e3395.
51. Fawcett, T. An introduction to ROC analysis. Pattern Recognition Letters, 2006, 27 (8), 861-874.
52. Wacholder, S.; Hartge, P.; Prentice, R.; Garcia-Closas, M.; Feigelson, H. S.; Diver, W. R.; Thun, M. J.; Cox, D. G.; Hankinson, S. E.; Kraft, P.; Rosner, B.; Berg, C. D.; Brinton, L. A.; Lissowska, J.; Sherman, M. E.; Chlebowski, R.; Kooperberg, C.; Jackson, R. D.; Buckman, D. W.; Hui, P.; Pfeiffer, R.; Jacobs, K. B.; Thomas, G. D.; Hoover, R. N.; Gail, M. H.; Chanock, S. J.; Hunter, D. J. Performance of common genetic variants in breastcancer risk models. N. Engl. J. Med., 2010, 362 (11), 986-993.
53. Meigs, J. B.; Shrader, P.; Sullivan, L. M.; McAteer, J. B.; Fox, C. S.; Dupuis, J.; Manning, A. K.; Florez, J. C.; Wilson, P. W.; D'Agostino, R. B., Sr.; Cupples, L. A. Genotype score in addition to common risk factors for prediction of type 2 diabetes. N. Engl. J. Med., 2008, 359 (21), 2208-2219.
54. Zweig, M. H.; Campbell, G. Receiver-operating characteristic (ROC) plots: a fundamental evaluation tool in clinical medicine. Clin. Chem., 1993, 39 (4), 561-577.
55. Hand, D. J. Evaluating diagnostic tests: The area under the ROC curve and the balance of errors. Stat. Med., 2010, 29 (14), 1502-1510.
56. Wray, N. R.; Yang, J.; Goddard, M. E.; Visscher, P. M. The genetic interpretation of area under the ROC curve in genomic profiling. PLoS. Genet., 2010, 6 (2), e1000864.
57. Speliotes, E. K.; Willer, C. J.; Berndt, S. I.; Monda, K. L.; Thorleifsson, G.; Jackson, A. U.; Allen, H. L.; Lindgren, C. M.; Luan, J.; Magi, R.; Randall, J. C.; Vedantam, S.; Winkler, T. W.; Qi, L.; Workalemahu, T.; Heid, I. M.; Steinthorsdottir, V.; Stringham, H. M.; Weedon, M. N.; Wheeler, E.; Wood, A. R.; Ferreira, T.; Weyant, R. J.; Segre, A. V.; Estrada, K.; Liang, L.; Nemesh, J.; Park, J. H.; Gustafsson, S.; Kilpelainen, T. O.; Yang, J.; Bouatia-Naji, N.; Esko, T.; Feitosa, M. F.; Kutalik, Z.; Mangino, M.; Raychaudhuri, S.; Scherag, A.; Smith, A. V.; Welch, R.; Zhao, J. H.; Aben, K. K.; Absher, D. M.; Amin, N.; Dixon, A. L.; Fisher, E.; Glazer, N. L.; Goddard, M. E.; Heard-Costa, N. L.; Hoesel, V.; Hottenga, J. J.; Johansson, A.; Johnson, T.; Ketkar, S.; Lamina, C.; Li, S.; Moffatt, M. F.; Myers, R. H.; Narisu, N.; Perry, J. R.; Peters, M. J.; Preuss, M.; Ripatti, S.; Rivadeneira, F.; Sandholt, C.; Scott, L. J.; Timpson, N. J.; Tyrer, J. P.; van, W. S.; Watanabe, R. M.; White, C. C.; Wiklund, F.; Barlassina, C.; Chasman, D. I.; Cooper, M. N.; Jansson, J. O.; Lawrence, R. W.; Pellikka, N.; Prokopenko, I.; Shi, J.; Thiering, E.; Alavere, H.; Alibrandi, M. T.; Almgren, P.; Arnold, A. M.; Aspelund, T.; Atwood, L. D.; Balkau, B.; Balmforth, A. J.; Bennett, A. J.; Ben-Shlomo, Y.; Bergman, R. N.; Bergmann, S.; Biebermann, H.; Blakemore, A. I.; Boes, T.; Bonnycastle, L. L.; Bornstein, S. R.; Brown, M. J.; Buchanan, T. A.; Busonero, F.; Campbell, H.; Cappuccio, F. P.; Cavalcanti-Proenca, C.; Chen, Y. D.; Chen, C. M.; Chines, P. S.; Clarke, R.; Coin, L.; Connell, J.; Day, I. N.; Heijer, M.; Duan, J.; Ebrahim, S.; Elliott, P.; Elosua, R.; Eiriksdottir, G.; Erdos, M. R.; Eriksson, J. G.; Facheris, M. F.; Felix, S. B.; Fischer-Posovszky, P.; Folsom, A. R.; Friedrich, N.; Freimer, N. B.; Fu, M.; Gaget, S.; Gejman, P. V.; Geus, E. J.; Gieger, C.; Gjesing, A. P.; Goel, A.; Goyette, P.; Grallert, H.; Grassler, J.; Greenawalt, D. M.; Groves, C. J.; Gudnason, V.; Guiducci, C.; Hartikainen, A. L.; Hassanali, N.; Hall, A. S.; Havulinna, A. S.; Hayward, C.; Heath, A. C.; Hengstenberg, C.; Hicks, A. A.; Hinney, A.; Hofman, A.; Homuth, G.; Hui, J.; Igl, W.; Iribarren, C.; Isomaa, B.; Jacobs, K. B.; Jarick, I.; Jewell, E.; John, U.; Jorgensen, T.; Jousilahti, P.; Jula, A.; Kaakinen, M.; Kajantie, E.; Kaplan, L. M.; Kathiresan, S.; Kettunen, J.; Kinnunen, L.; Knowles, J. W.; Kolcic, I.; Konig, I. R.; Koskinen, S.; Kovacs, P.; Kuusisto, J.; Kraft, P.; Kvaloy, K.; Laitinen, J.; Lantieri, O.; Lanzani, C.; Launer, L. J.; Lecoeur, C.; Lehtimaki, T.; Lettre, G.; Liu, J.; Lokki, M. L.; Lorentzon, M.; Luben, R. N.; Ludwig, B.; Manunta, P.; Marek, D.; Marre, M.; Martin, N. G.; McArdle, W. L.; McCarthy, A.; McKnight, B.; Meitinger, T.; Melander, O.; Meyre, D.; Midthjell, K.; Montgomery, G. W.; Morken, M. A.; Morris, A. P.; Mulic, R.; Ngwa, J. S.; Nelis, M.; Neville, M. J.; Nyholt, D. R.; O'Donnell, C. J.; O'Rahilly, S.; Ong, K. K.; Oostra, B.; Pare, G.; Parker, A. N.; Perola, M.; Pichler, I.; Pietilainen, K. H.; Platou, C. G.; Polasek, O.; Pouta, A.; Rafelt, S.; Raitakari, O.; Rayner, N. W.; Ridderstrale, M.; Rief, W.; Ruokonen, A.; Robertson, N. R.; Rzehak, P.; Salomaa, V.; Sanders, A. R.; Sandhu, M. S.; Sanna, S.; Saramies, J.; Savolainen, M. J.; Scherag, S.; Schipf, S.; Schreiber, S.; Schunkert, H.; Silander, K.; Sinisalo, J.; Siscovick, D. S.; Smit, J. H.; Soranzo, N.; Sovio, U.; Stephens, J.; Surakka, I.; Swift, A. J.; Tammesoo, M. L.; Tardif, J. C.; Teder-Laving, M.; Teslovich, T. M.; Thompson, J. R.; Thomson, B.; Tonjes, A.; Tuomi, T.; van Meurs, J. B.; van Ommen, G. J. Association analyses of 249,796 individuals reveal 18 new loci associated with body mass index. Nat. Genet., 2010, 42 (11), 937-948.
58. Park, J. H.; Wacholder, S.; Gail, M. H.; Peters, U.; Jacobs, K. B.; Chanock, S. J.; Chatterjee, N. Estimation of effect size distribution from genome-wide association studies and implications for future discoveries. Nat. Genet., 2010, 42 (7), 570-575.
59. Tenesa, A.; Dunlop, M. G. New insights into the aetiology of colorectal cancer from genome-wide association studies. Nat. Rev. Genet., 2009, 10 (6), 353-358.
60. Yang, J.; Weedon, M. N.; Purcell, S.; Lettre, G.; Estrada, K.; Willer, C. J.; Smith, A. V.; Ingelsson, E.; O'Connell, J. R.; Mangino, M.; Magi, R.; Madden, P. A.; Heath, A. C.; Nyholt, D. R.; Martin, N. G.; Montgomery, G. W.; Frayling, T. M.; Hirschhorn, J. N.; McCarthy, M. I.; Goddard, M. E.; Visscher, P. M. Genomic inflation factors under polygenic inheritance. Eur J Hum. Genet., 2011.
61. Bateman, A.; Quackenbush, J. Bioinformatics for next generation sequencing. Bioinformatics, 2009, 25 (4), 429.
62. McCarroll, S. A. Extending genome-wide association studies to copy-number variation. Hum. Mol. Genet., 2008, 17 (R2), R135-R142.
63. Craddock, N.; Hurles, M. E.; Cardin, N.; Pearson, R. D.; Plagnol, V.; Robson, S.; Vukcevic, D.; Barnes, C.; Conrad, D. F.; Giannoulatou, E.; Holmes, C.; Marchini, J. L.; Stirrups, K.; Tobin, M. D.; Wain, L. V.; Yau, C.; Aerts, J.; Ahmad, T.; Andrews, T. D.; Arbury, H.; Attwood, A.; Auton, A.; Ball, S. G.; Balmforth, A. J.; Barrett, J. C.; Barroso, I.; Barton, A.; Bennett, A. J.; Bhaskar, S.; Blaszczyk, K.; Bowes, J.; Brand, O. J.; Braund, P. S.; Bredin, F.; Breen, G.; Brown, M. J.; Bruce, I. N.; Bull, J.; Burren, O. S.; Burton, J.; Byrnes, J.; Caesar, S.; Clee, C. M.; Coffey, A. J.; Connell, J. M.; Cooper, J. D.; Dominiczak, A. F.; Downes, K.; Drummond, H. E.; Dudakia, D.; Dunham, A.; Ebbs, B.; Eccles, D.; Edkins, S.; Edwards, C.; Elliot, A.; Emery, P.; Evans, D. M.; Evans, G.; Eyre, S.; Farmer, A.; Ferrier, I. N.; Feuk, L.; Fitzgerald, T.; Flynn, E.; Forbes, A.; Forty, L.; Franklyn, J. A.; Freathy, R. M.; Gibbs, P.; Gilbert, P.; Gokumen, O.; Gordon-Smith, K.; Gray, E.; Green, E.; Groves, C. J.; Grozeva, D.; Gwilliam, R.; Hall, A.; Hammond, N.; Hardy, M.; Harrison, P.; Hassanali, N.; Hebaishi, H.; Hines, S.; Hinks, A.; Hitman, G. A.; Hocking, L.; Howard, E.; Howard, P.; Howson, J. M.; Hughes, D.; Hunt, S.; Isaacs, J. D.; Jain, M.; Jewell, D. P.; Johnson, T.; Jolley, J. D.; Jones, I. R.; Jones, L. A.; Kirov, G.; Langford, C. F.; Lango-Allen, H.; Lathrop, G. M.; Lee, J.; Lee, K. L.; Lees, C.; Lewis, K.; Lindgren, C. M.; Maisuria-Armer, M.; Maller, J.; Mansfield, J.; Martin, P.; Massey, D. C.; McArdle, W. L.; McGuffin, P.; McLay, K. E.; Mentzer, A.; Mimmack, M. L.; Morgan, A. E.; Morris, A. P.; Mowat, C.; Myers, S.; Newman, W.; Nimmo, E. R.; O'Donovan, M. C.; Onipinla, A.; Onyiah, I.; Ovington, N. R.; Owen, M. J.; Palin, K.; Parnell, K.; Pernet, D.; Perry, J. R.; Phillips, A.; Pinto, D.; Prescott, N. J.; Prokopenko, I.; Quail, M. A.; Rafelt, S.; Rayner, N. W.; Redon, R.; Reid, D. M.; Renwick; Ring, S. M.; Robertson, N.; Russell, E.; St, C. D.; Sambrook, J. G.; Sanderson, J. D.; Schuilenburg, H.; Scott, C. E.; Scott, R.; Seal, S.; Shaw-Hawkins, S.; Shields, B. M.; Simmonds, M. J.; Smyth, D. J.; Somaskantharajah, E.; Spanova, K.; Steer, S.; Stephens, J.; Stevens, H. E.; Stone, M. A.; Su, Z.; Symmons, D. P.; Thompson, J. R.; Thomson, W.; Travers, M. E.; Turnbull, C.; Valsesia, A.; Walker, M.; Walker, N. M.; Wallace, C.; Warren-Perry, M.; Watkins, N. A.; Webster, J.; Weedon, M. N.; Wilson, A. G.; Woodburn, M.; Wordsworth, B. P.; Young, A. H.; Zeggini, E.; Carter, N. P.; Frayling, T. M.; Lee, C.; McVean, G.; Munroe, P. B.; Palotie, A.; Sawcer, S. J.; Scherer, S. W.; Strachan, D. P.; Tyler-Smith, C.; Brown, M. A.; Burton, P. R.; Caulfield, M. J.; Compston, A.; Farrall, M.; Gough, S. C.; Hall, A. S.; Hattersley, A. T.; Hill, A. V.; Mathew, C. G.; Pembrey, M.; Satsangi, J.; Stratton, M. R.; Worthington, J.; Deloukas, P.; Duncanson, A.; Kwiatkowski, D. P.; McCarthy, M. I.; Ouwehand, W.; Parkes, M.; Rahman, N.; Todd, J. A.; Samani, N. J.; Donnelly, P. Genome-wide association study of CNVs in 16,000 cases of eight common diseases and 3,000 shared controls. Nature, 2010, 464 (7289), 713-720.
64. Mandel, A. L.; Peyrot des, G. C.; Plank, K. L.; Alarcon, S.; Breslin, P. A. Individual differences in AMY1 gene copy number, salivary alpha-amylase levels, and the perception of oral starch. PLoS. One., 2010, 5 (10), e13352.
65. Magri, C.; Sacchetti, E.; Traversa, M.; Valsecchi, P.; Gardella, R.; Bonvicini, C.; Minelli, A.; Gennarelli, M.; Barlati, S. New Copy Number Variations in Schizophrenia. PLoS ONE, 2010, 5 (10), e13422.
66. Prescott, N. J.; Dominy, K. M.; Kubo, M.; Lewis, C. M.; Fisher, S. A.; Redon, R.; Huang, N.; Stranger, B. E.; Blaszczyk, K.; Hudspith, B.; Parkes, G.; Hosono, N.; Yamazaki, K.; Onnie, C. M.; Forbes, A.; Dermitzakis, E. T.; Nakamura, Y.; Mansfield, J. C.; Sanderson, J.; Hurles, M. E.; Roberts, R. G.; Mathew, C. G. Independent and population-specific association of risk variants at the IRGM locus with Crohn's disease. Hum. Mol Genet., 2010, 19 (9), 1828-1839.
67. Servin, B.; Stephens, M. Imputation-Based Analysis of Association Studies: Candidate Regions and Quantitative Traits. PLoS Genet, 2007, 3 (7), e114.
68. Stranger, B. E.; Nica, A. C.; Forrest, M. S.; Dimas, A.; Bird, C. P.; Beazley, C.; Ingle, C. E.; Dunning, M.; Flicek, P.; Koller, D.; Montgomery, S.; Tavare, S.; Deloukas, P.; Dermitzakis, E. T. Population genomics of human gene expression. Nat. Genet., 2007, 39 (10), 1217-1224.
69. Emilsson, V.; Thorleifsson, G.; Zhang, B.; Leonardson, A. S.; Zink, F.; Zhu, J.; Carlson, S.; Helgason, A.; Walters, G. B.; Gunnarsdottir, S.; Mouy, M.; Steinthorsdottir, V.; Eiriksdottir, G. H.; Bjornsdottir, G.; Reynisdottir, I.; Gudbjartsson, D.; Helgadottir, A.; Jonasdottir, A.; Jonasdottir, A.; Styrkarsdottir, U.; Gretarsdottir, S.; Magnusson, K. P.; Stefansson, H.; Fossdal, R.; Kristjansson, K.; Gislason, H. G.; Stefansson, T.; Leifsson, B. G.; Thorsteinsdottir, U.; Lamb, J. R.; Gulcher, J. R.; Reitman, M. L.; Kong, A.; Schadt, E. E.; Stefansson, K. Genetics of gene expression and its effect on disease. Nature, 2008, 452 (7186), 423-428.
70. Subramanian, A.; Tamayo, P.; Mootha, V. K.; Mukherjee, S.; Ebert, B. L.; Gillette, M. A.; Paulovich, A.; Pomeroy, S. L.; Golub, T. R.; Lander, E. S.; Mesirov, J. P. Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, 2005, 102 (43), 15545-15550.
71. Zhong, H.; Yang, X.; Kaplan, L. M.; Molony, C.; Schadt, E. E. Integrating pathway analysis and genetics of gene expression for genome-wide association studies. Am J Hum. Genet., 2010, 86 (4), 581-591.
72. Weng, L.; Macciardi, F.; Subramanian, A.; Guffanti, G.; Potkin, S. G.; Yu, Z.; Xie, X. SNP-based pathway enrichment analysis for genome-wide association studies. BMC. Bioinformatics., 2011, 12 (1), 99.
73. Wang, K.; Li, M.; Bucan, M. Pathway-Based Approaches for Analysis of Genomewide Association Studies. Am. J. Hum. Genet., 2007, 81 (6).
74. Hirschhorn, J. N. Genomewide association studies--illuminating biologic pathways. N. Engl. J. Med., 2009, 360 (17), 1699-1701.
75. Torkamani, A.; Topol, E. J.; Schork, N. J. Pathway analysis of seven common diseases assessed by genome-wide association. Genomics, 2008, 92 (5), 265-272.
76. Schunkert, H.; Konig, I. R.; Erdmann, J. Molecular signatures of cardiovascular disease risk: potential for test development and clinical application. Mol. Diagn. Ther., 2008, 12 (5), 281-287.
77. Jia, P.; Wang, L.; Meltzer, H. Y.; Zhao, Z. Pathway-based analysis of GWAS datasets: effective but caution required. Int. J. Neuropsychopharmacol., 2011, 14, 567-572.
78. Holmans, P. Statistical methods for pathway analysis of genomewide data for association with complex genetic traits. Adv. Genet., 2010, 72, 141-179.
79. Gibbs, J. R.; van der Brug, M. P.; Hernandez, D. G.; Traynor, B. J.; Nalls, M. A.; Lai, S. L.; Arepalli, S.; Dillman, A.; Rafferty, I. P.; Troncoso, J.; Johnson, R.; Zielke, H. R.; Ferrucci, L.; Longo, D. L.; Cookson, M. R.; Singleton, A. B. Abundant quantitative trait loci exist for DNA methylation and gene expression in human brain. PLoS. Genet., 2010, 6 (5), e1000952.
80. Feinberg, A. P. Genome-scale approaches to the epigenetics of common human disease. Virchows Arch., 2010, 456 (1), 13-21.
81. Asimit, J.; Zeggini, E. Rare variant association analysis methods for complex traits. Annu. Rev. Genet., 2010, 44, 293-308.
82. Wray, N. R.; Purcell, S. M.; Visscher, P. M. Synthetic associations created by rare variants do not explain most GWAS results. PLoS Biol., 2011, 9 (1), e1000579.